genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032245.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_2_4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41238926

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   

This is table  82  of  132  ( 15769 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24218558--24218615	17	3.4	17	73	21	57	13	20	12	53	1.72
24231442--24231475	3	11.3	3	93	0	59	64	32	0	2	1.08
24234828--24234870	17	2.5	17	88	0	59	16	11	16	55	1.68
24235450--24235482	14	2.5	13	90	9	50	78	3	18	0	0.87
24237023--24237068	24	2.0	23	91	4	74	21	10	10	56	1.64
24253436--24253475	18	2.2	19	86	4	55	0	25	5	70	1.08
24254505--24254564	27	2.2	26	80	13	68	3	36	1	58	1.25
24258492--24258539	22	2.2	22	88	0	69	27	16	10	45	1.80
24262256--24262495	52	4.7	52	91	1	367	33	24	13	28	1.93
24263544--24263943	199	2.0	199	97	0	746	44	18	10	26	1.82
24267990--24268028	16	2.5	15	87	8	51	69	2	0	28	1.02
24271543--24271589	24	2.0	24	87	8	69	68	0	2	29	1.02
24271569--24271598	11	2.6	11	94	5	51	80	0	3	16	0.85
24273350--24273485	45	3.0	45	85	0	182	45	18	5	30	1.73
24275801--24275834	17	2.0	17	94	0	59	55	5	0	38	1.24
24276429--24276523	41	2.3	41	92	1	156	36	27	7	28	1.84
24281260--24281295	18	1.9	19	88	5	56	47	0	19	33	1.50
24284590--24284640	12	3.8	12	77	22	57	41	0	0	58	0.98
24284602--24284650	17	3.2	17	72	27	63	46	0	0	53	1.00
24284586--24284693	29	3.7	29	88	2	155	47	0	0	51	1.07
24285471--24285507	18	2.1	18	90	10	58	24	0	67	8	1.17
24285474--24285501	12	2.3	12	100	0	56	25	0	67	7	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24285549--24285637	11	8.6	11	71	24	70	50	0	0	49	1.00
24285549--24285599	21	2.5	20	84	15	68	52	0	0	47	1.00
24285573--24285628	29	2.0	29	89	3	87	50	0	0	50	1.00
24285779--24285892	56	2.1	56	98	1	221	43	8	14	33	1.76
24288845--24288880	17	2.1	17	89	0	54	55	0	5	38	1.23
24289306--24289375	23	3.0	23	80	2	86	28	11	17	42	1.83
24289395--24289424	15	1.9	16	93	6	53	60	20	6	13	1.55
24294247--24294382	34	4.1	34	87	1	168	32	30	17	19	1.95
24295553--24295653	49	2.1	49	84	3	132	41	15	4	37	1.69
24295595--24295703	33	3.2	33	69	21	98	38	16	4	40	1.69
24295633--24295677	10	4.4	10	85	2	63	40	17	2	40	1.62
24295634--24295739	20	4.8	21	68	20	65	37	18	4	38	1.72
24295623--24295739	36	3.4	34	70	22	91	37	19	4	38	1.72
24295587--24295911	59	5.3	61	88	4	378	38	18	4	38	1.70
24295655--24295911	59	4.4	59	89	1	381	38	19	4	38	1.71
24295761--24295798	10	3.7	10	96	3	67	42	21	0	36	1.53
24295647--24295911	118	2.3	118	91	0	424	38	18	4	38	1.72
24295724--24295788	23	2.7	23	77	15	69	38	21	1	38	1.63
24295777--24295847	23	2.8	27	70	23	64	38	18	4	39	1.70
24296306--24296465	36	4.4	36	84	3	205	36	20	9	33	1.85
24296306--24296465	72	2.2	72	88	2	232	36	20	9	33	1.85
24299057--24299095	21	1.9	21	89	5	62	66	7	12	12	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24305551--24305603	26	2.0	26	85	10	72	45	0	1	52	1.11
24319007--24319088	34	2.4	34	89	0	119	32	36	13	17	1.88
24319030--24319120	34	2.7	34	84	0	110	38	36	10	14	1.81
24324778--24324811	16	2.2	15	89	5	50	23	8	5	61	1.47
24325847--24325956	50	2.2	52	90	3	170	34	13	13	38	1.84
24327593--24327647	24	2.2	24	90	3	83	45	9	16	29	1.78
24333490--24333547	29	2.0	30	89	3	91	48	1	0	50	1.11
24333495--24333556	29	2.1	30	81	3	72	53	1	0	45	1.10
24339553--24339598	22	2.1	22	84	4	58	13	13	6	67	1.41
24342447--24342512	34	1.9	34	84	6	89	19	19	13	46	1.83
24342455--24342512	17	3.4	17	75	0	53	20	17	13	48	1.81
24345499--24345536	16	2.2	18	90	9	62	42	0	0	57	0.98
24351382--24351420	21	1.9	20	84	5	51	33	23	5	38	1.77
24351711--24351754	18	2.5	18	96	3	81	63	11	9	15	1.51
24352732--24352775	17	2.6	17	80	16	56	0	34	0	65	0.93
