genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032245.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_2_4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41238926

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   

This is table  50  of  132  ( 15769 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13701641--13701792	29	5.2	29	72	12	105	36	4	25	33	1.76
13701669--13701792	58	2.1	60	80	7	137	37	5	23	33	1.78
13703338--13704329	204	4.8	205	90	2	1415	23	23	18	34	1.96
13704720--13704848	49	2.6	48	76	8	136	14	26	18	40	1.89
13704720--13704867	49	3.0	48	72	8	129	15	26	18	39	1.91
13707954--13708037	23	3.7	23	90	0	105	47	11	17	22	1.80
13707977--13708049	23	3.2	23	92	0	110	43	10	20	24	1.84
13712840--13713183	29	11.7	29	73	15	172	35	2	27	34	1.69
13712841--13713207	59	6.2	58	83	6	418	35	1	27	35	1.68
13712852--13713207	117	3.0	117	87	2	493	34	1	28	35	1.69
13712895--13713303	30	14.0	29	73	13	265	33	1	28	36	1.67
13712841--13713273	59	7.4	58	82	6	400	34	2	27	36	1.69
13712848--13713218	118	3.2	117	85	4	489	33	1	28	36	1.68
13714610--13714664	6	9.2	6	80	7	67	50	1	0	47	1.11
13714609--13714665	30	1.9	29	96	3	105	50	1	0	47	1.11
13715025--13715475	209	2.2	209	84	0	571	23	23	16	36	1.95
13718438--13718533	23	4.2	23	85	2	95	42	10	21	25	1.84
13743681--13743776	23	4.2	23	89	4	113	25	19	11	43	1.84
13756363--13756432	6	12.2	6	69	19	51	42	1	1	54	1.18
13756381--13756412	11	2.8	12	95	4	57	40	0	0	59	0.97
13756363--13756406	17	2.6	18	85	10	65	38	0	2	59	1.10
13756363--13756432	17	4.4	17	76	22	62	42	1	1	54	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13756361--13756429	29	2.4	28	88	7	95	42	1	1	55	1.18
13756602--13756655	3	17.7	3	82	3	54	57	5	1	35	1.33
13757851--13758334	59	8.3	58	76	8	396	34	28	3	33	1.73
13757938--13758243	29	10.4	29	70	18	156	34	28	2	34	1.70
13758257--13758329	29	2.5	31	82	13	91	36	26	4	32	1.75
13761771--13761832	23	2.7	23	92	5	99	22	19	12	45	1.84
13767584--13768245	209	3.2	208	86	3	875	36	18	22	22	1.95
13768175--13768287	48	2.3	49	85	7	142	31	15	24	28	1.95
13768628--13768664	6	6.2	6	93	0	65	48	0	0	51	1.00
13770580--13770748	30	5.8	30	73	13	102	37	27	3	31	1.74
13770667--13771157	117	4.2	116	82	3	529	35	27	3	34	1.73
13770667--13771157	58	8.4	58	78	7	422	35	27	3	34	1.73
13770667--13771158	29	16.8	29	71	16	284	35	27	3	34	1.73
13786575--13786607	17	1.9	17	93	0	57	27	6	12	54	1.60
13793725--13793801	29	2.7	28	76	6	73	37	5	22	35	1.76
13802057--13802183	29	4.2	30	72	16	86	35	7	25	32	1.83
13802068--13802233	91	1.8	91	81	5	210	35	6	25	33	1.80
13802148--13802298	29	5.2	28	72	16	85	34	5	20	39	1.75
13802148--13802278	29	4.5	29	75	16	101	33	4	21	40	1.74
13802148--13802307	59	2.7	58	77	11	157	35	5	20	39	1.76
13804126--13804195	6	12.0	6	74	6	54	55	4	1	38	1.28
13804141--13804190	17	2.9	16	88	8	64	60	6	0	34	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13807014--13807083	6	12.2	6	69	19	51	42	1	1	54	1.18
13807032--13807063	11	2.8	12	95	4	57	40	0	0	59	0.97
13807014--13807057	17	2.6	18	85	10	65	38	0	2	59	1.10
13807014--13807083	17	4.4	17	76	22	62	42	1	1	54	1.18
13807012--13807080	29	2.4	28	88	7	95	42	1	1	55	1.18
13807253--13807308	3	18.7	3	83	0	58	58	5	1	33	1.31
13807465--13807517	3	17.7	3	82	0	52	58	5	1	33	1.32
13808630--13809152	30	17.7	29	69	18	237	33	27	3	34	1.75
13808660--13809150	59	8.3	58	80	8	347	33	27	3	35	1.75
13808721--13809150	177	2.4	176	84	4	548	32	28	4	35	1.76
13808652--13809152	118	4.3	117	81	8	529	32	27	3	35	1.76
13813077--13813138	23	2.7	23	92	0	88	24	17	11	46	1.81
13821793--13821843	19	2.5	22	79	17	58	23	3	1	70	1.14
13824353--13824416	24	2.6	24	82	2	83	48	12	15	23	1.79
