genome.fa.s146.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167971.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_23, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19268551

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  21  of  120  ( 14389 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2373941--2373992	26	2.0	26	92	0	86	28	23	19	28	1.98
2374297--2374349	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
2375036--2375088	26	2.0	26	88	0	79	30	20	18	30	1.97
2375531--2375700	90	1.9	90	82	4	218	20	27	31	21	1.98
2377482--2377516	12	2.9	12	91	0	52	14	40	8	37	1.76
2382553--2382605	26	2.0	26	92	0	88	26	30	18	24	1.98
2383401--2383603	90	2.3	90	83	1	237	20	30	32	16	1.95
2383399--2383603	45	4.6	45	76	6	191	20	30	32	16	1.95
2384554--2384624	26	2.7	26	97	0	133	26	23	18	30	1.97
2385079--2385191	45	2.5	45	82	2	138	20	28	31	19	1.97
2388042--2388092	26	2.0	26	88	0	75	29	27	11	31	1.92
2389227--2389279	26	2.0	26	89	7	81	26	28	20	24	1.99
2389898--2390012	45	2.6	45	81	0	140	17	29	32	20	1.96
2391029--2391081	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
2391891--2392041	45	3.4	45	76	0	149	21	29	29	19	1.97
2391882--2392081	90	2.2	90	76	3	206	21	29	31	19	1.97
2392981--2393030	26	2.0	26	92	4	84	30	22	20	28	1.98
2394290--2394635	159	2.2	159	80	5	385	20	29	28	22	1.98
2394608--2394660	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
2395144--2395280	45	3.0	45	75	2	130	24	28	29	17	1.97
2395105--2395279	90	1.9	91	81	7	214	24	28	29	18	1.98
2395105--2395310	90	2.3	90	79	5	211	23	26	30	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2396911--2396962	25	2.0	26	96	3	97	30	25	17	26	1.97
2397402--2397528	45	2.8	45	81	0	155	19	30	31	18	1.96
2398460--2398509	26	2.0	26	92	4	84	28	26	20	26	1.99
2398305--2398681	196	1.9	195	79	5	422	23	26	27	22	1.99
2398813--2398865	26	2.0	26	92	0	88	30	24	18	26	1.98
2399263--2399612	171	2.1	169	83	4	436	20	27	30	22	1.98
2399747--2399797	26	2.0	26	92	0	84	27	21	21	29	1.99
2401326--2401403	26	3.0	26	94	0	129	29	25	16	28	1.97
2403120--2403171	26	2.0	26	88	0	77	30	28	15	25	1.96
2404101--2404305	45	4.6	45	73	8	168	20	29	31	18	1.97
2404103--2404310	90	2.3	89	81	6	231	20	29	31	18	1.96
2404101--2404362	45	5.8	44	70	8	134	21	28	30	19	1.97
2405592--2405644	26	2.0	26	92	0	88	28	22	20	28	1.99
2406097--2406329	45	5.2	45	79	1	216	19	30	32	17	1.95
2407231--2407283	26	2.0	26	85	0	70	26	30	20	22	1.98
2408869--2408978	45	2.4	45	89	0	157	17	24	36	21	1.94
2409024--2409048	13	1.9	13	100	0	50	24	36	16	24	1.94
2410053--2410224	45	3.8	45	79	2	148	17	30	33	18	1.94
2410055--2410250	90	2.2	90	79	5	200	17	28	34	19	1.95
2411156--2411208	26	2.0	26	85	7	72	30	26	18	24	1.98
2410504--2411944	726	2.0	728	88	2	2173	28	25	21	24	1.99
2411882--2411934	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2411727--2412092	197	1.9	196	84	2	502	22	29	28	19	1.98
2412238--2412290	26	2.0	26	92	0	88	26	26	18	28	1.98
2412732--2412889	45	3.5	44	80	1	172	19	29	31	18	1.96
2413818--2413870	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
2414646--2414787	45	3.2	45	80	2	151	18	30	30	19	1.96
2415746--2415801	26	2.2	26	90	0	85	30	25	19	25	1.98
2416104--2416156	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
2416824--2416866	14	2.9	14	83	12	52	23	34	16	25	1.95
2417708--2417763	26	2.2	26	93	6	96	28	25	19	26	1.99
2418066--2418118	26	2.0	26	85	7	72	26	22	20	30	1.98
2418561--2418852	45	6.5	45	71	7	173	19	29	31	19	1.96
2418547--2418848	135	2.2	134	85	1	397	19	30	31	18	1.96
2418561--2418892	135	2.5	135	82	2	319	19	29	31	18	1.96
2419795--2419847	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
2420151--2420229	26	3.0	26	98	0	149	24	26	22	26	2.00
