genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032245.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_2_4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41238926

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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          129   130   131   132   

This is table  48  of  132  ( 15769 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13113789--13113869	3	26.7	3	86	2	99	34	2	3	59	1.29
13113984--13114053	6	12.2	6	69	19	51	54	1	1	42	1.18
13113987--13114055	29	2.4	28	88	7	95	55	1	1	42	1.18
13113984--13114053	17	4.4	17	72	22	71	54	1	1	42	1.18
13114004--13114035	11	2.8	12	95	4	57	59	0	0	40	0.97
13138720--13138749	11	2.8	11	95	5	53	0	13	0	86	0.57
13142527--13142666	59	2.4	59	84	7	185	32	10	25	30	1.90
13142527--13142619	29	3.2	28	73	14	89	33	9	23	33	1.87
13142675--13142826	29	5.2	29	72	12	107	34	5	19	41	1.74
13142675--13142810	29	4.7	30	73	11	113	33	4	21	41	1.73
13142610--13142816	91	2.3	88	79	7	204	32	6	23	37	1.81
13144663--13144732	6	12.0	6	72	11	56	57	2	1	38	1.23
13144696--13144732	17	2.2	17	90	0	56	64	2	0	32	1.07
13147665--13147696	11	2.8	12	95	4	57	40	0	0	59	0.97
13147647--13147690	17	2.6	18	85	10	65	38	0	2	59	1.10
13147886--13147944	3	19.7	3	87	0	64	57	3	3	35	1.32
13149041--13149485	30	14.9	30	68	17	162	34	27	3	33	1.74
13149212--13149540	59	5.6	57	80	7	311	33	28	2	35	1.72
13149212--13149540	118	2.8	116	83	2	442	33	28	2	35	1.72
13149136--13149541	29	13.6	29	69	19	221	33	27	3	35	1.73
13156214--13156385	29	5.9	29	74	9	152	31	3	26	38	1.73
13156214--13156390	59	3.0	60	81	8	177	31	3	27	37	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13156222--13156404	29	6.2	30	73	8	119	31	4	25	38	1.76
13158242--13158297	6	9.7	6	78	7	53	57	5	0	37	1.22
13158242--13158297	17	3.2	17	84	2	76	57	5	0	37	1.22
13165706--13166360	209	3.1	209	86	1	868	36	18	21	22	1.95
13166732--13166795	18	3.6	17	80	4	65	43	0	3	53	1.16
13166732--13166815	42	2.0	41	84	6	107	46	1	2	50	1.22
13166762--13166815	18	3.1	18	86	10	76	51	1	0	46	1.11
13166765--13166797	6	5.5	6	86	13	50	54	0	0	45	0.99
13168726--13169309	30	19.9	30	65	22	142	34	28	3	34	1.73
13168726--13169309	59	10.0	58	77	10	471	34	28	3	34	1.73
13168826--13169309	176	2.7	173	81	8	573	34	28	2	34	1.72
13168726--13169309	117	5.0	117	81	7	602	34	28	3	34	1.73
13191103--13191524	29	14.5	28	71	17	276	34	2	27	35	1.70
13191103--13191523	231	1.8	231	86	5	609	34	2	27	35	1.70
13191103--13191523	59	7.2	59	78	9	413	34	2	27	35	1.70
13191539--13191619	30	2.7	30	84	0	99	30	2	28	38	1.70
13192750--13192805	3	18.7	3	80	7	51	35	1	3	58	1.26
13192780--13192808	10	3.0	10	95	5	51	31	0	6	62	1.22
13193542--13193573	17	1.9	16	93	6	55	43	0	3	53	1.16
13193568--13193648	18	4.5	18	82	0	99	58	2	0	39	1.12
13193567--13193648	36	2.3	36	97	0	146	57	2	0	40	1.12
13194012--13194665	209	3.1	208	86	1	871	22	22	18	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13200937--13200995	23	2.6	23	94	0	100	47	13	18	20	1.82
13200952--13201019	23	3.0	23	82	4	57	44	11	20	23	1.84
13204748--13205240	29	16.9	28	68	17	195	34	3	28	33	1.75
13204743--13205296	59	9.5	57	76	12	434	34	3	28	33	1.76
13204747--13205292	30	18.7	30	68	17	224	34	4	27	33	1.76
13204808--13204879	26	2.7	24	78	22	65	37	0	27	34	1.57
13204748--13205236	118	4.2	118	83	4	557	34	3	28	33	1.74
13204748--13205227	177	2.7	172	81	8	517	34	3	28	33	1.74
13204748--13205296	118	4.7	117	79	8	507	34	4	27	33	1.76
13205197--13205309	30	3.8	30	79	15	103	35	6	23	34	1.80
13206435--13206515	3	26.7	3	86	2	99	34	2	3	59	1.29
13206630--13206699	6	12.2	6	69	19	51	54	1	1	42	1.18
13206633--13206701	29	2.4	28	88	7	95	55	1	1	42	1.18
13206630--13206699	17	4.4	17	72	22	71	54	1	1	42	1.18