24364665--24364810	37	3.9	37	81	0	166	25	19	29	26	1.98
24364898--24364942	15	3.0	15	90	0	63	46	17	8	26	1.78
24365910--24365943	17	2.0	17	88	0	50	55	14	14	14	1.69
24367768--24367807	14	2.9	15	82	10	50	67	5	15	12	1.38
24369033--24369151	37	3.2	37	78	1	139	21	17	30	30	1.96
24372503--24372541	21	1.9	21	89	5	62	25	17	15	41	1.89
24391793--24391882	44	2.0	44	93	0	153	33	15	15	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24399278--24399320	22	1.9	23	85	4	61	39	20	25	13	1.90
24406443--24406542	50	2.0	50	98	0	191	53	16	11	20	1.72
24409971--24410013	14	3.1	14	82	0	50	32	9	18	39	1.83
24410218--24410261	19	2.2	21	84	11	58	56	4	0	38	1.20
24410224--24410325	44	2.3	44	78	8	107	46	2	2	48	1.32
24410634--24410673	21	1.9	21	90	10	64	57	10	10	22	1.61
24413966--24414009	22	2.0	22	86	4	63	50	0	2	47	1.13
24416981--24417013	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
24421320--24421517	98	2.0	98	100	0	396	36	10	19	34	1.85
24421509--24421537	12	2.5	12	94	5	51	17	17	27	37	1.92
24425440--24425683	52	4.7	52	90	0	371	35	26	13	24	1.93
24426975--24427016	3	14.0	3	100	0	84	66	0	33	0	0.92
24430911--24431300	43	9.1	43	77	5	315	27	25	17	30	1.97
24430905--24431300	85	4.6	86	82	2	422	27	25	17	30	1.97
24430912--24431252	129	2.7	127	84	5	413	26	24	18	29	1.98
24430905--24431293	171	2.3	171	81	4	428	27	24	17	30	1.97
24438089--24438128	6	6.5	6	86	13	55	45	0	0	55	0.99
24438383--24438452	30	2.4	29	78	4	77	34	2	15	47	1.61
24438547--24438709	89	1.8	89	85	7	233	43	17	5	33	1.72
24438826--24438869	21	2.2	20	95	4	79	65	0	0	34	0.93
24438822--24438879	10	6.0	10	73	13	50	63	1	0	34	1.04
24438844--24438959	9	12.7	9	68	13	51	65	2	3	28	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24438931--24438967	19	1.9	19	88	0	56	67	2	8	21	1.29
24439184--24439262	19	4.2	19	74	20	58	31	0	6	62	1.20
24439196--24439336	10	14.3	10	65	18	55	33	1	1	63	1.12
24439200--24439359	59	2.8	57	75	17	143	32	1	1	64	1.12
24439196--24439356	9	17.8	9	67	17	68	32	1	1	64	1.12
24439196--24439348	19	8.3	19	67	16	65	32	1	1	64	1.13
24442091--24442138	18	2.7	18	86	0	69	22	27	2	47	1.62
24442091--24442135	6	7.5	6	84	0	54	22	28	2	46	1.63
24442091--24442139	12	4.1	12	81	0	62	22	26	2	48	1.61
24443786--24443873	44	2.0	45	82	6	108	27	20	1	51	1.55
24447610--24447646	18	2.1	18	89	0	56	24	27	0	48	1.51
24451093--24451151	2	29.5	2	100	0	118	50	0	0	49	1.00
24451677--24451732	15	3.9	14	75	11	51	48	1	0	50	1.11
24464292--24464331	15	2.7	15	84	0	53	22	0	12	65	1.26
24478619--24479223	138	4.4	138	90	2	954	45	5	7	40	1.58
24478619--24479289	273	2.5	272	87	6	942	46	5	7	40	1.58
24479711--24479790	19	4.3	18	79	7	72	63	2	7	26	1.33
24479720--24479804	19	4.5	20	78	7	56	62	3	7	27	1.38
24480688--24480747	29	2.1	29	83	0	75	21	21	16	40	1.92
24480962--24481016	27	2.0	27	85	0	74	30	30	16	21	1.95
24489959--24489996	14	2.6	15	83	8	51	50	7	21	21	1.74
24489966--24490047	15	5.6	14	75	9	58	52	7	15	24	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24489984--24490047	30	2.2	29	80	5	74	53	7	15	23	1.68
24490688--24490746	29	2.0	29	93	0	100	15	18	23	42	1.88
24494062--24494086	12	2.1	12	100	0	50	60	16	0	24	1.36
24495010--24495227	122	1.8	120	84	7	298	39	16	14	28	1.89
24500315--24500512	96	2.1	96	98	0	378	30	22	12	35	1.90
24506977--24507434	151	3.0	151	91	5	746	32	17	16	33	1.93
24529076--24529132	27	2.1	27	100	0	114	21	22	3	52	1.62
24536818--24536853	12	3.0	12	83	0	54	61	2	36	0	1.11
24537933--24537975	21	2.0	22	82	13	54	48	2	16	32	1.58
24539652--24539720	21	3.4	21	72	25	60	26	10	23	40	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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