genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032245.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_2_4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41238926

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   

This is table  77  of  132  ( 15769 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22701218--22701262	23	2.0	23	91	4	74	17	15	11	55	1.68
22701225--22701273	23	2.1	23	84	0	62	18	18	12	51	1.76
22708425--22708476	26	2.0	26	92	0	86	50	23	0	26	1.50
22710226--22710322	29	3.3	27	78	9	86	35	14	7	43	1.73
22710270--22710337	30	2.3	29	82	10	75	35	13	4	47	1.63
22710457--22710498	21	2.0	21	85	0	57	23	9	7	59	1.53
22712167--22712333	65	2.6	65	92	1	273	12	25	19	41	1.87
22717862--22718536	8	84.6	8	61	21	75	51	2	1	44	1.26
22717862--22718203	18	17.5	20	66	20	113	51	2	1	44	1.26
22717786--22717881	49	1.9	49	87	8	140	37	1	12	48	1.48
22717884--22718319	112	3.9	114	84	9	391	50	2	2	44	1.28
22717977--22718270	112	2.6	112	95	1	509	49	3	2	44	1.32
22718005--22718542	36	14.6	36	67	21	183	50	3	1	44	1.25
22718107--22718542	12	41.8	10	66	26	87	51	2	1	44	1.24
22718054--22718419	80	4.5	75	67	22	222	50	3	1	45	1.27
22718053--22718538	138	3.5	137	83	10	530	51	3	1	44	1.26
22718109--22718483	44	8.2	43	74	14	277	52	2	1	44	1.22
22718139--22718542	94	4.4	92	74	12	346	51	2	1	44	1.24
22718190--22718324	62	2.2	59	80	16	150	50	2	2	44	1.29
22718049--22718560	276	1.8	274	87	6	737	50	3	1	45	1.26
22718328--22718538	62	3.2	63	75	21	232	52	2	0	44	1.22
22718174--22718533	46	7.8	46	72	17	268	50	3	1	44	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22718131--22718560	138	3.1	138	92	1	711	50	3	1	45	1.24
22722091--22722367	81	3.4	80	82	6	308	22	26	28	22	1.99
22722149--22722366	41	5.3	41	87	1	321	22	26	30	20	1.98
22722149--22722386	81	2.9	82	87	1	336	20	26	29	22	1.99
22722946--22723045	21	4.7	21	73	11	80	29	0	23	48	1.51
22723050--22723124	29	2.8	25	72	18	69	56	0	6	37	1.26
22724504--22724532	7	4.1	7	100	0	58	31	27	13	27	1.94
22735610--22735706	39	2.5	39	93	0	167	24	5	15	54	1.61
22735754--22735816	32	2.0	32	93	0	108	31	11	19	38	1.86
22737901--22737946	23	2.0	23	86	0	65	47	2	21	28	1.62
22738064--22738146	31	2.6	30	80	12	78	16	25	26	31	1.97
22741229--22741316	15	6.0	14	68	17	54	48	1	1	48	1.16
22741211--22741341	58	2.2	60	84	8	171	43	2	0	53	1.18
22745177--22745308	66	2.0	66	92	0	219	43	21	12	23	1.86
22754664--22754723	26	2.4	24	81	13	59	75	5	13	6	1.18
22760613--22760683	24	3.0	24	91	0	97	28	21	23	26	1.99
22762741--22763167	39	11.3	38	74	7	282	30	16	18	33	1.94
22762843--22763124	147	1.9	148	85	2	388	31	17	16	34	1.93
22762741--22763155	77	5.5	77	78	5	400	30	16	19	33	1.94
22763072--22763169	38	2.6	38	81	0	124	31	19	20	28	1.97
22768098--22768129	15	2.0	17	88	11	50	75	15	0	9	1.05
22778933--22778965	17	1.9	17	88	11	50	54	3	3	39	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22787860--22787926	27	2.5	27	82	0	89	29	20	22	26	1.99
22787919--22787980	27	2.3	27	88	0	88	20	25	16	37	1.93
22787991--22788085	28	3.4	26	80	11	100	22	24	24	29	1.99
22791061--22791106	21	2.2	21	88	0	65	28	8	10	52	1.66
22791536--22791609	27	2.8	27	87	2	105	31	13	20	35	1.91
22791574--22791660	28	3.0	29	75	11	88	32	10	24	33	1.89
22793488--22793541	27	2.0	27	100	0	108	22	22	3	51	1.63
22794950--22795018	36	1.9	36	90	0	111	13	24	27	34	1.92
22795258--22795376	63	1.9	63	85	3	168	24	9	34	31	1.87
22798733--22798763	9	3.4	9	100	0	62	61	0	0	38	0.96
22798733--22798769	18	2.1	18	89	0	56	59	2	0	37	1.12
22811461--22811504	19	2.3	19	84	4	52	63	2	9	25	1.35
22811634--22811664	15	2.1	15	93	0	53	54	6	0	38	1.26
22811710--22811775	18	3.6	18	78	15	73	31	1	1	65	1.11
22811710--22811781	36	2.0	36	81	10	85	33	1	1	63	1.11
