genome.fa.s146.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167971.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_23, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19268551

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   

This is table  19  of  120  ( 14389 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2130881--2131489	320	1.9	320	84	2	821	20	28	25	25	1.99
2130901--2131636	320	2.3	320	80	3	820	21	28	25	25	1.99
2131883--2131989	45	2.4	45	85	6	137	19	28	35	16	1.94
2133293--2133882	157	3.7	157	81	3	591	18	26	29	24	1.98
2134036--2134191	45	3.5	44	76	3	150	19	30	32	18	1.96
2135485--2135552	26	2.6	26	95	0	127	35	22	13	29	1.92
2135991--2136103	45	2.5	45	83	0	145	18	29	34	17	1.94
2137230--2137282	26	2.0	26	88	0	79	28	22	18	30	1.98
2137721--2137926	45	4.6	45	76	0	169	20	31	30	16	1.95
2137729--2137898	90	1.9	89	82	1	214	21	33	30	15	1.94
2138868--2138920	26	2.0	26	85	7	72	32	28	15	24	1.95
2139201--2139563	162	2.2	161	82	6	430	23	26	22	27	2.00
2139831--2139991	45	3.6	45	75	3	119	20	28	31	19	1.97
2140768--2140818	26	2.0	26	92	0	84	29	23	17	29	1.97
2141717--2141769	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
2142530--2142559	11	2.7	11	100	0	60	33	40	16	10	1.82
2143677--2143726	26	1.9	26	95	0	91	24	26	20	30	1.98
2143487--2144193	320	2.2	322	82	4	838	18	28	27	24	1.98
2143589--2144188	162	3.7	159	73	8	509	18	29	27	24	1.98
2145391--2145440	26	1.9	26	95	0	91	24	26	20	30	1.98
2145201--2145907	320	2.2	322	82	4	831	19	28	27	24	1.98
2145303--2145902	162	3.7	159	73	8	500	18	29	27	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2147039--2147208	45	3.8	45	75	4	128	21	32	28	17	1.96
2147061--2147233	90	1.9	90	80	6	199	21	30	30	18	1.97
2148358--2148410	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
2151069--2151120	26	2.0	26	92	3	88	30	28	15	25	1.96
2157781--2157973	45	4.3	45	80	0	215	18	33	32	16	1.93
2157790--2158025	90	2.6	90	82	2	251	19	31	33	16	1.93
2157781--2158023	135	1.8	135	81	1	308	18	32	32	16	1.94
2158925--2158976	26	2.0	26	96	0	95	26	25	19	28	1.98
2162186--2162211	9	2.9	9	100	0	52	30	11	34	23	1.90
2164352--2164553	45	4.5	45	73	3	165	18	29	33	18	1.95
2164354--2164588	90	2.6	89	77	5	229	19	29	32	18	1.96
2166169--2166412	45	5.4	45	76	5	192	20	28	31	19	1.97
2166169--2166407	90	2.7	90	77	8	218	20	28	31	18	1.97
2168030--2168080	26	2.0	26	92	0	84	23	29	19	27	1.98
2168525--2168720	45	4.4	44	73	8	139	19	27	32	19	1.97
2169775--2169968	45	4.3	45	77	3	178	20	30	30	17	1.96
2170595--2170699	26	4.0	26	94	0	183	28	25	18	27	1.98
2171865--2171917	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
2172222--2172271	26	2.0	25	92	4	82	30	24	16	30	1.96
2172712--2172917	45	4.6	45	75	4	164	21	29	30	18	1.97
2174665--2174822	45	3.5	45	75	3	156	18	29	32	18	1.96
2176556--2176728	45	3.8	45	85	1	222	19	31	32	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2176571--2176766	90	2.2	90	83	1	241	18	30	33	18	1.95
2177669--2177720	26	2.0	26	92	7	88	26	26	19	26	1.99
2177931--2178186	136	1.9	136	84	1	343	21	27	25	25	1.99
2177598--2178678	491	2.2	491	84	2	1384	20	27	27	24	1.99
2179853--2179904	25	2.0	26	92	3	88	26	28	21	23	1.99
2180208--2180258	26	2.0	26	88	0	75	33	25	11	29	1.91
2182180--2182230	26	2.0	26	88	0	75	29	25	13	31	1.94
2186520--2186661	45	3.2	45	74	7	135	18	30	29	21	1.97
2187604--2187656	26	2.0	26	89	7	81	24	26	22	26	2.00
2187954--2188009	26	2.2	26	93	0	94	28	25	19	26	1.99
2189113--2189165	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
2189715--2189801	45	1.9	45	92	0	147	22	24	34	18	1.96
2189713--2189811	45	2.2	44	85	5	144	22	23	34	20	1.97
2190808--2190858	26	2.0	26	88	7	77	31	31	11	25	1.92
2191670--2191818	45	3.3	44	70	9	113	18	26	31	24	1.97
