genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032245.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_2_4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41238926

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   

This is table  85  of  132  ( 15769 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25541858--25541892	13	2.6	14	90	4	54	0	14	0	85	0.59
25542922--25542966	20	2.2	21	80	11	58	0	37	0	62	0.96
25588608--25588633	9	2.9	9	100	0	52	23	0	23	53	1.46
25609640--25609690	18	2.8	18	85	11	61	33	27	17	21	1.96
25625283--25625399	62	1.9	59	84	8	155	41	4	4	50	1.41
25646308--25646354	22	2.1	23	96	4	87	10	8	12	68	1.40
25649903--25649939	17	2.2	18	85	9	51	56	0	21	21	1.42
25656068--25656098	15	2.1	15	93	0	53	45	0	3	51	1.17
25658873--25658917	22	2.0	24	82	8	58	35	24	22	17	1.95
25660644--25660733	38	2.4	39	81	9	105	30	21	21	27	1.98
25663686--25663723	20	1.9	19	89	5	58	44	10	5	39	1.61
25663695--25663983	138	2.1	138	90	2	447	39	8	5	46	1.57
25664062--25664122	24	2.4	25	77	20	65	36	1	6	55	1.36
25691079--25691105	9	3.0	9	100	0	54	0	11	0	88	0.50
25692137--25692178	18	2.3	19	83	4	59	69	9	0	21	1.17
25710224--25710257	13	2.6	13	90	0	50	67	11	2	17	1.34
25732304--25732493	94	2.0	94	91	0	308	41	9	6	43	1.62
25742184--25742239	17	3.3	17	79	0	76	19	35	1	42	1.62
25742175--25742239	34	1.9	34	93	6	114	18	35	3	43	1.66
25746484--25746534	24	2.1	24	88	0	75	17	35	1	45	1.60
25753101--25753130	14	2.2	14	94	5	53	36	0	23	40	1.55
25755203--25755257	24	2.3	24	81	6	67	5	29	9	56	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25756832--25757021	52	3.7	51	96	1	335	33	23	12	30	1.92
25760584--25760622	21	1.9	21	89	5	62	66	7	12	12	1.43
25760593--25760634	21	2.0	21	81	9	50	71	2	11	14	1.24
25766813--25766853	19	2.1	20	90	4	66	53	4	19	21	1.63
25798491--25798541	15	3.2	15	80	8	57	5	43	0	50	1.26
25806039--25806085	24	2.0	24	84	12	62	51	10	12	25	1.72
25809763--25809801	17	2.4	17	86	4	53	12	7	28	51	1.67
25815489--25815599	32	3.0	38	81	13	101	27	0	18	54	1.43
25815528--25815602	32	2.3	32	90	4	125	29	0	20	50	1.48
25816683--25816784	46	2.2	46	85	0	132	28	8	23	39	1.85
25817273--25817354	20	4.0	21	76	10	80	47	12	6	34	1.66
25822141--25822176	18	2.0	18	89	10	56	47	16	11	25	1.79
25823285--25823383	50	2.0	50	95	0	180	26	25	31	17	1.97
25823836--25823884	3	16.7	3	80	4	55	67	0	32	0	0.91
25823833--25823869	9	4.1	9	96	0	65	75	0	24	0	0.80
25824417--25824447	4	7.8	4	100	0	62	51	22	0	25	1.48
25825133--25825294	50	3.2	49	84	6	207	31	14	12	41	1.83
25825585--25825618	7	4.7	7	88	3	50	32	0	11	55	1.36
25827498--25827591	36	2.6	36	93	0	161	34	14	27	23	1.94
25833029--25833075	24	2.0	24	84	15	64	57	0	6	36	1.24
25833033--25833109	28	2.7	29	78	9	70	58	1	3	36	1.25
25833033--25833109	27	2.7	29	78	7	79	58	1	3	36	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25837802--25837827	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
25840508--25840550	18	2.4	18	92	0	68	18	0	60	20	1.36
25840530--25840620	45	2.0	45	93	0	155	17	2	56	24	1.53
25844296--25844340	22	2.0	22	86	0	63	60	20	4	15	1.52
25844648--25844696	22	2.2	22	85	0	62	59	16	6	18	1.57
25845734--25845792	31	1.9	31	89	6	93	44	11	16	27	1.83
25845734--25845801	31	2.2	31	84	7	84	47	11	17	23	1.81
25846489--25846542	28	1.9	28	81	7	65	44	3	18	33	1.67
25846760--25846801	22	2.0	21	85	4	57	35	2	0	61	1.09
25849227--25849262	6	6.0	6	93	0	63	30	33	2	33	1.72
25852963--25853092	62	2.1	63	82	4	156	30	22	16	30	1.95
25853041--25853227	52	3.6	52	91	2	313	34	24	16	25	1.95
25856581--25856646	26	2.5	26	80	9	73	34	25	15	24	1.94
25866800--25866857	23	2.5	24	77	8	66	31	17	17	34	1.93
25873318--25873351	17	2.0	17	94	0	59	32	5	0	61	1.20
