genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032245.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_2_4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41238926

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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          129   130   131   132   

This is table  8  of  132  ( 15769 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2089920--2089976	25	2.2	26	87	6	89	47	1	1	49	1.22
2090609--2090677	17	4.1	16	83	12	77	52	2	1	43	1.25
2090626--2090680	6	9.7	6	76	11	62	52	1	1	43	1.22
2090625--2090687	11	5.5	11	83	5	81	53	1	3	41	1.26
2091393--2091656	30	8.8	30	78	3	226	35	20	3	40	1.68
2091389--2091656	60	4.5	59	81	6	254	35	22	2	39	1.69
2091392--2091618	90	2.5	90	83	3	269	37	21	2	38	1.68
2099679--2099707	3	9.7	3	100	0	58	65	0	34	0	0.93
2108250--2108279	15	2.0	15	100	0	60	40	20	20	20	1.92
2108253--2108286	15	2.3	15	89	0	50	47	17	17	17	1.84
2108308--2108464	42	3.7	42	88	2	244	28	26	21	24	1.99
2108308--2108488	85	2.1	84	86	1	254	28	27	18	24	1.98
2111246--2111330	31	2.7	31	87	3	118	38	2	4	54	1.34
2117801--2117829	14	2.1	14	100	0	58	44	13	13	27	1.82
2124842--2124899	25	2.4	24	83	11	73	44	0	3	51	1.18
2124847--2124899	24	2.1	26	89	6	83	49	0	3	47	1.19
2128586--2128641	18	3.2	18	82	2	69	51	16	7	25	1.69
2128586--2128624	9	4.3	9	83	0	51	46	17	10	25	1.80
2130548--2130581	17	2.0	17	94	0	59	47	26	5	20	1.73
2131325--2131353	14	2.1	14	93	6	51	44	0	6	48	1.29
2141356--2141396	19	2.2	19	86	0	55	58	0	4	36	1.20
2145364--2145396	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2146882--2147284	29	13.8	29	80	10	358	36	2	23	37	1.68
2146928--2147284	59	6.1	59	82	8	349	36	1	23	37	1.67
2146916--2147276	88	4.1	88	80	10	364	37	1	24	36	1.67
2148054--2148093	20	2.0	20	90	0	62	27	5	5	62	1.37
2149197--2149939	99	7.5	99	75	5	425	16	31	17	34	1.92
2149354--2149929	149	3.9	149	75	7	407	15	33	16	34	1.91
2149197--2149939	198	3.8	197	77	6	596	16	31	17	34	1.92
2149204--2149945	347	2.1	345	79	3	785	16	31	16	34	1.92
2149199--2149972	50	15.6	50	71	8	361	16	32	16	34	1.91
2155721--2155987	29	9.2	29	72	12	190	37	2	25	35	1.70
2155804--2155980	57	3.1	57	77	4	185	35	1	27	35	1.65
2156595--2156623	10	2.9	10	100	0	58	10	51	31	6	1.62
2157028--2157067	20	2.0	20	90	0	62	27	5	5	62	1.37
2158089--2158122	17	2.0	17	88	0	50	35	0	5	58	1.22
2162200--2162271	37	1.9	37	97	0	135	36	6	25	31	1.82
2162721--2162836	55	2.1	55	82	3	135	24	13	15	46	1.82
2173913--2174004	31	2.9	32	82	6	89	43	13	16	27	1.84
2178647--2178718	30	2.4	31	76	9	76	36	12	15	36	1.85
2179119--2179150	10	3.2	10	95	0	55	0	50	12	37	1.41
2179118--2179147	14	2.1	14	93	0	51	0	50	10	40	1.36
2181164--2181211	24	2.0	24	87	0	69	50	8	18	22	1.74
2187325--2187359	17	2.1	17	94	0	61	48	0	2	48	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2196808--2196938	21	6.7	20	73	20	116	52	3	1	42	1.26
2196808--2196983	59	2.9	59	92	2	271	52	3	2	41	1.32
2196967--2197023	25	2.2	26	81	9	73	52	5	0	42	1.24
2197679--2197740	22	2.8	22	87	4	81	37	0	3	59	1.13
2199051--2199127	17	4.4	17	75	15	68	45	0	2	51	1.14
2199041--2199128	31	3.0	31	83	6	103	45	0	3	51	1.18
2199051--2199158	6	18.0	6	73	14	80	50	0	1	47	1.18
2199041--2199119	11	6.9	11	72	18	54	43	0	3	53	1.19
2199078--2199150	31	2.4	30	81	9	85	54	0	1	43	1.08
2199187--2199225	12	2.9	14	81	14	55	38	28	17	15	1.91
2200036--2200079	24	1.9	24	86	9	65	68	2	20	9	1.28
2200839--2201208	30	12.3	30	91	0	580	36	23	4	35	1.74
2201232--2201511	30	9.5	27	65	20	100	33	27	5	34	1.78
2201200--2201519	59	5.4	58	85	4	381	32	28	5	33	1.80
