genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032245.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_2_4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41238926

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   

This is table  93  of  132  ( 15769 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28622247--28622281	14	2.5	14	90	0	52	45	8	17	28	1.77
28622756--28622796	19	2.1	20	86	4	57	51	0	0	48	1.00
28632975--28633012	14	2.7	15	80	12	53	55	5	5	34	1.45
28633190--28633237	21	2.3	20	80	16	62	35	4	0	60	1.16
28641091--28641135	21	2.2	20	84	7	56	17	40	15	26	1.90
28641149--28641179	13	2.4	13	88	0	53	22	12	22	41	1.88
28643141--28643329	28	6.8	28	80	7	174	34	11	23	30	1.90
28643143--28643270	55	2.3	54	83	11	168	34	13	20	32	1.91
28643153--28643329	83	2.1	83	79	8	191	33	11	23	31	1.91
28650158--28650196	20	1.9	21	89	5	62	41	0	56	2	1.13
28652675--28652737	17	3.7	16	72	14	54	63	4	4	26	1.34
28652714--28652739	13	2.0	13	100	0	52	61	0	7	30	1.24
28653719--28653756	20	1.9	20	100	0	76	47	26	15	10	1.78
28653743--28653783	7	5.9	7	82	0	55	41	21	17	19	1.90
28659768--28659802	18	1.9	18	94	0	61	65	0	8	25	1.21
28660685--28660722	20	1.9	20	100	0	76	47	18	15	18	1.83
28663259--28663287	9	3.0	10	90	10	51	62	0	20	17	1.33
28668393--28668479	18	4.8	18	86	0	120	35	21	21	20	1.96
28670600--28670640	9	4.4	9	81	6	55	0	14	0	85	0.60
28670600--28670640	19	2.2	19	90	0	64	0	14	0	85	0.60
28670600--28670642	16	2.4	18	85	11	54	0	16	0	83	0.64
28671200--28671256	17	3.3	17	79	13	62	52	12	21	14	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28676213--28676242	15	2.0	15	100	0	60	26	20	20	33	1.97
28678666--28678704	14	2.8	14	81	14	53	15	17	0	66	1.25
28681652--28681702	10	4.9	10	77	15	50	76	0	19	3	0.94
28694456--28694490	18	1.9	18	88	0	52	28	5	0	65	1.15
28694528--28694566	19	2.1	19	85	0	51	35	2	2	58	1.25
28694653--28694708	16	3.5	16	95	0	103	35	5	32	26	1.79
28694690--28694783	44	2.1	44	86	7	127	30	5	26	37	1.79
28694878--28695023	58	2.5	56	82	11	179	50	1	2	46	1.21
28700232--28700266	18	1.9	18	100	0	70	42	0	17	40	1.49
28706542--28706754	72	2.9	72	90	2	318	18	27	20	33	1.96
28707651--28707864	75	2.9	74	88	1	302	18	27	21	33	1.96
28713382--28713424	18	2.4	18	88	7	61	46	0	0	53	1.00
28720924--28721033	23	4.8	23	80	8	118	41	24	23	10	1.85
28720924--28721033	46	2.4	45	78	13	134	41	24	23	10	1.85
28724913--28724955	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
28736451--28736514	29	2.2	29	81	13	69	40	1	1	56	1.18
28739104--28739334	40	5.9	40	80	6	199	15	18	30	35	1.92
28739144--28739334	80	2.4	78	85	2	231	16	18	29	35	1.93
28753801--28753856	23	2.4	23	79	5	60	16	19	37	26	1.92
28754833--28754865	17	1.9	17	93	0	57	39	3	6	51	1.42
28759837--28759866	14	2.2	14	94	5	53	30	16	10	43	1.81
28765822--28767163	667	2.0	670	96	1	2465	26	25	13	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28771024--28771053	14	2.2	14	94	5	53	30	16	10	43	1.81
28772595--28772655	27	2.2	28	82	2	79	39	19	24	16	1.92
28773126--28773278	76	2.0	76	100	0	306	35	16	27	19	1.94
28779662--28779715	28	1.9	28	85	7	74	57	11	0	31	1.34
28788138--28788178	9	4.7	9	85	14	50	53	0	2	43	1.13
28788148--28788178	16	1.9	16	93	0	53	54	0	3	41	1.16
28788200--28788281	43	1.9	42	85	7	112	62	1	9	26	1.34
28788269--28788332	19	3.4	19	71	16	53	59	4	0	35	1.18
28788347--28788379	9	3.9	9	88	11	52	72	6	0	21	1.05
28788696--28788810	9	12.4	9	69	11	72	35	0	3	60	1.20
28788757--28788817	18	3.3	18	82	13	79	40	0	1	57	1.08
28792626--28792672	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
28804100--28804141	22	2.0	21	90	4	66	28	2	0	69	1.01
28819355--28819388	13	2.7	13	95	4	61	52	0	0	47	1.00
