genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032245.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_2_4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41238926

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   

This is table  75  of  132  ( 15769 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22124389--22124971	4	145.5	4	90	0	743	25	4	27	42	1.75
22133912--22133945	15	2.3	15	90	10	52	67	0	0	32	0.91
22133906--22133951	23	2.0	24	83	12	60	65	2	0	32	1.05
22137016--22137067	18	2.9	18	85	0	68	36	1	1	59	1.19
22140169--22140215	24	1.9	25	82	4	60	46	0	31	21	1.51
22146471--22146518	24	2.0	25	87	4	71	47	0	29	22	1.51
22146469--22146525	24	2.3	24	81	3	69	43	0	33	22	1.54
22146487--22146556	31	2.3	31	79	0	77	42	1	38	17	1.58
22150323--22150350	14	2.0	14	100	0	56	35	14	21	28	1.92
22151194--22151228	15	2.2	16	90	5	54	57	8	5	28	1.52
22151194--22151236	16	2.8	15	89	3	59	55	6	4	32	1.47
22151837--22151871	17	2.0	18	88	5	54	60	5	5	28	1.43
22154747--22154790	18	2.4	18	92	0	70	9	34	9	47	1.67
22156442--22156466	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
22160696--22160751	23	2.5	22	80	13	60	39	1	5	53	1.34
22183565--22183598	13	2.5	13	90	4	50	67	11	2	17	1.34
22196678--22196794	58	2.0	58	100	0	234	35	25	15	23	1.94
22200681--22200711	3	10.3	3	100	0	62	67	0	32	0	0.91
22207458--22207693	52	4.5	52	92	0	382	23	16	25	34	1.95
22211706--22211735	16	1.9	16	93	6	53	10	3	6	80	1.01
22219602--22219940	52	6.6	52	87	1	475	26	14	23	34	1.94
22220687--22220743	21	2.7	21	86	0	78	28	10	22	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22233612--22233636	11	2.3	11	100	0	50	0	0	8	92	0.40
22235441--22235497	25	2.3	26	87	9	91	43	10	21	24	1.83
22235451--22235500	25	2.0	25	100	0	100	40	12	24	24	1.88
22244810--22244855	20	2.3	20	85	7	58	39	13	8	39	1.75
22247831--22247865	18	1.9	18	94	0	61	8	25	14	51	1.70
22258710--22259133	227	1.9	227	81	3	521	34	20	8	36	1.83
22262663--22262766	52	2.0	52	100	0	208	23	30	13	32	1.93
22267239--22267324	5	17.4	5	76	11	79	74	3	16	5	1.15
22267242--22267293	14	3.6	14	86	2	68	78	5	15	0	0.92
22267241--22267318	24	3.2	24	87	7	95	74	3	16	5	1.15
22274266--22274396	58	2.3	58	87	9	180	40	13	11	34	1.81
22279289--22279509	86	2.5	86	78	10	209	39	14	7	38	1.74
22279619--22279659	19	2.2	19	86	8	57	58	0	2	39	1.11
22279617--22279691	29	2.6	29	75	12	73	57	1	4	37	1.26
22279649--22279739	38	2.3	39	83	5	96	56	2	3	38	1.28
22279894--22279944	19	2.7	18	82	11	57	39	3	1	54	1.30
22279910--22279952	19	2.3	19	84	12	61	34	9	0	55	1.32
22280002--22280048	9	5.1	9	78	12	51	19	4	0	76	0.95
22279946--22280044	29	3.4	28	77	9	83	25	7	3	64	1.33
22280002--22280046	20	2.3	20	88	3	65	20	4	0	75	0.97
22292569--22292818	128	2.0	128	94	0	437	34	20	15	29	1.94
22294447--22294891	195	2.3	192	80	8	483	26	27	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22298324--22298398	21	3.6	21	78	10	73	30	26	12	30	1.92
22304048--22304119	37	1.9	37	97	0	135	45	5	20	27	1.73
22305473--22305506	16	2.1	16	89	10	52	32	0	0	67	0.91
22311368--22311662	51	5.8	51	93	0	482	33	15	22	28	1.95
22312382--22312435	21	2.6	21	88	5	74	31	11	24	33	1.90
22318629--22319155	42	13.0	42	83	8	664	29	29	17	23	1.97
22318629--22319166	81	6.7	80	86	3	667	29	29	17	23	1.97
22318629--22319155	123	4.3	123	85	6	700	29	29	17	23	1.97
22339818--22339869	17	3.0	17	80	2	59	51	3	19	25	1.63
22340303--22340335	12	2.8	12	86	13	50	3	36	0	60	1.12
22353711--22353767	14	4.2	14	91	4	64	42	0	7	50	1.29
22353720--22353768	2	24.5	2	91	0	80	46	0	4	48	1.20
22355215--22355244	14	2.1	15	93	6	53	16	0	6	76	0.99
22355689--22355761	36	1.9	39	83	10	98	31	6	4	57	1.44
