genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032245.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_2_4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41238926

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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          129   130   131   132   

This is table  10  of  132  ( 15769 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2654172--2654206	18	1.9	18	88	0	52	57	0	2	40	1.14
2660995--2661024	15	2.1	14	93	6	51	43	0	0	56	0.99
2661019--2661059	21	2.0	21	85	9	57	41	4	0	53	1.22
2661028--2661065	20	1.9	20	84	10	51	42	5	0	52	1.24
2671063--2671106	20	2.2	20	88	8	63	72	0	4	22	1.02
2671070--2671114	19	2.5	17	80	16	54	75	0	8	15	1.03
2675295--2675664	186	2.0	182	85	8	491	38	9	14	38	1.77
2675796--2675826	3	10.3	3	100	0	62	32	0	32	35	1.58
2678275--2678322	26	1.9	24	83	8	60	60	0	0	39	0.97
2683644--2683695	3	17.3	3	83	15	63	30	36	0	32	1.58
2687595--2687781	99	1.9	100	80	8	220	45	0	5	48	1.29
2687717--2687778	12	5.1	12	71	24	58	46	0	1	51	1.10
2687712--2687795	32	2.7	32	75	18	79	46	0	4	48	1.23
2688713--2688755	23	1.9	23	85	4	61	30	20	4	44	1.72
2701373--2701397	13	1.9	13	100	0	50	32	8	20	40	1.81
2707282--2707337	20	2.8	20	75	8	60	66	5	0	28	1.14
2707310--2707369	32	1.9	31	86	3	84	60	5	0	35	1.19
2707318--2707386	32	2.1	33	83	2	86	60	4	1	33	1.25
2707599--2707658	8	6.4	9	78	14	52	25	1	0	73	0.93
2707599--2707663	9	6.8	9	75	22	53	26	1	1	70	1.04
2707597--2707650	21	2.8	18	84	15	65	27	1	0	70	0.98
2715708--2715777	23	3.0	22	81	10	77	42	17	12	27	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2715720--2715777	24	2.5	23	82	2	71	43	17	13	25	1.86
2719354--2719423	36	1.9	36	82	5	88	62	0	30	7	1.21
2722278--2722326	22	2.5	18	77	22	62	40	4	20	34	1.71
2722286--2722331	22	2.1	22	100	0	92	45	4	17	32	1.68
2722482--2722520	6	6.5	6	93	0	69	48	0	30	20	1.50
2732631--2732682	20	2.5	20	78	15	52	40	5	3	50	1.45
2739348--2739400	6	8.7	6	78	12	54	62	18	13	5	1.50
2740298--2740323	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2742864--2742915	26	2.0	26	81	7	61	42	13	11	32	1.80
2746516--2746572	28	2.0	28	96	0	105	24	21	10	43	1.83
2765229--2765351	51	2.4	51	89	2	176	13	28	20	37	1.91
2767311--2767337	6	4.5	6	100	0	54	0	51	0	48	1.00
2767392--2767581	81	2.3	81	90	0	308	21	20	20	38	1.93
2767392--2767581	27	7.0	27	91	2	274	21	20	20	38	1.93
2768937--2769033	38	2.6	38	89	0	149	27	15	20	36	1.93
2768973--2769247	105	2.6	105	87	0	370	31	21	17	29	1.96
2769068--2769286	38	6.0	37	71	15	134	31	20	17	30	1.95
2768875--2769138	143	1.8	143	86	1	386	32	20	17	29	1.95
2768864--2769388	248	2.1	248	79	4	558	32	21	16	30	1.95
2770579--2770651	33	2.2	33	100	0	146	31	30	6	31	1.84
2777874--2777914	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
2778436--2778588	80	1.9	80	84	9	206	56	3	11	28	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2781873--2781913	21	2.0	21	90	0	64	46	31	4	17	1.69
2785354--2785416	29	2.2	28	83	11	74	46	0	4	49	1.23
2785406--2785441	6	6.0	6	100	0	72	33	0	0	66	0.92
2789051--2789278	29	7.8	28	70	19	137	32	4	29	32	1.77
2789055--2789303	59	4.2	59	87	3	333	34	4	29	32	1.76
2789118--2789271	30	5.2	29	68	20	113	34	3	29	32	1.76
2789051--2789299	118	2.1	117	89	4	376	33	4	30	32	1.77
2789080--2789291	29	7.2	29	69	24	140	33	4	30	32	1.77
2789583--2789653	32	2.2	32	85	12	92	60	7	8	23	1.50
2789960--2790003	13	3.6	13	76	17	58	2	22	0	75	0.92
2790321--2790353	16	2.1	16	94	0	57	39	3	0	57	1.14
2791065--2791110	17	2.7	18	83	10	60	36	0	2	60	1.09
2795125--2795158	17	2.1	17	88	5	52	32	0	0	67	0.91
2795788--2795844	29	2.0	29	85	0	78	38	0	5	56	1.22
