genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032245.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_2_4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41238926

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   

This is table  94  of  132  ( 15769 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28946979--28947055	39	2.0	39	94	0	136	24	16	31	27	1.97
28946979--28947145	91	1.8	91	80	0	199	28	18	29	23	1.98
28947057--28947613	39	14.3	39	73	2	375	25	18	31	24	1.98
28947080--28947687	78	7.8	78	84	0	662	25	19	30	24	1.98
28948647--28948680	17	2.1	17	88	5	52	8	14	0	76	1.01
28948643--28948701	23	2.7	22	82	15	77	6	18	0	74	1.03
28948683--28948742	16	3.7	16	73	10	59	5	15	0	80	0.88
28949595--28949643	5	9.8	5	78	22	50	0	18	0	81	0.69
28949595--28949643	15	3.3	15	88	11	66	0	18	0	81	0.69
28954661--28954758	29	3.3	30	85	2	137	37	2	24	35	1.67
28955827--28955851	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
28960941--28960972	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
28964941--28964967	5	5.4	5	100	0	54	18	62	0	18	1.32
28974058--28974110	22	2.3	23	81	18	67	28	1	0	69	0.99
28974898--28974931	5	6.8	5	93	0	59	82	2	0	14	0.79
28978286--28978385	42	2.3	42	83	10	130	20	29	20	31	1.97
28980982--28981016	10	3.2	11	88	12	54	62	8	11	17	1.52
28981498--28981666	23	7.5	22	79	9	128	11	21	24	42	1.85
28981562--28981664	45	2.3	45	81	9	120	12	19	29	38	1.88
28984795--28984947	34	4.5	34	83	1	191	33	31	13	20	1.92
28990135--28990165	16	1.9	16	93	0	53	70	0	0	29	0.87
28992818--28992868	21	2.5	20	75	12	50	27	9	29	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28993303--28993351	20	2.5	20	82	0	62	26	28	10	34	1.89
28994367--28994419	27	2.0	27	85	7	72	58	1	1	37	1.20
29002850--29002888	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
29003508--29003677	76	2.3	74	88	7	261	34	10	2	52	1.49
29003587--29003644	28	2.1	27	83	6	71	34	10	1	53	1.45
29003551--29003708	76	2.1	74	84	9	203	37	10	1	50	1.47
29011656--29011687	11	2.9	11	100	0	64	43	0	9	46	1.35
29011800--29011897	51	1.9	51	97	0	187	56	19	3	21	1.56
29014948--29014998	21	2.4	22	86	6	77	29	0	1	68	1.00
29017219--29017264	24	1.9	25	91	8	78	56	4	4	34	1.39
29032534--29032579	17	2.8	16	83	12	58	78	2	19	0	0.86
29037111--29037166	21	2.7	21	85	0	76	39	33	16	10	1.83
29039921--29040188	53	5.1	53	90	3	380	28	15	20	35	1.94
29039933--29040188	107	2.4	104	88	3	361	28	16	19	35	1.93
29042000--29042033	15	2.3	15	89	0	50	50	5	35	8	1.58
29042302--29042341	21	2.0	20	85	5	53	52	5	42	0	1.23
29045680--29045738	30	2.0	30	83	9	77	42	3	13	40	1.61
29048883--29049075	24	8.1	24	73	4	140	20	25	15	37	1.92
29048968--29049075	47	2.3	48	90	4	166	19	25	17	37	1.94
29062201--29062227	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
29063362--29063429	13	5.1	13	71	16	50	38	14	2	44	1.61
29064861--29064914	2	27.0	2	100	0	108	50	50	0	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29066704--29066789	43	2.0	43	86	0	118	23	24	16	36	1.94
29066708--29066787	24	3.6	22	68	16	58	22	23	16	37	1.93
29067905--29067933	14	2.0	15	93	6	51	34	20	10	34	1.87
29069458--29069525	13	5.1	13	71	16	50	36	14	2	45	1.60
29070207--29070251	23	2.0	23	86	8	65	46	28	17	6	1.73
29071743--29071797	21	2.6	21	91	0	83	32	27	16	23	1.96
29071743--29071814	21	3.5	20	81	11	58	30	27	13	27	1.94
29071783--29072066	135	2.1	136	96	0	525	35	26	7	29	1.85
29075102--29075354	24	10.5	24	87	0	290	20	27	18	33	1.96
29075102--29075354	72	3.5	72	86	0	326	20	27	18	33	1.96
29075752--29075795	14	2.8	17	80	20	67	36	15	0	47	1.46
29076668--29076714	24	1.9	25	82	4	60	25	17	12	44	1.84
29083870--29083899	15	2.0	15	93	0	51	10	13	10	66	1.44
29091620--29091668	20	2.6	19	81	12	66	44	2	4	48	1.33