28819354--28819400	13	3.8	12	83	8	58	46	0	0	53	1.00
28820349--28820393	23	2.0	22	87	8	65	53	0	0	46	1.00
28820367--28820407	11	3.9	11	78	9	50	60	0	0	39	0.96
28823632--28823748	62	1.9	62	84	5	159	50	3	4	41	1.38
28825553--28825599	24	2.0	24	87	8	69	48	10	14	25	1.76
28828169--28828203	12	2.8	13	87	12	56	0	28	0	71	0.86
28841754--28841802	17	2.9	17	78	0	53	51	12	18	18	1.76
28856303--28856403	41	2.4	42	78	1	105	39	13	25	20	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28856303--28856407	42	2.5	41	79	1	120	39	13	26	20	1.90
28856337--28856475	42	3.3	41	77	11	113	40	10	23	25	1.87
28862094--28862124	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
28863758--28863789	17	2.0	17	88	11	50	40	6	3	50	1.43
28863768--28863806	18	2.1	19	90	9	62	53	2	0	43	1.14
28863768--28863807	19	2.0	20	90	4	64	55	2	0	42	1.13
28863770--28863813	19	2.2	20	84	8	54	56	2	4	36	1.32
28872590--28872623	17	2.0	17	94	0	59	26	29	11	32	1.92
28878825--28878858	6	5.7	6	92	0	59	0	61	0	38	0.96
28878826--28878866	12	3.3	12	89	3	64	0	58	0	41	0.98
28881749--28881784	14	2.6	14	90	0	54	27	25	8	38	1.84
28882373--28882409	18	2.0	19	89	5	58	27	0	5	67	1.12
28882373--28882416	21	2.2	20	84	8	54	29	0	4	65	1.12
28899891--28899983	36	2.6	36	77	5	107	73	5	3	18	1.16
28899932--28899978	21	2.2	21	85	7	60	76	6	0	17	0.98
28899942--28899992	18	2.9	18	77	19	54	74	7	0	17	1.05
28901807--28902414	102	6.0	101	81	5	663	24	18	18	38	1.93
28901803--28902373	306	1.9	306	87	1	849	25	18	18	37	1.94
28903252--28903859	102	6.0	101	82	3	650	23	19	19	37	1.94
28903264--28903860	204	2.9	203	84	1	725	24	19	18	37	1.94
28903248--28903859	306	2.0	303	86	1	839	23	18	19	37	1.94
28904410--28904459	20	2.5	20	80	0	64	50	14	14	22	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28904465--28904525	20	3.0	20	80	0	68	52	3	16	27	1.59
28907680--28907740	29	2.1	29	87	3	88	27	11	31	29	1.92
28907727--28908034	58	5.3	59	80	5	311	36	3	25	34	1.75
28907721--28908034	117	2.7	117	84	3	391	35	4	26	33	1.76
28908106--28908433	162	2.0	162	83	2	408	43	14	16	25	1.85
28909359--28909405	22	2.1	23	84	4	60	25	12	23	38	1.90
28909993--28910081	6	14.8	6	72	16	69	55	2	2	40	1.25
28909994--28910051	17	3.6	17	75	13	68	55	1	3	39	1.27
28909994--28910083	31	3.0	29	86	4	108	56	2	2	38	1.24
28910031--28910074	23	1.9	23	90	0	70	59	0	2	38	1.10
28910000--28910074	11	6.9	11	72	14	66	57	1	2	38	1.21
28922071--28922107	18	2.1	18	85	14	51	54	0	2	43	1.14
28923383--28923442	31	2.0	31	83	9	79	53	10	15	21	1.70
28924141--28924174	18	1.9	18	88	5	52	76	20	2	0	0.92
28925696--28925743	17	2.8	17	83	0	69	18	22	33	25	1.97
28927139--28927164	6	4.3	6	100	0	52	34	0	65	0	0.93
28930538--28930673	28	4.7	29	68	21	79	33	2	33	31	1.70
28930543--28930638	30	3.2	30	69	18	83	36	2	30	31	1.69
28930543--28930673	58	2.2	58	91	1	208	34	1	31	32	1.67
28930590--28930703	29	3.9	29	71	13	92	32	0	29	36	1.64
28930648--28930886	30	8.0	30	85	6	254	35	3	23	37	1.73
28930648--28930883	90	2.6	89	83	3	287	35	3	22	38	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28930954--28931302	163	2.1	162	83	6	436	44	12	17	26	1.84
28932671--28932709	20	2.0	20	85	10	53	15	12	48	23	1.79
28935233--28935492	29	8.8	30	74	11	119	35	27	2	33	1.71
28935203--28935495	30	9.9	30	76	8	203	35	26	2	34	1.71
28935217--28935495	59	4.7	59	78	6	262	35	26	2	34	1.72
28935216--28935495	118	2.4	118	81	4	334	36	26	2	34	1.71
28935216--28935532	118	2.7	115	77	7	316	35	27	2	35	1.70
28944466--28944565	30	3.4	30	81	11	120	39	2	26	33	1.68
28944466--28944566	29	3.5	30	82	15	115	39	1	25	32	1.67
28945617--28945647	15	2.1	15	93	0	53	38	0	3	58	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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