genome.fa.s146.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167971.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_23, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19268551

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  22  of  120  ( 14389 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2480759--2480918	45	3.6	44	78	1	167	20	31	31	17	1.95
2480761--2480968	45	4.6	45	77	1	139	19	29	32	18	1.96
2480761--2480958	90	2.2	90	80	3	229	19	29	32	18	1.96
2482486--2482688	45	4.5	45	75	1	147	22	31	29	17	1.96
2482574--2482728	45	3.5	44	74	3	114	21	27	32	18	1.97
2487565--2487617	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
2487920--2487970	26	2.0	26	92	0	84	23	23	19	33	1.97
2488804--2489098	158	1.9	158	88	1	448	21	29	26	22	1.99
2489372--2489529	45	3.5	45	81	1	174	18	28	31	20	1.97
2492850--2493141	159	1.8	159	85	2	408	20	28	28	23	1.99
2493114--2493166	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
2494364--2494462	45	2.2	45	81	0	108	20	33	31	15	1.93
2495467--2495759	159	1.8	158	81	5	358	18	24	31	26	1.97
2495743--2495796	26	2.1	26	92	0	90	29	22	20	27	1.98
2496243--2496454	90	2.4	91	81	3	223	20	29	30	19	1.97
2496236--2496454	45	4.9	45	77	0	177	21	28	30	19	1.98
2496874--2496926	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
2497391--2497443	26	2.0	26	88	0	79	32	22	16	28	1.96
2496998--2497580	162	3.6	162	72	11	512	20	27	26	24	1.99
2497880--2498032	45	3.4	45	79	7	132	22	31	28	17	1.97
2498447--2498542	46	2.1	46	88	0	138	38	20	13	27	1.90
2498987--2499039	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2499310--2499361	26	2.0	26	96	0	95	28	26	17	26	1.97
2500883--2501570	333	2.1	333	82	3	832	20	26	27	25	1.99
2502322--2502416	46	2.1	46	93	0	163	35	20	14	29	1.92
2503219--2503271	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
2505220--2505272	26	2.0	26	88	0	79	35	24	13	26	1.92
2507189--2507244	26	2.2	26	100	0	112	32	25	16	26	1.96
2507696--2507898	45	4.5	45	75	3	158	20	29	31	18	1.97
2508845--2508897	26	2.0	26	82	7	63	32	22	18	26	1.97
2509199--2509251	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
2509524--2509780	138	1.9	137	87	2	381	24	27	28	19	1.99
2509849--2510044	45	4.4	45	78	6	164	20	31	30	17	1.96
2509889--2510057	90	1.9	90	82	4	216	20	30	31	17	1.96
2511339--2511391	26	2.0	26	88	0	79	28	26	16	28	1.97
2513049--2513201	45	3.4	45	78	0	144	19	29	30	20	1.97
2515220--2515272	26	2.0	26	88	0	79	30	28	18	22	1.98
2515576--2515628	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
2516169--2516221	26	2.0	26	89	7	81	32	26	15	26	1.95
2516477--2516529	26	2.0	26	92	0	88	32	24	15	28	1.95
2516975--2517173	90	2.2	90	82	3	231	19	30	32	17	1.95
2516973--2517173	45	4.5	44	79	2	195	19	29	32	17	1.95
2517011--2517205	90	2.2	91	81	7	220	20	27	32	18	1.96
2518964--2519123	45	3.6	45	79	0	167	18	31	32	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2518961--2519157	90	2.2	90	78	3	200	19	29	33	16	1.94
2520060--2520112	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
2520415--2520467	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
2520905--2520957	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
2521260--2521312	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
2519856--2521580	845	2.1	833	94	1	2982	21	27	27	22	1.99
2522881--2522933	26	2.0	26	85	7	72	28	22	22	26	1.99
2523236--2523288	26	2.0	26	88	0	79	28	22	18	30	1.98
2531440--2531612	45	3.8	45	80	0	184	20	31	30	17	1.95
2531445--2531638	90	2.2	90	80	1	210	20	30	31	17	1.95
2532920--2533120	45	4.5	45	82	2	208	18	31	33	15	1.93
2532923--2533120	90	2.2	90	81	3	229	18	31	33	16	1.93
2533123--2533170	13	3.9	13	76	15	57	22	37	18	20	1.94
2533123--2533178	23	2.4	23	96	0	103	21	35	19	23	1.96
2534839--2534891	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