29093563--29093621	31	1.9	31	86	6	84	49	5	5	40	1.47
29094750--29094852	30	3.5	30	81	4	111	32	10	7	49	1.66
29095094--29095193	32	3.2	31	69	13	80	51	14	13	22	1.76
29095057--29095170	29	3.8	28	68	18	70	50	10	14	24	1.73
29095078--29095251	61	2.9	61	86	3	228	50	12	14	23	1.76
29096605--29096636	14	2.3	14	94	0	55	9	3	0	87	0.64
29097486--29097530	20	2.2	20	92	0	72	17	13	0	68	1.20
29097486--29097518	14	2.2	16	89	10	52	18	9	0	72	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29097486--29097560	20	3.5	22	84	10	70	14	14	2	68	1.33
29113229--29113266	14	2.6	15	80	19	53	34	0	21	44	1.52
29127768--29127938	85	2.0	85	94	0	297	37	5	19	38	1.74
29131588--29131676	46	1.9	46	86	4	126	25	25	17	30	1.98
29133923--29134112	26	7.5	26	78	5	165	29	16	23	31	1.96
29133923--29134141	51	4.3	51	82	5	230	29	16	22	30	1.96
29133964--29134148	25	7.4	25	77	7	144	30	17	20	31	1.95
29138805--29138929	26	4.9	26	80	1	92	28	20	23	28	1.99
29138806--29138903	52	1.9	51	85	2	133	29	22	21	26	1.99
29138821--29138965	25	5.7	25	80	0	137	26	22	24	26	2.00
29144968--29144992	13	1.9	13	100	0	50	60	0	8	32	1.26
29146565--29146619	25	2.2	25	83	0	74	34	18	25	21	1.96
29149076--29149242	83	2.0	83	88	2	246	34	18	16	31	1.93
29163833--29164111	54	5.2	54	90	1	427	35	20	16	27	1.94
29163833--29164111	107	2.6	107	91	0	441	35	20	16	27	1.94
29167761--29167794	17	1.9	18	88	5	52	64	2	2	29	1.22
29167890--29167927	18	2.1	18	85	9	51	18	55	0	26	1.43
29168586--29168626	18	2.2	19	86	8	57	21	2	4	70	1.18
29173309--29173372	33	1.9	33	87	0	92	43	21	6	28	1.77
29176214--29176541	96	3.5	95	90	3	518	34	8	8	48	1.64
29176550--29176585	18	2.0	18	94	0	63	44	0	2	52	1.15
29180000--29180050	22	2.3	22	93	0	84	47	11	5	35	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29182364--29182411	23	2.1	23	84	7	62	62	2	14	20	1.42
29182414--29182451	19	2.1	19	85	9	53	71	5	5	18	1.25
29184368--29184423	13	4.3	13	71	8	51	62	1	0	35	1.06
29184659--29184716	29	2.0	29	86	0	80	44	6	8	39	1.62
29184660--29184723	29	2.2	29	82	0	74	42	6	14	37	1.70
29190737--29190783	24	2.0	24	100	0	94	42	10	12	34	1.78
29193963--29194108	58	2.5	58	79	11	156	45	3	1	49	1.27
29194192--29194296	46	2.5	44	80	13	105	37	24	5	32	1.79
29194278--29194333	16	3.5	16	90	0	94	26	30	5	37	1.79
29199783--29199809	14	1.9	14	100	0	54	33	14	14	37	1.88
29207862--29207925	33	1.9	34	90	3	103	50	12	12	25	1.75
29208781--29208843	24	2.6	24	87	0	90	25	14	9	50	1.72
29210260--29210287	14	2.0	14	100	0	56	21	14	7	57	1.61
29210785--29210847	24	2.6	24	87	0	90	25	14	9	50	1.72
29213621--29213696	30	2.5	31	86	4	109	19	1	13	65	1.33
29216039--29216077	18	2.2	18	85	0	51	38	0	17	43	1.50
29216820--29216852	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
29216987--29217341	196	1.8	196	86	2	525	22	23	23	30	1.99
29217167--29217505	158	2.1	158	87	2	475	21	24	25	28	1.99
29219252--29219419	39	4.3	39	86	0	228	38	20	15	25	1.92
29219252--29219428	78	2.3	78	87	0	255	38	19	16	25	1.92
29219252--29219477	117	1.9	116	81	5	267	38	19	16	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29219423--29219516	39	2.4	39	80	7	102	36	14	21	27	1.93
29228816--29228873	24	2.4	24	82	5	73	29	27	18	24	1.98
29228859--29228962	27	3.8	27	89	1	145	34	25	16	24	1.95
29234343--29234501	72	2.2	72	85	2	203	21	18	26	33	1.97
29234850--29235022	39	4.5	39	84	3	199	37	18	16	27	1.92
29234875--29235047	78	2.2	80	78	13	198	38	18	17	25	1.92
29237436--29237473	18	2.1	18	90	0	58	28	10	10	50	1.70
29237517--29237562	23	2.0	23	86	0	65	34	19	13	32	1.90
29240319--29240637	30	10.7	30	73	8	199	36	24	3	35	1.73
29240319--29240593	90	3.1	89	72	6	259	37	24	4	34	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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