genome.fa.s146.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167971.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_23, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19268551

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8566011--8566074	32	2.0	32	84	6	85	29	7	6	56	1.52
8566305--8566330	12	2.2	12	100	0	52	11	15	30	42	1.82
8566586--8566789	42	4.9	41	78	3	131	50	15	9	25	1.74
8566638--8566799	84	1.9	84	82	1	200	52	12	8	25	1.68
8566936--8566984	12	4.1	12	94	0	80	32	22	0	44	1.53
8571081--8571387	157	2.0	157	99	0	605	48	8	7	35	1.61
8574365--8574434	26	2.8	25	82	8	88	21	2	7	68	1.27
8575319--8575361	22	2.0	21	86	4	59	16	6	11	65	1.46
8575327--8575388	28	2.2	29	82	5	74	22	6	9	61	1.50
8575362--8575453	38	2.5	35	84	5	112	27	7	15	50	1.71
8586063--8586108	13	3.7	12	82	8	56	80	2	0	17	0.81
8587232--8587334	43	2.4	43	86	3	136	42	12	15	29	1.84
8599199--8599238	15	2.7	14	85	11	53	87	2	5	5	0.73
8599198--8599238	16	2.7	14	85	14	55	87	2	4	4	0.72
8614200--8614235	13	2.8	14	84	16	51	30	0	0	69	0.89
8614601--8614794	105	1.8	106	85	1	273	42	10	9	38	1.71
8615290--8615344	27	2.0	28	92	3	94	30	21	14	32	1.93
8618280--8618315	11	3.3	11	84	0	54	86	0	11	2	0.68
8619761--8619802	21	2.0	21	90	0	66	26	2	11	59	1.45
8619971--8620006	15	2.4	15	90	0	54	27	19	5	47	1.72
8620052--8620106	18	3.2	16	75	12	56	29	9	18	43	1.80
8620025--8620115	34	2.7	34	76	6	94	32	8	15	42	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8620132--8620169	17	2.3	17	86	4	51	26	13	13	47	1.79
8620184--8620254	35	2.0	35	88	0	106	39	23	9	26	1.86
8620252--8620293	17	2.4	18	88	11	70	40	11	9	38	1.75
8620260--8620323	18	3.6	18	77	10	69	32	15	9	42	1.79
8620370--8620423	18	3.1	18	81	7	58	27	14	18	38	1.90
8621973--8622016	19	2.3	19	84	7	63	20	4	0	75	0.98
8622176--8622251	23	3.6	19	79	17	71	32	5	11	50	1.62
8622176--8622243	21	3.2	22	85	10	97	33	5	11	48	1.64
8622247--8622287	22	1.9	22	85	5	57	17	2	9	70	1.25
8622256--8622298	22	2.0	22	86	9	61	20	2	6	69	1.23
8622414--8622501	38	2.4	36	83	5	113	44	10	9	36	1.70
8622422--8622617	104	1.9	104	85	1	275	43	11	9	36	1.72
8623261--8623307	22	2.2	21	81	11	51	48	6	2	42	1.40
8624272--8624303	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
8625083--8625170	3	29.3	3	90	0	140	62	0	0	37	0.95
8634454--8634480	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
8635254--8635291	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
8637939--8637993	3	18.3	3	100	0	110	32	0	0	67	0.91
8638281--8638376	20	4.7	19	77	10	93	17	6	28	47	1.72
8638283--8638376	42	2.3	41	83	7	120	18	6	27	47	1.72
8644378--8644424	3	15.7	3	95	0	85	34	29	0	36	1.58
8646409--8646447	13	3.1	13	85	3	53	74	2	2	20	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8650028--8650100	14	5.8	13	72	20	57	57	16	6	19	1.61
8651372--8651423	17	2.9	18	82	2	61	63	15	1	19	1.40
8651648--8651806	43	3.7	42	83	8	167	45	15	11	27	1.81
8652905--8652958	17	3.4	16	80	17	58	1	14	1	81	0.86
8652904--8652958	8	6.9	8	79	8	67	1	14	1	81	0.85
8652904--8652966	14	4.6	14	73	13	51	1	15	1	80	0.86
8652904--8652958	23	2.3	25	87	6	78	1	14	1	81	0.85
8653250--8653275	11	2.4	11	100	0	52	0	11	0	88	0.52
8657434--8657529	11	7.8	13	67	24	57	59	14	7	18	1.58
8657386--8657513	24	5.5	24	67	22	78	59	14	7	18	1.58
8657502--8657532	16	1.9	16	100	0	62	58	12	9	19	1.62
8658770--8658845	6	12.7	6	78	0	71	64	7	1	26	1.29
8665756--8665780	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
8666064--8666116	21	2.5	21	84	6	72	35	1	1	60	1.19
8666095--8666133	17	2.4	17	86	4	53	46	2	2	48	1.29