2535191--2535243	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
2535690--2535886	89	2.2	90	77	7	220	22	30	29	17	1.96
2536019--2536051	11	3.0	11	95	0	57	21	27	33	18	1.96
2536782--2536834	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
2538375--2538427	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
2538728--2538781	26	2.1	26	92	0	90	25	24	20	29	1.99
2540191--2540243	26	2.0	26	82	7	63	30	24	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2540939--2541143	45	4.6	45	78	6	159	20	29	30	19	1.97
2540942--2541143	89	2.3	90	83	2	237	20	29	30	19	1.97
2540939--2541171	45	5.2	44	71	11	143	20	30	30	18	1.96
2542085--2542137	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
2542441--2542493	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
2542960--2543097	45	3.1	45	70	6	109	20	33	28	18	1.96
2543147--2543171	13	1.9	13	100	0	50	24	36	16	24	1.94
2543673--2543706	13	2.6	13	90	0	59	23	41	14	20	1.89
2544928--2544979	26	2.0	26	96	0	95	28	26	17	26	1.97
2545394--2545501	45	2.4	45	84	0	126	21	29	30	18	1.97
2545601--2545653	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
2546011--2546165	45	3.5	46	80	7	144	20	26	33	19	1.96
2546225--2546277	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
2547524--2547928	196	2.1	195	80	5	442	21	25	27	24	2.00
2547874--2547923	26	1.9	26	87	0	73	26	24	18	32	1.97
2548385--2548538	45	3.4	45	76	3	157	18	29	33	18	1.95
2548385--2548575	90	2.1	90	79	1	195	18	29	32	18	1.95
2548886--2548938	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
2549252--2549302	26	2.0	26	92	0	84	27	29	17	25	1.98
2549751--2549928	45	4.0	45	80	1	187	20	32	30	16	1.95
2550276--2550326	26	2.0	26	96	0	93	25	29	19	25	1.99
2550472--2550524	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2552108--2552160	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
2552464--2552516	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
2558249--2558301	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
2558495--2558754	136	1.9	136	84	1	351	20	28	25	25	1.99
2559058--2559261	45	4.6	45	73	5	144	21	28	30	19	1.97
2560555--2560607	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
2561056--2561215	45	3.6	45	79	7	173	20	30	31	18	1.96
2561999--2562379	195	2.0	195	83	4	491	20	26	28	24	1.99
2563250--2563326	39	2.0	39	89	0	118	19	27	33	19	1.96
2566629--2566681	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
2567913--2567965	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
2568171--2568421	136	1.8	136	82	3	317	19	28	29	23	1.98
2568740--2568894	45	3.4	45	80	3	177	19	32	30	16	1.94
2569680--2570049	197	1.9	197	81	3	458	21	27	29	22	1.99
2570654--2570782	45	2.9	44	75	4	132	20	32	31	16	1.94
2571486--2571885	159	2.5	159	82	2	457	19	29	28	23	1.98
2572051--2572189	45	3.1	45	71	2	127	19	28	32	20	1.97
2573544--2573721	45	4.0	44	76	5	151	21	29	30	18	1.97
2573547--2573719	90	1.9	90	81	0	211	20	28	31	19	1.97
2573865--2573917	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
2574357--2574497	45	3.1	45	80	4	176	19	34	28	17	1.94
2574418--2574511	45	2.1	45	80	4	100	19	34	28	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2575460--2575512	26	2.0	26	88	0	79	28	30	16	24	1.97
2575812--2575865	26	2.1	26	89	0	81	22	25	22	29	1.99
2576308--2576467	45	3.5	45	76	0	149	20	29	31	18	1.96
2578944--2578996	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
2579435--2579546	45	2.5	44	81	4	134	21	30	29	18	1.97
2580491--2580543	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
2582758--2582810	26	2.0	26	85	7	72	26	26	18	28	1.98
2590224--2590276	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
2590579--2590631	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
2591060--2591229	45	3.8	44	75	4	146	20	31	31	16	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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