genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032245.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_2_4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41238926

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   

This is table  74  of  132  ( 15769 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21740790--21740997	36	5.8	36	84	0	254	36	22	9	31	1.87
21740773--21741003	72	3.2	72	82	0	291	36	23	8	31	1.85
21752827--21753066	52	4.6	52	89	0	354	35	20	14	29	1.92
21759147--21759206	22	2.8	21	71	24	54	38	0	3	58	1.15
21759988--21760351	200	1.8	200	85	1	514	28	18	20	32	1.96
21772353--21772432	13	6.2	13	76	11	56	45	16	18	20	1.86
21772580--21772626	22	2.1	23	88	11	71	34	21	27	17	1.95
21777355--21777406	26	2.0	26	96	0	95	44	23	1	30	1.64
21777850--21777962	47	2.4	47	79	8	122	22	27	16	33	1.95
21786319--21786588	79	3.4	79	85	4	357	47	11	10	31	1.72
21786316--21786636	79	4.1	79	84	5	287	47	11	9	31	1.72
21789050--21789091	9	4.7	9	81	0	57	45	26	4	23	1.73
21789050--21789091	18	2.3	18	95	0	75	45	26	4	23	1.73
21789385--21789420	18	2.0	18	94	0	63	38	19	11	30	1.86
21790968--21791134	87	1.9	86	88	1	253	24	15	31	28	1.96
21790938--21791136	40	4.8	40	81	10	213	24	17	30	27	1.97
21797201--21797232	10	3.2	10	100	0	64	18	21	28	31	1.97
21797243--21797422	97	1.8	98	83	10	244	21	7	6	64	1.43
21797432--21797530	37	2.6	37	76	13	96	20	4	4	71	1.18
21801154--21801192	16	2.8	13	79	20	51	28	20	10	41	1.85
21805176--21805226	5	9.8	5	87	12	68	82	0	17	0	0.67
21805175--21805237	16	3.9	15	80	19	74	82	0	17	0	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21806646--21806688	3	14.3	3	95	0	77	69	0	30	0	0.88
21808908--21809498	294	2.0	294	87	1	862	30	19	20	30	1.97
21811875--21811957	41	2.0	41	100	0	166	45	14	19	20	1.85
21811893--21811959	22	3.2	22	61	26	54	46	14	22	16	1.84
21812920--21812964	18	2.5	18	85	7	56	8	20	2	68	1.27
21812920--21812983	21	3.2	20	82	6	69	7	21	1	68	1.23
21824665--21824787	48	2.6	47	88	3	167	53	14	9	21	1.70
21824665--21824740	24	3.2	24	65	26	61	55	15	9	19	1.67
21827320--21827356	17	2.2	17	90	9	58	8	10	0	81	0.89
21828459--21828560	30	3.4	30	86	0	150	20	23	26	29	1.99
21828416--21828506	15	6.1	15	67	5	58	23	18	25	32	1.97
21828467--21828551	15	5.7	15	71	10	66	17	24	25	31	1.97
21828459--21828575	30	3.9	30	78	6	130	21	25	24	28	1.99
21830996--21831035	21	1.9	21	90	10	64	52	15	5	27	1.63
21831263--21831392	50	2.6	50	81	9	156	36	12	16	34	1.86
21852118--21852164	22	2.1	22	96	0	85	23	48	4	23	1.68
21854008--21854042	18	1.9	18	88	0	52	22	20	2	54	1.58
21854034--21854073	21	1.9	21	85	10	55	22	40	0	37	1.54
21854058--21854104	21	2.2	21	77	7	51	10	31	4	53	1.55
21854092--21854135	15	2.8	16	82	6	54	9	18	4	68	1.34
21854212--21854244	15	2.1	16	88	5	50	9	24	3	63	1.38
21854225--21854279	21	2.7	20	84	13	76	7	21	1	69	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21854225--21854375	41	3.3	41	67	28	117	8	22	3	65	1.35
21854277--21854429	45	3.3	45	68	13	146	9	22	3	63	1.42
21854170--21854433	96	2.8	96	91	2	415	10	24	3	62	1.41
21854331--21854384	21	2.5	22	82	11	60	9	20	1	68	1.27
21855808--21855850	21	2.0	21	81	4	50	25	6	25	41	1.80
21856470--21856625	50	3.1	50	77	8	154	36	15	12	35	1.85
21858837--21858973	50	2.7	50	85	6	170	36	12	14	36	1.84
21859181--21859213	17	1.9	17	88	11	50	66	6	0	27	1.15
21866945--21866999	24	2.3	24	87	0	74	70	1	21	5	1.16
21875222--21875260	15	2.6	15	84	8	53	35	23	15	25	1.94
21877341--21877424	30	2.8	30	87	3	98	25	19	34	21	1.96
21877403--21877478	30	2.6	29	77	6	80	22	22	26	28	1.99
21881793--21881832	19	2.1	19	86	9	55	20	7	12	60	1.56
21894064--21894108	16	2.9	16	83	3	65	60	15	2	22	1.46
