genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032245.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_2_4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41238926

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   

This is table  78  of  132  ( 15769 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22896740--22896889	37	3.9	37	66	13	95	22	22	20	35	1.96
22897086--22897296	45	4.8	43	74	17	186	27	18	23	31	1.97
22897216--22897318	45	2.3	45	84	3	127	27	17	22	33	1.96
22897086--22897318	87	2.6	88	80	13	282	26	18	23	32	1.97
22897563--22897758	49	4.0	49	78	5	198	20	25	15	37	1.93
22897557--22897736	98	1.8	98	86	0	261	20	23	17	38	1.93
22897552--22897762	98	2.1	98	82	4	255	20	25	16	37	1.93
22898681--22898769	29	3.1	28	76	20	94	1	21	0	77	0.83
22898681--22898728	13	3.5	13	82	5	60	0	16	0	83	0.65
22898685--22898753	5	13.2	5	76	21	54	1	20	0	78	0.83
22898716--22898770	23	2.3	23	81	3	65	1	21	0	76	0.88
22904379--22904464	30	2.9	30	77	3	84	36	8	25	30	1.85
22905250--22905302	10	5.1	10	80	8	52	41	0	9	49	1.35
22905254--22905297	8	5.5	8	88	0	61	40	0	9	50	1.34
22905252--22905302	18	2.8	18	90	0	75	43	0	7	49	1.32
22905256--22905290	6	5.8	6	93	0	52	40	0	8	51	1.33
22905931--22906018	37	2.3	38	80	1	97	27	36	17	19	1.94
22907024--22907056	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
22907614--22907641	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
22909671--22909703	17	1.9	17	100	0	66	51	18	0	30	1.46
22911551--22911637	23	3.7	23	80	4	86	27	14	17	40	1.89
22912600--22912632	2	16.5	2	93	0	57	48	0	3	48	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22918881--22918951	29	2.6	26	75	18	72	40	1	0	57	1.07
22918899--22918948	13	3.2	16	70	18	52	48	0	0	52	1.00
22918955--22918993	19	2.1	19	85	9	53	43	0	2	53	1.14
22919917--22919995	18	4.7	16	72	13	61	50	3	7	37	1.49
22919917--22919999	17	4.9	17	70	15	66	51	3	8	36	1.50
22926144--22926177	10	3.3	10	91	4	50	8	2	2	85	0.80
22931391--22931513	58	2.1	58	83	4	158	45	15	13	25	1.83
22931812--22931849	15	2.4	16	87	12	53	68	0	0	31	0.90
22932049--22932098	21	2.4	21	83	3	66	42	2	0	56	1.11
22934674--22934724	20	2.6	20	84	9	61	41	1	0	56	1.10
22935253--22935284	14	2.2	15	94	5	57	56	0	6	37	1.25
22935608--22935641	18	1.9	17	88	5	50	50	5	2	41	1.42
22936120--22936170	15	3.5	15	71	10	52	49	0	1	49	1.12
22936336--22936374	17	2.2	18	86	4	53	46	0	0	53	1.00
22936737--22936781	21	2.2	20	84	11	56	24	13	26	35	1.92
22936978--22937017	21	1.9	21	84	0	53	37	12	17	32	1.87
22937531--22937594	31	2.1	31	90	0	101	31	15	21	31	1.95
22938680--22938722	20	2.2	20	83	8	52	32	18	2	46	1.62
22941724--22941931	12	16.8	12	70	15	102	62	6	2	28	1.32
22941699--22941908	30	6.9	30	75	11	108	62	5	2	29	1.33
22941754--22941956	4	49.2	4	75	6	120	63	5	1	29	1.25
22941771--22941843	29	2.5	28	78	12	76	67	4	1	27	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22941996--22942051	29	1.9	29	100	0	112	41	25	5	28	1.77
22950215--22950355	75	1.9	75	85	2	194	30	19	26	23	1.98
22950432--22950499	27	2.6	26	88	6	84	26	19	29	25	1.98
22951049--22951092	13	3.3	13	87	3	61	20	6	15	56	1.62
22953332--22953390	17	3.4	17	84	11	84	40	3	1	54	1.27
22954062--22954111	3	16.3	3	80	12	57	62	0	0	38	0.96
22954062--22954111	10	5.4	10	83	11	63	62	0	0	38	0.96
22955417--22955465	23	2.2	23	82	10	57	24	4	2	69	1.17
22960756--22960947	30	6.5	29	74	15	153	40	23	2	33	1.67
22960756--22960980	60	3.8	60	77	10	173	39	25	1	33	1.66
22960899--22960995	29	3.3	29	80	7	90	38	27	0	34	1.57
22960950--22961035	29	2.9	29	80	14	88	37	20	1	40	1.61
22960950--22961035	30	2.9	29	83	11	88	37	20	1	40	1.61
22963111--22963268	79	2.0	79	98	0	307	31	25	17	26	1.97
