genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032245.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_2_4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41238926

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   

This is table  89  of  132  ( 15769 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27279630--27279659	15	2.0	15	93	0	51	23	26	3	46	1.68
27287100--27287145	9	5.1	9	86	0	65	82	2	15	0	0.76
27287100--27287147	11	4.9	10	78	21	57	81	2	16	0	0.79
27287100--27287147	19	2.5	18	86	10	60	81	2	16	0	0.79
27288301--27288448	39	3.8	39	86	0	197	25	31	17	25	1.97
27288636--27288802	84	2.0	84	84	5	221	33	14	25	26	1.94
27288852--27289011	85	1.9	85	85	2	223	38	15	25	21	1.92
27288460--27289131	208	3.2	208	87	2	906	37	17	22	22	1.94
27289547--27289582	17	2.1	18	89	5	56	41	5	2	50	1.40
27290078--27290104	14	1.9	14	100	0	54	74	7	0	18	1.05
27292403--27292451	17	2.9	17	79	11	55	57	12	14	16	1.66
27313136--27313182	12	4.3	11	80	15	53	80	0	17	2	0.80
27313135--27313182	17	3.0	15	80	19	53	79	0	18	2	0.84
27316957--27317407	196	2.3	195	87	0	650	30	18	25	26	1.98
27322671--27322765	46	2.1	46	88	4	138	26	13	23	36	1.92
27322662--27322838	52	3.5	51	79	9	202	28	14	21	35	1.93
27329688--27329866	52	3.0	62	78	15	243	26	14	22	36	1.93
27329750--27329983	52	4.3	52	83	10	283	27	15	23	33	1.95
27331404--27331840	196	2.2	195	84	2	581	28	17	26	27	1.98
27340397--27340477	26	3.1	26	83	0	90	29	20	16	33	1.94
27342634--27342662	12	2.4	12	100	0	58	17	17	31	34	1.93
27346600--27346952	23	15.4	23	89	0	492	35	4	12	47	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27347052--27347147	36	2.7	36	93	1	158	25	13	25	36	1.92
27347047--27347147	35	2.9	35	90	1	157	25	13	24	35	1.93
27348900--27348954	22	2.7	21	83	10	69	27	30	18	23	1.97
27348895--27348960	20	3.2	20	79	8	69	27	28	18	25	1.98
27349084--27349132	22	2.2	22	78	7	55	28	8	6	57	1.52
27350288--27350387	40	2.5	41	80	6	114	34	6	14	46	1.69
27350288--27350378	20	4.6	20	77	4	85	31	6	15	46	1.71
27350320--27350393	20	3.6	20	83	3	67	33	5	10	50	1.60
27356381--27356455	33	2.3	33	100	0	150	54	16	24	5	1.62
27358784--27359372	295	2.0	295	99	0	1169	32	11	22	34	1.90
27374892--27374940	25	2.0	25	84	8	64	34	20	14	30	1.92
27384800--27384853	22	2.7	20	81	13	65	27	0	3	68	1.06
27384799--27384874	30	2.6	29	81	8	91	28	0	3	67	1.09
27384836--27384875	18	2.3	18	87	8	57	27	0	2	70	1.01
27387025--27387049	13	1.9	13	100	0	50	48	16	0	36	1.46
27387450--27387583	40	3.3	40	84	2	160	30	19	26	23	1.98
27387549--27387788	41	5.9	40	87	1	318	31	17	30	20	1.95
27387549--27387788	82	2.9	82	87	4	351	31	17	30	20	1.95
27389006--27389050	20	2.2	20	84	7	56	64	11	4	20	1.42
27389132--27389337	41	5.2	40	72	16	146	32	20	27	19	1.97
27392233--27392401	48	3.4	48	70	23	152	50	5	0	43	1.31
27392225--27392409	100	1.9	100	95	0	334	49	5	0	43	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27394134--27394173	21	1.9	21	89	0	62	32	17	47	2	1.61
27394503--27394602	43	2.3	43	85	0	128	22	18	26	34	1.96
27394585--27394686	42	2.4	42	83	0	123	21	18	23	36	1.95
27399741--27399791	21	2.4	21	81	9	59	23	9	31	35	1.87
27405305--27405352	19	2.5	20	89	3	71	41	18	20	18	1.90
27406214--27406313	36	2.8	36	92	0	173	34	16	28	22	1.95
27408276--27408304	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
27409667--27409721	21	2.6	21	94	0	92	25	12	21	40	1.89
27423700--27423747	13	3.7	13	81	10	62	43	20	18	16	1.88
27423700--27423766	19	3.5	19	84	8	73	40	20	17	20	1.92
27424612--27424711	36	2.8	36	95	0	182	33	17	28	22	1.96
27425281--27425730	223	2.0	223	99	0	882	32	12	18	36	1.88
27428251--27428305	21	2.6	21	94	0	92	25	12	21	40	1.89
27448583--27448620	20	1.9	20	94	0	67	39	18	23	18	1.92
