genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032245.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_2_4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41238926

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   

This is table  69  of  132  ( 15769 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19703402--19703476	30	2.5	30	77	16	75	25	12	0	62	1.29
19703889--19703959	18	3.9	17	70	14	52	42	1	0	56	1.08
19707251--19707338	28	3.1	27	83	6	113	39	23	19	17	1.92
19710683--19710821	27	4.9	27	66	21	63	68	6	6	18	1.34
19710764--19710821	24	2.6	21	84	15	73	72	8	3	15	1.23
19712226--19712276	21	2.4	21	83	9	59	23	0	5	70	1.09
19712204--19712276	10	6.9	10	71	18	51	21	0	6	71	1.09
19712244--19712305	29	2.1	30	85	8	83	20	3	3	72	1.13
19712502--19712547	21	2.3	21	85	7	60	13	2	8	76	1.11
19712512--19712552	21	1.9	22	90	5	66	12	2	12	73	1.20
19728704--19728748	12	3.3	14	84	12	58	66	0	31	2	1.04
19739502--19739559	13	4.5	13	76	10	50	0	18	1	79	0.82
19740141--19740183	17	2.5	17	84	0	50	55	18	11	13	1.68
19740567--19740617	15	3.4	15	81	5	59	3	41	1	52	1.31
19744889--19744984	43	2.2	43	90	0	147	28	32	18	20	1.97
19746620--19746681	19	3.2	19	74	17	56	24	0	4	70	1.06
19747642--19747712	26	2.8	26	91	2	117	30	28	4	36	1.76
19752010--19752079	25	2.8	26	78	6	81	31	28	4	35	1.77
19756540--19756650	41	2.7	41	91	0	177	15	29	18	36	1.92
19765608--19765788	90	2.0	90	98	0	353	27	13	33	25	1.93
19767643--19767689	24	2.0	23	83	4	58	59	6	6	27	1.46
19767831--19767876	11	3.9	11	83	11	56	50	0	2	47	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19772965--19773018	21	2.6	21	87	0	81	14	24	37	24	1.93
19793331--19793413	36	2.3	36	100	0	166	48	24	4	22	1.70
19812327--19812367	21	2.0	21	85	9	57	21	0	4	73	1.02
19812379--19812411	17	2.0	17	88	5	50	12	9	3	75	1.14
19812608--19812663	21	2.7	20	72	8	58	14	3	5	76	1.09
19815280--19815319	19	2.0	20	85	4	55	45	15	12	27	1.82
19817919--19817959	3	13.7	3	94	0	73	68	29	0	2	1.03
19817958--19817983	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
19820580--19820626	10	4.5	10	86	7	58	17	4	4	74	1.14
19820589--19820637	22	2.3	22	86	10	66	16	2	6	75	1.09
19820580--19820638	22	2.8	22	82	10	61	18	3	5	72	1.17
19820677--19820716	17	2.2	20	86	13	59	72	2	5	20	1.15
19827824--19827883	31	1.9	31	83	6	77	38	0	5	56	1.21
19827855--19827899	19	2.4	19	81	7	56	37	0	4	57	1.19
19827903--19827929	14	1.9	14	100	0	54	14	7	3	74	1.18
19831051--19831090	12	3.3	12	85	0	53	5	37	2	55	1.35
19842318--19842459	62	2.3	62	86	4	196	22	1	30	45	1.61
19843644--19843688	22	2.0	22	91	0	72	15	8	17	57	1.63
19845234--19845617	162	2.4	161	91	1	608	29	12	21	36	1.90
19846541--19846625	36	2.4	36	89	0	134	47	9	8	35	1.66
19849014--19849044	9	3.4	9	90	0	53	32	54	0	12	1.38
19848955--19849098	72	2.0	72	88	0	216	28	48	2	20	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19849015--19849170	54	2.9	52	89	7	190	27	50	3	19	1.63
19849172--19849205	6	5.7	6	96	0	59	14	64	0	20	1.28
19849035--19849201	54	3.1	54	92	1	255	24	52	3	19	1.62
19849875--19850002	57	2.2	57	92	0	220	49	13	3	34	1.58
19849978--19850026	25	2.1	24	85	11	66	48	14	8	28	1.72
19849921--19850084	82	2.0	79	90	3	256	48	12	4	34	1.61
19850000--19850142	57	2.5	57	93	3	232	48	11	5	34	1.63
19849870--19850141	139	2.0	139	96	0	499	48	12	5	33	1.64
19851627--19851782	62	2.5	63	89	6	262	46	29	0	23	1.57
19851755--19851836	32	2.6	32	80	1	85	45	24	1	29	1.61
19854119--19854220	40	2.5	39	84	6	141	24	17	28	29	1.97
19859548--19859638	36	2.6	36	84	8	132	29	8	29	31	1.87
19866603--19866703	36	2.8	36	85	5	125	34	11	24	28	1.91
19871974--19872003	8	3.9	8	91	8	53	80	0	0	20	0.72
