genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032245.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_2_4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41238926

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   

This is table  61  of  132  ( 15769 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17151378--17151463	38	2.2	38	77	18	97	38	0	1	60	1.04
17151405--17151511	19	5.7	19	69	26	61	38	1	0	58	1.15
17151535--17151571	10	3.8	10	85	7	58	32	0	5	62	1.18
17151348--17151728	9	40.2	9	65	22	101	33	1	4	60	1.27
17152067--17152164	9	10.8	9	69	20	62	32	1	2	64	1.12
17152074--17152107	16	2.1	16	88	5	50	29	0	0	70	0.87
17152068--17152120	27	2.0	26	85	7	72	28	0	1	69	0.99
17152795--17153160	189	1.9	189	96	0	678	33	15	14	37	1.88
17156175--17156238	28	2.3	31	76	20	77	65	3	1	29	1.17
17158233--17158299	26	2.5	27	80	9	66	35	2	1	59	1.22
17164875--17165035	37	4.4	37	86	0	205	37	31	19	11	1.88
17171084--17171173	37	2.4	37	92	0	153	38	35	16	8	1.80
17172869--17172981	12	9.8	12	68	13	60	69	18	4	7	1.31
17172914--17172983	24	3.0	24	82	2	79	67	20	5	7	1.36
17172898--17173032	24	5.8	23	72	17	75	70	17	4	7	1.28
17172978--17173035	26	2.2	26	84	6	73	74	17	3	5	1.15
17173205--17173258	12	4.5	12	83	0	63	7	5	16	70	1.30
17173736--17173769	18	1.9	18	88	5	52	52	5	0	41	1.25
17173788--17173851	28	2.3	28	100	0	128	25	6	3	65	1.31
17173856--17173961	52	2.1	52	82	8	128	49	9	3	37	1.53
17174050--17174096	20	2.3	21	85	3	60	46	6	4	42	1.48
17173827--17174212	146	2.6	145	86	4	528	43	9	3	43	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17174372--17174435	2	32.5	2	96	3	121	51	0	48	0	1.00
17174668--17174706	3	13.0	3	94	0	69	64	0	2	33	1.08
17175176--17175480	42	7.3	42	89	0	430	35	23	18	21	1.96
17175896--17175950	17	3.2	17	82	10	76	0	14	0	85	0.60
17186202--17186251	20	2.3	20	80	10	55	56	12	6	26	1.58
17186675--17187147	237	2.0	237	92	1	779	41	14	6	36	1.73
17188542--17188745	28	7.3	28	68	9	103	31	17	23	28	1.96
17188532--17188780	56	4.4	56	85	3	322	34	17	21	26	1.95
17188630--17188769	28	5.0	28	69	6	122	35	16	20	27	1.94
17188752--17188892	28	5.1	28	81	4	124	26	16	21	36	1.94
17191754--17191832	33	2.4	34	93	2	133	37	13	22	25	1.91
17192558--17192592	18	1.9	18	88	0	52	31	28	14	25	1.95
17195453--17195540	26	3.6	25	69	18	78	36	7	2	53	1.43
17200365--17200508	71	2.0	71	98	0	279	29	9	32	28	1.88
17203789--17203845	28	2.0	28	96	0	105	50	19	3	26	1.63
17208389--17208442	27	2.0	27	82	10	67	55	7	7	29	1.55
17208796--17208865	29	2.4	29	81	9	79	42	1	5	50	1.35
17208785--17208865	30	2.8	29	83	5	83	41	1	4	51	1.31
17208852--17208894	16	2.7	17	79	13	56	53	0	0	46	1.00
17209364--17209874	41	12.4	41	79	5	426	23	24	26	25	2.00
17211453--17211485	6	5.5	6	96	0	57	15	45	36	3	1.61
17214345--17215200	18	48.8	18	63	18	136	46	1	5	45	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17214474--17214545	30	2.4	30	81	6	83	47	1	1	50	1.18
17214458--17214550	48	1.9	48	88	0	141	46	1	2	50	1.20
17214606--17214803	49	4.2	49	87	10	313	48	0	8	43	1.32
17214626--17214770	41	3.4	41	91	8	211	47	0	8	44	1.33
17214606--17215190	67	8.8	67	68	13	325	47	1	6	44	1.36
17214801--17214873	26	2.9	27	76	15	68	50	1	2	45	1.24
17214924--17215129	49	4.2	49	97	0	376	47	0	8	44	1.33
17214655--17215399	277	2.7	270	83	10	823	47	1	6	44	1.38
17214469--17215447	326	3.0	326	94	1	1665	47	1	6	44	1.39
17214446--17214803	90	3.6	98	76	14	340	46	1	6	45	1.36
17215127--17215199	26	2.9	27	76	15	68	50	1	2	45	1.24
17215250--17215447	49	4.1	49	89	1	310	47	2	6	43	1.39
17215340--17215398	30	1.9	31	89	3	93	49	0	1	49	1.11
17215322--17215399	18	4.7	18	72	18	78	51	1	2	44	1.23
17220874--17221013	65	2.1	66	88	3	203	45	15	22	16	1.85
