genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032245.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_2_4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41238926

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   

This is table  92  of  132  ( 15769 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28362125--28362451	50	6.7	49	76	6	286	19	30	15	34	1.93
28362172--28362458	146	1.9	149	85	4	395	18	30	17	34	1.93
28362181--28362496	146	2.1	149	83	4	381	18	30	15	35	1.92
28363966--28363999	3	11.3	3	100	0	68	0	32	0	67	0.91
28368425--28368882	58	7.7	58	74	11	184	36	2	26	35	1.70
28368434--28368890	30	15.4	30	76	10	320	36	1	26	35	1.68
28368478--28368749	150	1.8	149	86	4	395	34	2	28	34	1.71
28380781--28380830	19	2.7	18	82	14	57	62	4	0	34	1.14
28380804--28380861	25	2.3	24	82	11	64	48	0	3	48	1.18
28381320--28381378	21	3.1	19	87	7	75	55	6	1	35	1.36
28381319--28381409	44	2.2	39	79	16	94	56	5	1	37	1.30
28383950--28383994	23	1.9	24	90	4	74	55	6	15	22	1.63
28384114--28384182	21	3.4	21	74	9	63	7	5	18	68	1.34
28384173--28384266	21	4.4	21	77	9	100	10	4	14	70	1.31
28384184--28384281	44	2.2	43	78	5	106	10	5	16	68	1.36
28400401--28400440	22	1.9	20	90	10	62	27	0	2	70	1.01
28403106--28403152	19	2.5	19	85	0	58	25	23	25	25	2.00
28403117--28403156	19	2.1	19	95	0	71	17	27	25	30	1.97
28414060--28414116	13	4.4	13	78	8	62	35	19	3	42	1.68
28420112--28420149	17	2.2	17	90	9	60	0	21	0	78	0.74
28427042--28427094	21	2.5	21	100	0	106	30	9	24	35	1.87
28429393--28429426	16	2.1	16	88	0	50	32	0	5	61	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28434807--28434884	31	2.6	30	77	18	83	33	0	0	66	0.92
28444183--28444252	30	2.3	30	95	0	131	38	24	11	25	1.89
28446252--28446325	26	2.9	25	80	6	85	31	28	18	21	1.97
28447887--28447934	19	2.5	19	82	0	60	4	33	22	39	1.74
28452665--28452763	53	1.9	51	85	8	137	31	1	6	61	1.27
28454057--28454092	2	18.0	2	100	0	72	50	50	0	0	1.00
28454105--28454148	22	2.0	22	83	12	56	27	2	2	68	1.14
28454849--28454930	30	2.8	30	86	1	103	35	17	4	42	1.70
28454870--28454949	30	2.7	29	84	5	97	38	21	3	36	1.71
28454894--28455050	30	5.3	30	77	6	158	36	23	5	34	1.79
28454934--28455050	59	2.0	60	84	1	155	38	23	5	32	1.77
28458615--28458726	39	2.8	39	79	1	125	26	27	18	26	1.98
28458744--28458911	50	3.4	49	80	5	185	39	19	19	22	1.93
28458987--28459168	101	1.8	101	86	2	267	34	19	20	25	1.96
28459006--28459169	50	3.3	50	69	14	129	35	18	22	23	1.95
28459937--28459987	16	3.2	16	83	5	59	31	3	0	64	1.11
28460703--28461019	30	10.7	30	79	8	247	36	22	5	35	1.78
28460729--28461035	59	5.1	59	82	8	243	36	20	6	36	1.78
28460893--28461047	29	5.3	29	79	5	168	34	21	7	36	1.81
28460809--28461047	59	4.1	58	84	8	252	35	20	6	36	1.78
28461917--28462100	43	4.3	43	86	4	228	27	27	20	25	1.99
28461917--28462100	86	2.1	86	87	0	260	27	27	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28462864--28462892	14	2.1	14	93	6	51	55	6	0	37	1.27
28468155--28468180	8	3.2	8	100	0	52	61	0	0	38	0.96
28468143--28468197	16	4.1	12	77	22	56	50	0	1	47	1.11
28468161--28468281	50	2.5	47	78	11	127	44	0	8	46	1.39
28468225--28468313	34	2.6	34	82	5	117	41	1	10	47	1.44
28468295--28468371	10	7.1	12	74	25	66	51	0	1	46	1.09
28468293--28468354	20	3.2	20	95	4	110	58	0	0	41	0.98
28468125--28469341	70	15.8	76	67	19	536	43	0	8	47	1.39
28468399--28468629	34	6.6	34	70	11	153	41	0	9	48	1.42
28468333--28468553	50	4.4	49	68	15	128	42	0	8	47	1.37
28468467--28468508	20	2.2	18	91	8	66	59	0	0	40	0.97
28468313--28469405	154	7.1	153	92	5	1802	42	0	9	47	1.40
28468609--28468650	20	2.2	18	91	8	66	59	0	0	40	0.97
28468695--28468783	34	2.6	34	82	5	117	41	1	10	47	1.44
28468763--28468804	20	2.2	18	91	8	66	59	0	0	40	0.97