2192317--2192367	26	2.0	26	84	0	66	50	9	7	31	1.64
2192592--2192957	196	1.9	196	80	3	441	23	25	26	24	2.00
2198730--2198782	26	2.0	26	92	0	88	24	24	22	28	2.00
2198930--2199275	159	2.2	159	83	5	430	20	28	28	22	1.99
2199755--2199953	45	4.4	45	77	1	173	19	28	33	18	1.96
2199755--2199953	91	2.2	90	80	0	209	19	28	33	18	1.96
2200085--2200117	11	3.0	11	95	0	57	21	27	33	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2200867--2200919	26	2.0	26	88	0	79	24	26	20	28	1.99
2201186--2201238	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
2202816--2202866	26	2.0	26	88	0	75	29	29	15	25	1.96
2203486--2203619	45	3.0	44	74	13	130	21	30	27	20	1.98
2204579--2204630	25	2.0	26	92	3	88	28	23	19	28	1.98
2204934--2204986	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
2205427--2205584	45	3.5	45	75	3	147	18	27	31	22	1.97
2205508--2205612	45	2.3	44	80	7	104	18	31	34	16	1.93
2206516--2206568	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
2207188--2207336	45	3.3	46	77	3	151	18	29	32	19	1.96
2208613--2208665	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
2209112--2209263	45	3.4	45	77	1	162	20	27	32	19	1.96
2209877--2209929	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
2212283--2212342	24	2.5	24	86	0	75	21	16	36	25	1.94
2214347--2214512	84	2.0	83	83	5	210	21	24	32	21	1.98
2215345--2215397	26	2.0	26	100	0	106	26	26	20	26	1.99
2215849--2216006	45	3.5	45	81	0	163	17	27	33	21	1.96
2216801--2217162	196	1.8	196	82	2	458	22	27	29	21	1.99
2217040--2217332	159	1.8	158	84	0	397	18	29	27	23	1.98
2217816--2217971	45	3.5	45	75	5	127	21	31	30	17	1.96
2218899--2218976	26	3.0	25	92	5	129	30	26	16	25	1.97
2219280--2219332	26	2.0	26	89	7	81	30	26	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2219794--2219846	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
2220657--2220681	13	1.9	13	100	0	50	24	36	16	24	1.94
2221541--2221593	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
2227227--2227303	26	3.0	26	90	0	109	35	32	10	22	1.88
2228116--2228311	90	2.2	90	78	3	207	20	28	32	19	1.97
2229513--2229565	26	2.0	26	89	7	81	24	20	22	32	1.98
2230010--2230215	45	4.6	45	70	0	142	19	29	32	18	1.96
2230010--2230215	90	2.3	90	82	0	232	19	29	32	18	1.96
2231141--2231193	26	2.0	26	85	0	70	33	24	16	24	1.96
2232001--2232145	45	3.2	44	73	7	121	18	29	30	21	1.97
2232200--2232225	13	2.0	13	100	0	52	23	30	23	23	1.99
2233101--2233153	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
2233712--2233808	45	2.2	45	82	0	131	17	35	35	12	1.87
2233843--2233868	13	2.0	13	100	0	52	30	30	15	23	1.95
2234535--2234587	26	2.0	26	89	7	81	28	28	20	22	1.99
2234890--2234942	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
2235394--2235549	45	3.5	45	82	1	161	21	28	31	18	1.97
2235552--2235607	23	2.4	23	93	0	94	23	39	16	21	1.92
2236476--2236527	26	2.0	26	92	0	86	32	25	17	25	1.97
2236829--2236881	26	2.0	26	100	0	106	26	22	20	30	1.98
2236575--2237167	159	3.7	159	70	9	477	20	28	27	23	1.99
2236620--2237241	321	1.9	321	85	0	857	21	28	27	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2236572--2237318	321	2.3	321	80	2	829	20	27	27	24	1.99
2238496--2238548	26	2.0	26	92	7	90	26	28	20	24	1.99
2239331--2239488	45	3.5	44	80	3	154	20	30	32	17	1.95
2240431--2240483	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
2240707--2240757	26	2.0	26	96	0	93	25	25	19	29	1.99
2241198--2241328	45	2.9	45	81	0	172	19	29	33	18	1.95
2241198--2241379	90	2.0	90	80	10	203	20	29	32	17	1.95
2242653--2242703	26	2.0	26	88	0	75	21	29	21	27	1.99
2243009--2243123	45	2.6	45	80	0	131	19	28	31	20	1.97
2249898--2249950	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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