22966733--22966774	5	8.4	5	84	10	59	0	21	0	78	0.75
22966729--22966777	10	5.1	10	78	9	57	0	22	0	77	0.77
22973019--22973063	20	2.2	21	88	11	67	75	0	11	13	1.05
22984403--22984474	27	2.7	28	81	14	89	25	30	16	27	1.97
22987334--22987366	3	11.3	3	93	6	59	69	0	0	30	0.88
22988493--22988522	15	2.0	15	93	0	51	20	3	33	43	1.68
22988506--22988552	21	2.2	22	92	3	78	21	0	34	44	1.52
22988923--22988997	11	6.5	11	73	14	62	69	0	25	5	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22988923--22988995	23	3.1	23	75	11	67	69	0	24	5	1.09
22999854--22999907	28	1.9	28	92	0	90	25	31	12	29	1.93
23004904--23005028	27	4.7	26	86	11	157	0	48	0	52	1.00
23004904--23005026	7	18.7	6	86	9	129	0	47	0	52	1.00
23004904--23005028	14	9.5	13	84	11	150	0	48	0	52	1.00
23013703--23013741	19	2.1	19	86	13	55	38	2	2	56	1.27
23017182--23017217	18	1.9	19	88	5	56	38	13	5	41	1.68
23020212--23020267	18	3.1	18	84	5	69	30	28	19	21	1.98
23027245--23027859	306	2.0	306	100	0	1230	35	14	21	28	1.93
23033707--23033745	19	2.1	19	86	13	55	38	2	2	56	1.27
23039561--23039641	22	3.7	22	89	0	117	30	11	16	41	1.82
23043187--23043212	13	2.0	13	100	0	52	53	7	30	7	1.57
23043363--23043436	29	2.5	30	83	14	109	48	8	5	37	1.56
23044473--23044505	5	6.6	5	100	0	66	60	0	39	0	0.97
23047429--23047471	21	2.0	22	86	4	61	32	11	11	44	1.77
23049248--23049300	19	2.8	19	82	0	70	24	43	16	15	1.87
23055890--23055960	21	3.4	21	86	1	90	38	38	5	18	1.74
23055966--23056001	19	1.9	18	88	5	54	30	41	13	13	1.84
23055996--23056027	14	2.3	14	94	0	55	21	21	21	34	1.97
23057098--23057130	6	5.5	6	89	10	50	15	3	0	81	0.80
23057098--23057130	13	2.8	12	86	13	50	15	3	0	81	0.80
23064720--23064746	10	2.7	10	100	0	54	7	0	0	92	0.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23072147--23072176	15	1.9	16	93	6	53	13	13	0	73	1.10
23072144--23072182	21	1.9	20	89	5	60	12	12	2	71	1.24
23075066--23075113	16	2.9	16	84	6	60	75	2	20	2	1.02
23079035--23080340	435	3.0	434	89	0	2018	28	16	23	31	1.96
23082398--23082431	7	4.9	7	85	0	50	17	26	26	29	1.98
23098950--23098993	21	2.1	21	86	0	61	29	15	13	40	1.86
23111436--23111472	18	2.1	18	100	0	74	32	10	10	45	1.74
23121361--23121437	40	1.9	40	86	0	109	27	29	15	27	1.96
23132313--23132350	12	3.2	12	78	14	51	2	31	0	65	1.06
23133487--23133517	16	1.9	16	93	0	53	67	3	9	19	1.33
23134312--23134365	26	2.1	26	92	0	90	29	25	18	25	1.98
23134355--23134453	37	2.7	37	75	0	108	29	14	23	33	1.94
23146232--23146270	17	2.2	18	86	4	53	30	0	17	51	1.46
23151006--23151041	18	2.0	18	100	0	72	22	16	16	44	1.86
23169398--23169540	23	6.4	23	76	13	138	42	22	23	11	1.86
23169404--23169478	39	1.9	39	91	0	123	44	21	22	12	1.85
23169443--23169540	23	4.2	23	87	10	144	39	23	24	12	1.89
23169443--23169540	48	2.1	46	88	7	144	39	23	24	12	1.89
23170565--23170630	33	1.9	36	84	9	93	9	31	6	53	1.57
23181818--23181856	6	6.5	6	87	0	51	23	30	0	46	1.53
23186808--23186855	23	2.1	23	88	3	71	2	20	0	77	0.88
23187447--23187487	18	2.3	18	91	8	66	60	9	12	17	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23208902--23209088	52	3.6	52	86	2	259	22	12	26	37	1.91
23212676--23212974	148	2.0	150	92	1	494	35	18	11	35	1.86
23213990--23214057	30	2.3	30	84	5	84	42	1	4	51	1.31
23215351--23215406	28	2.1	26	83	9	69	33	5	3	57	1.39
23215334--23215520	60	3.2	59	74	10	186	27	6	9	56	1.56
23223291--23223342	17	3.1	17	83	5	70	51	11	21	15	1.74
23223295--23223350	17	3.3	16	76	11	58	51	12	21	14	1.74
23228463--23228623	17	9.5	17	84	0	205	39	0	4	55	1.24
23228481--23228603	11	10.8	12	77	11	125	39	0	4	56	1.18
23228463--23228623	34	4.7	34	93	1	252	39	0	4	55	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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