genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032245.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_2_4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41238926

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   

This is table  63  of  132  ( 15769 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17715307--17715356	20	2.4	21	81	15	52	46	0	10	44	1.37
17720232--17720274	20	2.1	21	86	4	61	44	0	0	55	0.99
17720167--17720768	203	2.8	207	83	9	752	50	2	5	41	1.39
17722619--17722648	10	3.0	10	100	0	60	40	10	10	40	1.72
17723826--17723878	25	2.1	25	85	3	70	32	0	9	58	1.30
17727257--17727366	28	3.9	28	97	0	202	21	30	17	30	1.96
17732507--17732560	28	1.9	28	96	0	99	22	25	16	35	1.95
17736868--17737096	23	10.0	23	86	0	314	46	14	3	34	1.64
17738280--17738348	29	2.3	30	80	12	79	47	17	14	20	1.82
17746618--17746677	23	2.8	21	71	24	54	58	3	0	38	1.15
17755032--17755166	51	2.6	50	82	5	164	26	20	14	37	1.92
17758465--17758624	51	3.1	51	90	2	223	29	22	14	33	1.93
17758709--17758894	51	3.6	51	89	0	255	28	22	16	33	1.95
17758388--17758870	244	2.0	245	93	0	833	28	22	14	33	1.94
17758709--17758894	102	1.8	103	88	3	286	28	22	16	33	1.95
17767496--17767720	36	6.2	36	85	1	290	31	10	22	36	1.88
17767490--17767720	72	3.2	72	88	1	329	31	9	22	35	1.87
17768115--17768412	23	13.0	23	87	1	418	33	4	13	49	1.60
17769762--17769831	21	3.3	21	89	0	95	15	34	24	25	1.95
17770898--17771022	26	4.8	26	69	3	81	36	22	13	27	1.92
17770879--17771022	52	2.8	52	79	0	126	36	23	13	26	1.93
17780153--17780189	19	1.9	19	89	10	58	70	10	8	10	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17793016--17793086	9	7.8	9	70	9	54	5	14	1	78	0.99
17794072--17794108	11	3.3	11	85	7	56	18	10	0	70	1.16
17802339--17802452	34	3.4	34	88	0	174	34	7	13	44	1.72
17813585--17813649	31	2.1	31	91	0	103	23	21	12	43	1.86
17818285--17818317	15	2.2	15	94	0	57	33	6	6	54	1.50
17823557--17823616	30	2.0	31	83	6	79	38	8	15	38	1.77
17825842--17826035	26	7.5	26	74	2	129	24	15	25	34	1.95
17825821--17825995	52	3.4	52	82	0	233	26	15	23	34	1.94
17825836--17826025	104	1.8	104	83	2	256	24	15	25	34	1.95
17828451--17828725	23	12.0	23	89	0	415	48	13	4	33	1.62
17829120--17829350	36	6.4	36	85	0	327	33	25	9	30	1.89
17830531--17831101	305	1.9	304	85	2	797	32	18	19	28	1.96
17835726--17835781	11	5.2	11	76	18	55	78	3	1	16	0.97
17835728--17835780	15	3.6	14	79	20	56	77	3	1	16	1.01
17835726--17835782	22	2.6	22	78	15	64	77	3	1	17	1.00
17836022--17836062	14	3.0	14	82	7	57	63	2	12	21	1.40
17836979--17837024	21	2.1	22	88	4	67	36	21	30	10	1.88
17837831--17837962	50	2.7	49	73	16	119	25	13	21	38	1.91
17837912--17838616	102	6.9	102	87	0	858	28	17	17	36	1.93
17838022--17838293	50	5.4	50	68	8	208	29	19	15	35	1.93
17838890--17839139	100	2.5	98	76	7	243	27	17	18	36	1.94
17839109--17839947	102	8.2	101	82	3	878	27	18	17	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17839096--17839915	204	4.0	203	84	3	1002	27	18	17	36	1.93
17839109--17839915	306	2.6	305	83	1	997	27	18	17	36	1.93
17845662--17845724	27	2.3	27	80	2	81	33	14	1	50	1.52
17848358--17848448	29	3.1	29	87	3	121	45	17	15	21	1.86
17859339--17859582	52	4.7	52	81	7	282	26	13	22	38	1.91
17859338--17859582	104	2.4	104	83	3	316	26	13	22	37	1.91
17866547--17866581	18	1.9	18	94	0	61	42	0	0	57	0.99
17869744--17869776	17	1.9	17	93	0	57	45	6	24	24	1.75
17879009--17879063	21	2.7	19	84	13	74	9	20	0	70	1.13
17880138--17880251	56	2.0	56	98	0	219	34	11	21	32	1.89
17883628--17883691	30	2.1	30	85	0	83	48	3	1	46	1.27
17885333--17885456	62	2.0	62	85	6	171	37	10	12	38	1.78
17887910--17887959	20	2.6	18	79	17	55	44	0	14	42	1.44
17887913--17887964	22	2.4	23	75	18	58	40	0	15	44	1.46
