genome.fa.s146.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167971.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_23, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19268551

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   

This is table  72  of  120  ( 14389 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8741418--8741443	12	2.2	12	100	0	52	30	15	11	42	1.82
8745305--8745333	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
8748799--8748846	18	2.5	19	83	10	62	47	12	6	33	1.66
8750378--8750424	23	2.0	24	88	8	71	10	34	0	55	1.35
8750759--8750846	32	2.7	32	80	1	95	29	0	25	45	1.54
8758151--8758182	16	2.0	16	100	0	64	43	25	0	31	1.55
8760842--8760899	21	2.8	21	82	10	57	50	8	5	36	1.56
8761095--8761205	47	2.4	46	80	10	127	46	12	12	27	1.78
8761339--8761477	44	3.1	44	82	1	161	47	12	7	33	1.68
8761339--8761493	44	3.5	44	81	0	139	45	13	7	32	1.72
8761561--8761878	46	7.1	45	76	4	185	42	12	7	37	1.71
8761660--8761731	22	3.2	21	67	19	56	51	11	2	34	1.52
8761714--8761851	44	3.1	43	74	13	127	44	12	7	34	1.71
8761675--8761846	90	1.9	89	83	5	222	45	11	7	35	1.69
8761675--8761878	90	2.3	90	81	4	207	44	11	7	35	1.70
8761865--8761944	21	3.7	21	70	8	61	46	13	2	37	1.57
8761858--8762185	46	7.4	44	74	9	173	42	13	7	37	1.72
8761815--8761943	65	2.0	65	82	0	159	44	11	4	38	1.62
8761858--8761990	44	2.9	47	81	4	157	45	12	5	37	1.64
8762029--8762256	44	5.1	45	75	5	183	44	14	6	35	1.69
8762018--8762256	91	2.7	88	79	5	239	43	14	6	35	1.70
8761955--8762206	135	1.9	132	85	7	348	40	14	7	37	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8762234--8762274	14	2.9	14	86	10	57	48	14	2	34	1.57
8766671--8766705	18	1.9	18	100	0	70	22	22	5	48	1.72
8769345--8769405	28	2.2	28	79	5	70	34	18	13	34	1.89
8769588--8769612	11	2.3	11	100	0	50	92	8	0	0	0.40
8769972--8770015	15	2.9	15	77	12	54	77	2	0	20	0.88
8769982--8770028	11	4.3	11	86	10	69	78	2	2	17	0.94
8769982--8770028	21	2.1	23	88	7	71	78	2	2	17	0.94
8770965--8770996	15	2.0	17	88	11	50	62	12	25	0	1.30
8772129--8772154	3	8.7	3	100	0	52	69	30	0	0	0.89
8772153--8772178	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
8772406--8772452	19	2.4	19	86	13	69	42	17	4	36	1.68
8773704--8773811	49	2.2	50	84	1	137	49	11	6	33	1.64
8773900--8774016	55	2.1	57	96	3	220	47	5	11	35	1.63
8774569--8774623	22	2.5	22	80	8	67	63	14	5	16	1.48
8774574--8774622	23	2.2	23	88	3	73	67	12	4	16	1.37
8774594--8774633	20	2.0	21	90	5	64	67	10	5	17	1.37
8775260--8775317	6	9.5	6	79	3	62	63	3	0	32	1.11
8775260--8775317	24	2.4	25	88	2	82	63	3	0	32	1.11
8775670--8775747	34	2.3	34	86	4	104	41	14	15	29	1.86
8775689--8775748	17	3.5	17	66	8	50	41	11	18	28	1.85
8775844--8775900	16	3.4	16	81	9	78	38	7	21	33	1.80
8775852--8775919	18	3.9	18	82	7	95	35	8	19	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8775819--8775918	34	3.0	34	92	1	157	38	10	17	35	1.83
8776187--8776362	46	3.9	45	73	10	153	43	15	6	35	1.72
8776282--8776354	22	3.2	22	73	21	69	43	12	5	38	1.65
8776283--8776361	24	3.4	24	73	19	76	44	11	5	39	1.62
8776425--8776469	22	2.0	22	100	0	90	31	13	15	40	1.86
8777466--8777503	12	3.1	13	85	11	53	2	7	5	84	0.86
8777797--8777869	6	12.3	6	77	12	55	1	12	4	82	0.88
8777801--8777835	16	2.2	16	90	10	54	0	17	0	82	0.66
8777800--8777859	24	2.5	24	86	2	77	1	13	3	81	0.89
8777824--8777861	17	2.3	17	86	4	51	2	5	5	86	0.76
8779994--8780076	41	2.0	43	88	4	125	25	13	21	39	1.90
8780040--8780099	25	2.5	24	94	2	102	26	11	20	41	1.86
8780413--8780453	21	2.0	21	95	0	73	63	12	4	19	1.46
8782123--8782160	19	2.0	19	90	10	60	63	23	0	13	1.30
