genome.fa.s146.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167971.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_23, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19268551

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   

This is table  68  of  120  ( 14389 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7959797--7959842	16	2.8	17	71	18	51	28	15	15	41	1.87
7960046--7960078	17	1.9	17	100	0	66	12	12	24	51	1.73
7960011--7960084	17	4.4	17	70	13	62	21	14	17	45	1.84
7960273--7960425	42	3.6	41	75	7	126	34	11	9	44	1.73
7960267--7960417	44	3.5	44	77	4	155	35	12	10	41	1.78
7960426--7960506	34	2.4	35	83	4	103	34	9	13	41	1.78
7960798--7960861	6	10.3	6	78	11	58	18	1	10	68	1.27
7960804--7960861	13	4.8	12	77	10	55	18	1	8	70	1.21
7961029--7961088	29	2.3	27	81	16	72	63	16	1	18	1.40
7961960--7962014	24	2.2	25	80	3	67	14	9	3	72	1.23
7961962--7962015	25	2.1	25	86	3	72	12	9	3	74	1.20
7962074--7962168	41	2.4	41	81	15	110	26	6	14	52	1.65
7962152--7962230	21	3.7	20	77	15	70	30	6	13	49	1.67
7964111--7964218	33	3.2	32	76	11	101	55	28	0	15	1.41
7964149--7964180	14	2.2	15	94	5	57	65	21	0	12	1.25
7964137--7964183	14	3.4	14	80	13	53	59	29	0	10	1.31
7964204--7964246	19	2.2	20	80	12	54	46	34	2	16	1.60
7978006--7978077	31	2.3	32	80	7	85	45	2	0	51	1.15
7981604--7981641	14	2.6	15	79	8	51	36	2	2	57	1.26
7984117--7984157	15	2.7	15	84	0	55	58	2	0	39	1.11
7984170--7984344	22	7.9	21	67	23	83	50	1	2	45	1.24
7984248--7984343	8	12.2	8	69	20	60	53	0	2	44	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7991385--7991470	44	1.9	45	85	2	120	29	6	16	47	1.72
7992104--7992137	16	2.1	16	88	0	50	47	0	2	50	1.16
7994491--7995835	235	5.7	234	81	4	1406	33	8	11	46	1.72
7995627--7996051	216	2.0	210	93	2	715	33	6	12	47	1.68
8000504--8001264	199	3.8	199	83	5	876	34	11	11	42	1.77
8007521--8007554	13	2.6	13	85	0	50	55	5	5	32	1.48
8007543--8007584	22	2.0	22	85	4	59	52	14	0	33	1.42
8007573--8007606	15	2.3	15	89	0	50	41	8	0	50	1.34
8010326--8010413	39	2.3	38	80	2	104	55	10	14	19	1.67
8010424--8010552	43	3.0	43	83	2	143	56	10	11	21	1.64
8010582--8010653	34	2.1	34	84	0	90	48	15	18	18	1.81
8012445--8012491	8	5.9	8	80	9	60	2	10	2	85	0.78
8020176--8020222	21	2.2	21	100	0	94	31	19	12	36	1.89
8022588--8022630	19	2.2	19	87	8	59	72	0	4	23	1.04
8022588--8022630	21	2.1	21	87	12	63	72	0	4	23	1.04
8022606--8022674	28	2.4	30	75	4	79	68	10	2	18	1.31
8022931--8022971	19	2.2	19	90	0	64	41	7	0	51	1.30
8023101--8023156	12	4.6	12	75	8	51	46	0	1	51	1.11
8023140--8023214	24	3.0	24	78	5	69	32	2	4	61	1.28
8023538--8023585	2	24.5	2	91	4	80	45	0	2	52	1.12
8023651--8023718	2	34.0	2	87	0	100	45	1	4	48	1.31
8023718--8023742	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8030754--8031003	128	2.0	127	83	5	317	38	12	15	34	1.85
8030754--8031704	307	3.1	301	80	6	1007	36	13	13	35	1.84
8031721--8031792	35	2.1	35	89	0	108	38	13	15	31	1.87
8034969--8035829	238	3.6	240	82	5	880	41	12	11	35	1.78
8035680--8036128	223	2.0	224	97	0	846	44	12	11	32	1.77
8036110--8036886	239	3.3	236	80	8	852	42	12	10	34	1.77
8039455--8039485	12	2.6	12	89	0	53	64	0	19	16	1.29
8046943--8046981	20	2.0	20	94	0	69	51	0	7	41	1.31
8047010--8047045	18	1.9	19	88	5	56	55	11	2	30	1.49
8048207--8048256	3	16.7	3	100	0	100	34	0	0	66	0.92
8048761--8048793	2	16.5	2	100	0	66	51	48	0	0	1.00
8058793--8058872	41	2.0	41	87	0	115	30	7	18	43	1.78
8058808--8058887	41	2.0	41	85	5	108	31	8	17	42	1.80
8062856--8062894	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
