genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032245.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_2_4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41238926

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   

This is table  73  of  132  ( 15769 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21386198--21386255	29	2.0	30	93	3	100	41	5	20	32	1.75
21389853--21390012	59	2.7	59	95	0	284	54	8	6	31	1.55
21392095--21392343	55	4.5	56	79	14	277	26	2	16	55	1.51
21392027--21392360	18	18.6	18	67	21	134	25	2	17	54	1.57
21392095--21392374	30	10.0	29	70	21	161	25	2	16	55	1.53
21392085--21392363	21	12.7	22	71	18	138	26	2	15	55	1.51
21392086--21392258	12	13.2	13	69	20	94	25	1	16	56	1.47
21392194--21392307	44	2.6	44	83	2	131	28	2	13	55	1.51
21392231--21392380	67	2.2	68	82	9	173	27	3	14	54	1.56
21395622--21395685	23	2.8	22	90	6	101	31	4	20	43	1.72
21396451--21396481	16	1.9	16	93	0	53	38	3	41	16	1.64
21397792--21397854	32	2.0	32	87	3	92	65	0	3	31	1.09
21400602--21400664	28	2.2	29	83	11	85	25	9	28	36	1.87
21400649--21400759	30	3.7	30	76	10	111	36	1	22	39	1.65
21401601--21401641	22	1.9	21	85	14	57	21	12	2	63	1.40
21402698--21402736	17	2.3	17	86	0	60	56	2	0	41	1.13
21415817--21415955	49	2.8	49	78	6	122	22	16	31	29	1.96
21418642--21418679	8	4.8	8	93	0	67	52	10	0	36	1.36
21419144--21419283	40	3.6	40	72	16	150	35	21	20	23	1.96
21419192--21419306	35	3.1	35	68	20	99	33	20	18	26	1.96
21419151--21419316	75	2.2	75	96	0	305	34	21	18	25	1.96
21419256--21419458	108	1.9	109	82	1	255	33	22	18	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21422254--21422411	85	1.9	85	82	2	201	29	17	15	37	1.91
21428792--21428820	10	2.9	10	100	0	58	10	0	31	58	1.31
21433124--21433453	29	11.2	29	77	8	204	35	2	26	35	1.71
21433128--21433353	57	3.9	56	74	12	179	34	2	28	34	1.70
21433277--21433479	30	6.8	30	81	9	193	37	2	21	38	1.67
21434585--21434624	16	2.5	16	87	0	53	45	2	0	52	1.14
21435276--21435306	13	2.3	14	94	5	55	19	0	29	51	1.47
21435338--21435384	23	2.1	22	92	4	76	55	6	0	38	1.26
21435338--21435378	10	3.8	10	82	17	55	56	2	0	41	1.13
21435352--21435397	17	2.7	17	79	0	56	54	6	0	39	1.26
21440646--21440699	26	2.1	26	82	6	65	29	18	22	29	1.97
21441498--21441528	16	1.9	16	93	0	53	22	16	0	61	1.34
21445544--21445618	21	3.6	20	79	13	80	28	14	26	30	1.95
21445398--21445597	92	2.2	92	89	3	314	24	10	28	37	1.88
21449871--21449926	26	2.2	26	96	0	103	19	21	26	32	1.97
21453532--21453572	21	2.0	21	85	9	57	51	0	7	41	1.30
21454259--21454392	28	4.8	28	74	9	130	22	19	26	31	1.98
21454251--21454364	55	2.1	55	86	0	156	21	17	25	35	1.95
21454260--21454420	83	1.9	83	82	6	191	22	19	26	31	1.98
21454545--21454581	18	2.1	17	90	5	56	27	18	16	37	1.92
21479609--21479669	31	2.0	31	84	9	81	19	11	21	47	1.81
21483850--21484072	93	2.4	93	85	3	315	26	24	16	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21495809--21495857	24	2.1	23	81	11	55	63	8	4	24	1.40
21496826--21496868	20	2.2	20	87	4	61	55	4	4	34	1.41
21503267--21503325	25	2.6	21	76	19	64	44	22	10	23	1.83
21503275--21503330	25	2.3	25	93	3	96	44	21	8	25	1.81
21504299--21504470	85	2.0	85	97	0	326	41	13	5	38	1.69
21507923--21508009	43	2.0	43	93	0	147	35	16	20	27	1.94
21525999--21526048	19	2.8	19	82	14	70	64	0	36	0	0.94
21525999--21526048	16	2.9	17	88	8	66	64	0	36	0	0.94
21526742--21526806	25	2.5	26	90	5	96	32	6	23	38	1.79
21544826--21544875	25	2.0	25	92	0	82	26	6	10	58	1.54
21550588--21550623	12	3.0	12	87	0	54	83	5	0	11	0.80
21550730--21550771	19	2.2	19	91	0	66	69	0	0	30	0.89
21550733--21550771	11	3.4	12	86	6	55	66	0	0	33	0.92
21560505--21560531	9	3.0	9	100	0	54	0	22	33	44	1.53
21576727--21576776	12	4.2	12	77	10	57	62	0	36	2	1.07