25882628--25882680	22	2.4	22	83	0	61	43	18	15	22	1.87
25884543--25884632	28	3.2	27	85	3	99	24	21	21	33	1.97
25884554--25884644	28	3.2	28	87	0	128	20	19	24	35	1.96
25884629--25884725	29	3.4	29	71	16	103	23	19	26	29	1.98
25884652--25884752	27	3.7	27	71	17	82	27	18	24	28	1.98
25884627--25884757	56	2.3	56	94	0	235	25	18	27	29	1.98
25884627--25884799	56	3.1	56	88	4	226	24	18	25	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25888234--25888266	17	1.9	18	88	11	52	42	12	3	42	1.57
25888766--25888909	76	1.9	77	88	4	220	30	18	9	42	1.81
25889502--25889550	20	2.7	17	79	20	55	48	2	2	46	1.25
25903590--25903640	21	2.4	21	86	0	66	37	33	17	11	1.86
25921133--25921165	18	1.9	17	88	11	50	60	0	33	6	1.21
25932605--25932668	17	3.8	17	83	2	67	20	18	12	48	1.80
25937679--25937711	15	2.1	16	88	5	50	75	3	0	21	0.93
25938855--25938880	6	4.3	6	100	0	52	50	0	34	15	1.45
25939262--25939299	6	6.3	6	88	11	60	52	0	0	47	1.00
25939624--25939711	46	1.9	46	90	0	140	34	10	11	44	1.74
25953493--25953702	56	3.8	56	83	2	260	30	7	16	45	1.75
25953493--25953698	112	1.8	112	86	2	297	31	7	16	45	1.75
25955076--25955115	20	2.0	20	85	0	53	42	17	10	30	1.82
25957711--25957945	52	4.5	52	86	6	282	28	19	22	29	1.98
25957894--25958011	60	2.0	61	84	1	157	33	15	20	31	1.93
25966038--25966084	18	2.5	19	79	10	51	63	6	8	21	1.44
25966119--25966170	22	2.3	23	90	3	79	65	0	7	26	1.20
25967308--25967357	4	13.0	4	81	12	52	74	2	4	20	1.08
25967897--25968484	79	7.4	79	88	1	838	26	18	24	31	1.97
25967897--25968484	40	14.9	40	74	8	429	26	18	24	31	1.97
25967897--25968484	157	3.7	157	87	1	843	26	18	24	31	1.97
25969116--25969161	19	2.3	20	81	3	58	50	10	10	28	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25969116--25969167	20	2.7	19	76	8	52	50	11	11	26	1.73
25986695--25986753	6	9.3	6	79	17	66	18	13	18	49	1.80
25986695--25986753	19	3.1	19	86	13	86	18	13	18	49	1.80
25986687--25986753	13	5.2	13	81	15	77	17	14	19	47	1.82
25991350--25991387	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
25994638--25994713	36	2.0	36	80	12	82	2	25	15	56	1.52
25994977--25995023	20	2.5	18	86	6	58	4	38	2	55	1.31
25994991--25995024	18	1.9	17	94	5	59	5	35	5	52	1.50
25996701--25996749	20	2.5	20	89	0	71	28	10	36	24	1.88
26004640--26004693	19	2.7	19	78	16	65	22	18	16	42	1.89
26004670--26004703	13	2.6	13	95	0	59	17	20	17	44	1.87
26004650--26004711	32	2.0	31	87	3	88	19	17	17	45	1.86
26010848--26010895	19	2.5	20	80	10	64	60	0	8	31	1.26
26010848--26010895	18	2.6	18	76	6	51	60	0	8	31	1.26
26011991--26012027	4	9.0	4	88	5	56	75	0	0	24	0.80
26016578--26016609	13	2.3	15	89	10	50	56	0	15	28	1.40
26027893--26027927	14	2.6	14	90	4	54	62	11	5	20	1.48
26039334--26039366	12	2.8	12	90	0	57	75	0	9	15	1.03
26047488--26047537	24	2.1	24	100	0	100	52	4	16	28	1.61
26060737--26060784	15	3.2	15	88	5	62	27	25	8	39	1.84
26089506--26089534	8	3.6	8	100	0	58	24	10	0	65	1.23
26090455--26090502	24	2.0	23	81	18	55	10	39	0	50	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26097133--26097373	52	4.6	52	85	1	295	34	24	14	26	1.93
26105905--26106045	52	2.7	52	88	2	194	33	24	14	27	1.95
26106031--26106058	14	2.0	14	100	0	56	28	28	14	28	1.95
26105941--26106234	118	2.5	118	93	0	498	35	23	14	25	1.94
26105980--26106110	66	2.0	66	92	0	217	34	22	15	27	1.94
26106038--26106164	52	2.5	52	92	2	213	34	24	14	25	1.94
26106097--26106228	66	2.0	66	93	0	228	34	25	14	25	1.94
26106149--26106178	14	2.1	14	100	0	60	26	36	16	20	1.93
26106200--26106269	35	2.0	35	100	0	140	40	22	11	25	1.88
26106238--26106360	52	2.4	52	87	5	194	36	24	13	25	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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