genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032245.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_2_4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41238926

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   

This is table  6  of  132  ( 15769 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1579931--1579999	23	3.0	23	80	2	86	31	14	27	26	1.95
1584609--1584678	23	3.0	23	83	4	88	25	27	14	32	1.94
1601401--1601467	23	2.9	23	88	4	100	25	23	14	35	1.94
1612185--1612251	23	2.9	23	86	4	91	25	25	14	34	1.94
1634722--1634767	25	1.9	23	86	8	65	36	4	4	54	1.40
1634999--1635074	38	2.0	38	100	0	152	18	5	21	55	1.62
1639178--1639225	25	1.9	25	86	0	69	47	0	0	52	1.00
1639237--1639274	19	2.0	20	89	5	60	52	2	0	44	1.14
1652581--1652625	18	2.6	16	83	16	54	20	4	2	73	1.11
1656359--1656392	17	1.9	18	88	5	52	58	5	0	35	1.22
1660088--1660130	5	8.6	5	97	0	77	62	0	0	37	0.95
1671705--1671794	39	2.2	42	86	9	132	53	6	0	40	1.27
1673548--1673676	66	2.0	66	85	3	179	36	17	11	34	1.86
1676286--1676336	24	2.1	24	100	0	102	41	7	15	35	1.76
1676472--1676543	21	3.5	21	78	10	78	70	19	4	5	1.23
1679193--1679255	21	2.9	21	79	13	65	66	15	4	12	1.40
1679266--1679323	24	2.4	24	91	0	89	70	17	5	6	1.28
1679229--1679347	35	3.5	35	77	11	120	68	16	7	7	1.37
1679266--1679323	12	4.8	12	80	0	71	70	17	5	6	1.28
1679268--1679347	12	6.8	12	76	2	63	68	18	6	6	1.32
1679342--1679414	18	3.8	18	78	10	74	72	12	8	6	1.27
1679342--1679414	19	3.8	19	80	5	76	72	12	8	6	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1679380--1679427	21	2.3	22	85	7	64	66	16	10	6	1.41
1684723--1685201	210	2.3	208	92	1	771	43	19	12	23	1.86
1693498--1693536	16	2.3	18	86	8	55	51	10	5	33	1.58
1702174--1702302	41	3.1	41	85	0	168	20	30	20	29	1.97
1709749--1709788	6	6.8	6	97	2	73	0	67	0	32	0.91
1710181--1710223	23	2.0	22	86	13	63	41	0	2	55	1.12
1712695--1712733	16	2.3	18	86	8	55	51	10	5	33	1.58
1714431--1714489	6	9.8	6	73	14	50	38	5	1	54	1.33
1715275--1715319	19	2.6	17	80	16	56	57	2	0	40	1.11
1716137--1716213	33	2.4	31	79	16	86	20	6	6	66	1.38
1716009--1716341	160	2.1	161	90	2	519	21	13	12	52	1.73
1716499--1716647	28	5.2	28	71	22	105	32	31	2	34	1.69
1716482--1716854	29	12.8	29	71	22	227	33	29	2	34	1.73
1716489--1716859	59	6.4	59	90	3	549	32	30	2	33	1.72
1722259--1722345	23	3.6	23	73	14	84	28	9	28	33	1.88
1722265--1722345	28	3.1	28	63	23	66	30	8	27	33	1.87
1722308--1722350	23	2.0	22	86	9	61	27	13	27	30	1.95
1725655--1725688	16	2.1	16	100	0	68	44	11	17	26	1.83
1726633--1726666	6	5.7	6	100	0	68	17	67	0	14	1.23
1727334--1727374	18	2.2	19	86	4	57	46	0	4	48	1.23
1729559--1729627	29	2.4	30	80	7	79	49	7	13	30	1.68
1729851--1729893	21	2.1	21	86	4	61	23	25	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1732629--1732703	39	1.9	39	83	0	96	42	20	22	14	1.88
1732668--1732779	23	4.8	23	72	14	77	40	19	25	14	1.90
1732689--1732789	23	4.3	23	76	12	91	39	19	28	11	1.87
1739916--1740138	23	9.9	22	70	15	109	41	18	25	14	1.88
1740003--1740129	46	2.7	46	79	9	132	39	17	26	16	1.91
1745961--1746113	72	2.1	74	87	7	224	33	5	4	56	1.42
1746272--1746347	23	3.3	23	74	7	73	9	5	26	59	1.49
1746288--1746329	12	3.6	12	77	6	50	7	0	30	61	1.22
1746271--1746366	46	2.1	47	84	2	122	10	5	27	57	1.53
1746539--1746618	41	2.0	41	87	5	117	21	2	11	65	1.37
1746595--1746620	12	2.2	12	100	0	52	23	0	7	69	1.14
1754891--1754957	29	2.3	29	89	2	100	37	28	1	32	1.66
1754976--1755058	29	2.8	29	80	12	80	39	21	2	36	1.67
1756785--1756874	17	5.4	17	86	1	128	55	3	2	38	1.29