21898124--21898162	21	2.0	20	85	10	53	5	28	2	64	1.28
21898194--21898247	21	2.6	21	81	0	63	11	22	1	64	1.35
21898265--21898305	16	2.4	18	80	15	52	9	19	2	68	1.29
21899767--21899854	36	2.4	36	82	0	104	25	14	20	39	1.90
21900228--21900270	19	2.3	19	84	8	52	46	16	2	34	1.60
21900330--21900548	50	4.3	50	76	8	201	36	12	13	38	1.82
21900324--21900553	101	2.3	102	81	6	261	36	12	13	38	1.81
21904699--21904761	24	2.6	24	94	0	108	31	12	6	49	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21905429--21905489	29	2.1	29	100	0	122	55	16	11	16	1.68
21918173--21918204	4	8.0	4	100	0	64	25	0	25	50	1.50
21918365--21918396	6	5.3	6	92	0	55	0	12	31	56	1.37
21919288--21919457	91	1.8	92	81	7	211	35	12	18	32	1.89
21922299--21922327	13	2.2	13	100	0	58	13	6	27	51	1.66
21929669--21929717	18	2.7	18	83	3	53	42	14	10	32	1.79
21930503--21930536	14	2.5	14	90	4	52	14	17	2	64	1.40
21933738--21933869	18	7.3	18	80	0	147	25	22	23	28	2.00
21933738--21933869	36	3.6	36	84	5	167	25	22	23	28	2.00
21933769--21933956	19	10.2	18	83	2	144	26	20	25	27	1.99
21937589--21937679	18	4.9	18	77	9	76	25	18	26	29	1.98
21941301--21941339	17	2.3	17	86	0	51	51	12	17	17	1.76
21946263--21946977	366	2.0	366	94	0	1250	21	20	21	36	1.95
21955770--21956307	270	2.0	270	98	0	1031	39	25	11	23	1.88
21960109--21960179	27	2.7	29	85	14	100	32	21	19	26	1.97
21961341--21961380	21	1.9	21	85	10	55	40	5	5	50	1.46
21963847--21963880	14	2.3	15	90	5	52	0	20	0	79	0.73
21969016--21969053	15	2.5	15	83	8	51	15	15	31	36	1.90
21976325--21976364	21	1.9	21	84	0	53	20	17	27	35	1.95
21994991--21995031	20	2.0	21	85	9	57	63	4	19	12	1.46
21995970--21996010	21	2.0	21	85	0	55	34	21	14	29	1.93
21996709--21996851	36	3.9	36	95	0	259	21	25	16	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22004973--22005133	58	2.8	58	78	9	177	42	2	2	52	1.28
22005219--22005313	44	2.1	46	86	7	133	37	30	3	28	1.73
22005295--22005366	16	4.5	16	84	3	92	31	27	5	34	1.80
22006302--22006399	36	2.7	36	90	0	160	23	28	15	32	1.95
22009485--22009543	22	2.7	22	89	5	84	37	22	16	23	1.94
22011468--22013335	939	2.0	942	89	2	2865	29	15	17	36	1.91
22016023--22016092	11	6.6	11	72	19	60	35	0	28	35	1.58
22016030--22016086	20	2.7	21	76	20	57	31	0	26	42	1.56
22018992--22019016	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
22022342--22022392	24	2.1	25	85	10	70	62	0	1	35	1.06
22027696--22027780	31	2.8	31	94	3	147	29	10	10	49	1.71
22027908--22027950	18	2.4	18	80	7	52	51	0	2	46	1.13
22028488--22028566	31	2.6	31	75	13	83	41	6	12	39	1.69
22028959--22029000	14	3.1	14	93	3	59	14	9	23	52	1.71
22028967--22029000	14	2.4	14	100	0	68	14	8	26	50	1.72
22030272--22030435	81	2.0	81	98	0	319	33	22	10	32	1.89
22033246--22033285	19	2.2	18	90	4	62	57	12	17	12	1.65
22058874--22058931	18	3.2	18	76	13	64	58	1	8	31	1.38
22058856--22058936	37	2.2	37	90	0	126	58	1	11	29	1.41
22058840--22058918	19	4.3	18	71	15	63	64	2	7	25	1.33
22061057--22061128	30	2.4	30	86	6	103	52	0	1	45	1.09
22062140--22062181	20	2.0	22	90	9	70	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22062106--22062178	29	2.4	31	93	4	123	46	1	0	52	1.09
22062131--22062187	20	3.0	20	74	23	59	47	1	0	50	1.11
22077458--22077522	21	3.1	21	86	4	87	16	10	32	40	1.84
22081252--22081292	17	2.4	18	80	12	50	56	9	12	21	1.65
22083551--22083585	18	1.9	18	88	0	52	77	0	2	20	0.90
22095017--22095055	21	1.9	21	89	5	62	41	15	17	25	1.89
22104335--22104373	21	1.9	21	94	5	71	43	15	15	25	1.86
22111900--22111941	17	2.4	18	84	11	61	7	9	0	83	0.81
22116906--22116986	38	2.1	38	90	0	126	30	23	20	24	1.99
22116990--22117105	43	2.7	43	86	1	153	28	30	17	24	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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