genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032245.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_2_4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41238926

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   

This is table  76  of  132  ( 15769 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22498424--22498478	15	3.7	15	80	9	69	0	21	0	78	0.76
22498419--22498478	29	2.1	27	90	6	93	0	21	0	78	0.75
22498430--22498479	14	3.2	16	78	16	61	0	22	0	78	0.76
22498451--22498488	16	2.3	17	86	4	51	2	15	0	81	0.80
22502983--22503051	29	2.4	28	80	11	68	68	4	1	26	1.17
22502983--22503051	31	2.3	30	80	7	77	68	4	1	26	1.17
22503072--22503327	59	4.3	60	78	4	243	35	5	20	38	1.76
22503072--22503343	30	9.2	30	78	6	173	35	5	20	37	1.77
22521805--22521844	21	2.0	21	90	5	64	25	15	15	45	1.84
22523477--22523516	20	2.0	20	100	0	80	20	20	10	50	1.76
22524663--22524692	15	2.0	15	100	0	60	26	6	13	53	1.64
22526081--22526119	14	2.7	14	88	11	53	66	0	15	17	1.25
22526070--22526119	14	3.8	13	78	21	52	70	0	16	14	1.18
22528042--22528102	32	1.9	32	93	0	104	32	11	18	37	1.86
22543815--22543853	13	2.9	13	81	7	51	74	0	23	2	0.94
22543820--22543853	13	2.5	14	85	4	52	73	0	26	0	0.83
22547946--22547988	18	2.4	18	100	0	86	32	20	16	30	1.95
22560224--22560251	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
22579304--22582947	215	17.0	214	80	4	3690	29	17	13	39	1.88
22579313--22582947	431	8.5	429	81	4	3996	29	17	13	39	1.88
22581058--22582947	216	8.8	216	80	3	1943	29	17	13	39	1.88
22583924--22584041	48	2.5	48	90	4	179	52	14	8	24	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22587120--22587163	17	2.5	18	88	3	63	2	15	2	79	0.93
22589335--22589376	18	2.3	18	88	8	59	11	9	4	73	1.22
22590478--22590596	48	2.5	48	88	1	166	52	14	8	25	1.69
22590907--22593172	215	10.6	215	78	7	1426	29	16	13	39	1.87
22591577--22593169	215	7.4	214	82	4	1744	29	17	13	40	1.88
22591577--22593171	430	3.7	428	83	4	1946	28	17	13	40	1.88
22591577--22597547	645	9.1	645	71	13	2522	29	17	13	39	1.88
22593038--22593309	138	2.0	136	88	1	400	28	16	14	40	1.88
22593175--22596190	215	14.1	215	79	4	3045	29	17	13	39	1.88
22593175--22597547	430	10.3	428	81	5	4465	29	17	13	39	1.88
22596189--22597547	215	6.4	213	80	4	1405	29	17	13	40	1.87
22598463--22598500	15	2.5	15	86	0	58	23	28	23	23	1.99
22601816--22601953	50	2.7	50	81	9	154	36	10	16	35	1.84
22605901--22606043	50	2.8	50	84	5	171	36	11	15	36	1.84
22606245--22606277	17	1.9	17	88	11	50	66	6	0	27	1.15
22609084--22609179	30	3.2	30	67	21	92	18	20	26	34	1.96
22609041--22609186	60	2.4	60	88	0	220	19	21	24	34	1.96
22609331--22610071	216	3.4	216	84	2	1013	40	14	17	27	1.89
22609248--22610071	431	1.9	418	86	4	1166	40	14	16	28	1.88
22611463--22611509	5	9.4	5	90	0	67	74	2	19	4	1.09
22617559--22618878	201	6.4	202	74	13	924	41	15	15	27	1.87
22618144--22618534	200	2.0	200	85	3	527	40	15	16	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22617560--22618878	617	2.1	617	86	2	1846	41	15	15	27	1.87
22619503--22619561	18	3.3	18	78	2	66	13	8	3	74	1.17
22620742--22620884	50	2.8	50	81	5	153	36	11	16	35	1.85
22621083--22621115	17	1.9	17	88	11	50	66	6	0	27	1.15
22622424--22623590	216	5.5	214	80	6	1259	41	14	15	28	1.87
22623086--22623475	200	1.9	200	86	5	547	38	16	15	28	1.89
22624328--22631372	832	8.4	829	81	7	6644	40	14	16	28	1.88
22626475--22627609	214	5.4	215	77	11	1147	40	14	16	28	1.88
22627106--22627491	199	1.9	199	85	2	522	39	14	17	29	1.89
22627458--22627776	169	1.9	170	85	3	446	39	14	17	29	1.88
22627628--22631372	431	8.8	430	80	6	3897	40	14	17	28	1.89
22627628--22631372	216	17.6	216	80	5	3909	40	14	17	28	1.89
22632857--22634554	214	7.9	214	83	4	1893	40	14	16	28	1.88
22632857--22634554	431	3.9	428	83	4	1970	40	14	16	28	1.88
22637379--22637407	13	2.3	13	94	5	51	13	0	17	68	1.20