2201200--2201519	177	1.8	178	84	3	448	32	28	5	33	1.80
2201199--2201519	118	2.7	117	84	5	423	32	28	5	33	1.80
2201199--2201556	118	3.0	115	81	6	405	31	28	5	34	1.81
2202838--2202888	2	25.5	2	95	0	93	50	0	0	49	1.00
2203235--2203295	31	2.0	31	83	0	77	37	8	14	39	1.76
2207993--2208052	30	2.0	30	83	9	77	53	8	16	21	1.69
2208101--2208160	28	2.1	28	84	6	77	26	10	28	35	1.89
2208232--2208311	30	2.6	30	90	2	115	37	2	25	35	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2210281--2210344	6	11.2	6	75	9	62	57	3	0	39	1.14
2210284--2210332	17	2.9	17	87	6	73	59	2	0	38	1.09
2210284--2210333	16	3.1	16	91	2	73	58	2	0	40	1.10
2210281--2210345	23	2.9	22	79	11	69	58	3	0	38	1.14
2211553--2211605	3	17.7	3	100	0	106	67	0	0	32	0.91
2221168--2221196	11	2.6	11	100	0	58	20	6	41	31	1.79
2221166--2221199	11	2.8	12	86	13	52	20	8	38	32	1.84
2222466--2222513	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
2224971--2225022	21	2.5	21	100	0	104	11	13	38	36	1.81
2225066--2225138	21	3.5	21	84	0	92	26	17	26	30	1.98
2225804--2225832	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
2230240--2230275	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
2232084--2232140	27	2.0	27	86	10	78	38	0	10	50	1.37
2233737--2233805	23	3.0	21	67	18	57	37	13	5	43	1.67
2236485--2236552	3	22.7	3	100	0	136	0	33	0	66	0.92
2240920--2240988	27	2.4	28	83	11	86	26	8	10	55	1.62
2242069--2242095	5	5.4	5	100	0	54	22	0	0	77	0.76
2242075--2242129	26	2.0	28	86	6	78	23	0	7	69	1.14
2243354--2243500	72	2.0	72	86	0	204	23	17	36	22	1.95
2245388--2245427	17	2.4	16	84	8	53	52	17	5	25	1.64
2255353--2255408	13	4.3	13	71	8	51	35	0	1	62	1.06
2255524--2255573	13	3.9	13	76	5	57	58	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2255464--2255747	93	3.1	91	86	5	367	50	8	7	33	1.60
2257365--2257422	29	2.0	29	86	6	82	41	12	5	41	1.64
2257744--2257924	94	1.9	92	86	4	256	36	7	6	50	1.55
2270947--2270983	19	1.9	19	94	0	65	43	18	8	29	1.79
2277032--2277091	30	1.9	32	83	6	79	33	1	10	55	1.43
2279328--2279369	20	2.1	20	86	8	59	40	4	2	52	1.35
2282518--2282599	39	2.2	37	86	8	112	35	1	1	62	1.11
2282547--2282602	10	5.7	10	77	12	62	33	0	0	66	0.92
2282620--2282828	56	3.7	55	79	4	175	44	7	15	32	1.75
2282644--2282828	57	3.3	56	84	8	216	45	7	15	31	1.74
2283136--2283190	22	2.5	22	79	5	58	23	0	7	69	1.14
2291397--2291519	62	2.0	61	80	4	140	39	15	4	41	1.66
2291534--2291561	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2299561--2299603	14	3.1	13	75	18	50	60	4	0	34	1.17
2299546--2299622	29	2.7	29	79	2	84	59	6	2	31	1.36
2301975--2302018	23	1.9	23	95	0	79	38	25	18	18	1.92
2303132--2303166	14	2.6	14	86	4	54	34	0	0	65	0.93
2305299--2305331	16	2.0	17	94	5	59	54	12	0	33	1.37
2305656--2305713	30	1.9	30	89	0	89	46	3	1	48	1.29
2311723--2311764	19	2.3	19	87	4	59	52	2	0	45	1.13
2312023--2312060	16	2.4	16	90	0	58	39	0	23	36	1.55
2312011--2312160	62	2.4	62	95	0	264	34	6	20	38	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2312284--2312403	62	1.9	62	89	3	188	54	0	1	43	1.16
2320854--2320903	25	2.0	25	84	0	64	50	2	0	48	1.12
2320898--2320936	17	2.3	17	86	0	51	46	5	5	43	1.48
2321663--2321688	8	3.2	8	100	0	52	26	0	0	73	0.84
2325278--2325369	42	2.2	42	100	0	184	38	8	6	46	1.61
2341153--2341490	138	2.5	132	77	10	335	37	19	7	35	1.80
2342955--2342983	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
2354695--2354947	126	2.0	128	89	5	388	28	23	19	28	1.98
2354969--2355014	12	3.8	12	81	16	51	26	0	34	39	1.57
2357179--2357203	12	2.1	12	100	0	50	44	16	24	16	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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