17221016--17221067	21	2.5	21	90	0	77	32	19	46	1	1.61
17221368--17221508	43	3.3	43	93	0	237	25	24	30	19	1.98
17223296--17223337	17	2.4	17	84	8	57	21	11	0	66	1.23
17227593--17227650	21	2.8	20	76	10	53	31	22	17	29	1.96
17228361--17228552	25	7.4	25	78	10	140	36	24	16	21	1.94
17228372--17228552	52	3.5	52	80	8	190	37	24	16	22	1.94
17228433--17228561	27	4.9	27	83	5	149	38	24	13	22	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17230330--17230403	25	2.9	25	87	2	103	17	18	27	36	1.94
17237250--17237298	26	1.9	26	87	4	73	16	22	26	34	1.95
17241885--17242118	80	2.9	80	88	0	342	28	27	18	25	1.98
17242309--17242681	189	2.0	189	99	0	737	40	15	11	32	1.83
17244560--17244608	4	11.8	4	86	4	62	22	0	0	77	0.77
17244558--17244612	26	2.1	26	93	0	92	23	0	0	76	0.79
17244558--17244612	21	2.6	22	91	5	87	23	0	0	76	0.79
17247687--17247728	18	2.3	19	84	8	52	23	4	4	66	1.30
17249720--17249768	25	1.9	26	83	4	64	34	0	10	55	1.34
17266514--17266555	11	3.7	11	79	14	50	35	0	2	61	1.09
17284587--17284643	30	1.9	30	92	0	96	33	17	12	36	1.87
17288382--17288427	19	2.4	18	85	7	56	45	8	19	26	1.79
17299576--17299607	17	1.9	17	93	6	57	18	12	18	50	1.78
17302532--17302736	25	8.2	25	81	2	196	44	22	15	17	1.86
17306054--17306079	8	3.2	8	100	0	52	38	38	0	23	1.55
17306669--17307017	158	2.2	158	86	2	477	21	22	26	29	1.99
17313117--17313518	158	2.5	158	87	2	567	21	22	25	30	1.99
17313816--17313845	13	2.2	14	94	5	53	33	10	26	30	1.89
17314998--17315062	31	2.1	31	100	0	130	52	10	9	27	1.67
17315635--17315698	25	2.6	25	89	0	92	39	25	17	18	1.92
17331656--17331904	53	4.7	53	88	0	365	27	14	23	34	1.93
17338830--17339075	53	4.6	53	87	1	332	27	15	22	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17340119--17340169	21	2.4	21	86	0	75	29	27	17	25	1.98
17340912--17341098	52	3.6	52	86	0	275	35	25	13	25	1.93
17347162--17347211	21	2.4	21	96	0	91	36	24	8	32	1.84
17347893--17348027	52	2.6	51	89	4	216	34	25	14	25	1.93
17359297--17359337	21	2.0	21	85	0	55	9	19	9	60	1.55
17367036--17367089	18	3.1	18	78	5	56	22	11	9	57	1.61
17367057--17367094	17	2.2	18	85	4	51	23	15	10	50	1.75
17371891--17371996	53	2.0	52	94	1	185	24	16	15	43	1.87
17377870--17378082	105	2.0	103	90	3	338	31	12	25	30	1.92
17378070--17378115	23	2.0	24	82	4	58	69	0	10	19	1.17
17381971--17382031	17	3.5	17	86	2	77	49	14	18	18	1.80
17393633--17393666	5	6.8	5	96	0	50	20	0	5	73	1.04
17396614--17396667	21	2.6	21	85	5	65	29	18	20	31	1.96
17399460--17399518	26	2.3	26	88	2	84	28	25	16	28	1.97
17399504--17399600	37	2.6	38	79	11	128	28	14	25	30	1.95
17403977--17404032	26	2.2	26	87	3	78	30	19	17	32	1.95
17407438--17407491	21	2.6	21	85	11	67	31	11	29	27	1.91
17421716--17421748	18	1.9	17	88	11	50	30	42	15	12	1.83
17424689--17424747	26	2.3	26	88	2	84	25	25	20	28	1.99
17425982--17426039	17	3.4	17	82	0	71	51	13	17	17	1.76
17429322--17429412	38	2.4	38	73	8	87	29	14	24	31	1.94
17433604--17433669	24	2.8	24	90	0	114	28	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17435212--17435447	52	4.6	52	86	2	298	26	14	23	34	1.94
17439424--17439785	195	1.9	191	83	3	474	25	25	17	30	1.98
17440155--17440180	8	3.2	8	100	0	52	11	34	0	53	1.37
17442968--17443018	21	2.4	21	83	0	66	35	27	13	23	1.93
17443771--17444209	195	2.3	191	78	6	443	25	26	18	28	1.98
17454615--17454655	21	2.0	21	85	0	55	29	12	24	34	1.91
17463692--17463733	22	1.9	22	95	0	75	28	16	26	28	1.97
17463667--17463801	69	2.0	69	92	2	227	39	15	18	26	1.91
17463762--17463811	22	2.3	22	89	0	73	36	18	20	26	1.95
17464121--17464168	14	3.4	14	79	0	60	45	4	4	45	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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