genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032245.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_2_4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41238926

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   

This is table  90  of  132  ( 15769 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27636750--27636902	60	2.6	59	80	7	182	35	7	21	35	1.81
27637910--27637942	16	2.1	16	88	11	50	78	0	0	21	0.75
27638491--27638699	40	5.3	40	68	13	162	23	19	24	31	1.98
27638473--27638735	40	6.7	38	69	15	160	25	16	25	33	1.96
27638472--27638735	79	3.3	79	84	1	359	25	16	25	32	1.96
27638800--27638911	50	2.2	50	82	6	129	21	25	18	34	1.96
27641851--27641881	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
27642014--27642230	60	3.6	59	80	7	226	33	7	21	37	1.82
27642014--27642217	90	2.3	90	76	5	207	32	7	21	38	1.81
27642014--27642221	30	6.9	31	75	7	169	32	7	21	38	1.82
27647896--27647920	12	2.1	12	100	0	50	24	32	8	36	1.84
27649676--27649747	33	2.2	32	81	13	85	25	6	19	48	1.73
27652267--27652600	98	3.4	98	77	8	268	20	23	13	41	1.89
27652279--27652600	49	6.6	47	80	8	231	20	24	13	41	1.89
27652390--27652600	97	2.2	98	82	3	255	22	25	12	39	1.89
27680474--27680522	25	2.0	25	87	0	71	51	10	22	16	1.74
27681941--27682455	258	2.0	258	86	5	722	38	17	15	28	1.90
27686085--27686132	25	1.9	25	83	8	62	37	18	16	27	1.92
27688355--27688522	83	2.0	83	100	0	336	41	9	5	42	1.62
27689201--27689244	5	8.6	5	95	5	79	0	56	0	43	0.99
27689561--27689593	16	2.2	15	89	10	50	39	0	3	57	1.14
27690755--27690797	15	2.7	16	82	10	52	69	0	9	20	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27692725--27692799	24	3.1	24	88	0	105	18	28	18	34	1.95
27696561--27696605	21	2.1	22	87	4	65	31	17	17	33	1.94
27697142--27697216	26	2.9	26	83	0	87	22	25	20	32	1.98
27697380--27697604	24	9.4	24	91	0	342	20	25	19	34	1.96
27698725--27698784	3	20.0	3	100	0	120	66	0	33	0	0.92
27700812--27700902	26	3.3	26	64	21	67	37	6	18	37	1.77
27700798--27700912	58	2.0	58	100	0	230	35	6	20	36	1.80
27702628--27702674	24	2.0	24	87	4	69	25	12	8	53	1.67
27702654--27702705	26	2.0	26	96	0	95	34	9	7	48	1.65
27710536--27710578	20	2.3	18	88	8	59	53	2	39	4	1.34
27710987--27711029	17	2.5	17	88	0	59	16	11	16	55	1.68
27713126--27713172	24	2.0	23	84	12	60	25	12	10	51	1.72
27713386--27713467	34	2.4	34	78	15	89	30	21	20	26	1.98
27732912--27732943	14	2.3	14	94	0	55	84	0	0	15	0.63
27746857--27746894	13	2.7	15	88	8	53	50	10	2	36	1.51
27746857--27746913	26	2.1	28	87	6	82	49	10	5	35	1.60
27749768--27749805	13	2.7	15	88	8	53	50	10	2	36	1.51
27749768--27749824	26	2.1	28	87	6	82	49	10	5	35	1.60
27759636--27759699	12	5.3	12	77	7	67	71	12	4	10	1.27
27759636--27759732	24	4.1	23	77	9	97	68	15	6	10	1.38
27759648--27759732	24	3.7	23	79	7	100	68	14	7	10	1.39
27759695--27759747	22	2.4	22	83	3	70	62	20	9	7	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27759729--27759797	22	3.2	21	78	8	75	66	20	5	7	1.37
27759737--27759799	22	2.9	22	80	7	83	66	22	4	6	1.33
27759738--27759811	22	3.4	21	78	12	78	63	22	5	8	1.42
27762051--27762304	69	3.7	69	79	1	233	33	22	20	23	1.98
27762081--27762337	137	1.9	137	82	4	329	33	23	19	23	1.97
27762413--27762523	58	1.9	58	92	0	186	36	14	9	38	1.79
27765584--27765636	26	2.1	26	82	3	63	49	7	9	33	1.64
27769189--27769270	40	2.0	40	90	4	130	35	13	14	36	1.86
27772636--27772690	27	2.0	27	82	6	67	9	20	3	67	1.34
27788323--27788373	25	2.1	25	85	10	70	21	13	13	50	1.76
27790239--27790393	55	2.8	55	87	1	195	26	18	25	29	1.98
27799152--27799196	20	2.2	20	84	4	54	28	26	11	33	1.91
27805377--27805433	21	2.8	21	82	10	57	66	3	17	12	1.37
27822320--27822359	15	2.7	15	88	0	53	35	5	22	37	1.76
27830736--27830784	26	1.9	26	83	4	64	14	10	10	65	1.47