1757334--1757904	39	14.7	39	70	12	325	25	20	30	23	1.98
1757373--1757908	78	6.9	78	85	1	603	25	20	30	23	1.98
1768143--1768231	29	3.1	29	77	16	96	33	4	23	38	1.75
1768236--1768306	29	2.5	27	88	6	97	33	5	25	35	1.79
1768242--1768306	28	2.3	29	94	2	114	29	4	27	38	1.77
1768300--1768489	30	6.5	30	76	4	147	42	1	22	33	1.63
1768322--1768506	59	3.1	59	75	2	174	42	1	22	32	1.63
1768346--1768512	30	5.6	30	79	3	151	42	1	21	34	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1769937--1769966	10	3.0	10	90	0	51	60	3	0	36	1.14
1769947--1769983	17	2.2	17	95	4	67	59	5	0	35	1.20
1777248--1777337	43	2.1	42	91	4	153	56	6	6	30	1.51
1781184--1781332	74	2.0	74	98	0	289	26	24	9	40	1.85
1782627--1782686	20	3.0	20	80	7	70	40	0	3	56	1.16
1784280--1784322	21	2.0	22	82	13	54	51	18	9	20	1.74
1784328--1784450	22	5.4	22	82	6	156	42	22	22	12	1.87
1787219--1787249	15	2.1	15	93	0	53	32	35	32	0	1.58
1793407--1793449	21	2.1	21	86	4	61	20	27	20	30	1.98
1793224--1793549	174	1.9	174	86	0	463	26	16	21	36	1.94
1796375--1796409	14	2.6	14	95	4	63	65	20	5	8	1.40
1803010--1803038	9	3.2	9	100	0	58	48	10	10	31	1.71
1803010--1803046	18	2.1	18	89	0	56	51	10	8	29	1.65
1811182--1811263	36	2.2	38	79	12	91	26	7	2	63	1.33
1811242--1811335	19	5.2	17	68	22	50	30	4	2	62	1.26
1811235--1811288	26	2.1	25	83	10	65	27	7	0	64	1.20
1811241--1811370	17	7.2	17	70	16	75	30	4	1	63	1.23
1811266--1811386	26	4.5	26	73	15	79	30	2	2	64	1.20
1811251--1811386	18	7.5	19	72	13	92	30	3	2	63	1.23
1811186--1811370	34	5.2	35	73	17	116	28	5	2	63	1.29
1813133--1813169	19	1.9	19	94	0	65	43	10	10	35	1.75
1822126--1822327	30	6.6	30	84	5	253	40	1	20	38	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1822192--1822240	15	3.3	15	70	30	50	40	0	20	38	1.53
1822126--1822327	93	2.2	90	84	7	264	40	1	20	38	1.62
1823437--1823464	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
1824193--1824255	6	11.0	6	80	10	78	50	3	0	46	1.17
1824194--1824248	11	4.9	11	82	12	76	52	3	0	43	1.18
1824180--1824266	17	5.1	17	84	2	104	52	3	0	43	1.18
1829026--1829246	110	2.0	111	97	0	417	34	9	21	34	1.85
1832399--1832522	65	1.9	65	83	3	160	27	16	11	45	1.81
1833381--1833410	12	2.4	13	94	5	53	53	0	6	40	1.27
1834421--1834458	17	2.2	18	95	4	69	42	10	0	47	1.38
1835574--1835673	23	4.3	23	78	12	96	46	23	20	11	1.82
1835574--1835656	23	3.5	25	79	9	102	46	22	19	10	1.80
1837379--1837405	14	1.9	14	100	0	54	22	0	18	59	1.38
1837939--1837974	18	2.0	18	88	0	54	66	5	0	27	1.13
1838545--1838581	17	2.1	18	85	14	51	59	0	0	40	0.97
1841412--1841490	32	2.5	31	80	13	90	51	6	3	37	1.45
1844822--1844954	70	1.9	67	83	4	167	33	9	12	45	1.74
1851354--1851393	2	20.0	2	89	0	62	47	0	2	50	1.14
1851393--1851435	2	21.5	2	100	0	86	0	0	48	51	1.00
1854602--1854627	12	2.2	12	100	0	52	23	15	11	50	1.76
1865614--1865778	80	2.1	80	95	0	294	32	14	19	33	1.92
1867220--1867288	35	1.9	35	82	2	84	33	10	10	46	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1872930--1872981	15	3.5	15	69	10	52	17	19	13	50	1.78
1872921--1872985	30	2.2	30	97	2	123	23	18	13	44	1.85
1875973--1876022	12	4.2	12	86	0	64	48	18	2	32	1.59
1875973--1876021	20	2.5	20	86	0	62	48	18	2	30	1.59
1889253--1889301	24	2.0	24	88	7	73	73	6	12	8	1.24
1899376--1899496	11	10.5	11	70	12	64	42	2	1	52	1.24
1899393--1899479	6	15.0	6	75	17	78	42	2	0	55	1.12
1899393--1899495	17	6.3	17	79	13	90	44	2	0	52	1.16
1899409--1899467	31	1.9	31	96	0	109	40	3	0	55	1.16
1900734--1900800	31	2.2	31	83	2	82	73	2	11	11	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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