21580814--21581174	124	2.9	122	91	3	562	37	10	8	44	1.69
21597048--21597090	20	2.0	21	86	8	61	76	2	11	9	1.10
21612675--21612714	21	1.9	21	84	0	53	55	12	30	2	1.50
21615750--21615833	37	2.2	37	81	6	98	33	25	11	29	1.91
21615728--21615833	38	2.8	36	75	8	104	33	25	13	28	1.93
21624185--21624550	123	3.0	122	87	4	522	37	11	7	43	1.70
21625800--21625834	12	2.9	12	100	0	70	17	34	42	5	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21625812--21626021	53	4.0	53	84	1	242	19	16	35	29	1.93
21625758--21625887	65	2.0	66	84	3	172	19	20	37	23	1.94
21626650--21626720	29	2.4	29	85	0	97	25	14	18	42	1.87
21628200--21628276	29	2.7	29	87	0	118	22	22	14	41	1.89
21628261--21628390	29	4.5	29	80	3	127	29	13	16	40	1.87
21628190--21628365	58	3.0	58	80	4	169	26	17	15	40	1.89
21628261--21628390	58	2.2	58	80	0	143	29	13	16	40	1.87
21629863--21630069	29	7.1	29	78	7	145	25	16	16	41	1.89
21629934--21630067	58	2.3	58	82	0	160	27	14	17	40	1.89
21631284--21631329	17	2.7	18	83	12	53	69	4	0	26	1.07
21631724--21631771	15	3.4	15	86	13	59	66	4	8	20	1.35
21637788--21637839	20	2.6	20	85	11	63	21	5	0	73	1.04
21637779--21637952	6	28.2	6	68	15	63	18	6	2	72	1.16
21637906--21637974	26	2.6	27	77	11	72	15	4	1	78	0.98
21637888--21637973	40	2.1	42	82	8	106	16	4	1	77	0.99
21637870--21637970	28	3.7	26	75	14	78	15	4	1	77	1.04
21647046--21647085	3	13.3	3	100	0	80	67	0	32	0	0.91
21651492--21651536	18	2.5	19	82	7	58	75	0	13	11	1.05
21655214--21655261	17	2.7	18	78	12	55	70	6	20	2	1.19
21656964--21658026	218	4.9	216	82	3	1190	27	17	14	40	1.88
21656964--21660087	216	14.6	216	77	8	2670	27	17	14	40	1.89
21657827--21658216	193	2.0	196	85	6	526	27	17	14	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21656959--21660087	648	4.9	649	81	6	3457	27	17	14	40	1.89
21662435--21662625	95	2.0	95	98	0	373	40	9	10	39	1.72
21662850--21662889	22	1.9	22	85	10	57	45	10	5	40	1.60
21663993--21664069	23	3.4	23	89	1	120	19	20	11	48	1.80
21667395--21667452	23	2.4	24	80	13	75	22	20	10	46	1.81
21667403--21667451	23	2.1	23	96	0	89	18	24	12	44	1.84
21684565--21685411	102	8.3	102	84	2	1015	37	18	18	26	1.93
21684565--21685403	203	4.1	202	84	2	1027	37	18	18	26	1.93
21684565--21685368	305	2.6	304	85	2	1087	37	18	18	26	1.93
21685399--21685590	100	1.9	101	81	5	237	35	19	18	26	1.95
21687250--21687290	14	3.0	14	82	7	57	21	12	2	63	1.40
21687538--21687580	15	2.9	15	83	16	54	18	2	2	76	1.00
21689470--21689499	15	2.1	15	93	6	53	40	13	6	40	1.71
21690980--21691981	500	2.0	500	99	0	1995	43	7	9	39	1.65
21694482--21694655	36	4.9	35	88	2	240	30	9	22	37	1.86
21694476--21694669	36	5.4	36	85	2	239	31	9	22	36	1.86
21695064--21695392	92	3.6	92	89	2	473	33	5	13	48	1.64
21695064--21695384	23	14.0	23	86	1	428	33	5	12	48	1.64
21697829--21697921	26	3.6	26	74	11	84	34	22	15	27	1.94
21697874--21697945	26	2.8	26	82	0	81	37	19	13	29	1.90
21697872--21698054	52	3.5	52	74	2	197	35	21	15	27	1.94
21697904--21697954	26	2.0	26	84	0	66	37	19	15	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21697911--21698036	26	4.8	27	68	8	82	37	22	13	26	1.91
21700275--21700334	29	2.0	31	83	6	79	38	15	8	38	1.77
21702548--21702701	83	1.9	83	95	0	281	41	12	24	20	1.88
21708702--21708730	3	9.7	3	100	0	58	68	31	0	0	0.89
21713641--21713674	10	3.1	11	87	12	52	76	5	0	17	0.98
21734967--21735012	24	1.9	24	90	0	74	32	4	4	58	1.37
21737513--21737601	26	3.4	26	93	0	151	22	19	28	30	1.98
21737395--21737601	78	2.7	78	72	0	189	25	15	24	34	1.95
21737516--21737620	52	2.0	52	85	10	144	23	19	25	31	1.98
21740063--21740383	23	14.0	23	85	1	419	48	14	4	33	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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