genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032245.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_2_4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41238926

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   

This is table  83  of  132  ( 15769 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24545216--24545258	21	2.0	22	82	13	54	48	2	16	32	1.58
24553130--24553154	12	2.1	12	100	0	50	48	8	8	36	1.62
24569862--24569889	12	2.3	12	100	0	56	60	7	14	17	1.55
24574459--24574506	15	3.2	15	85	5	53	31	22	10	35	1.88
24589022--24589046	13	1.9	13	100	0	50	60	8	32	0	1.26
24598975--24599021	24	2.0	24	87	8	69	25	14	10	48	1.76
24600835--24600874	21	2.0	21	90	5	64	25	15	15	45	1.84
24609930--24609955	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
24611031--24611069	21	1.9	21	89	5	62	25	17	15	41	1.89
24613440--24613480	8	5.2	8	94	2	66	46	0	39	14	1.45
24615619--24615709	23	4.0	23	77	0	92	16	17	23	42	1.88
24618217--24618354	25	5.6	25	89	4	210	45	21	5	28	1.72
24618217--24618354	48	2.8	48	89	5	188	45	21	5	28	1.72
24624596--24624687	20	4.6	20	74	14	82	33	5	11	48	1.63
24626386--24626467	25	3.3	25	80	0	110	46	19	6	28	1.73
24627314--24627362	22	2.2	22	88	0	71	18	22	28	30	1.97
24628732--24628845	25	4.6	25	87	4	167	47	20	3	28	1.66
24628732--24628845	8	13.7	9	66	16	50	47	20	3	28	1.66
24639109--24639918	403	2.0	403	90	0	1291	48	8	18	25	1.76
24641045--24641385	169	2.0	169	100	0	682	27	20	15	36	1.93
24647916--24647940	6	4.2	6	100	0	50	20	48	16	16	1.82
24650412--24650918	253	2.0	253	98	0	987	24	20	14	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24658850--24658957	37	2.9	39	83	8	143	36	26	21	15	1.94
24658893--24658950	16	3.3	16	70	21	53	37	31	18	12	1.88
24660687--24660715	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
24668160--24668204	23	2.0	23	82	8	56	33	31	15	20	1.93
24677367--24677399	17	2.0	16	94	5	57	51	0	0	48	1.00
24701399--24701434	19	1.9	18	88	5	54	44	0	2	52	1.15
24701455--24701558	53	2.0	53	81	7	122	23	25	29	22	1.99
24701513--24702885	86	16.1	86	78	6	1159	23	22	32	20	1.98
24701624--24701862	43	5.5	42	66	13	146	22	23	34	19	1.96
24701513--24702885	172	8.1	172	78	6	1328	23	22	32	20	1.98
24701791--24701921	70	1.9	70	90	3	210	22	21	37	18	1.94
24701838--24701889	27	1.9	27	84	7	70	23	25	38	13	1.91
24701705--24702167	156	2.9	156	79	10	459	23	22	33	20	1.97
24703992--24704018	14	1.9	14	100	0	54	22	14	29	33	1.94
24720730--24720792	33	1.9	33	86	0	90	57	20	9	12	1.63
24729401--24729614	43	5.0	43	79	2	223	42	17	14	24	1.87
24729401--24729637	86	2.8	86	77	1	251	43	17	14	24	1.86
24730813--24730850	10	3.8	10	92	0	67	55	21	2	21	1.56
24730802--24730855	20	2.8	19	88	5	81	55	14	5	24	1.61
24738774--24738812	20	2.0	20	84	0	51	53	20	0	25	1.45
24741037--24741097	16	3.8	15	75	14	52	52	3	3	40	1.34
24741135--24741213	18	4.4	18	72	17	58	53	3	2	40	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24742763--24742943	51	3.5	51	93	3	319	30	14	23	32	1.94
24744961--24745061	27	3.8	27	79	10	104	32	25	18	22	1.97
24748927--24748972	16	2.9	16	81	9	51	65	0	8	26	1.21
24749537--24750020	150	3.3	143	79	9	489	46	9	2	40	1.52
24749908--24749956	22	2.3	22	79	6	57	48	6	0	44	1.27
24750524--24750550	11	2.5	11	100	0	54	85	0	14	0	0.61
24750966--24751569	42	14.5	41	86	1	663	34	23	19	22	1.96
24750966--24751569	84	7.2	84	86	1	784	34	23	19	22	1.96
24750962--24751569	126	4.8	126	85	1	808	34	23	18	22	1.96
24751981--24752028	19	2.5	19	93	3	78	0	10	6	83	0.81
24751983--24752029	18	2.6	18	87	12	69	0	10	6	82	0.82
24754562--24754596	17	2.1	16	89	5	52	0	22	0	77	0.78
24757539--24757572	13	2.7	13	90	4	52	76	0	8	14	1.01
24776026--24776059	14	2.4	14	85	14	52	70	5	8	14	1.31
