genome.fa.s146.2.7.7.80.10.50.1000.104.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167971.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_23, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19268551

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   

This is table  104  of  120  ( 14389 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14870486--14870529	23	1.9	23	81	9	54	45	4	2	47	1.35
14876181--14876215	16	2.1	18	89	10	56	20	0	5	74	1.02
14877295--14877346	20	2.4	22	78	9	63	26	7	0	65	1.20
14877425--14877466	11	3.8	11	90	0	66	19	0	30	50	1.48
14877424--14877466	22	2.0	22	95	0	77	20	0	30	48	1.50
14877491--14877647	52	3.0	52	86	1	208	39	7	25	27	1.83
14878178--14878281	25	4.2	25	78	2	93	36	6	33	23	1.81
14878507--14878548	11	3.8	11	90	0	66	19	0	30	50	1.48
14878506--14878548	22	2.0	22	95	0	77	20	0	30	48	1.50
14878573--14878729	52	3.0	53	85	3	203	40	7	24	27	1.82
14879261--14879364	25	4.2	25	76	2	84	35	6	34	23	1.81
14879591--14879632	11	3.8	11	90	0	66	19	0	30	50	1.48
14879590--14879632	22	2.0	22	95	0	77	20	0	30	48	1.50
14879657--14879813	52	3.0	52	86	1	208	39	7	25	27	1.83
14880345--14880448	25	4.2	25	76	2	84	35	6	34	23	1.81
14880675--14880716	11	3.8	11	90	0	66	19	0	30	50	1.48
14880674--14880716	22	2.0	22	95	0	77	20	0	30	48	1.50
14880741--14880897	52	3.0	53	85	3	203	40	7	24	27	1.82
14881475--14881534	31	1.9	31	86	6	86	43	13	11	31	1.80
14883598--14884011	59	6.9	58	82	6	463	36	10	6	45	1.66
14883593--14884000	119	3.4	117	84	6	473	36	10	6	45	1.65
14884650--14884703	13	4.4	12	78	17	58	18	0	1	79	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14884656--14884736	4	19.5	4	72	20	60	20	1	4	72	1.10
14884649--14884744	22	4.4	22	72	20	69	20	1	4	73	1.05
14885564--14885601	15	2.5	15	87	8	51	15	2	0	81	0.80
14885620--14886011	58	6.8	57	87	3	509	42	6	12	38	1.68
14885807--14885897	30	3.1	30	64	20	75	40	7	15	36	1.76
14885620--14886011	115	3.4	114	87	5	556	42	6	12	38	1.68
14892248--14892294	18	2.5	19	89	6	78	53	6	12	27	1.63
14896704--14896776	37	2.0	37	86	0	101	42	1	8	47	1.41
14896778--14896808	9	3.4	9	95	0	53	12	0	0	87	0.55
14896845--14896996	69	2.2	70	84	3	198	35	9	5	49	1.59
14897048--14897203	70	2.2	71	86	5	210	35	10	7	46	1.66
14896889--14897297	185	2.2	181	81	7	457	34	9	7	48	1.64
14898391--14898430	11	3.5	11	80	6	53	55	5	7	32	1.50
14898716--14898763	24	2.0	24	91	0	78	10	10	39	39	1.74
14899141--14899175	17	2.1	16	89	5	52	22	0	5	71	1.07
14903143--14903185	18	2.5	17	88	7	61	53	11	0	34	1.37
14903143--14903192	16	2.9	17	82	11	57	54	10	0	36	1.34
14903151--14903191	16	2.5	17	84	11	59	53	9	0	36	1.34
14903459--14903529	33	2.2	33	87	5	99	52	12	7	28	1.65
14903492--14903553	21	3.0	20	88	2	79	56	11	3	29	1.50
14903546--14903603	20	2.7	21	81	7	64	51	6	8	32	1.59
14903438--14903635	54	3.6	54	82	6	222	53	11	6	28	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14903572--14903659	35	2.7	30	83	11	95	53	10	7	28	1.63
14903670--14903717	20	2.4	20	79	6	53	50	10	6	33	1.62
14904337--14904376	12	3.2	12	89	3	62	70	10	0	20	1.16
14905730--14905781	20	2.4	22	78	9	63	26	7	0	65	1.20
14906496--14906528	16	2.1	16	100	0	66	45	18	6	30	1.73
14908097--14908132	18	1.9	19	88	5	56	44	5	13	36	1.68
14908051--14908301	59	4.3	59	83	9	291	37	9	8	44	1.67
14908231--14908373	72	2.0	73	88	1	216	40	11	5	42	1.64
14908381--14908414	13	2.7	12	83	16	50	26	2	2	67	1.19
14908378--14908413	14	2.7	13	87	8	54	25	2	2	69	1.15
14911327--14911399	37	2.0	37	88	0	110	43	2	6	46	1.44
14911458--14911634	72	2.5	69	83	7	194	34	10	6	48	1.65
14911662--14911821	72	2.2	73	90	6	247	35	11	5	48	1.62
14912354--14912379	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
