genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032245.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_2_4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41238926

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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          129   130   131   132   

This is table  9  of  132  ( 15769 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2362577--2362627	15	3.4	15	70	20	52	27	7	9	54	1.60
2362570--2362629	30	2.0	30	100	0	120	26	6	13	53	1.64
2363873--2363949	30	2.6	30	95	0	136	12	19	36	31	1.90
2364977--2365043	31	2.2	31	91	0	107	44	8	8	37	1.67
2369774--2369802	15	1.9	15	100	0	58	27	6	3	62	1.37
2371309--2371344	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2374406--2374448	19	2.2	20	84	12	54	39	2	0	58	1.11
2380704--2380728	4	6.2	4	100	0	50	28	0	24	48	1.52
2380686--2380728	16	2.7	16	85	0	50	30	6	25	37	1.82
2397440--2397617	58	3.1	57	91	3	277	33	0	20	45	1.56
2403084--2403119	18	2.1	18	89	5	56	61	0	5	33	1.19
2408582--2408614	15	2.2	15	94	0	57	42	0	3	54	1.15
2416463--2416507	17	2.6	18	82	3	56	40	4	2	53	1.33
2416477--2416526	21	2.2	23	86	10	68	48	2	2	48	1.24
2416496--2416541	15	2.9	15	81	9	56	52	0	2	45	1.13
2418136--2418481	162	2.1	162	93	1	586	26	18	12	42	1.86
2418555--2418654	29	3.5	28	71	14	87	34	27	2	37	1.68
2418555--2419096	235	2.3	235	89	3	817	32	28	2	36	1.72
2419083--2419142	29	2.1	28	90	3	93	28	30	13	28	1.94
2418555--2419096	59	9.2	59	86	7	664	32	28	2	36	1.72
2425235--2425305	16	4.1	16	73	21	63	49	2	0	47	1.16
2428076--2428111	18	2.0	18	88	0	54	44	5	2	47	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2428450--2428575	47	2.6	48	78	6	130	43	5	11	38	1.65
2433139--2433173	12	2.9	12	100	0	70	31	0	0	68	0.90
2436226--2436254	14	2.1	14	93	6	51	48	0	0	51	1.00
2443052--2443134	11	7.4	11	81	5	60	40	1	1	56	1.15
2443052--2443137	17	5.1	17	82	2	93	40	1	1	56	1.14
2443065--2443124	23	2.7	23	84	2	77	43	1	1	53	1.20
2443049--2443120	11	6.5	11	76	4	65	43	1	1	54	1.17
2443881--2443962	32	2.7	30	77	9	78	45	4	2	47	1.37
2443950--2443974	12	2.1	12	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2444604--2444641	18	2.1	18	100	0	76	21	13	23	42	1.88
2444987--2445214	30	7.6	28	82	7	204	38	18	2	40	1.63
2444987--2445214	60	3.8	60	83	3	280	38	18	2	40	1.63
2444987--2445214	90	2.5	90	92	0	366	38	18	2	40	1.63
2450499--2450557	29	2.1	28	81	9	68	25	42	10	22	1.84
2453788--2453838	24	2.1	24	92	0	84	25	5	5	62	1.41
2458393--2458456	30	2.1	30	82	5	76	48	9	1	40	1.45
2458463--2458902	221	2.0	223	92	0	731	33	15	9	40	1.80
2459986--2460050	23	2.7	23	77	17	71	44	6	6	43	1.54
2468685--2469087	30	13.6	29	76	6	326	37	2	23	35	1.68
2468696--2469087	59	6.6	58	78	6	286	38	2	23	36	1.66
2468684--2469080	89	4.5	87	79	7	359	38	2	23	35	1.69
2469843--2469900	26	2.2	26	79	8	64	18	1	5	74	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2470031--2470066	18	2.1	17	89	5	54	38	0	0	61	0.96
2471178--2471336	85	1.9	85	86	0	228	21	23	17	37	1.94
2471055--2471730	210	3.2	209	83	3	795	23	21	16	38	1.93
2478283--2478321	18	2.2	19	86	9	55	56	0	23	20	1.42
2478429--2478493	27	2.4	27	97	0	121	13	21	38	26	1.91
2485382--2485650	145	1.9	145	91	1	425	31	12	18	36	1.88
2489928--2490024	45	2.2	44	94	1	167	36	4	12	47	1.60
2500495--2500551	3	19.0	3	100	0	114	33	0	33	33	1.58
2505399--2505442	22	2.0	23	86	4	63	38	0	6	54	1.27
2510173--2510404	99	2.3	99	88	3	333	27	17	24	31	1.97
2510849--2510999	61	2.5	61	80	7	157	43	9	3	43	1.56
2510891--2511026	61	2.2	61	79	7	143	44	11	4	39	1.61
2520405--2520463	27	2.2	27	93	0	100	20	5	22	52	1.65