27451426--27451458	2	16.5	2	100	0	66	51	48	0	0	1.00
27455670--27455718	13	3.8	13	76	10	55	44	20	18	16	1.86
27469403--27469454	21	2.5	21	96	0	95	65	3	28	1	1.21
27473194--27473224	16	1.9	16	93	0	53	61	0	16	22	1.34
27476529--27476731	19	10.7	19	79	2	174	26	17	30	25	1.97
27483770--27483908	38	3.7	38	79	2	138	34	17	24	23	1.96
27483777--27483907	19	6.9	19	73	4	86	34	18	24	22	1.96
27486224--27486255	16	2.0	16	93	0	55	53	3	18	25	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27502704--27502740	15	2.4	15	90	4	56	70	0	29	0	0.88
27502711--27502757	21	2.2	21	82	14	53	74	0	21	4	0.99
27503813--27503860	24	2.0	23	84	4	60	77	0	16	6	0.97
27505901--27505942	3	14.0	3	84	0	57	73	0	26	0	0.83
27505900--27505942	12	3.6	12	90	0	68	74	0	25	0	0.82
27505901--27505941	18	2.3	18	95	0	73	75	0	24	0	0.80
27507148--27507206	27	2.1	28	93	3	102	42	18	13	25	1.87
27518760--27518870	52	2.2	51	83	4	134	50	7	2	39	1.44
27518321--27519303	285	3.4	293	93	2	1633	45	10	3	40	1.55
27519069--27519301	50	4.7	50	67	17	119	46	10	3	39	1.55
27518321--27519306	146	6.7	146	91	3	1574	45	10	3	40	1.56
27519769--27519813	3	15.0	3	85	0	63	64	0	6	28	1.19
27519839--27519863	11	2.3	11	100	0	50	84	0	8	8	0.79
27520186--27520624	42	10.5	42	85	2	542	35	23	20	20	1.96
27521026--27521077	11	4.5	11	77	17	52	3	11	1	82	0.88
27521027--27521064	13	2.7	15	84	12	53	2	13	0	84	0.73
27529367--27529401	4	8.8	4	93	0	61	48	0	28	22	1.51
27534129--27534343	50	4.3	51	65	16	115	48	7	2	41	1.46
27534089--27535174	147	7.4	147	88	3	1537	46	9	3	41	1.52
27534596--27535108	51	10.5	50	65	15	164	46	9	2	41	1.49
27535605--27535635	12	2.6	12	89	0	53	74	0	9	16	1.07
27535668--27535693	11	2.4	11	100	0	52	84	0	7	7	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27542244--27542467	56	4.0	55	84	5	290	33	15	24	26	1.95
27542576--27542696	29	4.2	29	87	4	163	17	14	23	45	1.84
27542986--27543029	15	2.9	15	96	0	79	34	6	29	29	1.83
27558414--27558891	158	3.0	158	84	1	595	27	23	21	28	1.99
27563214--27563407	41	4.7	41	90	0	307	27	25	9	37	1.87
27563214--27563453	82	2.9	82	85	3	313	27	25	10	37	1.88
27564239--27564280	21	2.0	21	86	4	59	38	14	2	45	1.58
27564244--27564287	20	2.1	21	83	4	54	36	13	2	47	1.56
27567117--27567181	27	2.4	27	92	0	112	24	29	23	23	1.99
27572580--27572618	21	1.9	21	89	5	62	12	12	7	66	1.43
27575536--27575582	6	7.7	6	77	13	51	76	0	21	2	0.89
27575536--27575586	16	3.2	16	76	17	54	76	0	21	1	0.88
27582542--27582858	158	2.0	158	91	1	510	24	24	23	28	2.00
27582817--27582887	26	2.7	26	86	0	97	22	25	29	22	1.99
27582663--27583041	183	2.1	184	85	1	519	23	24	24	27	2.00
27585520--27585586	34	2.0	34	96	0	125	47	4	25	22	1.70
27587760--27588160	205	2.0	205	90	1	642	34	21	15	28	1.94
27596326--27596428	40	2.6	40	93	0	179	48	3	25	22	1.67
27597144--27597227	13	6.5	13	72	4	62	42	2	23	30	1.67
27598850--27598893	22	2.0	22	90	0	70	52	4	9	34	1.54
27598883--27598933	14	3.7	14	76	5	59	49	3	5	41	1.45
27598878--27598929	27	1.9	27	88	0	77	48	3	3	44	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27598883--27598940	20	2.8	20	76	2	53	50	5	6	37	1.52
27599166--27599230	22	3.0	22	90	0	103	32	26	13	27	1.94
27606300--27606334	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
27617909--27617946	21	1.9	21	89	10	62	50	0	0	50	1.00
27619086--27619233	70	2.1	71	87	5	212	33	12	12	41	1.82
27623456--27623515	31	1.9	32	93	3	104	43	10	8	38	1.68
27624010--27624188	90	2.0	90	98	0	349	40	16	6	36	1.75
27624165--27624211	24	2.0	24	83	8	60	40	4	0	55	1.19
27624210--27624250	19	2.1	20	86	13	59	41	2	0	56	1.13
27636750--27636899	30	5.0	30	76	6	133	36	7	20	36	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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