genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032245.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_2_4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41238926

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   

This is table  53  of  132  ( 15769 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14742722--14742777	6	9.7	6	78	7	53	57	5	0	37	1.22
14742722--14742777	17	3.2	17	84	2	76	57	5	0	37	1.22
14750186--14750840	209	3.1	209	86	1	859	36	18	22	22	1.95
14751212--14751275	18	3.6	17	80	4	65	43	0	3	53	1.16
14751212--14751295	42	2.0	41	84	6	107	46	1	2	50	1.22
14751242--14751295	18	3.1	18	86	10	76	51	1	0	46	1.11
14751245--14751277	6	5.5	6	86	13	50	54	0	0	45	0.99
14755890--14755934	18	2.3	18	85	14	54	60	26	2	11	1.42
14776147--14776176	12	2.5	12	94	0	51	26	16	10	46	1.78
14777357--14777401	23	2.0	23	82	8	56	44	11	22	22	1.84
14781278--14781670	29	13.5	30	68	19	122	33	3	28	34	1.75
14781278--14781755	59	8.4	57	71	16	275	33	3	28	34	1.76
14781314--14781637	118	2.8	116	83	7	358	34	3	27	34	1.75
14781278--14781807	30	18.6	27	67	22	198	34	4	27	34	1.76
14781697--14781846	30	5.0	30	75	11	121	35	6	23	35	1.79
14783159--14783228	6	12.2	6	69	19	51	54	1	1	42	1.18
14783162--14783230	29	2.4	28	88	7	95	55	1	1	42	1.18
14783159--14783228	17	4.4	17	72	22	71	54	1	1	42	1.18
14783179--14783210	11	2.8	12	95	4	57	59	0	0	40	0.97
14786217--14786317	29	3.4	29	71	5	96	41	24	3	29	1.73
14786209--14786347	58	2.4	58	78	6	163	39	28	2	29	1.71
14786363--14786524	59	2.7	59	77	16	149	32	22	6	38	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14810092--14810147	17	3.2	17	85	5	76	39	0	5	55	1.23
14810092--14810147	11	4.9	11	73	16	51	39	0	5	55	1.23
14813338--14813654	58	5.4	59	75	8	240	34	4	27	33	1.78
14813338--14813542	29	7.0	31	67	19	102	35	4	28	31	1.77
14813338--14813643	117	2.6	116	84	4	368	34	4	27	33	1.77
14813659--14813721	30	2.1	30	96	0	117	33	4	28	33	1.78
14813667--14813733	30	2.2	30	91	0	107	28	4	29	37	1.77
14815618--14815651	17	2.1	16	94	5	59	41	0	2	55	1.15
14815638--14815713	12	6.4	12	73	18	61	53	5	1	39	1.32
14815662--14815726	29	2.2	28	81	7	76	56	4	0	38	1.20
14816089--14816744	209	3.1	207	84	3	807	22	21	18	37	1.95
14818567--14818611	23	1.9	24	86	13	67	55	6	4	33	1.46
14819636--14819674	10	3.7	10	93	6	60	10	10	0	79	0.94
14820532--14820574	11	3.7	11	81	9	50	74	4	2	18	1.10
14833364--14833407	21	2.3	18	84	11	52	13	2	22	61	1.43
14840347--14841223	437	2.0	437	99	0	1727	37	13	14	34	1.85
14874362--14874386	11	2.3	11	100	0	50	80	0	0	20	0.72
14883121--14883171	24	2.1	24	88	0	75	23	13	7	54	1.65
14883137--14883182	24	1.9	24	86	0	65	26	15	8	50	1.73
14887587--14887637	24	2.1	24	92	0	84	21	13	9	54	1.67
14887595--14887648	24	2.2	24	86	0	72	25	16	11	46	1.80
14894301--14894334	16	2.2	16	89	5	52	44	17	0	38	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14900959--14901003	20	2.0	24	84	16	62	40	11	6	42	1.67
14902981--14903057	29	2.6	29	72	13	68	36	9	25	28	1.87
14903054--14903221	29	5.9	28	82	4	167	33	3	30	32	1.75
14903054--14903237	58	3.2	57	82	5	192	33	3	28	34	1.74
14903048--14903236	29	6.6	28	80	4	157	33	3	28	34	1.73
14905061--14905104	17	2.6	18	82	13	58	59	6	0	34	1.24
14905044--14905093	23	2.1	24	88	3	75	56	6	2	36	1.36
14905051--14905098	23	2.1	23	84	3	62	60	6	0	33	1.22
14905403--14907023	204	8.0	204	86	3	2140	22	23	18	35	1.96
14905403--14907023	610	2.6	609	91	1	2514	22	23	18	35	1.96
14905403--14907023	409	4.0	406	86	3	2134	22	23	18	35	1.96
14907414--14907567	49	3.1	49	79	0	164	12	27	20	39	1.88
14913474--14913607	60	2.2	61	80	6	141	37	5	21	35	1.78
14913593--14913703	29	3.7	30	75	13	95	33	1	21	43	1.63