28468849--28468937	34	2.6	34	82	5	117	41	1	10	47	1.44
28468917--28468958	20	2.2	18	91	8	66	59	0	0	40	0.97
28469003--28469087	34	2.5	34	83	5	100	42	1	10	45	1.46
28469071--28469121	18	2.7	18	90	6	75	56	0	1	41	1.10
28469167--28469257	34	2.7	34	80	0	110	42	1	8	47	1.41
28469251--28469276	8	3.2	8	100	0	52	61	0	0	38	0.96
28469239--28469293	16	4.1	12	77	22	56	50	0	1	47	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28470868--28470917	26	1.9	26	83	0	64	36	18	12	34	1.87
28471682--28471982	41	7.4	41	82	4	272	18	26	19	34	1.95
28478021--28478050	15	2.0	15	100	0	60	46	20	0	33	1.51
28497493--28497526	17	2.0	17	94	0	59	38	2	11	47	1.55
28504880--28504916	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
28507259--28507324	13	5.0	13	75	10	62	43	3	16	36	1.64
28513494--28513527	7	4.9	7	100	0	68	44	29	0	26	1.55
28533894--28533945	20	2.7	20	75	3	61	25	0	7	67	1.17
28533902--28533988	20	4.4	20	67	11	54	32	1	2	64	1.13
28535620--28535752	61	2.2	60	86	4	180	49	3	3	42	1.38
28540721--28540776	8	6.6	8	80	10	58	14	3	1	80	0.93
28540725--28540776	22	2.4	21	78	12	61	15	3	1	78	0.98
28542301--28542345	19	2.4	19	81	7	56	37	0	4	57	1.19
28544856--28544890	16	2.2	16	90	10	54	28	17	2	51	1.59
28545226--28545255	16	1.9	15	93	6	51	20	6	0	73	1.05
28556903--28556951	20	2.5	20	78	18	57	36	2	2	59	1.21
28558192--28558243	16	3.1	16	83	5	59	17	0	13	69	1.19
28558782--28558829	20	2.4	18	80	16	51	58	0	6	35	1.23
28561392--28561445	26	2.0	27	86	10	76	24	7	14	53	1.66
28562509--28562564	26	2.1	26	80	9	60	26	8	5	58	1.50
28562518--28562569	26	1.9	27	84	7	70	23	9	7	59	1.54
28565880--28565956	21	3.7	21	75	13	77	32	12	24	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28567933--28568195	132	2.0	132	84	3	350	33	21	22	23	1.98
28568354--28568419	2	33.0	2	100	0	132	50	0	0	50	1.00
28569945--28569988	13	3.4	13	80	0	52	40	6	2	50	1.42
28572599--28572633	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
28574000--28574229	20	11.5	20	75	5	178	36	20	30	12	1.89
28574004--28574227	60	3.7	60	77	9	215	37	20	30	12	1.89
28574845--28574894	26	1.9	26	83	0	64	58	4	36	2	1.29
28575225--28575251	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
28579744--28579781	17	2.4	17	91	8	62	81	0	18	0	0.69
28579743--28579781	15	2.3	18	83	16	57	82	0	17	0	0.68
28580648--28580696	22	2.2	21	79	10	53	79	0	16	4	0.88
28580650--28580697	16	3.0	16	76	11	53	77	0	18	4	0.93
28580999--28581220	112	2.0	112	86	1	311	28	19	11	40	1.86
28581662--28582013	49	7.2	49	75	7	284	33	16	30	19	1.94
28581652--28582013	98	3.7	98	86	2	458	33	16	30	19	1.94
28582055--28582169	42	2.8	41	82	7	117	41	13	23	20	1.88
28582105--28582167	21	3.1	20	72	16	58	38	12	28	20	1.89
28582333--28583219	38	22.6	38	73	12	529	33	24	17	24	1.96
28582333--28583209	78	11.2	78	79	8	827	33	24	17	24	1.97
28582311--28583208	116	7.6	120	74	13	516	33	25	17	24	1.96
28582311--28583188	471	1.9	471	85	3	1230	33	25	16	24	1.96
28583249--28583454	46	4.5	46	94	0	349	31	23	20	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28583771--28583813	11	3.7	11	79	11	50	79	13	0	6	0.93
28583782--28583825	18	2.4	18	84	0	52	77	13	0	9	0.99
28584307--28584338	13	2.4	14	89	10	57	12	6	0	81	0.87
28587747--28588060	53	5.9	53	85	1	425	28	13	22	35	1.92
28595041--28595395	53	6.7	53	87	0	496	28	13	22	35	1.92
28609973--28610061	46	2.0	46	88	2	135	57	7	15	19	1.62
28611593--28611842	129	1.9	130	86	5	355	36	19	15	28	1.92
28615124--28615156	2	16.5	2	93	0	57	51	0	0	48	1.00
28616911--28616941	16	1.9	16	100	0	62	58	0	3	38	1.15
28618162--28618201	21	1.9	21	84	0	53	52	25	2	20	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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