genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032245.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_2_4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41238926

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   

This is table  31  of  132  ( 15769 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8487031--8487080	24	2.1	24	92	0	82	24	46	0	30	1.53
8488314--8488453	43	3.3	43	88	1	201	29	30	17	23	1.97
8496059--8496281	41	5.5	41	84	5	308	16	30	23	29	1.96
8496070--8496323	82	3.1	82	87	4	320	16	28	23	31	1.96
8498169--8498211	22	2.0	21	82	8	52	41	4	4	48	1.44
8500544--8500625	40	2.0	40	100	0	164	28	14	29	28	1.95
8501495--8501833	94	3.6	94	88	0	507	26	19	23	29	1.98
8506609--8506679	20	3.6	20	84	1	90	36	18	25	19	1.94
8506635--8506679	13	3.5	13	76	11	56	40	20	22	17	1.92
8512636--8512665	6	4.8	6	92	8	51	66	0	0	33	0.92
8512636--8512678	13	3.4	13	87	9	54	60	2	2	34	1.22
8517150--8517251	29	3.4	29	84	2	132	47	1	0	50	1.12
8517216--8517255	22	1.9	22	90	10	66	47	0	0	52	1.00
8520525--8520584	27	2.2	27	88	5	86	38	18	25	18	1.93
8522671--8522766	29	3.4	28	81	12	115	22	8	1	67	1.24
8522671--8522742	14	5.0	14	75	6	72	23	9	0	66	1.21
8525279--8525357	40	2.0	40	84	0	104	22	15	16	45	1.84
8528669--8528711	19	2.3	18	80	7	59	37	2	2	58	1.24
8530895--8530937	21	2.0	21	81	0	50	65	18	9	6	1.44
8530927--8530978	23	2.2	24	83	10	72	73	11	5	9	1.25
8535510--8535536	11	2.5	11	100	0	54	40	7	0	51	1.30
8535709--8535762	24	2.2	24	90	0	81	57	7	1	33	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8537548--8537659	32	3.4	34	76	15	94	68	18	3	8	1.31
8537562--8537654	12	8.1	12	78	7	77	70	17	3	8	1.25
8539593--8539717	29	4.3	29	76	14	123	34	6	26	32	1.82
8539592--8539720	59	2.2	56	80	10	152	34	6	26	33	1.81
8539592--8539737	29	5.0	27	76	13	114	32	6	25	35	1.81
8540518--8540553	18	1.9	19	88	5	56	33	5	16	44	1.71
8540562--8540592	16	2.0	16	93	6	55	70	0	6	22	1.09
8541524--8541687	85	1.9	85	86	4	233	23	24	15	36	1.94
8541403--8541814	209	2.0	208	88	0	617	22	21	17	38	1.93
8541762--8541863	48	2.1	48	85	3	134	24	25	15	34	1.95
8541615--8541979	171	2.1	172	91	0	588	21	23	16	39	1.92
8541787--8542485	208	3.4	208	89	2	1053	23	21	16	38	1.93
8542120--8542280	48	3.6	46	70	17	142	24	21	14	38	1.92
8542111--8542275	85	1.9	85	87	2	242	23	21	14	40	1.90
8542328--8542485	48	3.6	45	72	18	143	25	23	14	36	1.93
8542318--8542569	85	3.0	85	85	1	326	23	23	16	36	1.94
8542110--8542719	293	2.1	293	86	1	846	22	21	16	38	1.92
8542757--8542946	39	4.8	38	74	6	130	26	16	29	27	1.97
8545128--8545158	3	10.3	3	100	0	62	0	32	0	67	0.91
8549669--8549763	29	3.2	29	76	8	86	33	6	22	37	1.79
8549758--8549890	29	4.5	29	79	8	117	36	4	22	36	1.75
8549758--8549895	59	2.3	59	81	4	154	36	4	23	35	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8549672--8549861	30	6.4	30	73	13	117	33	5	24	36	1.79
8554565--8554657	46	2.1	44	86	11	127	38	27	5	27	1.78
8554639--8554678	16	2.5	16	79	0	53	30	30	5	35	1.79
8554897--8555011	2	58.0	2	84	1	106	48	10	0	40	1.43
8560225--8560313	47	2.0	44	88	6	133	31	14	14	39	1.87
8568348--8568408	29	2.0	31	84	9	81	49	4	0	45	1.23
8572357--8572440	12	7.3	12	72	10	77	9	3	17	69	1.31
8572357--8572434	23	3.4	24	82	5	74	10	3	16	69	1.32
8572339--8572454	44	2.6	44	79	4	117	9	4	18	67	1.36
8572401--8572462	20	2.9	21	76	11	54	8	4	22	64	1.40
8572567--8572602	19	1.9	18	94	5	63	27	0	5	66	1.13
8577437--8577482	16	2.6	17	86	10	58	26	0	2	71	0.97
8580525--8580900	99	3.9	99	77	7	315	34	16	21	27	1.95
8581121--8581407	42	6.8	42	85	0	376	29	22	18	29	1.97