8666288--8666330	21	2.0	21	82	8	52	46	0	9	44	1.35
8667401--8667430	15	1.9	16	93	6	53	53	6	0	40	1.27
8666946--8667663	236	3.1	233	81	2	830	47	9	8	34	1.67
8668737--8668770	17	1.9	18	88	5	52	32	5	5	55	1.48
8669420--8669476	30	1.9	30	85	0	78	45	0	1	52	1.11
8669449--8669500	22	2.5	22	93	6	90	50	0	0	50	1.00
8670831--8670950	52	2.3	53	81	4	136	38	15	9	37	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8672536--8672574	2	19.5	2	89	0	60	51	5	0	43	1.24
8673453--8673485	17	1.9	17	93	0	57	57	3	3	36	1.29
8673959--8673984	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8674243--8674288	15	3.1	15	79	14	51	54	0	0	45	0.99
8677131--8677188	28	2.1	28	100	0	116	31	10	3	55	1.50
8678228--8678266	2	19.5	2	94	0	69	48	2	0	48	1.15
8679281--8679427	52	2.8	52	75	2	152	42	6	24	25	1.79
8680006--8680084	25	3.3	23	75	10	70	32	6	36	24	1.80
8679982--8680084	50	2.1	48	83	7	127	34	5	34	24	1.79
8680233--8680292	29	2.1	30	81	12	72	38	5	25	31	1.77
8680302--8680330	11	2.6	11	100	0	58	20	0	27	51	1.47
8680369--8680502	52	2.6	52	88	4	182	45	5	20	27	1.74
8680494--8680541	25	1.9	25	95	0	87	29	8	20	41	1.81
8684662--8684701	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
8685169--8685410	65	3.8	65	79	6	239	43	12	21	22	1.86
8685308--8685669	128	2.8	128	76	6	313	43	11	21	22	1.85
8685487--8685723	66	3.6	65	75	11	169	46	10	20	21	1.81
8685262--8685750	258	1.9	258	80	5	576	44	11	20	22	1.84
8687721--8687761	18	2.2	19	87	12	59	17	7	24	51	1.70
8697225--8697259	16	2.2	16	94	0	61	28	2	0	68	1.04
8697272--8697304	12	2.5	14	85	14	52	63	0	0	36	0.95
8698145--8698193	3	16.7	3	87	4	73	63	2	2	32	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8698146--8698192	23	2.0	23	91	0	76	61	2	2	34	1.20
8702731--8702920	26	7.4	25	73	14	115	15	2	35	47	1.57
8702791--8702847	18	3.2	17	75	20	62	10	1	38	49	1.48
8702736--8702850	24	4.8	24	71	12	85	13	0	37	47	1.50
8702769--8702920	12	12.0	12	72	13	101	14	2	36	46	1.59
8702731--8702921	7	29.7	6	72	19	95	15	2	35	47	1.58
8702857--8702920	19	3.3	19	75	18	60	18	0	32	48	1.49
8702884--8702921	13	2.9	13	96	0	67	21	0	31	47	1.51
8702863--8702948	40	2.1	40	80	6	93	23	1	26	48	1.58
8702974--8703041	19	3.6	18	77	15	75	14	1	35	48	1.53
8702977--8703045	7	10.7	7	70	22	53	14	1	36	47	1.53
8702977--8703041	13	5.2	12	76	14	53	15	1	36	46	1.55
8702985--8703046	12	5.0	12	80	7	79	12	1	37	48	1.51
8712602--8712959	178	2.0	179	98	0	700	30	10	8	50	1.66
8712926--8712950	13	1.9	13	100	0	50	24	0	4	72	1.02
8713053--8713078	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
8714463--8714535	26	2.6	29	81	10	82	4	13	4	78	1.05
8714465--8714534	34	2.1	34	84	12	92	2	12	4	80	0.98
8714464--8714530	17	3.9	16	76	18	64	2	14	4	77	1.05
8715835--8716215	130	2.9	127	82	5	415	35	13	16	34	1.87
8716231--8716716	129	3.8	127	84	4	613	34	14	16	33	1.90
8715839--8716710	240	3.5	247	80	11	870	35	13	16	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8716442--8716499	22	2.5	24	86	11	93	32	12	24	31	1.91
8716689--8716735	24	2.0	24	82	0	58	38	10	19	31	1.86
8718402--8718446	18	2.4	18	86	13	65	4	2	8	84	0.84
8719300--8719339	9	4.4	9	87	6	55	12	7	0	80	0.91
8719300--8719339	17	2.2	18	86	8	55	12	7	0	80	0.91
8719690--8719737	20	2.3	21	82	3	62	2	6	12	79	1.01
8724999--8725035	19	1.9	19	89	10	58	37	0	8	54	1.30
8726981--8727051	3	23.7	3	97	0	133	33	1	0	64	1.02
8735948--8736049	43	2.4	43	83	3	125	27	12	16	43	1.84
8735971--8736117	38	3.7	39	82	6	152	27	11	13	47	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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