2797449--2797492	20	2.3	19	92	4	70	36	0	2	61	1.09
2800119--2800287	23	7.3	22	81	9	114	13	21	25	39	1.89
2800177--2800295	48	2.6	46	85	9	170	11	21	24	42	1.86
2800155--2800295	71	2.0	70	86	9	198	12	21	24	41	1.88
2800152--2800293	23	6.1	23	83	11	184	12	22	24	40	1.89
2800177--2800318	48	3.0	44	83	12	169	11	23	23	40	1.88
2800159--2800318	71	2.3	71	83	8	184	11	24	24	39	1.89
2815985--2816014	14	2.1	14	93	0	51	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2816104--2816146	22	2.0	22	100	0	86	32	13	9	44	1.76
2816126--2816343	113	1.9	113	90	1	348	31	18	9	40	1.82
2816635--2816703	29	2.3	29	85	5	84	47	15	14	21	1.81
2826587--2826625	20	1.9	21	84	5	53	35	7	2	53	1.43
2828787--2828823	11	3.4	11	100	0	74	35	37	8	18	1.81
2831855--2831894	19	2.1	19	86	9	55	37	2	5	55	1.35
2835037--2835096	26	2.2	28	88	5	88	60	3	3	33	1.30
2847506--2847578	33	2.2	32	80	9	85	58	1	0	39	1.06
2852982--2853036	30	1.9	27	82	17	67	43	1	7	47	1.41
2862457--2862493	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
2864480--2864508	6	4.8	6	100	0	58	51	0	34	13	1.42
2865362--2865418	30	1.9	29	89	3	87	56	8	5	29	1.52
2867368--2867401	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
2883224--2883261	20	1.9	20	84	10	51	55	0	5	39	1.23
2885183--2885233	15	3.4	15	80	0	66	21	19	39	19	1.93
2885183--2885249	30	2.2	30	81	0	80	25	17	37	19	1.94
2891365--2891428	19	3.0	22	78	17	73	67	4	4	23	1.29
2891636--2891692	19	3.0	19	82	12	64	35	7	1	56	1.37
2891928--2891988	20	3.0	20	79	9	63	36	1	0	62	1.05
2903341--2903396	19	2.9	19	82	15	71	41	1	0	57	1.09
2910099--2910599	249	2.0	249	100	0	1002	36	24	10	27	1.89
2928364--2928409	20	2.2	20	84	7	56	39	0	4	56	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2937473--2937502	15	2.0	15	93	0	51	50	16	0	33	1.46
2964271--2964296	9	2.9	9	100	0	52	0	34	30	34	1.58
2966413--2966486	29	2.5	30	84	4	114	41	2	2	52	1.29
2966426--2966482	26	2.1	28	87	9	82	43	0	0	56	0.99
2968736--2968760	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2969287--2969638	176	2.0	175	97	0	659	42	18	11	27	1.85
2969514--2969700	92	2.0	92	89	0	284	41	14	19	24	1.88
2973715--2973748	8	4.1	8	85	7	50	79	0	0	20	0.73
2973713--2973756	17	2.5	18	92	7	81	75	0	0	25	0.81
2982319--2982344	7	3.7	7	100	0	52	88	0	0	11	0.52
2995311--2995392	42	2.0	42	95	0	146	39	18	20	21	1.93
2998090--2998138	23	2.1	23	81	7	55	69	8	4	18	1.30
3006407--3006534	57	2.4	55	84	7	165	14	35	20	29	1.93
3006434--3006548	57	2.0	57	89	3	178	10	40	20	29	1.85
3009488--3009547	29	2.0	30	83	3	77	33	3	13	50	1.58
3010508--3010591	30	2.9	30	82	7	93	48	13	9	28	1.73
3021466--3021522	28	2.0	28	83	6	71	45	0	0	54	0.99
3021487--3021568	36	2.3	37	77	10	98	48	0	1	50	1.08
3022063--3022117	26	2.1	27	83	10	69	43	1	1	52	1.22
3022769--3022827	30	1.9	31	86	10	86	27	11	10	50	1.71
3026075--3026106	15	2.1	16	94	5	57	37	0	0	62	0.95
3026071--3026106	16	2.2	16	90	0	54	36	0	0	63	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3029323--3029495	89	1.9	90	83	1	222	38	13	17	30	1.88
3037541--3037682	23	6.1	23	76	9	110	41	22	25	10	1.86
3037486--3037597	23	4.9	23	80	6	113	41	22	25	10	1.85
3048760--3048825	28	2.3	28	89	10	98	60	1	0	37	1.06
3048758--3048822	29	2.2	30	91	8	107	61	1	0	36	1.05
3051183--3051207	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
3058513--3058548	18	2.0	18	88	0	54	33	5	11	50	1.61
3062009--3062052	15	2.9	15	82	0	52	27	34	0	38	1.57
3062000--3062040	12	3.4	12	86	0	55	24	31	2	41	1.68
3064040--3064073	13	2.8	12	91	8	52	44	0	8	47	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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