2422158--2422210	26	2.0	26	96	0	97	24	26	22	26	2.00
2422669--2422775	45	2.4	45	87	0	142	22	29	31	15	1.95
2423532--2423584	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
2424369--2424524	45	3.5	45	80	0	141	20	30	30	18	1.96
2425845--2425996	45	3.4	45	81	0	187	19	29	34	17	1.94
2426934--2426985	26	2.0	26	92	0	86	28	28	17	25	1.97
2427833--2427870	18	2.1	18	100	0	76	10	21	36	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2429274--2429326	26	2.0	26	100	0	106	30	26	16	26	1.97
2429779--2430023	45	5.4	45	75	3	190	19	28	32	19	1.96
2429788--2429980	90	2.1	90	83	3	237	18	28	33	19	1.95
2429788--2430010	90	2.5	90	80	4	236	18	28	33	19	1.96
2431607--2431748	45	3.2	45	82	2	169	23	32	28	15	1.95
2431607--2431785	90	2.0	90	80	4	200	22	31	29	16	1.96
2433568--2433647	20	4.1	20	95	3	137	10	18	40	31	1.84
2438839--2438888	26	1.9	26	83	0	64	32	24	14	30	1.94
2439012--2439064	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
2439367--2439419	26	2.0	26	85	0	70	30	20	18	30	1.97
2440739--2440791	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
2441582--2441742	45	3.6	45	81	3	189	21	31	31	16	1.95
2443520--2443679	45	3.6	45	81	1	151	20	30	31	18	1.96
2444965--2445014	26	1.9	26	91	0	82	30	28	16	26	1.96
2445479--2445531	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
2445675--2445727	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
2446181--2446338	45	3.5	45	82	0	199	18	31	32	17	1.95
2446181--2446376	90	2.2	90	81	1	214	19	30	31	18	1.96
2446316--2446426	45	2.5	45	80	5	118	20	26	30	22	1.98
2447284--2447335	26	2.0	26	84	0	68	26	26	17	28	1.97
2448131--2448291	45	3.6	44	79	9	150	18	30	33	18	1.94
2448760--2448809	26	1.9	26	87	0	73	26	30	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2449465--2449616	44	3.4	44	78	0	151	17	29	33	19	1.95
2449721--2449776	26	2.2	26	90	0	85	30	25	17	26	1.97
2450246--2450406	45	3.6	44	85	1	187	18	31	33	16	1.94
2450253--2450446	90	2.2	90	80	3	203	19	30	33	16	1.94
2449107--2450730	785	2.1	784	85	2	2154	20	28	29	22	1.98
2450860--2450912	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
2451368--2451535	45	3.7	45	76	6	160	20	30	30	17	1.96
2452663--2452715	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
2453215--2453339	45	2.8	45	75	7	121	17	27	32	23	1.97
2453370--2453394	13	1.9	13	100	0	50	24	36	16	24	1.94
2454878--2455082	45	4.6	45	75	7	200	18	29	33	18	1.95
2454878--2455082	90	2.3	90	85	5	263	18	29	33	18	1.95
2454878--2455114	90	2.6	90	81	6	250	18	29	33	18	1.95
2465176--2465228	26	2.0	26	81	0	61	22	24	22	30	1.99
2466517--2466841	135	2.4	139	79	13	345	20	26	27	25	1.99
2467143--2467267	45	2.8	45	82	0	151	20	32	31	16	1.94
2467141--2467345	90	2.3	90	80	0	212	20	29	32	16	1.95
2468298--2468350	26	2.0	26	88	0	79	26	28	18	26	1.98
2468143--2468509	197	1.9	196	80	5	436	20	25	29	23	1.99
2473889--2473941	26	2.0	26	85	0	70	24	24	20	30	1.99
2474264--2474314	26	2.0	26	92	0	84	29	23	17	29	1.97
2474837--2474955	45	2.7	43	77	7	121	21	30	32	15	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2476256--2476308	26	2.0	26	88	0	79	30	22	18	28	1.98
2476757--2476907	45	3.4	45	81	1	160	19	27	31	21	1.97
2476950--2476974	13	1.9	13	100	0	50	24	36	16	24	1.94
2477879--2478177	158	1.9	158	81	4	370	20	28	27	23	1.99
2477670--2478613	453	2.1	452	80	4	1044	20	27	28	24	1.99
2478785--2478983	45	4.4	45	79	7	183	19	30	33	17	1.94
2478785--2479001	89	2.4	90	85	3	267	19	30	33	16	1.94
2478785--2479023	45	5.3	44	75	6	178	19	30	33	17	1.95
2479925--2479977	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
2479755--2480148	196	2.0	196	81	2	459	21	26	27	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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