8067526--8067585	17	3.4	17	73	13	57	51	0	0	48	1.00
8068049--8068110	28	2.2	28	77	11	65	48	1	1	48	1.21
8068961--8069032	37	2.0	34	82	12	83	19	6	8	65	1.43
8069445--8069474	13	2.3	13	94	0	51	33	3	6	56	1.42
8070003--8070442	56	7.9	56	77	7	392	50	7	7	35	1.59
8070018--8070442	112	3.8	111	81	3	435	50	7	7	35	1.59
8072672--8072711	21	2.0	21	90	9	66	52	7	5	35	1.51
8072806--8072968	79	2.1	79	81	5	188	53	6	8	31	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8073180--8073368	79	2.4	76	78	11	202	60	6	4	27	1.42
8075116--8075146	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
8078088--8078275	103	1.8	102	81	2	232	40	11	5	42	1.66
8084027--8084460	132	3.3	130	82	5	396	46	8	8	36	1.66
8084087--8084469	132	2.9	132	83	5	447	46	8	9	36	1.66
8085415--8085459	17	2.6	17	100	0	90	4	4	28	62	1.34
8085415--8085459	8	5.4	8	79	10	54	4	4	28	62	1.34
8090252--8090290	10	4.2	10	84	15	57	82	0	7	10	0.86
8090233--8090331	43	2.3	43	86	11	141	75	1	15	8	1.08
8090252--8090315	8	7.3	9	79	13	71	79	0	10	9	0.93
8090259--8090335	16	4.6	16	79	9	59	79	0	14	6	0.92
8090259--8090335	25	3.1	24	80	12	77	79	0	14	6	0.92
8092162--8092196	17	2.1	17	88	0	52	34	8	14	42	1.76
8092256--8092300	17	2.6	18	82	7	56	28	8	20	42	1.82
8092314--8092366	17	3.1	17	83	5	61	37	13	11	37	1.80
8092493--8092580	17	4.9	18	70	12	74	26	13	14	45	1.82
8092442--8092627	35	5.3	35	79	9	182	28	12	13	45	1.80
8092442--8092578	71	1.9	70	88	4	204	27	12	13	46	1.79
8092441--8092622	71	2.6	71	82	5	201	28	12	13	46	1.79
8092606--8092659	18	2.9	19	81	8	58	33	9	9	48	1.67
8092971--8093037	6	11.7	6	80	6	59	25	1	7	65	1.27
8093197--8093240	16	2.9	15	83	12	54	61	15	0	22	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8093197--8093240	15	2.9	16	86	6	56	61	15	0	22	1.34
8094126--8094186	7	8.7	7	72	13	54	9	1	8	80	0.98
8094127--8094168	13	3.3	12	84	15	50	9	2	7	80	0.97
8094595--8094686	46	2.0	46	91	0	148	45	15	8	30	1.76
8114070--8114109	2	20.0	2	100	0	80	0	0	50	50	1.00
8120032--8120066	17	2.1	17	89	10	54	37	8	8	45	1.65
8125184--8125237	16	3.6	16	78	14	69	50	9	1	38	1.45
8125181--8125239	29	2.0	29	96	0	109	49	10	1	38	1.47
8125430--8125526	44	2.2	46	76	16	114	42	23	8	25	1.82
8146876--8146907	2	16.0	2	93	0	55	50	0	3	46	1.17
8150204--8150271	32	2.1	32	88	0	100	61	4	4	29	1.35
8150461--8150497	19	1.9	19	94	0	65	43	10	2	43	1.53
8150553--8150820	142	1.9	143	89	3	416	43	5	5	45	1.48
8151438--8151472	12	3.1	12	92	8	56	40	0	0	60	0.97
8151450--8151492	14	3.2	14	87	9	63	39	0	0	60	0.97
8151421--8151489	14	5.3	12	76	17	50	36	0	0	63	0.94
8154017--8154162	66	2.2	67	85	8	192	45	6	8	38	1.62
8156319--8156366	21	2.3	21	88	0	69	39	14	8	37	1.76
8159291--8159359	14	4.9	14	74	15	54	71	2	2	23	1.14
8159875--8159899	13	1.9	13	100	0	50	80	0	4	16	0.87
8166951--8167014	29	2.2	29	80	2	76	34	29	14	21	1.93
8172256--8172298	21	2.0	21	86	8	61	81	0	9	9	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8172671--8172814	47	3.0	48	76	10	143	33	11	13	41	1.80
8172832--8172920	38	2.3	38	81	7	101	77	16	2	3	1.01
8172854--8172917	29	2.2	29	81	10	78	76	17	1	4	1.03
8174254--8174300	6	7.0	7	83	16	55	12	0	2	85	0.70
8174250--8174299	19	2.7	18	85	14	66	12	0	2	86	0.67
8174250--8174300	25	2.0	25	88	7	77	13	0	1	84	0.71
8175204--8175262	6	11.2	5	82	13	50	76	3	1	18	1.02
8175208--8175267	19	3.2	18	75	13	59	76	5	1	16	1.04
8178483--8179227	360	2.1	360	85	2	978	39	11	6	42	1.68
8180387--8180432	23	2.0	24	82	4	58	21	6	4	67	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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