24778041--24778404	185	2.0	184	86	1	505	48	10	15	25	1.77
24783961--24784056	38	2.6	38	84	1	122	31	32	14	21	1.94
24784083--24784154	38	1.9	37	88	2	108	33	23	11	31	1.90
24787052--24787096	23	2.1	20	88	12	63	57	11	4	26	1.52
24788562--24788702	43	3.3	43	93	2	239	21	31	22	23	1.98
24789014--24789051	11	3.5	11	80	20	53	0	47	23	28	1.52
24789000--24789052	21	2.5	21	93	0	88	0	47	20	32	1.51
24789042--24789195	66	2.3	66	88	2	229	16	24	16	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24794266--24794326	31	2.0	31	100	0	122	42	9	6	40	1.64
24794346--24794427	4	20.0	4	71	14	60	52	1	1	45	1.16
24794346--24794414	30	2.3	29	78	7	75	53	1	1	43	1.18
24794347--24794484	22	6.4	22	70	17	92	52	1	1	44	1.19
24794445--24794484	12	3.5	11	86	13	55	57	0	0	42	0.98
24794456--24794899	18	24.6	18	68	13	141	49	4	1	45	1.29
24794456--24794922	112	4.3	106	83	9	577	49	3	1	45	1.28
24794552--24794693	22	6.4	22	63	19	62	52	2	0	45	1.18
24794546--24794644	37	3.0	32	69	21	78	53	3	0	43	1.16
24794445--24794923	54	8.6	56	67	22	237	49	3	1	45	1.28
24794503--24794930	112	3.9	112	90	5	683	48	3	1	46	1.29
24794445--24794929	216	2.2	222	90	4	757	48	3	1	45	1.29
24802876--24802923	25	1.9	25	86	0	69	29	6	2	62	1.31
24804288--24804322	17	2.1	17	88	0	52	28	31	11	28	1.92
24818635--24818665	15	2.1	15	100	0	62	19	25	35	19	1.95
24819718--24819757	21	1.9	21	94	0	71	37	12	15	35	1.85
24822878--24823033	28	5.6	28	79	4	147	32	21	19	26	1.97
24822886--24823042	56	2.8	57	82	6	196	31	21	21	26	1.98
24830757--24830796	11	3.5	11	86	10	53	80	0	17	2	0.83
24849225--24849381	78	2.0	78	97	0	296	31	21	16	31	1.95
24852150--24852203	22	2.5	22	100	0	108	33	18	18	29	1.95
24860291--24860383	42	2.2	42	88	1	132	26	1	21	50	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24860305--24860393	42	2.1	42	85	4	117	26	1	21	50	1.56
24869802--24869832	16	1.9	16	93	0	53	61	0	16	22	1.34
24870681--24870777	37	2.6	37	83	0	122	30	14	24	29	1.95
24875140--24875236	37	2.6	37	81	0	122	28	13	28	28	1.94
24888287--24888324	18	2.2	18	95	4	69	21	10	5	63	1.46
24889586--24889637	18	2.9	18	79	0	50	44	26	13	15	1.84
24895713--24895761	18	2.8	17	87	6	62	71	0	26	2	0.97
24895715--24895761	3	16.7	3	78	12	55	70	0	27	2	0.99
24896167--24896204	17	2.2	17	95	0	67	26	13	7	52	1.67
24903921--24903977	14	4.4	13	76	20	57	3	12	1	82	0.87
24904887--24904913	6	4.5	6	100	0	54	66	14	0	18	1.25
24904910--24904986	6	12.8	6	93	5	122	67	1	0	31	0.99
24904887--24904979	18	5.2	18	78	21	90	66	5	0	27	1.13
24905037--24905079	14	3.0	13	81	18	50	76	2	2	18	1.00
24905037--24905081	19	2.3	20	84	3	65	77	2	2	17	0.97
24913771--24913994	43	5.3	43	86	1	290	26	18	26	28	1.98
24915193--24915272	32	2.6	29	78	11	79	48	8	12	30	1.71
24915139--24915318	90	2.0	89	82	9	215	48	11	11	28	1.73
24915410--24915446	6	6.2	6	96	0	56	21	0	10	67	1.21
24920137--24920187	23	2.2	23	89	0	75	37	11	13	37	1.82
24923279--24923314	15	2.4	15	90	0	54	36	27	16	19	1.93
24923287--24923315	15	1.9	15	100	0	58	34	20	17	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24940105--24940158	26	2.1	26	96	0	99	38	22	7	31	1.82
24941121--24941174	26	2.2	24	81	15	67	53	9	9	27	1.63
24943282--24943329	21	2.3	21	75	3	53	66	8	2	22	1.29
24944956--24945149	86	2.3	86	85	3	273	29	12	23	34	1.92
24950884--24952084	598	2.0	599	99	0	2377	37	10	20	32	1.86
24962445--24962490	23	2.0	23	100	0	92	30	26	4	39	1.75
24963145--24963190	24	1.9	24	83	16	60	2	30	0	67	1.03
24977323--24977364	20	2.0	21	82	13	52	47	2	16	33	1.60
24986079--24986108	11	2.8	11	95	5	53	86	0	13	0	0.57
24986602--24986656	24	2.3	22	77	17	56	60	0	40	0	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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