genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032245.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_2_4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41238926

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   

This is table  28  of  132  ( 15769 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7720865--7720891	9	3.0	9	100	0	54	55	0	0	44	0.99
7720865--7720905	18	2.2	19	83	12	50	51	2	0	46	1.14
7721378--7721408	14	2.2	14	94	0	53	51	0	0	48	1.00
7723659--7723692	14	2.3	15	90	5	52	67	2	14	14	1.34
7723760--7723806	21	2.3	21	85	10	62	42	0	8	48	1.33
7724162--7724440	54	5.2	53	79	7	271	34	16	16	32	1.91
7724162--7724440	108	2.6	107	84	7	345	34	16	16	32	1.91
7724277--7724600	60	5.7	58	79	7	271	29	17	16	36	1.92
7725550--7725588	17	2.3	17	82	8	53	61	0	5	33	1.18
7725514--7725600	29	2.9	30	89	3	140	62	2	6	28	1.34
7726835--7726879	18	2.5	18	88	0	63	71	2	4	22	1.15
7729506--7729978	55	8.5	54	71	16	204	40	17	15	26	1.89
7729537--7729773	118	2.0	116	85	4	316	38	15	14	31	1.87
7729506--7729978	58	8.5	57	71	15	282	40	17	15	26	1.89
7731478--7731530	20	2.7	20	79	5	54	32	26	9	32	1.88
7731717--7731765	20	2.5	20	86	0	62	28	30	8	32	1.86
7731731--7731785	20	2.8	20	83	5	67	32	30	5	30	1.80
7737607--7737655	9	5.2	9	77	18	55	46	0	0	53	1.00
7737580--7737654	29	2.7	29	89	4	109	48	1	0	50	1.09
7737616--7737657	21	2.0	21	90	4	68	50	0	0	50	1.00
7737607--7737663	20	3.0	20	78	14	66	45	1	0	52	1.11
7745050--7745138	37	2.4	37	80	10	101	65	2	2	30	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7755364--7755397	14	2.5	13	86	9	50	35	11	11	41	1.78
7769119--7769159	20	2.0	20	100	0	82	29	9	19	41	1.83
7773981--7774030	26	2.0	26	96	4	93	42	8	14	36	1.74
7775671--7775743	38	1.9	37	86	2	101	43	9	26	20	1.82
7776087--7776121	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
7786813--7786871	20	3.0	20	92	5	93	5	5	16	72	1.20
7786837--7786880	20	2.2	20	84	8	54	6	9	15	68	1.38
7786909--7786998	12	7.8	12	73	9	62	8	5	16	68	1.34
7786889--7786956	21	3.2	21	80	12	77	7	2	17	72	1.21
7797359--7797397	17	2.3	17	86	8	53	46	23	12	17	1.83
7802324--7802365	15	2.7	16	82	13	52	78	7	14	0	0.95
7814341--7814704	120	3.0	119	87	1	514	29	25	15	29	1.96
7820001--7820053	23	2.3	22	87	6	70	30	22	22	24	1.99
7820112--7820164	23	2.3	23	74	3	54	32	1	9	56	1.42
7820885--7820918	17	2.0	17	88	0	50	23	5	5	64	1.38
7822437--7822484	22	2.2	23	88	7	73	25	10	4	60	1.47
7827946--7828103	40	3.9	40	81	1	154	38	17	22	20	1.93
7828045--7828430	41	9.4	40	86	2	448	29	19	30	20	1.97
7827964--7828448	82	5.9	81	82	5	442	31	19	27	20	1.97
7830134--7830175	17	2.4	17	88	4	57	47	2	28	21	1.63
7830148--7830195	24	2.0	24	91	0	78	41	0	37	20	1.53
7835507--7835548	17	2.4	17	92	4	66	50	2	26	21	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7837553--7837578	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
7838637--7838704	18	3.7	18	75	18	68	39	1	1	57	1.17
7838638--7838704	8	8.4	8	74	12	57	38	1	1	58	1.17
7838638--7838691	26	2.1	26	92	0	90	37	1	1	59	1.19
7838615--7838705	22	4.0	22	71	13	76	42	2	1	53	1.20
7838664--7838833	76	2.2	76	92	0	277	43	4	1	50	1.33
7838737--7838810	32	2.4	30	88	4	103	45	1	1	51	1.18
7838600--7838810	102	2.0	102	87	7	298	44	3	2	49	1.33
7838793--7838825	14	2.5	13	90	9	50	42	6	3	48	1.43
7838856--7838938	29	3.0	28	76	16	91	46	6	1	45	1.35
7838857--7838938	26	2.9	29	80	12	91	46	6	1	46	1.35
7838969--7839005	18	2.1	18	89	0	56	40	0	2	56	1.13
7838967--7839020	26	2.1	26	92	0	90	42	1	1	53	1.22
7839013--7839111	44	2.3	42	78	13	110	44	3	2	50	1.28
