genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032245.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_2_4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41238926

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   

This is table  91  of  132  ( 15769 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28011072--28011114	17	2.5	17	82	17	54	48	13	20	16	1.80
28033468--28033508	16	2.3	18	80	20	50	24	7	4	63	1.40
28038357--28038424	26	2.6	26	83	0	82	30	20	17	30	1.96
28039871--28039970	40	2.5	40	69	19	91	43	14	8	35	1.74
28061178--28061272	30	3.2	30	83	0	118	55	12	5	26	1.58
28067868--28067909	3	14.0	3	100	0	84	33	0	33	33	1.58
28070057--28070191	51	2.6	51	88	3	191	34	15	23	26	1.95
28077163--28077449	51	5.6	51	88	2	418	32	13	24	29	1.93
28077163--28077449	101	2.8	102	87	3	418	32	13	24	29	1.93
28078145--28078218	21	3.5	21	79	0	94	25	13	25	35	1.93
28084337--28084367	15	2.1	15	93	0	53	64	25	0	9	1.24
28091515--28091561	24	2.0	23	83	4	58	27	12	6	53	1.63
28093915--28094029	27	4.3	27	76	11	110	30	19	18	32	1.95
28107127--28107182	29	1.9	29	85	0	76	28	30	17	23	1.97
28107222--28107281	22	2.8	21	75	5	66	31	0	23	45	1.53
28109957--28110241	38	7.5	38	82	4	288	16	18	25	38	1.92
28109946--28110245	76	3.9	76	77	5	318	16	18	25	39	1.91
28109946--28110245	153	2.0	152	85	5	410	16	18	25	39	1.91
28115266--28115519	38	6.7	38	80	2	242	16	17	26	38	1.91
28115266--28115519	76	3.3	76	80	2	287	16	17	26	38	1.91
28115266--28115556	114	2.6	114	83	1	332	17	18	26	38	1.92
28115266--28115553	38	7.6	38	78	4	197	16	18	26	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28120335--28120375	12	3.5	12	83	3	57	75	0	7	17	1.02
28120335--28120375	17	2.4	17	88	12	57	75	0	7	17	1.02
28125972--28126021	25	2.0	25	100	0	100	16	24	4	56	1.57
28126744--28126790	21	2.2	21	82	14	53	17	8	10	63	1.49
28140839--28140877	17	2.3	17	90	0	60	46	25	12	15	1.81
28145665--28145697	17	1.9	17	88	11	50	72	3	6	18	1.18
28154177--28154236	30	2.0	31	83	3	77	25	3	6	65	1.33
28164525--28164562	12	3.2	12	88	7	60	71	7	0	21	1.11
28166126--28166169	17	2.6	18	82	10	56	22	11	9	56	1.62
28195956--28195997	14	2.8	16	79	20	54	0	26	0	73	0.83
28200169--28200193	5	5.0	5	100	0	50	80	0	20	0	0.72
28201578--28201644	19	3.5	19	67	15	57	22	8	5	62	1.46
28202585--28202729	74	2.0	73	86	8	204	44	6	15	33	1.72
28202697--28203116	138	3.0	138	90	0	633	40	8	6	45	1.59
28203183--28203222	21	1.9	21	84	0	53	45	7	5	42	1.54
28204780--28204982	66	3.1	66	64	20	170	35	17	4	41	1.71
28204725--28204982	132	2.0	132	98	0	498	36	15	6	42	1.72
28206516--28206588	19	3.8	19	78	8	69	35	9	8	46	1.66
28207108--28207527	138	3.0	139	89	2	605	40	7	5	45	1.56
28210378--28210501	28	4.4	28	78	11	121	39	20	12	26	1.89
28210371--28210501	56	2.4	56	81	7	153	38	22	12	26	1.90
28221131--28221172	21	2.0	21	100	0	84	47	9	14	28	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28226068--28226372	158	1.9	157	85	0	412	28	21	25	23	1.99
28229678--28229802	52	2.4	52	89	2	191	33	24	17	24	1.96
28230343--28230378	18	2.1	16	90	10	54	30	16	0	52	1.44
28231970--28232003	14	2.3	15	90	5	52	52	14	0	32	1.42
28236274--28236317	21	2.1	21	82	0	52	43	13	15	27	1.85
28236382--28236424	19	2.2	19	83	8	50	39	25	11	23	1.88
28239288--28239320	17	2.1	17	88	11	52	54	0	0	45	0.99
28241358--28241387	6	5.0	6	100	0	60	50	0	16	33	1.46
28255760--28255864	31	3.4	31	95	0	192	50	12	14	22	1.76
28275445--28275540	39	2.5	39	82	3	113	37	18	16	27	1.92
28280146--28280184	14	2.7	15	80	8	53	25	7	10	56	1.59
28282532--28282565	11	3.3	11	84	16	54	79	0	5	14	0.91
28282587--28282647	28	2.2	28	84	0	77	21	8	0	70	1.13
28284633--28284678	25	1.9	25	86	8	69	32	4	6	56	1.45
28287397--28287496	52	1.9	52	93	0	173	35	20	12	33	1.89