8782124--8782169	19	2.4	19	85	10	58	65	23	0	10	1.24
8782571--8782618	6	7.8	6	83	4	60	70	4	0	25	1.04
8782570--8782621	18	2.8	19	82	2	70	71	5	0	23	1.07
8782571--8782633	25	2.6	24	82	5	72	68	4	3	23	1.24
8795103--8795295	63	3.0	63	90	3	289	34	13	11	40	1.80
8796345--8796374	15	1.9	16	93	6	53	10	13	0	76	1.01
8796296--8796415	62	1.9	63	83	8	156	24	13	6	55	1.61
8796803--8796841	19	2.1	19	85	9	53	15	0	5	79	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8798968--8799366	168	2.4	170	83	5	495	43	19	10	26	1.84
8798970--8799382	43	9.7	42	82	5	431	43	19	10	26	1.84
8798973--8799412	127	3.5	124	82	6	481	43	19	11	25	1.84
8799823--8799878	20	2.7	21	83	2	60	37	12	8	41	1.74
8799902--8800065	21	7.9	21	81	1	186	38	12	8	40	1.73
8799813--8799958	79	1.8	79	88	0	220	33	17	10	38	1.84
8799810--8800023	79	2.7	79	78	5	207	35	15	10	37	1.82
8800400--8800443	23	1.9	23	81	9	54	27	22	4	45	1.72
8801250--8801327	8	9.9	8	75	19	58	7	14	1	76	1.05
8801239--8801327	15	5.4	18	74	20	65	6	15	1	76	1.05
8805282--8805484	53	3.8	51	82	5	235	26	14	9	49	1.73
8805282--8805483	105	1.9	106	87	5	302	26	14	8	50	1.72
8805820--8805854	8	4.4	8	88	0	52	20	0	2	77	0.90
8805820--8805860	18	2.3	18	76	19	50	19	0	2	78	0.87
8808129--8808170	17	2.5	17	92	0	66	35	7	21	35	1.81
8809661--8809939	149	1.9	149	85	0	387	45	8	18	27	1.78
8811858--8811898	2	20.5	2	89	0	64	0	43	2	53	1.13
8817197--8817355	78	2.0	78	98	0	309	13	31	8	46	1.73
8819096--8819308	109	2.0	109	90	0	336	37	18	9	34	1.84
8820823--8820866	23	1.9	23	90	0	70	56	15	0	27	1.40
8827811--8827847	1	37.0	1	88	0	56	0	0	94	5	0.30
8829000--8829033	17	1.9	18	94	5	61	50	0	2	47	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8828994--8829034	9	4.6	9	82	11	57	51	0	2	46	1.14
8829012--8829058	24	2.0	24	88	8	71	55	0	0	44	0.99
8829793--8829852	19	3.0	19	73	9	57	58	1	1	38	1.18
8829830--8829888	29	2.1	28	81	15	68	59	5	1	33	1.29
8830160--8830194	15	2.3	15	90	0	52	48	0	0	51	1.00
8835132--8835193	23	2.7	23	80	12	65	19	4	1	74	1.09
8835148--8835201	23	2.2	24	81	15	67	20	3	3	72	1.16
8837341--8837817	60	8.0	58	82	13	519	46	7	12	32	1.71
8841609--8841701	8	12.2	8	72	22	53	73	0	21	5	1.03
8841617--8841699	8	11.4	7	77	16	55	74	0	20	4	0.99
8841617--8841657	12	3.2	13	86	10	57	80	0	19	0	0.71
8842942--8843430	41	12.0	40	91	5	718	22	17	20	38	1.93
8842964--8843430	81	5.7	81	91	6	739	22	18	21	37	1.94
8843437--8843490	1	54.0	1	88	0	81	94	5	0	0	0.31
8843390--8843704	121	2.6	123	82	3	391	46	11	14	27	1.79
8843573--8843597	9	2.8	9	100	0	50	84	8	8	0	0.79
8843875--8843952	23	3.4	24	80	15	69	19	3	2	74	1.09
8843893--8843957	23	2.9	22	82	11	78	16	6	3	73	1.16
8846070--8846557	60	7.9	59	85	9	576	47	7	12	32	1.70
8862170--8862222	26	2.0	27	85	3	72	50	0	3	45	1.19
8862392--8862437	20	2.3	20	85	10	67	43	2	0	54	1.12
8862392--8862501	17	6.1	20	66	25	59	46	3	0	50	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8862430--8862503	38	2.1	33	85	12	94	48	4	0	47	1.20
8862475--8862514	17	2.4	16	88	12	55	52	5	0	42	1.23
8862600--8862674	27	2.7	27	79	10	71	45	1	2	50	1.24
8862647--8862707	25	2.4	25	79	15	65	54	4	1	39	1.32
8862701--8862742	16	2.7	16	88	3	59	47	0	0	52	1.00
8862895--8862930	19	1.9	18	88	5	54	52	0	0	47	1.00
8863520--8863554	18	2.0	17	94	5	61	48	0	11	40	1.39
8865430--8865496	32	2.1	32	97	0	125	25	7	31	35	1.84
8873737--8873783	19	2.5	19	79	3	51	78	0	21	0	0.75
8877123--8877161	3	13.0	3	88	0	51	35	5	30	28	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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