genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032245.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_2_4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41238926

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   

This is table  29  of  132  ( 15769 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7958146--7958184	20	1.9	21	94	5	71	28	5	5	61	1.39
7960730--7960782	3	18.0	3	96	3	99	66	0	0	33	0.92
7960908--7960948	17	2.3	18	84	12	50	41	0	9	48	1.36
7962350--7962399	20	2.5	20	80	9	57	46	0	16	38	1.47
7964239--7964294	21	2.6	22	80	8	71	30	14	26	28	1.95
7966392--7966421	15	2.0	15	93	0	51	23	0	3	73	0.98
7971184--7971234	27	1.9	26	96	4	93	43	39	5	11	1.66
7971248--7971303	11	5.1	11	77	14	62	19	33	26	19	1.96
7971253--7971303	22	2.3	22	93	0	84	19	33	25	21	1.97
7971251--7971339	33	2.6	34	78	8	92	21	31	24	22	1.98
7971320--7971434	7	16.6	7	76	1	88	20	20	22	35	1.96
7971410--7971437	13	2.2	13	100	0	56	14	21	21	42	1.88
7972467--7972500	14	2.4	14	95	0	59	23	0	5	70	1.09
7974455--7974851	29	13.5	28	68	20	145	36	3	27	31	1.74
7974455--7974878	176	2.4	176	84	5	554	36	3	27	32	1.73
7974413--7974879	59	8.0	59	86	4	531	35	4	28	31	1.77
7974970--7975286	162	2.0	163	92	1	539	42	13	18	25	1.87
7976793--7976853	6	10.3	6	76	16	65	54	1	1	42	1.20
7976793--7976853	24	2.6	23	85	12	88	54	1	1	42	1.20
7977160--7978134	145	6.8	144	87	5	1294	31	17	16	34	1.92
7977406--7977518	31	3.5	31	71	21	104	25	20	17	36	1.94
7977160--7978134	213	4.5	214	91	4	1389	31	17	16	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7977160--7978147	358	2.8	357	92	2	1551	31	17	16	34	1.92
7989637--7989892	59	4.3	59	91	3	408	33	4	30	31	1.77
7989637--7989892	30	8.7	28	69	17	146	33	4	30	31	1.77
7989637--7989892	117	2.2	118	90	2	408	33	4	30	31	1.77
7989984--7990299	162	2.0	162	92	1	535	40	12	18	27	1.87
7999944--7999988	23	2.0	24	86	8	67	42	0	0	57	0.98
8002973--8003009	7	5.3	7	96	0	56	13	0	32	54	1.40
8002973--8003016	14	3.1	14	90	0	61	13	2	34	50	1.55
8002973--8003024	21	2.5	21	83	0	59	13	3	34	48	1.61
8003290--8003372	41	2.0	41	97	0	157	43	21	9	25	1.83
8007900--8008189	51	5.6	51	83	2	341	30	23	14	32	1.94
8011364--8011422	24	2.5	24	81	10	59	37	5	0	57	1.21
8011405--8011556	57	2.6	58	84	6	200	44	0	1	52	1.17
8011716--8011751	16	2.2	16	90	0	54	25	33	8	33	1.86
8019727--8019840	7	16.4	7	79	1	104	19	27	20	33	1.96
8019727--8019840	21	5.5	21	83	4	133	19	27	20	33	1.96
8020895--8020933	3	13.7	3	89	10	64	28	0	0	71	0.86
8026941--8027022	25	3.5	25	68	27	70	48	30	1	19	1.57
8027087--8027146	7	8.9	7	76	7	52	15	21	23	40	1.91
8027096--8027150	13	4.2	13	90	2	83	14	20	21	43	1.87
8028200--8028235	3	12.3	3	94	5	65	30	0	0	69	0.89
8028295--8028342	23	2.1	23	84	0	60	20	4	16	58	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8030920--8030962	18	2.4	18	80	7	52	51	0	2	46	1.13
8037338--8037603	43	6.0	43	82	8	311	22	18	28	30	1.97
8037466--8037603	51	2.9	51	84	8	184	23	18	28	29	1.97
8037423--8037603	94	1.9	94	94	2	319	23	18	28	29	1.97
8041463--8041550	24	3.4	27	71	16	87	60	0	1	38	1.04
8043678--8043724	18	2.4	18	86	10	58	51	8	38	2	1.45
8043685--8043730	18	2.6	18	89	0	74	41	15	41	2	1.59
8043780--8043835	18	3.1	17	71	19	51	37	7	51	3	1.47
8043776--8043879	36	2.9	35	77	6	120	34	8	54	1	1.42
8043845--8043889	21	2.1	22	88	12	67	40	6	53	0	1.27
8044923--8044979	26	2.2	26	87	0	78	38	8	12	40	1.74
8047763--8047792	15	2.0	15	93	0	51	50	0	13	36	1.42
8054541--8054586	24	2.0	23	82	4	56	39	6	2	52	1.40
8055534--8055591	18	3.3	17	80	15	73	63	1	0	34	1.04