27835360--27835403	9	4.8	10	81	16	51	0	31	0	68	0.90
27835360--27835403	12	3.7	11	82	11	52	0	31	0	68	0.90
27837256--27837293	14	2.6	15	87	4	51	68	7	10	13	1.39
27847091--27847169	37	2.1	38	83	6	99	32	20	12	34	1.90
27850693--27850725	5	6.4	5	96	3	57	21	0	0	78	0.75
27855640--27855752	36	3.1	36	86	5	156	42	9	13	34	1.77
27855640--27855770	12	11.0	12	80	1	138	41	10	14	33	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27859397--27859447	2	25.5	2	100	0	102	0	49	0	50	1.00
27860419--27860737	49	6.5	49	69	10	168	19	25	17	38	1.92
27860405--27860597	98	2.0	98	83	4	246	17	25	19	38	1.92
27860413--27860624	98	2.2	98	79	5	223	18	24	18	37	1.94
27860405--27860738	148	2.3	149	78	3	352	18	25	17	38	1.93
27861034--27861155	60	2.0	60	98	0	235	25	13	16	45	1.83
27872747--27872782	2	18.0	2	100	0	72	0	50	0	50	1.00
27873042--27873077	14	2.6	14	91	4	56	19	16	38	25	1.92
27875597--27875729	47	2.8	47	88	0	167	43	22	14	19	1.87
27875590--27875748	47	3.4	47	82	0	129	46	20	13	19	1.83
27879666--27879693	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
27886399--27886626	51	4.5	51	93	0	393	30	24	13	31	1.94
27890308--27890860	49	11.3	48	84	4	622	33	14	28	23	1.94
27890304--27890860	98	5.7	97	84	3	686	33	14	28	23	1.94
27890304--27890860	147	3.8	147	87	2	778	33	14	28	23	1.94
27892821--27892846	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
27895252--27895299	23	2.1	23	96	0	87	29	27	4	39	1.75
27900989--27901015	6	4.5	6	100	0	54	85	0	0	14	0.61
27900979--27901146	10	18.4	9	69	15	62	67	0	2	30	1.04
27900980--27901146	19	8.6	19	69	18	87	67	0	2	30	1.04
27901087--27901147	18	3.3	18	80	15	79	65	0	0	34	0.93
27901087--27901147	28	2.2	28	85	5	79	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27900979--27901158	79	2.3	78	79	14	210	66	0	2	30	1.10
27901387--27901437	18	2.8	18	90	3	75	29	1	1	66	1.13
27910996--27911264	36	7.2	38	73	11	173	43	12	14	29	1.83
27911067--27911346	74	3.8	72	76	11	241	45	13	13	27	1.81
27911036--27911300	110	2.4	111	83	7	308	44	13	13	28	1.81
27911030--27911332	38	8.2	38	74	14	197	44	14	13	28	1.82
27911066--27911362	38	8.1	35	71	18	119	45	14	13	26	1.82
27911443--27911476	17	1.9	18	94	5	61	70	0	0	29	0.87
27914148--27914185	20	1.9	20	89	10	60	42	23	2	31	1.68
27914686--27914747	22	3.0	20	77	11	70	20	1	30	46	1.60
27915206--27915618	36	11.3	36	81	7	426	37	13	22	27	1.91
27915206--27915618	74	5.6	74	80	6	450	37	13	22	27	1.91
27915207--27915618	110	3.8	109	82	5	474	37	13	21	27	1.91
27915604--27915937	141	2.4	140	86	3	449	31	21	20	26	1.98
27916501--27916533	7	4.7	7	100	0	66	15	15	12	57	1.65
27916841--27917248	227	1.8	222	88	3	629	33	12	12	41	1.81
27919488--27919516	14	2.1	14	100	0	58	44	13	27	13	1.82
27924039--27924077	6	6.7	6	97	2	71	35	33	0	30	1.58
27928528--27928824	39	7.4	39	78	7	247	30	26	16	27	1.96
27928579--27928816	81	3.0	80	87	2	352	31	26	16	24	1.96
27928527--27928824	120	2.5	117	78	9	278	30	26	16	27	1.96
27934354--27934398	7	6.6	7	79	20	51	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27934424--27934458	16	2.2	16	94	0	61	62	0	0	37	0.95
27945863--27946547	340	2.0	340	89	0	1039	34	20	15	29	1.93
27948205--27948243	19	2.0	21	90	10	64	51	10	12	25	1.71
27948335--27948370	18	1.9	19	88	5	56	0	27	19	52	1.46
27958393--27958546	80	1.9	80	89	0	236	30	25	20	23	1.98
27958585--27958733	81	1.8	81	85	2	210	29	25	21	23	1.99
27968133--27968166	18	1.9	18	88	5	52	32	32	0	35	1.58
28000699--28000729	4	7.8	4	100	0	62	25	0	22	51	1.48
28000894--28000942	20	2.5	20	82	0	62	38	14	10	36	1.80
28003947--28004007	17	3.5	17	86	2	86	52	13	14	19	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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