genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032245.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_2_4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41238926

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   

This is table  27  of  132  ( 15769 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7523380--7523408	3	10.0	3	92	7	51	65	0	34	0	0.93
7523426--7523527	29	3.4	30	82	10	138	45	1	0	52	1.12
7526120--7526162	17	2.5	17	84	3	50	39	11	2	46	1.53
7528702--7528761	25	2.4	26	81	10	72	46	5	1	46	1.34
7535749--7536641	228	3.9	228	94	0	1482	19	22	29	28	1.98
7537329--7537381	22	2.3	24	83	6	65	62	0	3	33	1.13
7538828--7538869	18	2.4	17	88	4	57	33	2	0	64	1.07
7544849--7545030	42	4.3	42	83	4	231	23	28	23	24	2.00
7544848--7545009	85	1.9	85	91	1	245	23	27	24	24	2.00
7545321--7545358	11	3.5	11	80	20	53	0	47	23	28	1.52
7545307--7545359	21	2.5	21	93	0	88	0	47	20	32	1.51
7545349--7545502	66	2.3	66	91	2	238	15	24	16	43	1.86
7547070--7547143	30	2.5	30	100	0	148	55	2	0	41	1.14
7547186--7547269	8	10.1	8	76	6	60	51	1	1	46	1.16
7550170--7550249	42	1.9	42	94	2	144	21	23	22	32	1.98
7551655--7551931	41	6.8	40	81	4	288	15	32	25	26	1.95
7551655--7551931	82	3.4	82	80	6	321	15	32	25	26	1.95
7551655--7551917	123	2.1	123	86	1	366	15	32	25	26	1.95
7553619--7553648	4	7.5	4	92	0	51	50	0	26	23	1.50
7555175--7555224	3	16.7	3	100	0	100	66	0	0	34	0.92
7560528--7560577	4	12.5	4	82	0	64	66	6	2	26	1.26
7560528--7560577	16	3.1	16	88	0	73	66	6	2	26	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7570846--7570932	32	2.8	32	82	5	108	20	2	25	51	1.59
7571893--7571933	21	2.0	21	95	4	75	51	0	0	48	1.00
7571859--7571930	29	2.4	31	90	6	114	45	1	0	52	1.09
7573128--7573161	17	2.0	17	100	0	68	23	35	23	17	1.95
7576101--7576154	20	2.7	20	78	18	67	50	16	0	33	1.46
7577771--7577809	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
7581528--7581578	22	2.3	22	86	0	66	29	17	13	39	1.88
7581828--7581868	14	2.9	14	85	0	64	43	2	4	48	1.37
7582822--7582879	17	3.6	16	77	13	57	34	5	3	56	1.38
7583084--7583135	26	2.0	26	85	7	70	19	42	19	19	1.90
7584024--7584054	15	2.1	14	94	5	53	83	0	12	3	0.75
7584811--7584968	29	5.4	30	69	11	130	32	27	3	36	1.73
7584774--7585028	58	4.3	58	87	3	341	32	27	3	36	1.74
7584811--7584971	30	5.5	30	69	20	126	32	27	3	36	1.75
7584774--7585028	117	2.2	117	87	3	352	32	27	3	36	1.74
7584775--7584992	29	7.5	29	66	20	116	33	26	3	36	1.73
7588504--7588562	26	2.3	26	96	0	109	32	18	13	35	1.90
7590711--7590775	30	2.1	33	83	13	84	67	9	0	23	1.19
7590987--7591029	4	10.5	4	85	5	59	2	25	0	72	0.97
7590992--7591029	13	3.0	13	92	3	60	2	23	0	73	0.95
7591837--7591871	17	2.1	17	89	10	54	40	5	14	40	1.69
7592713--7592858	53	2.7	54	82	9	163	29	21	16	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7592853--7592909	29	2.0	28	86	3	78	31	10	19	38	1.86
7593856--7593946	30	3.1	30	88	1	130	60	5	5	28	1.42
7595090--7595147	30	1.9	30	85	0	80	56	1	8	32	1.40
7595112--7595160	20	2.5	20	83	9	57	61	2	6	30	1.32
7595189--7595236	19	2.6	18	76	3	51	70	2	4	22	1.15
7595101--7595246	78	1.9	75	84	4	193	64	2	4	28	1.25
7595354--7595403	26	2.0	25	84	11	66	34	2	0	64	1.05
7596212--7596377	57	3.0	56	79	6	176	37	15	18	27	1.91
7601824--7601899	27	2.7	27	78	9	73	61	2	3	31	1.28
7601765--7601887	53	2.4	53	76	17	125	58	4	4	32	1.38
7601923--7601952	6	4.8	6	95	4	51	3	80	0	16	0.85
7605283--7605309	14	1.9	14	100	0	54	11	7	0	81	0.87
7607949--7607988	20	2.0	20	85	9	55	15	25	12	47	1.80
7610438--7610478	18	2.3	18	91	8	66	56	0	0	43	0.99