17889920--17889968	20	2.5	19	90	6	80	8	14	0	77	0.98
17890920--17890987	7	9.4	7	84	9	75	69	0	17	13	1.20
17890941--17890987	15	3.1	16	85	14	64	74	0	12	12	1.07
17893150--17893184	12	2.8	12	86	4	52	74	0	2	22	0.95
17894120--17894169	20	2.6	18	79	17	55	44	0	14	42	1.44
17894123--17894174	22	2.4	23	75	18	58	40	0	15	44	1.46
17895616--17895661	24	1.9	23	86	8	65	56	6	4	32	1.45
17897884--17898094	36	6.0	36	77	4	232	32	9	22	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17898497--17898739	23	10.0	23	79	9	261	32	4	13	48	1.63
17898497--17898823	46	6.6	46	75	15	294	33	4	13	48	1.62
17898605--17898672	34	2.0	34	82	0	82	32	4	13	50	1.61
17898562--17898716	80	1.9	80	88	0	229	31	3	14	50	1.61
17898536--17898820	103	2.8	103	91	0	462	32	4	13	49	1.61
17898582--17898822	80	3.0	80	81	6	240	33	4	13	49	1.61
17898708--17898776	34	2.0	34	85	0	93	31	4	14	49	1.63
17898742--17898822	23	3.5	23	89	1	117	35	3	11	49	1.56
17906590--17908798	216	10.4	214	74	11	1439	39	14	16	28	1.89
17906590--17922376	432	36.8	432	82	4	17234	39	14	16	28	1.89
17907570--17909000	216	7.0	195	72	15	622	40	15	16	27	1.89
17908807--17922375	216	63.1	216	83	3	15414	39	14	16	28	1.89
17922288--17922460	84	2.1	84	84	0	220	35	11	20	31	1.89
17922372--17923222	214	4.0	216	82	3	1020	40	14	15	28	1.88
17922376--17923228	427	2.0	426	84	2	1109	40	14	15	28	1.87
17929025--17929065	16	2.6	16	80	0	55	41	14	26	17	1.88
17930568--17930614	18	2.6	19	80	10	62	74	12	10	2	1.16
17938618--17938717	36	2.8	37	83	3	123	22	25	17	36	1.95
17941835--17941880	22	2.1	22	88	8	67	6	19	6	67	1.36
17946660--17946694	18	1.9	18	88	0	52	8	28	5	57	1.52
17953642--17953792	26	5.9	25	81	2	126	23	19	25	31	1.98
17956096--17956151	27	2.1	27	86	0	76	33	21	19	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17959330--17959560	57	4.1	56	83	2	266	21	18	8	51	1.73
17959309--17959553	85	2.9	86	83	3	273	22	17	8	51	1.73
17959330--17959560	28	8.2	28	82	3	230	21	18	8	51	1.73
17959938--17960084	45	3.4	45	72	15	137	38	6	16	38	1.75
17959958--17960077	41	2.8	41	77	12	125	35	6	17	40	1.76
17959958--17960118	86	1.9	86	80	2	189	34	6	17	41	1.74
17961867--17962232	29	12.8	29	76	12	251	34	27	3	34	1.73
17961867--17961979	30	3.8	30	83	3	131	30	29	5	34	1.80
17962069--17962207	59	2.4	58	82	2	163	36	30	2	30	1.70
17961981--17962232	88	2.9	86	79	4	254	36	26	2	34	1.70
17969638--17969813	23	7.6	23	75	10	135	45	19	22	12	1.84
17969638--17969788	69	2.2	67	84	9	187	46	18	21	13	1.83
17969661--17969813	23	6.5	23	80	7	139	44	19	24	11	1.84
17974321--17974964	99	6.5	98	79	3	562	34	17	31	16	1.93
17974321--17974934	148	4.1	146	81	5	581	34	17	31	16	1.92
17974281--17974945	247	2.7	245	81	4	750	33	17	31	16	1.93
17974321--17974951	49	12.8	49	76	4	462	34	17	31	16	1.93
17975169--17975326	85	1.9	85	83	2	210	34	14	23	27	1.94
17977322--17977670	29	11.9	29	78	8	271	36	26	2	34	1.70
17977504--17977666	88	1.9	86	87	2	236	38	30	0	31	1.62
17979214--17979285	36	2.1	36	86	5	103	33	5	15	45	1.69
17979214--17979411	34	6.0	34	73	10	139	34	4	15	46	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17980355--17980456	29	3.6	29	89	2	152	22	16	10	50	1.76
17980786--17980861	10	7.7	10	73	18	61	53	1	1	43	1.17
17980789--17980861	29	2.5	29	82	6	94	56	1	1	41	1.16
17980846--17980916	31	2.4	31	86	9	94	50	1	5	42	1.34
17982736--17982789	27	2.0	27	85	0	72	24	7	7	61	1.49
17984145--17984177	15	2.1	16	88	5	50	24	0	3	72	0.98
17987544--17987662	38	3.1	37	73	16	98	60	2	1	35	1.20
17987916--17987960	11	4.1	11	85	0	54	28	2	0	68	1.01
17987916--17988016	10	10.3	10	72	14	59	29	2	0	66	1.13
17987926--17988017	19	4.9	18	83	9	89	30	3	1	65	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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