14913593--14913695	30	3.5	28	75	11	75	33	1	21	43	1.64
14915558--14915621	6	11.0	6	74	12	62	54	3	1	40	1.25
14915572--14915621	11	4.3	12	80	16	52	56	4	0	40	1.18
14915559--14915621	17	3.7	16	81	10	63	55	3	1	39	1.25
14915558--14915610	23	2.2	24	86	3	72	52	3	1	41	1.30
14934767--14935121	30	12.2	30	73	16	273	34	1	27	35	1.69
14934738--14935121	59	6.6	59	80	7	378	34	2	27	35	1.70
14937055--14937086	17	1.9	16	93	6	55	43	0	3	53	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14937072--14937110	6	6.7	6	85	5	53	51	2	0	46	1.14
14937054--14937148	18	5.4	18	74	10	81	50	2	2	45	1.25
14937513--14938168	209	3.1	208	85	2	875	22	23	18	36	1.95
14946327--14946382	23	2.4	23	93	0	94	46	10	17	25	1.80
14947727--14948529	401	2.0	401	98	0	1552	30	23	16	29	1.96
14950728--14951163	59	7.4	59	79	7	372	34	3	27	33	1.75
14950728--14951164	118	3.7	118	80	9	430	34	3	27	33	1.75
14950723--14951107	177	2.2	177	81	5	467	34	3	29	32	1.76
14950728--14951163	30	14.8	29	69	16	204	34	3	27	33	1.75
14951818--14951886	3	22.7	3	85	2	84	33	2	4	59	1.32
14952056--14952097	17	2.4	17	84	4	57	52	0	2	45	1.13
14952076--14952104	12	2.5	12	94	5	51	58	0	0	41	0.98
14983379--14983420	6	7.3	6	89	5	61	16	2	0	80	0.81
14983379--14983421	5	7.8	5	90	10	50	18	2	0	79	0.85
14994463--14994507	23	2.0	23	82	8	56	44	11	22	22	1.84
14998344--14998834	29	16.7	29	69	16	243	34	4	27	33	1.76
14998344--14998774	59	7.3	58	77	10	378	34	3	27	34	1.75
14998380--14998836	59	7.8	57	76	12	191	35	4	26	33	1.77
14998727--14998876	30	5.1	30	73	15	116	37	6	24	31	1.81
14998344--14998846	30	17.1	29	69	19	257	34	4	27	33	1.76
15000207--15000276	6	12.2	6	69	19	51	54	1	1	42	1.18
15000210--15000278	29	2.4	28	88	7	95	55	1	1	42	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15000207--15000276	17	4.4	17	72	22	71	54	1	1	42	1.18
15000227--15000258	11	2.8	12	95	4	57	59	0	0	40	0.97
15009087--15009156	6	12.0	6	73	11	65	40	1	2	55	1.23
15009087--15009156	17	4.4	17	77	18	78	40	1	2	55	1.23
15011019--15011120	29	3.5	29	77	9	109	41	22	1	34	1.65
15011027--15011211	58	3.2	56	77	11	151	35	24	5	35	1.78
15011103--15011241	59	2.4	60	84	6	169	32	23	5	38	1.79
15017166--15017294	49	2.6	49	80	2	152	39	19	27	13	1.90
15017705--15018690	204	4.8	204	89	2	1354	34	18	23	22	1.96
15017701--15018690	409	2.4	406	87	2	1394	34	18	23	22	1.96
15018995--15019038	17	2.6	17	88	0	70	36	0	4	59	1.18
15019010--15019054	23	1.9	24	86	4	65	40	2	4	53	1.33
15043587--15043761	58	3.0	59	79	6	160	37	7	23	32	1.83
15043657--15043788	58	2.3	57	88	1	183	34	3	24	38	1.71
15043657--15043807	57	2.6	58	86	2	187	33	3	25	37	1.72
15043657--15043825	29	5.9	29	80	6	164	33	2	24	39	1.70
15045687--15045742	6	9.7	6	76	7	62	55	3	0	41	1.17
15045687--15045742	17	3.2	17	84	2	76	55	3	0	41	1.17
15054937--15054971	11	3.1	11	95	4	61	40	0	0	60	0.97
15054950--15054991	17	2.4	17	84	4	57	45	2	0	52	1.13
15055161--15055214	3	17.7	3	82	3	54	57	5	1	35	1.33
15056342--15056933	30	20.0	30	68	17	203	33	27	3	35	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15056373--15056932	59	9.5	58	79	8	492	33	28	3	34	1.74
15056443--15056934	177	2.8	175	81	11	590	32	28	3	34	1.74
15056362--15056931	118	4.8	116	79	6	558	33	28	3	35	1.74
15075143--15075174	14	2.4	13	90	10	55	71	0	3	25	1.00
15075164--15075203	20	2.1	18	86	9	53	70	2	2	25	1.13
15076389--15076422	13	2.6	13	85	0	50	58	11	0	29	1.33
15092906--15093053	29	5.1	29	81	9	142	31	2	27	38	1.68
15092955--15093069	30	3.9	29	85	4	149	34	0	24	40	1.61
15092947--15093061	59	1.9	59	89	3	178	33	0	26	39	1.62
15092968--15093083	59	2.0	59	82	3	144	37	0	24	37	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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