8581822--8581867	24	1.9	24	82	8	58	47	13	4	34	1.62
8582884--8582943	9	6.2	9	85	14	84	50	0	0	50	1.00
8582882--8582951	20	3.5	20	98	0	131	50	1	0	48	1.09
8583254--8583289	18	1.9	19	88	5	56	22	2	0	75	0.94
8584370--8584408	17	2.2	18	86	13	55	23	5	2	69	1.21
8585679--8585736	31	1.9	30	85	3	80	48	1	6	43	1.40
8589413--8589512	49	2.0	49	100	0	200	44	7	30	19	1.77
8589430--8589507	25	3.2	25	62	17	63	44	6	32	16	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8595904--8595942	17	2.2	18	86	4	53	64	7	15	12	1.49
8600675--8600748	34	2.2	34	100	0	148	31	0	12	56	1.36
8600850--8600917	34	2.0	34	94	0	118	41	5	5	47	1.52
8601197--8601259	30	2.1	29	88	2	90	33	3	7	55	1.45
8608207--8608247	20	2.0	20	86	9	57	56	7	2	34	1.40
8610868--8610904	12	3.1	12	92	0	65	21	27	0	51	1.48
8610868--8610900	6	5.5	6	92	0	57	21	30	0	48	1.50
8611051--8611096	22	2.1	22	95	0	83	30	17	6	45	1.73
8611059--8611104	22	2.3	20	85	14	60	34	19	4	41	1.71
8621965--8622010	17	2.8	16	74	6	56	58	0	2	39	1.10
8628376--8628415	19	2.0	20	85	4	55	52	10	0	37	1.35
8632662--8632747	9	10.4	8	71	21	54	26	0	5	67	1.13
8635423--8635452	1	30.0	1	93	0	51	0	96	3	0	0.21
8635424--8635452	15	1.9	15	100	0	58	0	96	3	0	0.22
8637022--8637051	1	30.0	1	100	0	60	0	100	0	0	0.00
8657742--8657782	20	2.0	20	85	4	55	14	7	4	73	1.22
8658234--8658332	49	2.0	49	100	0	198	28	17	22	32	1.96
8662645--8662670	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8663168--8663203	19	1.9	19	94	5	65	58	5	0	36	1.22
8663164--8663223	22	2.9	22	78	11	65	50	3	0	46	1.18
8663462--8663505	21	2.1	21	82	0	52	29	13	11	45	1.79
8664619--8664669	21	2.4	21	86	0	75	54	13	3	27	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8664730--8664868	46	3.0	46	94	2	244	27	20	17	33	1.96
8666964--8667036	32	2.3	31	84	15	96	34	10	5	49	1.61
8667905--8667947	22	2.1	22	83	12	56	37	6	2	53	1.41
8669222--8669297	38	2.0	38	100	0	152	39	10	7	42	1.69
8669855--8669923	35	2.0	35	85	0	93	5	26	4	63	1.35
8669968--8670018	26	2.0	26	100	0	102	23	3	25	47	1.69
8670943--8671008	30	2.2	30	84	10	82	43	4	13	37	1.65
8672548--8672631	40	2.3	35	75	18	96	28	17	23	29	1.97
8672560--8673068	40	12.8	40	78	6	403	23	17	27	31	1.97
8672563--8673066	158	3.2	158	79	7	511	24	17	26	31	1.97
8672563--8673095	79	6.7	78	79	5	398	24	17	27	31	1.97
8672999--8673091	40	2.3	40	86	0	123	27	15	26	30	1.96
8674976--8675101	23	5.4	24	84	7	145	11	22	22	44	1.84
8675000--8675146	69	2.1	71	85	12	198	12	22	21	44	1.85
8680358--8680588	49	4.7	49	72	9	166	21	25	16	36	1.94
8680358--8680588	98	2.4	97	77	4	241	21	25	16	36	1.94
8681496--8681521	7	3.7	7	100	0	52	23	0	0	76	0.78
8688665--8688902	51	4.6	51	85	3	282	27	23	15	34	1.94
8688665--8688902	102	2.3	103	85	4	311	27	23	15	34	1.94
8690159--8690198	11	3.7	11	83	3	55	7	62	2	27	1.35
8690274--8690344	33	2.2	33	84	5	90	15	46	4	33	1.65
8691395--8691447	18	3.0	17	78	8	52	66	3	1	28	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8691713--8692342	216	2.9	214	87	4	926	32	9	23	34	1.87
8692372--8692439	30	2.3	30	87	9	97	47	1	1	50	1.19
8692999--8693047	15	3.3	15	82	8	55	53	0	16	30	1.43
8713892--8713916	13	1.9	13	100	0	50	40	16	8	36	1.77
8714838--8714867	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
8722283--8722317	18	2.0	18	94	5	63	60	5	0	34	1.21
8722939--8723043	31	3.4	31	77	7	124	52	4	1	40	1.33
8722936--8723052	61	1.9	61	96	0	216	51	4	1	42	1.31
8736532--8736745	112	1.9	114	95	1	387	25	18	7	48	1.74
8738918--8739233	160	2.0	154	92	5	517	32	8	24	34	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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