22811954--22812013	7	8.4	7	75	17	52	40	3	0	56	1.16
22816918--22817042	29	4.0	31	80	11	121	32	4	16	46	1.66
22816959--22817044	33	2.6	34	83	7	106	31	3	19	45	1.67
22817930--22817969	20	2.0	20	85	9	55	7	45	0	47	1.31
22823657--22823777	22	5.2	22	69	14	82	14	14	22	47	1.81
22823668--22823847	47	3.8	47	87	0	216	16	15	22	46	1.83
22823725--22823802	25	3.2	25	71	10	81	12	15	23	48	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22823704--22823836	22	5.8	22	69	13	79	15	15	22	46	1.83
22823669--22823847	94	1.9	94	84	0	241	16	15	22	46	1.83
22829388--22829535	71	2.1	71	90	0	233	27	24	27	20	1.99
22831223--22831252	11	2.7	11	94	0	51	46	0	43	10	1.37
22832402--22832485	41	2.0	41	100	0	168	47	17	14	20	1.82
22833302--22833352	21	2.4	21	83	6	68	33	25	13	27	1.94
22842477--22842519	2	21.5	2	100	0	86	0	51	0	48	1.00
22843285--22843351	34	2.0	34	85	11	93	61	1	4	32	1.25
22843885--22843909	8	3.1	8	100	0	50	48	36	0	16	1.46
22845906--22845977	22	3.3	22	94	0	126	22	19	8	50	1.74
22845887--22845977	44	2.1	44	83	8	114	27	18	7	46	1.76
22850969--22851029	14	4.5	13	75	18	54	0	32	0	67	0.91
22850971--22851029	24	2.5	24	74	20	61	0	32	0	67	0.91
22856060--22856103	17	2.6	17	96	0	79	31	27	27	13	1.94
22860222--22860336	30	3.9	30	84	2	151	29	16	30	23	1.96
22860222--22860336	59	1.9	60	85	1	160	29	16	30	23	1.96
22861818--22861952	30	4.5	29	81	10	157	34	1	28	35	1.67
22863466--22863496	11	2.7	12	90	10	55	54	0	0	45	0.99
22863906--22864420	207	2.5	206	87	3	711	22	21	18	38	1.94
22864917--22865075	49	3.2	50	78	8	132	22	26	13	37	1.92
22867346--22867467	48	2.6	46	81	10	140	11	23	22	42	1.86
22867432--22867506	39	1.9	39	88	0	114	13	20	21	45	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22867346--22867540	23	8.6	22	71	16	123	12	22	21	44	1.85
22867490--22867538	25	1.9	26	87	4	73	10	22	20	46	1.80
22870132--22870220	21	4.0	21	73	21	81	0	22	0	77	0.77
22870143--22870237	13	7.5	13	76	21	87	0	22	0	77	0.76
22870130--22870237	10	11.4	9	70	20	69	0	22	0	77	0.76
22870144--22870235	27	3.7	27	77	18	117	0	22	0	77	0.77
22870135--22870237	48	2.1	50	96	3	192	0	22	0	77	0.77
22870135--22870237	25	4.2	24	80	15	113	0	22	0	77	0.77
22880187--22880239	26	2.0	26	85	10	72	45	0	1	52	1.11
22883562--22883728	59	2.8	59	81	0	181	35	2	24	36	1.71
22883559--22883728	30	5.8	29	80	4	160	35	2	24	37	1.71
22885747--22885781	18	1.9	18	94	0	61	20	11	11	57	1.64
22886211--22886880	49	13.7	50	76	11	627	37	18	26	17	1.93
22886199--22886890	98	7.1	98	91	1	1077	37	19	25	17	1.93
22887297--22887342	17	2.7	17	89	0	74	39	0	2	58	1.10
22887351--22887375	13	1.9	13	100	0	50	48	24	4	24	1.68
22889006--22889269	30	8.9	30	69	18	151	36	24	3	35	1.73
22889081--22889269	59	3.2	56	86	5	225	37	22	3	36	1.71
22894146--22894185	20	2.1	20	86	9	57	35	0	15	50	1.44
22895099--22895263	85	1.9	85	83	2	215	24	24	16	34	1.95
22895189--22895312	48	2.6	47	85	5	176	25	27	14	32	1.95
22895353--22895513	85	1.9	85	83	2	207	22	21	16	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22895248--22896558	209	6.3	209	86	2	1816	23	21	17	38	1.93
22895034--22895499	257	1.8	251	88	2	707	23	23	17	36	1.95
22895560--22895728	85	2.0	85	85	0	230	23	22	17	37	1.94
22895768--22895930	85	1.9	85	84	0	218	23	24	15	36	1.94
22896024--22896095	37	1.9	37	91	0	117	22	19	19	38	1.93
22895984--22896144	85	1.9	85	84	2	216	24	21	15	37	1.93
22895237--22896558	621	2.1	624	88	1	1945	23	21	17	38	1.93
22896183--22896349	85	2.0	85	86	2	237	22	21	17	38	1.93
22896392--22896643	85	3.0	86	87	3	359	22	23	17	36	1.94
22896183--22896886	293	2.4	293	89	2	1033	22	22	18	37	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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