13206650--13206681	11	2.8	12	95	4	57	59	0	0	40	0.97
13209324--13210067	369	2.0	372	98	1	1431	31	13	15	39	1.85
13218183--13218244	23	2.7	23	92	0	97	48	11	17	22	1.79
13225547--13226647	591	1.9	591	94	0	1925	32	16	17	33	1.93
13228978--13229408	29	14.8	27	70	18	203	34	3	27	35	1.73
13228978--13229399	232	1.8	232	86	4	618	34	3	27	34	1.73
13228978--13229498	59	9.0	60	75	11	371	33	3	28	35	1.73
13228978--13229488	232	2.2	232	82	7	603	33	3	27	35	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13229415--13229494	30	2.7	29	86	1	97	31	2	26	40	1.69
13231426--13231491	6	11.0	6	77	6	71	53	1	0	45	1.09
13231854--13232508	209	3.1	208	87	1	900	22	22	18	36	1.95
13240652--13240710	23	2.6	23	94	0	100	47	13	18	20	1.82
13240667--13240734	23	3.0	23	82	4	57	44	11	20	23	1.84
13244093--13244585	29	16.9	28	68	17	177	34	3	28	33	1.75
13244088--13244572	59	8.3	56	76	11	417	34	3	28	33	1.74
13244092--13244637	30	18.7	30	67	17	206	34	4	27	33	1.76
13244093--13244581	118	4.2	118	83	4	557	34	3	28	34	1.74
13244093--13244572	177	2.7	172	81	8	517	34	3	27	33	1.74
13244093--13244653	118	4.8	117	78	8	513	34	4	27	33	1.76
13244123--13244653	177	3.0	170	76	11	477	35	4	27	33	1.76
13244542--13244654	30	3.8	30	79	15	103	35	6	23	34	1.80
13245780--13245845	3	21.7	3	85	3	78	34	1	4	59	1.27
13245960--13246029	6	12.2	6	69	19	51	54	1	1	42	1.18
13245963--13246031	29	2.4	28	88	7	95	55	1	1	42	1.18
13245960--13246029	17	4.4	17	72	22	71	54	1	1	42	1.18
13245980--13246011	11	2.8	12	95	4	57	59	0	0	40	0.97
13257170--13257233	8	8.2	8	69	30	50	48	12	14	25	1.78
13257173--13257223	13	4.0	13	75	19	54	43	13	15	27	1.85
13257163--13257247	23	3.7	23	91	0	134	48	11	16	23	1.79
13261182--13261561	59	6.5	59	79	8	366	35	5	26	32	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13261176--13261592	30	14.1	30	69	17	189	35	5	26	32	1.80
13265271--13265315	17	2.6	18	86	10	67	33	0	4	62	1.15
13267199--13267280	29	2.8	30	81	5	87	35	28	2	34	1.70
13267230--13267422	59	3.3	58	76	8	185	34	24	5	35	1.79
13267409--13267470	29	2.1	29	82	11	74	35	27	9	27	1.88
13267688--13267877	95	2.0	96	84	5	251	30	20	12	37	1.89
13273382--13273587	49	4.1	48	79	7	155	38	20	28	12	1.89
13273977--13274973	205	4.9	205	88	3	1372	34	19	23	22	1.96
13273977--13274973	407	2.5	405	87	3	1371	34	19	23	22	1.96
13275296--13275341	21	2.1	23	84	8	60	43	2	4	50	1.34
13277718--13278019	28	10.5	31	69	21	119	34	3	26	35	1.75
13277772--13278028	28	9.0	28	69	20	131	34	2	27	35	1.71
13277718--13278070	58	6.3	55	74	14	233	35	3	25	35	1.75
13277718--13278029	114	2.7	114	77	8	310	34	4	26	34	1.76
13277713--13278072	57	6.4	57	74	12	226	34	4	26	34	1.76
13278006--13278053	24	2.1	22	85	14	62	41	4	20	33	1.72
13278006--13278053	23	2.1	23	88	7	71	41	4	20	33	1.72
13277717--13278174	30	16.0	29	68	19	126	35	5	25	34	1.78
13281900--13281969	6	12.0	6	73	11	65	40	1	2	55	1.23
13281900--13281969	17	4.4	17	77	18	78	40	1	2	55	1.23
13283829--13283910	29	2.8	30	81	5	87	35	28	2	34	1.70
13283860--13284060	59	3.4	58	76	8	183	34	25	5	34	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13284039--13284100	29	2.1	29	85	11	83	37	27	8	27	1.85
13284318--13284507	95	2.0	96	84	5	251	30	20	12	37	1.89
13290003--13290116	51	2.3	50	87	4	158	41	19	26	13	1.88
13290003--13290208	49	4.1	49	78	9	161	39	20	27	12	1.89
13290599--13291610	204	4.9	205	89	1	1424	34	18	24	22	1.96
13290599--13291610	409	2.5	407	88	1	1445	34	18	24	22	1.96
13291911--13291954	17	2.6	17	88	0	70	36	0	4	59	1.18
13293832--13293969	29	4.4	29	69	20	82	37	28	2	31	1.72
13293832--13293905	38	1.9	38	83	0	94	37	29	2	29	1.71
13312602--13312646	18	2.3	18	85	14	54	60	26	2	11	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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