22356515--22356566	26	2.0	26	92	0	86	17	7	11	63	1.50
22363200--22363247	5	9.2	5	86	8	53	75	0	25	0	0.81
22363200--22363248	10	4.6	11	85	14	68	73	0	26	0	0.83
22363201--22363241	5	7.5	6	91	8	54	73	0	26	0	0.84
22364276--22364959	49	14.0	49	74	3	415	39	18	23	18	1.92
22364277--22364738	196	2.4	196	81	0	539	39	17	24	18	1.92
22364274--22364930	147	4.5	147	74	4	464	39	17	24	18	1.92
22364874--22365063	49	3.9	49	74	6	145	42	21	18	17	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22366049--22366158	4	26.2	4	70	20	57	20	5	3	70	1.22
22367300--22367343	23	1.9	23	86	9	63	38	13	13	34	1.84
22367305--22367357	23	2.4	22	81	12	63	41	9	13	35	1.76
22368086--22368224	41	3.4	40	78	13	133	41	15	22	21	1.90
22368212--22368593	41	9.3	41	85	2	500	29	18	30	22	1.97
22370122--22370167	21	2.2	21	88	7	67	65	6	8	19	1.43
22370532--22370774	41	6.0	41	81	0	254	32	16	27	23	1.96
22370528--22370786	82	3.2	82	80	3	315	33	17	26	22	1.96
22370528--22370787	123	2.1	123	79	1	297	33	17	26	21	1.96
22374093--22374233	43	3.3	43	82	0	165	25	19	26	28	1.98
22377380--22377428	17	2.8	17	84	6	62	61	12	14	12	1.58
22377814--22377865	15	3.5	15	82	12	63	1	25	0	73	0.94
22392031--22392104	21	3.5	21	71	20	64	28	13	27	31	1.94
22397809--22397856	18	2.7	18	80	0	51	39	27	12	20	1.89
22403363--22403414	22	2.4	22	83	0	68	42	17	26	13	1.86
22405971--22405995	13	1.9	13	100	0	50	44	16	8	32	1.76
22412196--22412272	21	3.6	22	81	6	97	28	12	25	32	1.93
22416760--22416791	14	2.3	14	94	0	55	84	0	15	0	0.63
22417012--22417356	152	2.3	152	83	10	429	26	35	1	37	1.64
22421460--22421515	16	3.0	19	70	20	55	39	1	3	55	1.28
22421496--22421542	17	2.7	18	75	18	55	38	0	6	55	1.26
22434666--22434724	27	2.2	27	93	0	100	47	11	3	37	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22440161--22440206	25	1.9	23	86	8	65	34	2	6	56	1.37
22446767--22446799	11	3.1	11	86	8	50	72	0	6	21	1.05
22447801--22447865	10	5.7	11	78	16	62	75	1	9	13	1.11
22447811--22447864	13	4.4	13	80	17	62	77	0	9	12	0.98
22447801--22447865	25	2.8	22	82	11	76	75	1	9	13	1.11
22448195--22448221	9	3.0	9	100	0	54	11	11	33	44	1.75
22448879--22448924	25	1.9	23	86	8	65	34	4	6	54	1.46
22469556--22469711	75	2.1	76	91	1	251	33	12	25	28	1.93
22470791--22470904	50	2.3	50	76	4	122	37	14	14	34	1.86
22471094--22471126	17	1.9	17	88	11	50	66	6	0	27	1.15
22473561--22473680	27	4.6	26	72	21	74	17	10	3	69	1.30
22473576--22473680	55	2.0	52	85	12	142	19	8	3	68	1.31
22473601--22473686	28	3.2	26	73	15	77	15	9	3	72	1.24
22473656--22473700	22	2.0	22	86	4	63	17	11	2	68	1.29
22473761--22473906	75	1.9	75	90	0	229	31	10	25	32	1.90
22474968--22475065	50	1.9	52	87	4	146	36	11	17	34	1.85
22474968--22475104	50	2.7	50	79	10	145	36	11	16	35	1.85
22475267--22475304	19	2.0	19	85	10	51	50	18	7	23	1.73
22475299--22475331	17	1.9	17	88	11	50	66	6	0	27	1.15
22475599--22475645	17	2.8	17	75	12	51	48	14	17	19	1.81
22475580--22475645	34	1.9	34	84	6	89	48	13	18	19	1.81
22477815--22477841	14	1.9	14	100	0	54	37	7	25	29	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22483054--22483177	48	2.6	48	89	1	185	25	8	13	52	1.69
22494122--22494259	50	2.7	50	82	9	163	36	10	16	36	1.84
22494454--22494486	17	1.9	17	88	11	50	66	6	0	27	1.15
22494996--22495139	30	4.8	30	79	5	139	33	5	21	39	1.77
22496489--22497024	40	13.5	40	79	9	512	26	16	25	31	1.97
22496489--22497024	79	6.7	79	86	3	589	26	16	25	31	1.97
22497322--22497497	49	3.6	49	75	0	181	21	30	16	32	1.95
22497295--22497533	98	2.4	99	78	4	261	21	28	16	33	1.95
22498418--22498480	8	8.7	7	83	13	67	0	20	0	79	0.73
22498418--22498471	21	2.5	21	85	8	74	0	20	0	79	0.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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