7625708--7625757	20	2.5	19	87	6	64	56	10	0	34	1.33
7625708--7625762	19	2.9	19	86	5	67	54	9	0	36	1.32
7626936--7626994	29	2.0	29	100	0	118	28	30	6	33	1.83
7629624--7629726	50	2.1	50	98	0	197	34	18	8	37	1.82
7631428--7631477	26	1.9	26	88	8	75	50	2	4	44	1.32
7631428--7631477	13	3.8	13	83	0	64	50	2	4	44	1.32
7635952--7635983	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
7636432--7636900	52	9.3	50	67	15	175	42	3	9	44	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7636772--7636820	25	2.0	24	84	7	64	55	0	8	36	1.30
7636422--7636900	149	3.2	149	87	6	657	42	3	8	44	1.53
7645754--7645799	23	2.0	24	86	4	67	41	0	4	54	1.20
7645764--7645828	19	3.2	20	79	16	73	41	0	3	55	1.15
7645765--7645827	18	3.2	19	80	15	67	42	0	3	53	1.16
7645947--7646002	23	2.4	23	79	5	60	37	14	10	37	1.81
7658122--7658227	54	2.0	54	94	0	185	25	2	12	59	1.47
7663307--7663360	27	2.0	28	85	10	76	31	5	0	62	1.18
7663327--7663402	33	2.3	32	82	13	84	34	0	1	64	1.02
7663325--7663389	16	4.0	15	74	21	60	33	0	1	64	1.03
7664536--7664569	7	4.9	7	88	0	50	58	5	0	35	1.22
7679658--7679690	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
7679787--7679868	39	2.0	40	83	4	103	39	2	6	52	1.39
7682323--7682363	17	2.4	17	87	4	55	43	2	2	51	1.28
7683053--7683098	16	2.8	17	78	18	53	52	2	0	45	1.13
7684453--7684643	29	6.6	30	73	13	130	36	24	1	37	1.65
7692179--7692225	24	1.9	24	86	4	67	78	6	4	10	1.06
7693750--7695394	92	18.0	92	94	1	2858	32	16	18	32	1.93
7693750--7695394	183	9.0	184	94	0	2858	32	16	18	32	1.93
7693750--7695404	275	6.0	274	94	0	2873	32	16	18	32	1.94
7695648--7695691	11	3.9	11	84	3	52	40	0	2	56	1.11
7695656--7695726	6	11.8	6	72	15	58	42	2	1	53	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7695662--7695724	11	5.9	11	78	14	60	39	3	0	57	1.15
7695689--7695716	14	2.0	14	100	0	56	35	7	0	57	1.26
7697757--7697944	30	6.5	28	77	10	164	36	25	3	35	1.74
7697758--7698080	57	5.6	58	79	6	266	34	25	4	36	1.76
7699057--7699259	43	4.7	42	81	5	228	29	25	20	25	1.99
7699055--7699259	86	2.4	86	86	4	263	29	25	20	24	1.99
7699245--7699279	17	2.1	17	94	0	61	11	20	31	37	1.88
7699266--7699389	43	2.9	41	81	8	124	28	25	18	28	1.98
7699116--7699387	146	1.9	146	84	4	370	27	25	19	28	1.99
7705432--7705482	18	2.7	18	84	6	66	56	0	3	39	1.18
7705526--7705614	34	2.6	34	82	5	117	41	1	10	47	1.44
7705594--7705635	20	2.2	18	91	8	66	59	0	0	40	0.97
7705474--7706076	154	3.9	154	94	2	1007	42	0	8	47	1.40
7705685--7705764	34	2.4	34	85	4	99	38	1	11	48	1.47
7705748--7705789	20	2.2	18	91	8	66	59	0	0	40	0.97
7705832--7705856	4	6.2	4	100	0	50	48	0	0	52	1.00
7705836--7705922	34	2.6	34	83	3	113	40	1	10	48	1.45
7705916--7705951	8	4.2	8	86	13	54	61	0	0	38	0.96
7705902--7705965	18	3.2	20	86	13	96	56	0	1	42	1.09
7705445--7706207	308	2.6	292	86	9	1055	41	0	9	47	1.41
7705990--7706082	34	2.7	34	83	3	107	44	1	7	47	1.38
7705933--7706190	128	2.0	130	91	3	423	40	0	10	48	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7706113--7706145	4	8.5	4	86	6	50	51	0	0	48	1.00
7706116--7706145	15	2.0	15	100	0	60	53	0	0	46	1.00
7706106--7706144	11	3.5	11	82	6	51	51	0	0	48	1.00
7706044--7706170	48	2.6	48	82	8	134	40	0	9	50	1.35
7708480--7708801	41	7.9	41	80	8	268	18	26	20	34	1.96
7708480--7708635	81	1.9	82	92	1	260	16	27	21	34	1.94
7712117--7712149	3	11.0	3	100	0	66	33	33	0	33	1.58
7714132--7714158	7	3.9	7	100	0	54	59	0	11	29	1.32
7718502--7718542	19	2.1	20	86	4	57	26	9	0	63	1.25
7719760--7719805	25	1.9	23	86	8	65	36	4	4	54	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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