8055697--8055735	19	2.0	20	85	5	53	64	0	2	33	1.08
8061440--8061485	24	1.9	23	86	8	65	56	6	4	32	1.45
8063511--8063545	16	2.2	16	89	0	52	77	0	5	17	0.96
8067524--8067569	24	1.9	23	86	8	65	56	6	4	32	1.45
8071019--8071065	19	2.5	19	85	0	58	63	2	2	31	1.18
8076604--8076691	25	3.5	25	100	0	176	39	20	28	11	1.87
8076583--8076691	25	4.4	24	94	2	155	37	19	31	11	1.88
8082663--8082765	25	4.3	24	78	11	81	38	20	31	9	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8083034--8083060	12	2.2	12	100	0	54	40	0	0	59	0.98
8089526--8089568	21	2.0	22	90	4	70	48	0	0	51	1.00
8089529--8089608	29	2.7	30	96	1	144	51	1	0	47	1.08
8089619--8089669	25	2.0	25	96	0	93	11	21	15	50	1.76
8090347--8090376	6	5.0	6	95	0	51	30	0	70	0	0.88
8090503--8090544	11	4.1	10	80	17	50	50	2	0	47	1.14
8090502--8090544	22	2.0	20	86	8	59	51	2	0	46	1.13
8090484--8090544	20	3.0	20	77	17	63	49	1	0	49	1.10
8092442--8092654	105	2.0	105	95	0	381	30	10	4	53	1.56
8092581--8092636	13	4.3	13	71	8	51	35	0	1	62	1.06
8093776--8093808	16	2.0	17	94	5	59	75	0	0	24	0.80
8094126--8094181	27	2.0	28	83	10	71	12	3	10	73	1.22
8100429--8100469	19	2.2	19	86	4	57	60	0	2	36	1.10
8100409--8100486	25	3.0	27	74	11	72	64	0	1	34	1.02
8100527--8100578	26	2.0	26	82	14	63	63	1	1	32	1.16
8100497--8100793	92	3.2	92	91	3	456	47	9	10	32	1.70
8100619--8100670	26	2.0	26	82	14	63	61	1	3	32	1.25
8100847--8100882	18	2.0	18	94	0	63	52	2	5	38	1.39
8101255--8101308	28	1.9	28	84	0	72	44	3	9	42	1.54
8101755--8101812	28	2.0	29	86	3	82	39	3	5	51	1.41
8108942--8108975	17	1.9	18	88	5	52	61	0	0	38	0.96
8109191--8109238	17	2.9	16	78	9	53	64	2	0	33	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8109526--8109577	24	2.1	25	96	3	97	50	5	3	40	1.45
8110666--8110699	2	17.0	2	100	0	68	0	0	50	50	1.00
8112163--8112217	22	2.5	22	82	5	67	23	23	23	29	1.99
8119476--8119564	31	3.0	30	79	14	85	33	6	13	46	1.70
8119861--8119928	22	3.1	21	71	19	50	51	1	8	38	1.42
8125911--8125982	31	2.4	30	77	13	76	65	0	0	34	0.93
8130079--8130256	97	1.8	97	95	0	320	43	5	11	39	1.64
8134937--8135019	6	14.0	6	74	20	68	43	3	1	51	1.26
8134946--8135011	25	2.8	23	78	13	71	42	4	1	51	1.31
8135294--8135355	26	2.4	26	100	0	124	22	54	11	11	1.67
8135862--8135891	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
8136995--8137365	59	6.3	59	90	2	557	32	30	2	34	1.71
8136995--8137365	178	2.1	177	90	2	575	32	30	2	34	1.71
8137026--8137357	30	11.2	29	66	23	158	33	30	2	34	1.70
8149597--8149844	31	7.4	31	64	19	115	35	17	20	27	1.95
8149486--8150168	68	9.9	68	92	2	1039	33	18	20	27	1.96
8149486--8150093	205	3.0	203	95	0	1072	34	17	20	27	1.95
8150502--8150584	6	14.0	6	74	20	68	43	3	1	51	1.26
8150511--8150576	25	2.8	23	78	13	71	42	4	1	51	1.31
8152510--8152836	30	11.1	29	66	19	99	33	31	1	33	1.69
8152510--8152854	29	11.7	29	69	19	187	34	30	2	33	1.69
8152521--8152895	59	6.4	59	90	3	544	33	30	2	34	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8152551--8152890	29	11.5	29	67	23	176	33	29	2	35	1.70
8154185--8154325	11	12.5	11	66	8	59	23	5	7	63	1.41
8160808--8160893	45	1.9	45	83	6	113	41	5	2	50	1.39
8173493--8173528	2	19.0	2	88	11	58	50	0	0	50	1.00
8173778--8173820	19	2.1	21	84	16	56	53	2	4	39	1.34
8173867--8173907	19	2.3	18	88	12	59	60	0	7	31	1.24
8178827--8178854	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
8180073--8180130	24	2.4	24	82	0	62	44	15	17	22	1.86
8181267--8181309	11	3.8	11	80	17	52	30	2	2	65	1.18
8181270--8181313	23	1.9	23	90	0	70	31	2	4	61	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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