28290039--28290094	16	3.5	16	92	0	94	39	7	26	26	1.82
28290076--28290169	44	2.1	44	86	7	127	30	5	26	37	1.79
28290264--28290409	58	2.5	56	82	11	179	50	0	2	46	1.17
28294364--28294412	25	2.0	25	100	0	98	28	20	6	44	1.75
28295234--28295654	139	3.0	139	95	0	754	42	20	14	23	1.88
28308789--28308833	7	6.1	7	83	16	56	60	0	40	0	0.97
28308798--28308830	16	2.0	17	94	5	59	60	0	39	0	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28313847--28313937	40	2.2	41	78	1	94	23	19	19	37	1.94
28313810--28313902	20	4.7	20	70	5	71	20	18	22	38	1.93
28315903--28315989	40	2.2	40	85	0	120	37	28	16	17	1.91
28315966--28316013	24	2.0	24	88	8	71	45	31	8	14	1.74
28318884--28318921	18	2.1	18	85	9	51	47	21	7	23	1.77
28319405--28319445	19	2.1	20	95	4	75	53	19	12	14	1.72
28321763--28321792	15	2.0	15	93	0	51	40	0	16	43	1.48
28322459--28322493	10	3.4	10	88	7	52	42	2	8	45	1.49
28330250--28330328	21	3.8	21	67	12	72	24	6	13	55	1.61
28331050--28331085	18	2.0	18	88	0	54	52	2	5	38	1.39
28331764--28331823	22	2.6	23	84	5	77	53	6	0	40	1.27
28332995--28333203	30	7.1	30	77	8	189	37	22	2	36	1.70
28332995--28333207	58	3.6	57	84	5	257	37	23	2	35	1.70
28334840--28334893	23	2.4	22	72	9	54	66	5	0	27	1.13
28334873--28334907	17	2.1	17	88	0	52	57	5	0	37	1.23
28339807--28340325	119	4.4	118	78	5	449	36	2	25	35	1.68
28339823--28340325	179	2.8	173	79	8	473	36	2	25	35	1.69
28339807--28340325	60	8.8	59	75	8	410	36	2	25	35	1.68
28339807--28340332	30	17.8	30	75	10	288	36	2	25	35	1.68
28341179--28341380	86	2.4	84	83	3	244	23	22	15	38	1.93
28341260--28341651	210	1.9	209	88	1	597	23	22	18	36	1.95
28341710--28342038	46	7.4	46	79	10	369	22	17	25	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28341852--28341919	34	2.0	34	100	0	136	23	20	23	32	1.98
28341806--28341962	80	2.0	80	88	0	233	21	19	26	32	1.97
28341757--28342010	126	2.0	127	87	3	368	22	18	25	34	1.96
28342021--28342124	39	2.7	38	80	4	109	25	15	29	29	1.96
28342153--28342375	49	4.5	50	78	9	219	17	32	17	33	1.93
28342159--28342873	99	7.4	98	75	8	462	17	30	16	34	1.93
28342153--28342780	49	13.0	49	72	11	211	17	31	17	34	1.93
28342483--28342768	149	1.9	149	87	2	414	16	33	17	32	1.93
28342498--28342873	149	2.5	148	80	3	373	17	31	16	34	1.93
28349021--28349419	30	13.4	29	79	9	283	35	2	26	35	1.68
28349007--28349419	29	13.9	29	78	8	284	36	2	26	35	1.70
28349021--28349433	87	4.6	89	77	8	320	35	2	26	35	1.69
28351332--28351382	21	2.4	21	100	0	102	31	25	13	29	1.94
28352443--28352498	28	2.0	28	100	0	112	46	7	7	39	1.59
28353846--28354122	50	5.5	49	71	11	195	39	19	26	13	1.89
28353778--28354159	101	3.8	101	86	2	527	38	21	26	13	1.91
28353783--28354159	202	1.9	202	89	1	594	38	21	25	14	1.91
28354390--28355638	201	6.2	201	86	3	1717	36	18	22	22	1.95
28354442--28355651	607	2.0	607	94	0	2109	36	18	23	21	1.95
28356032--28356067	18	2.0	18	88	0	54	52	2	5	38	1.39
28356752--28356811	22	2.6	23	84	5	77	53	6	0	40	1.27
28357942--28358154	30	7.2	29	78	8	153	37	24	3	34	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28357955--28358160	29	7.0	29	77	4	189	36	25	4	33	1.76
28357954--28358160	59	3.5	59	82	2	247	36	25	4	33	1.76
28360883--28361274	210	1.9	209	88	0	595	23	22	17	36	1.94
28361324--28361662	46	7.6	46	77	10	344	21	18	26	33	1.96
28361429--28361582	80	1.9	80	86	2	220	22	18	26	33	1.96
28361380--28361632	126	2.0	128	83	3	323	20	19	25	33	1.96
28361334--28361662	172	1.9	174	87	4	486	21	18	25	34	1.96
28361645--28361739	39	2.4	39	85	0	118	26	14	32	26	1.95
28361891--28361999	49	2.2	49	85	0	137	21	32	11	34	1.90
28362083--28362451	99	3.7	98	82	4	359	18	30	16	34	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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