7838993--7839165	76	2.3	76	92	0	283	44	2	2	50	1.27
7839072--7839175	8	13.5	8	69	13	58	42	0	2	54	1.15
7839049--7839165	22	5.3	22	69	14	73	44	0	1	52	1.16
7839049--7839158	44	2.5	44	85	11	136	44	0	1	52	1.17
7839131--7839276	56	2.6	57	88	1	213	45	4	2	46	1.38
7839069--7839576	243	2.1	244	94	1	885	45	5	2	47	1.37
7839315--7839418	8	13.5	8	67	17	51	42	2	1	52	1.27
7839374--7839519	56	2.6	57	87	3	206	45	6	2	44	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7839481--7839511	14	2.2	14	94	0	53	51	9	3	35	1.51
7845520--7845831	43	7.3	43	85	1	394	25	19	28	26	1.99
7845537--7845831	128	2.3	127	85	2	412	25	20	28	25	1.99
7849846--7849904	7	8.6	7	75	3	57	22	20	23	33	1.97
7853977--7854010	14	2.4	14	95	0	59	61	2	0	35	1.11
7859280--7859342	24	2.6	24	89	0	99	20	38	20	20	1.94
7859280--7859343	13	5.2	13	69	14	55	20	39	20	20	1.93
7864334--7864414	40	2.0	40	90	4	126	60	4	4	29	1.39
7873975--7874028	21	2.6	20	82	8	63	24	9	27	38	1.86
7886014--7886184	22	8.0	22	69	14	92	22	9	14	53	1.70
7886062--7886187	20	6.1	20	71	15	87	24	8	14	52	1.69
7885997--7886176	84	2.1	84	87	1	252	23	10	13	52	1.72
7886152--7886195	20	2.2	20	83	0	52	27	9	15	47	1.76
7891860--7891894	18	1.9	18	88	0	52	37	0	2	60	1.12
7892285--7892324	18	2.2	18	91	8	64	60	2	0	37	1.11
7892719--7892772	25	2.2	24	87	6	81	40	0	1	57	1.09
7892782--7892837	22	2.6	22	78	10	64	42	0	0	57	0.99
7900927--7901165	9	24.7	9	68	18	65	64	2	6	26	1.30
7900968--7901019	20	2.5	21	81	6	61	63	0	5	30	1.18
7900989--7901036	20	2.4	20	86	6	62	62	2	0	35	1.07
7900963--7901164	10	20.4	9	69	20	52	62	2	6	27	1.33
7905744--7905899	10	15.6	10	68	14	74	64	3	1	30	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7905775--7905876	11	9.6	11	70	18	56	65	1	1	30	1.14
7905786--7905899	46	2.5	43	80	8	102	64	3	0	30	1.16
7905807--7905911	27	3.9	26	78	15	99	61	3	0	34	1.14
7905808--7905913	8	12.0	8	70	19	52	61	3	0	34	1.14
7905760--7905913	27	5.9	27	75	12	83	63	3	1	31	1.20
7911683--7911739	21	2.6	22	89	8	82	12	12	3	71	1.25
7913621--7913661	21	2.0	21	85	0	55	43	9	12	34	1.75
7917785--7917821	6	6.0	6	87	6	56	16	2	0	81	0.81
7917785--7917830	13	3.5	13	83	16	60	17	2	0	80	0.81
7918620--7918811	101	1.9	101	81	8	230	38	13	21	26	1.90
7920305--7920329	12	2.1	12	100	0	50	32	20	8	40	1.81
7921819--7921857	15	2.8	14	81	11	53	41	0	2	56	1.13
7922521--7922562	18	2.3	18	83	0	57	28	2	0	69	1.01
7922519--7922572	26	2.0	27	85	3	74	27	1	0	70	0.98
7922602--7922653	19	2.7	20	88	5	72	30	0	9	59	1.29
7923208--7923249	20	2.1	20	82	8	50	35	0	21	42	1.53
7927132--7927162	14	2.2	14	94	0	53	35	29	19	16	1.93
7927184--7927220	19	1.9	19	88	0	56	13	8	40	37	1.74
7934172--7934223	27	1.9	27	88	7	79	34	25	17	23	1.96
7934186--7934245	20	3.1	19	77	13	61	33	26	20	20	1.97
7934191--7934252	18	3.3	18	76	13	63	32	27	22	17	1.97
7941924--7942065	26	5.5	26	73	9	101	22	16	30	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7942012--7942060	25	1.9	26	88	12	75	20	18	28	32	1.96
7947622--7947667	17	2.4	19	80	16	51	10	2	8	78	1.05
7948460--7948505	20	2.2	22	84	7	60	60	6	4	28	1.40
7949918--7949955	20	1.9	20	88	0	58	28	2	7	60	1.38
7950932--7950977	8	6.0	8	78	17	53	54	0	2	43	1.12
7950914--7950978	14	4.7	14	89	10	91	55	0	1	43	1.09
7950931--7951025	38	2.5	39	81	5	122	51	0	2	46	1.12
7951000--7951030	9	3.4	9	100	0	62	58	0	0	41	0.98
7951938--7952010	8	9.2	8	70	19	55	47	1	0	50	1.09
7951938--7952018	9	10.3	9	73	23	60	46	1	0	51	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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