14913009--14913048	11	3.5	11	80	6	53	55	5	7	32	1.50
14913333--14913380	24	2.0	24	87	0	69	12	10	37	39	1.77
14916504--14916534	15	2.1	15	93	0	53	19	3	16	61	1.48
14917731--14917773	18	2.5	17	88	7	61	53	11	0	34	1.37
14917731--14917780	16	2.9	17	82	11	57	54	10	0	36	1.34
14917739--14917779	16	2.5	17	84	11	59	53	9	0	36	1.34
14918037--14918262	20	12.1	20	66	27	81	53	11	6	29	1.60
14918066--14918243	33	5.1	33	68	19	105	52	11	6	29	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14918045--14918254	55	3.9	54	85	6	273	53	10	6	29	1.60
14918208--14918262	23	2.6	22	83	13	71	54	10	5	29	1.57
14918230--14918290	31	2.0	31	93	0	104	52	11	6	29	1.62
14918057--14918357	55	5.6	53	77	14	152	53	10	5	30	1.59
14918304--14918341	14	2.5	15	83	8	51	60	5	0	34	1.19
14918175--14918338	83	1.9	83	87	8	242	53	9	6	30	1.60
14918995--14919034	12	3.2	12	89	3	62	70	10	0	20	1.16
14919585--14919625	21	2.0	21	85	9	57	34	0	0	65	0.93
14919576--14919649	16	4.7	16	77	16	66	40	0	1	58	1.07
14920398--14920449	20	2.4	22	78	9	63	26	7	0	65	1.20
14921161--14921193	16	2.1	16	100	0	66	45	18	6	30	1.73
14922775--14922964	59	3.3	58	84	7	244	35	10	8	45	1.69
14922894--14923032	72	1.9	73	89	1	217	40	12	5	42	1.64
14926115--14926291	72	2.5	70	82	7	196	33	10	6	48	1.64
14926185--14926415	114	2.1	110	82	7	261	33	11	5	50	1.60
14926319--14926477	71	2.2	73	92	3	261	33	11	5	49	1.61
14927673--14927712	11	3.5	11	80	6	53	55	5	7	32	1.50
14927997--14928044	24	2.0	24	87	0	69	12	10	37	39	1.77
14932399--14932441	18	2.5	17	88	7	61	53	11	0	34	1.37
14932399--14932448	16	2.9	17	82	11	57	54	10	0	36	1.34
14932407--14932447	16	2.5	17	84	11	59	53	9	0	36	1.34
14932620--14932852	54	4.4	51	75	12	132	54	11	5	28	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14932705--14932930	20	12.1	20	66	27	81	53	11	6	29	1.60
14932734--14932911	33	5.1	33	68	19	105	52	11	6	29	1.63
14932713--14932922	55	3.9	54	85	6	273	53	10	6	29	1.60
14932876--14932930	23	2.6	22	83	13	71	54	10	5	29	1.57
14932725--14933025	55	5.6	54	78	13	151	53	10	5	30	1.59
14932762--14932971	109	1.9	111	81	9	261	51	10	7	30	1.63
14932898--14932959	31	2.0	31	93	0	106	51	12	6	29	1.65
14932972--14933009	14	2.5	15	83	8	51	60	5	0	34	1.19
14933663--14933702	12	3.2	12	89	3	62	70	10	0	20	1.16
14934253--14934293	21	2.0	21	85	9	57	34	0	0	65	0.93
14934244--14934317	16	4.7	16	77	16	66	40	0	1	58	1.07
14935055--14935106	20	2.4	22	78	9	63	26	7	0	65	1.20
14935814--14935846	16	2.1	16	100	0	66	45	18	6	30	1.73
14937421--14937609	59	3.3	58	86	7	269	35	10	8	44	1.70
14937540--14937681	72	2.0	73	88	1	214	40	11	4	42	1.63
14940631--14940703	37	2.0	37	86	0	101	43	2	8	45	1.48
14940768--14940937	72	2.4	69	84	6	198	35	10	7	47	1.66
14940780--14941153	185	2.0	183	81	9	438	34	10	5	48	1.63
14940965--14941123	72	2.2	72	90	5	243	34	12	5	47	1.63
14940965--14941132	71	2.3	70	88	7	239	33	12	5	48	1.65
14941654--14941679	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
14942307--14942346	11	3.5	11	80	6	53	55	5	7	32	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14942633--14942680	24	2.0	24	87	0	69	12	10	37	39	1.77
14943044--14943090	19	2.5	19	79	6	51	21	0	10	68	1.20
14947067--14947131	24	2.7	24	90	0	103	69	10	3	16	1.30
14948104--14948150	24	2.0	23	83	4	58	36	2	2	59	1.21
14948451--14948497	18	2.6	18	76	6	51	61	0	6	31	1.21
14949331--14949373	18	2.5	17	88	7	61	53	11	0	34	1.37
14949342--14949373	16	2.0	16	93	0	55	53	12	0	34	1.39
14949646--14949699	21	2.5	22	88	5	76	50	11	7	31	1.66
14949667--14949737	33	2.2	33	87	5	99	52	12	7	28	1.65
14949700--14949814	21	5.8	20	69	18	80	54	10	6	28	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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