13833829--13833873	18	2.3	18	85	14	54	60	26	2	11	1.42
13850134--13850178	18	2.3	18	85	14	54	60	26	2	11	1.42
13862470--13862850	29	13.1	28	68	18	118	34	3	27	34	1.74
13862456--13862815	59	6.2	58	79	7	185	34	3	27	33	1.75
13862476--13862839	58	6.2	58	81	7	398	35	3	26	34	1.72
13862857--13862935	30	2.6	30	87	0	104	29	2	27	40	1.69
13864857--13864922	6	11.0	6	74	6	53	56	1	0	42	1.08
13864878--13864922	18	2.5	18	85	0	63	57	2	0	40	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13864839--13864922	42	2.0	41	86	2	114	53	1	1	44	1.16
13865287--13865948	209	3.2	208	85	3	846	22	22	18	37	1.95
13874074--13874132	23	2.6	23	94	0	100	47	13	18	20	1.82
13874089--13874156	23	3.0	23	82	4	57	44	11	20	23	1.84
13877921--13877992	26	2.7	24	78	22	65	37	0	27	34	1.57
13877855--13878402	58	9.5	57	77	11	444	34	3	28	33	1.75
13877856--13878414	173	3.2	171	77	10	523	34	3	28	32	1.76
13877861--13878398	29	18.7	28	70	19	247	34	3	27	33	1.75
13878278--13878415	30	4.7	30	73	17	103	36	6	26	31	1.82
13879535--13879614	3	26.7	3	86	5	90	35	2	3	58	1.29
13879788--13879842	6	9.5	6	73	15	53	58	1	0	40	1.09
13879777--13879814	18	2.1	19	90	5	60	57	0	2	39	1.12
13879788--13879844	28	2.0	28	90	10	89	57	1	0	40	1.09
13893139--13893690	274	2.0	274	91	0	899	36	13	14	34	1.86
13899594--13899649	6	9.7	6	75	14	55	41	0	3	55	1.17
13899594--13899649	17	3.2	17	80	10	60	41	0	3	55	1.17
13899597--13899652	29	2.0	28	89	3	85	41	0	3	55	1.17
13901501--13901569	29	2.4	29	87	0	93	34	24	7	33	1.83
13901579--13901673	30	3.2	29	75	10	86	41	27	2	29	1.68
13901513--13901676	29	5.6	30	71	7	95	39	26	3	29	1.73
13901529--13901676	59	2.5	59	79	7	133	37	28	4	30	1.76
13902044--13902232	94	2.0	94	84	6	247	30	20	13	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13910316--13910567	30	8.5	30	71	16	136	35	3	26	33	1.75
13910347--13910566	59	3.7	58	84	6	275	35	3	27	34	1.73
13910347--13910567	29	7.5	29	71	11	155	35	3	27	34	1.73
13910317--13910577	118	2.2	117	85	7	366	34	4	27	34	1.76
13912548--13912581	17	2.1	16	94	5	59	41	0	2	55	1.15
13912567--13912654	6	15.0	6	70	13	58	55	4	0	39	1.20
13912550--13912625	18	4.3	18	79	11	70	51	3	1	43	1.28
13912592--13912656	29	2.2	28	81	7	76	56	4	0	38	1.20
13912568--13912643	12	6.4	12	76	18	70	55	5	0	39	1.23
13913019--13913681	209	3.2	209	83	3	796	22	22	18	37	1.94
13915430--13915475	24	1.9	23	86	8	65	56	6	4	32	1.45
13917404--13917436	17	1.9	17	93	0	57	84	3	0	12	0.72
13917403--13917438	18	2.0	18	88	0	54	83	2	0	13	0.76
13920284--13920339	14	4.2	13	78	13	60	75	1	3	19	1.05
13920285--13920348	26	2.4	26	79	7	67	75	1	3	20	1.03
13920285--13920348	20	3.3	19	79	14	67	75	1	3	20	1.03
13924647--13924696	17	2.9	17	87	3	73	38	0	6	56	1.24
13926908--13926948	21	1.9	20	85	14	55	82	4	12	0	0.81
13928155--13928369	50	4.3	49	73	4	171	39	22	26	12	1.89
13928282--13928410	49	2.6	48	76	4	134	40	20	26	13	1.89
13928801--13929608	205	4.0	206	86	2	1024	35	18	23	22	1.96
13928801--13929608	412	2.0	407	84	2	1071	35	18	23	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13929906--13929949	17	2.6	17	85	0	61	34	0	4	61	1.16
13929921--13929966	23	2.0	24	86	4	67	39	2	4	54	1.32
13931613--13931757	29	4.9	30	75	9	129	35	22	6	35	1.80
13931708--13931805	50	1.9	51	86	10	139	33	24	5	36	1.78
13952513--13952557	18	2.3	18	85	14	54	60	26	2	11	1.42
14020057--14020186	28	4.7	27	75	16	115	37	3	27	31	1.72
14020057--14020186	55	2.3	55	87	7	183	37	3	27	31	1.72
14020251--14020309	27	2.3	25	85	8	75	35	1	32	30	1.68
14020499--14020555	28	2.1	28	86	3	80	36	5	26	31	1.79
14022484--14022537	24	2.2	24	84	12	67	53	1	0	44	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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