19871974--19872003	15	1.9	16	93	6	53	80	0	0	20	0.72
19876109--19876146	19	2.0	19	89	0	58	28	13	28	28	1.94
19876189--19876335	36	4.1	35	80	10	145	35	10	23	29	1.89
19891075--19891112	19	2.0	19	85	10	51	36	5	5	52	1.47
19911108--19911329	40	5.6	40	92	0	345	22	19	28	29	1.98
19911108--19911364	120	2.2	120	86	4	358	22	19	28	29	1.98
19912498--19912591	40	2.5	35	67	15	80	23	23	25	27	2.00
19913706--19913738	16	2.0	17	88	5	50	39	0	12	48	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19914014--19914043	16	1.9	16	93	6	53	33	0	3	63	1.11
19914367--19914417	23	2.2	23	85	0	66	33	1	23	41	1.66
19917121--19917297	40	4.4	40	89	0	228	24	17	25	31	1.97
19917147--19917340	80	2.4	80	82	2	230	25	18	26	28	1.98
19917139--19917292	40	3.8	40	92	0	236	25	17	25	31	1.97
19924921--19925079	25	6.1	26	76	10	105	27	16	21	33	1.95
19924958--19925097	50	2.7	50	78	3	145	27	16	22	33	1.95
19927655--19927737	42	2.0	42	87	0	121	27	30	16	25	1.97
19933331--19933525	82	2.4	82	85	2	250	16	30	21	31	1.96
19933338--19933525	41	4.6	41	87	2	227	16	30	20	32	1.95
19933501--19933586	40	2.1	41	86	2	120	18	26	17	37	1.93
19935168--19935236	25	2.8	25	90	0	102	37	26	14	21	1.92
19939650--19939691	11	3.8	11	78	12	50	57	0	0	42	0.99
19946604--19946649	22	2.1	22	95	0	83	34	15	43	6	1.72
19948065--19948143	13	5.9	13	69	5	59	20	30	20	29	1.97
19948058--19948185	27	4.8	26	80	7	132	19	28	18	32	1.96
19949919--19949943	12	2.1	12	100	0	50	36	8	16	40	1.77
19950637--19950674	15	2.4	16	82	4	51	31	5	10	52	1.58
19951183--19951255	36	2.0	36	82	10	87	23	4	13	58	1.52
19952030--19952103	22	3.4	22	92	1	114	28	17	13	40	1.87
19952242--19952311	23	3.0	23	82	2	86	27	12	17	42	1.85
19952295--19952341	23	2.0	23	84	8	60	42	10	12	34	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19954906--19955073	26	6.4	26	70	11	110	35	23	13	27	1.92
19954906--19955081	79	2.2	79	93	0	298	33	23	13	29	1.93
19964983--19965055	7	10.7	7	82	5	51	35	21	20	21	1.96
19965023--19965055	14	2.4	14	94	0	57	30	15	24	30	1.95
19964983--19965062	27	3.0	27	76	7	72	36	22	20	21	1.95
19964980--19965055	20	3.8	20	80	1	62	38	21	19	21	1.94
19965057--19965127	22	3.2	22	85	0	79	26	26	26	19	1.99
19967983--19968071	29	2.9	29	79	14	90	22	10	12	55	1.67
19976257--19976364	49	2.2	51	93	3	184	52	12	16	17	1.74
19977552--19978371	147	5.6	146	81	6	793	40	16	22	20	1.91
19977844--19978344	193	2.6	193	79	4	472	40	16	21	20	1.91
19977418--19978368	49	19.4	49	74	4	607	40	16	22	20	1.91
19978988--19979039	25	2.0	26	82	10	63	53	9	11	25	1.67
19985696--19985736	15	2.6	16	81	14	50	4	21	0	73	1.02
19986273--19986323	17	2.9	18	77	16	63	50	17	13	17	1.77
20007299--20007332	17	2.0	17	94	0	59	44	0	0	55	0.99
20007346--20007410	23	3.1	20	75	18	69	36	1	0	61	1.05
20007347--20007410	22	3.0	22	79	6	69	35	1	0	62	1.05
20008034--20008127	11	8.4	11	70	17	59	28	15	1	54	1.49
20008015--20008127	6	19.8	6	72	15	62	30	15	0	52	1.50
20008057--20008116	17	3.4	18	82	15	72	26	16	0	56	1.40
20008015--20008123	23	5.1	22	73	12	84	31	16	0	51	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20008349--20008408	23	2.6	22	92	5	93	8	26	21	43	1.81
20008938--20009015	36	2.2	36	95	0	138	43	11	11	33	1.77
20020386--20020670	42	6.9	42	77	9	300	34	26	15	23	1.94
20020429--20020671	81	3.0	81	89	3	373	34	26	15	23	1.95
20020386--20020669	123	2.3	121	78	8	297	34	26	15	23	1.94
20021091--20021137	22	2.0	24	88	8	71	17	2	21	59	1.47
20021926--20022015	10	9.7	9	68	16	51	61	1	1	36	1.11
20021935--20022011	8	8.8	8	73	17	55	62	1	1	35	1.12
20021926--20022015	28	3.2	29	80	13	91	61	1	1	36	1.11
20022807--20022871	31	2.1	31	82	5	78	38	13	6	41	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132