22637920--22638075	79	2.0	79	92	2	260	26	14	21	36	1.93
22638519--22638695	47	3.7	47	93	2	291	54	13	8	23	1.66
22639123--22640301	432	2.8	426	82	6	1360	40	15	16	27	1.88
22640170--22640437	136	2.0	136	90	1	430	37	16	19	26	1.92
22639958--22640653	352	2.0	348	85	5	938	39	15	17	27	1.90
22640306--22642150	216	8.8	214	78	9	1823	40	14	16	27	1.88
22640599--22642036	202	7.0	201	71	15	853	41	14	16	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22640320--22641985	416	4.0	415	78	9	1545	40	14	16	27	1.88
22640306--22642122	629	2.9	626	86	5	2336	40	14	17	27	1.88
22641152--22642121	413	2.3	419	81	6	1098	40	14	17	27	1.88
22641998--22642306	169	1.8	169	86	4	444	38	15	17	29	1.90
22642167--22643292	214	5.2	214	81	4	1255	39	15	16	28	1.89
22642167--22643292	431	2.6	430	85	3	1482	39	15	16	28	1.89
22643173--22643214	21	2.0	21	86	4	59	50	16	7	26	1.71
22643635--22643675	8	4.8	9	91	8	68	26	0	12	60	1.31
22643635--22643675	17	2.4	17	100	0	82	26	0	12	60	1.31
22644959--22645013	24	2.2	24	76	17	60	52	5	14	27	1.63
22647054--22647092	13	2.9	14	80	7	53	66	0	28	5	1.12
22651381--22651937	215	2.7	208	80	7	569	41	14	16	26	1.87
22653486--22653541	24	2.3	24	90	0	85	1	21	5	71	1.15
22653486--22653541	12	4.7	12	71	8	51	1	21	5	71	1.15
22655061--22655098	17	2.2	17	86	9	51	5	18	2	73	1.14
22657096--22658292	216	5.6	215	78	8	1204	40	14	16	27	1.88
22656834--22658292	432	3.4	425	79	6	1379	40	14	16	28	1.88
22657811--22658202	206	1.9	201	83	6	504	39	16	15	28	1.89
22658300--22659429	214	5.2	216	84	4	1315	40	13	16	29	1.87
22658591--22660355	931	1.9	932	82	5	2263	40	13	16	28	1.88
22659883--22660661	215	3.7	216	77	9	631	40	13	17	28	1.87
22660183--22660547	201	1.8	201	82	3	466	41	13	17	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22659439--22660661	417	2.9	412	74	12	1214	40	13	17	28	1.88
22661123--22661278	79	2.0	79	89	2	242	27	16	21	34	1.94
22661722--22661852	47	2.8	48	92	2	219	53	13	9	22	1.69
22663025--22663590	188	3.0	188	96	1	1048	36	22	11	29	1.90
22664013--22664165	80	1.9	80	92	5	256	29	15	20	34	1.93
22664608--22664751	47	3.0	45	82	11	139	50	13	11	24	1.74
22664623--22664753	47	2.8	48	89	2	192	52	13	10	22	1.71
22665116--22667262	201	10.2	216	77	9	1689	40	14	16	28	1.88
22665182--22667310	417	5.1	415	78	9	2283	40	14	16	28	1.88
22665949--22667262	214	6.2	216	78	8	1305	40	14	16	28	1.88
22665052--22667310	831	2.7	834	89	1	3487	40	14	16	27	1.88
22667308--22668153	216	3.9	214	85	2	1061	40	13	17	28	1.87
22672566--22672613	25	2.0	25	88	12	73	20	10	12	56	1.65
22673274--22674118	216	4.0	212	80	9	886	40	14	16	28	1.88
22673649--22673691	21	2.1	21	86	4	61	44	16	9	30	1.79
22674159--22680625	216	30.6	216	79	7	6284	40	14	16	28	1.88
22674802--22681910	417	16.9	415	76	10	5514	40	14	16	28	1.88
22674553--22681984	633	11.7	631	77	9	5843	40	14	16	28	1.88
22675540--22680625	215	24.0	215	79	7	4935	40	14	16	28	1.88
22680449--22680816	191	1.9	189	82	3	461	41	14	15	28	1.86
22681017--22681984	216	4.6	214	79	6	975	39	14	16	29	1.88
22681902--22682082	98	1.8	98	86	6	260	39	13	18	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22681459--22682463	515	1.9	522	81	6	1230	39	14	17	28	1.88
22682583--22683626	215	4.9	215	83	4	1241	40	14	17	27	1.88
22682230--22683626	428	3.3	424	82	6	1587	40	14	17	27	1.88
22692621--22692699	38	2.1	38	92	0	131	44	7	13	34	1.73
22696207--22696324	12	10.1	12	71	14	59	5	2	22	69	1.20
22696190--22696324	32	3.9	34	79	14	136	5	2	22	69	1.22
22696215--22696324	24	4.8	24	74	13	99	5	2	21	70	1.21
22696209--22696338	68	1.9	68	83	10	167	6	2	22	69	1.22
22698005--22698076	31	2.3	30	77	15	83	47	6	15	30	1.72
22701198--22701262	25	2.7	23	81	6	67	21	16	9	52	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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