2521120--2521158	18	2.2	18	86	13	55	41	0	10	48	1.37
2521790--2521937	23	6.3	23	82	4	163	43	22	22	12	1.86
2528169--2528318	23	6.4	23	84	4	176	43	23	22	10	1.84
2537689--2537717	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
2541338--2541373	16	2.1	18	90	10	58	58	8	0	33	1.28
2552991--2553026	18	2.0	18	94	0	63	33	8	11	47	1.69
2557212--2557246	3	11.7	3	93	0	61	34	37	0	28	1.58
2562863--2563233	183	2.0	183	99	0	733	39	10	8	40	1.71
2563319--2563343	10	2.5	10	100	0	50	52	28	8	12	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2563570--2563603	18	1.9	17	88	5	50	79	2	2	14	0.97
2576764--2576811	24	2.0	24	100	0	96	25	4	4	66	1.27
2579117--2579161	23	2.0	23	86	0	63	35	20	13	31	1.91
2585873--2585925	27	2.0	27	92	0	88	32	26	18	22	1.97
2597076--2597132	29	1.9	30	86	10	82	38	1	1	57	1.19
2597834--2597895	32	1.9	32	87	6	90	38	8	16	37	1.78
2599498--2599548	26	2.0	26	88	7	77	23	1	5	68	1.22
2606688--2606759	29	2.4	29	81	4	81	36	8	12	43	1.73
2608626--2608689	18	3.6	18	100	0	128	26	10	18	43	1.83
2608626--2608689	9	7.1	9	78	0	74	26	10	18	43	1.83
2614489--2614530	21	2.0	21	90	4	68	28	4	26	40	1.76
2615781--2615831	15	3.5	15	79	15	54	47	1	0	50	1.12
2617186--2617254	31	2.2	33	81	5	79	42	4	11	42	1.61
2618835--2618882	25	2.0	24	84	8	62	47	18	6	27	1.72
2620250--2620303	18	2.8	19	77	8	56	55	0	0	44	0.99
2620249--2620301	21	2.6	21	84	3	72	54	0	0	45	0.99
2620856--2620880	12	2.1	12	100	0	50	44	24	8	24	1.80
2623192--2623244	20	2.7	20	88	11	74	60	7	0	32	1.25
2623278--2623314	19	1.9	19	88	0	56	67	2	2	27	1.17
2623940--2624016	17	4.4	17	76	15	77	42	0	2	54	1.14
2623948--2624039	37	2.5	34	83	11	103	48	0	2	48	1.13
2623930--2624016	11	7.5	11	72	18	61	42	0	3	54	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2623940--2624047	6	18.0	6	75	14	89	48	0	1	49	1.18
2624078--2624115	12	2.9	14	76	15	53	36	28	13	21	1.91
2624715--2624751	15	2.5	15	90	0	56	62	5	2	29	1.31
2625235--2625264	12	2.5	12	88	0	51	56	0	43	0	0.99
2625741--2626000	30	8.7	30	93	0	394	35	24	3	36	1.73
2626021--2626118	29	3.3	30	64	14	78	31	27	4	36	1.76
2625982--2626235	59	4.3	59	84	3	307	31	25	5	36	1.80
2626021--2626121	30	3.4	30	67	20	77	31	26	4	36	1.78
2626041--2626134	30	3.2	28	69	19	84	34	23	5	37	1.78
2626051--2626148	30	3.4	28	69	18	76	29	24	6	39	1.79
2637920--2638704	68	11.5	68	97	0	1444	34	18	20	27	1.96
2639007--2639114	6	18.0	6	75	14	89	49	0	1	48	1.18
2639007--2639083	17	4.4	17	76	15	77	44	0	2	53	1.14
2638997--2639083	11	7.5	11	72	18	61	43	0	3	52	1.18
2639034--2639114	31	2.6	30	80	9	83	53	1	1	44	1.16
2639143--2639181	12	2.9	14	81	14	55	38	28	17	15	1.91
2639224--2639264	20	2.0	20	85	0	55	14	43	19	21	1.87
2639782--2639818	15	2.5	15	90	0	56	62	5	2	29	1.31
2640018--2640050	15	2.2	15	100	0	66	18	18	18	45	1.86
2640300--2640329	12	2.5	12	88	0	51	56	0	43	0	0.99
2640807--2640885	30	2.6	30	93	0	131	35	25	5	34	1.78
2640865--2641062	59	3.4	58	87	2	272	30	29	6	33	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2640906--2641056	29	5.1	29	65	10	83	31	28	4	35	1.78
2640867--2640967	30	3.5	28	68	9	85	31	26	6	34	1.83
2640867--2641033	29	5.7	29	66	16	92	30	28	6	34	1.83
2644311--2644372	11	5.5	11	71	21	56	33	3	1	61	1.22
2644300--2644380	23	3.6	23	72	20	71	35	3	1	59	1.23
2646058--2646118	31	2.0	31	90	0	95	32	4	9	52	1.56
2646430--2646469	12	3.4	12	89	3	55	72	0	0	27	0.85
2653488--2653543	10	5.9	9	76	12	58	26	1	1	69	1.08
2653587--2653714	64	2.0	64	93	0	220	25	30	27	17	1.97
2653845--2653907	29	2.2	29	83	8	76	47	0	3	49	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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