genome.fa.s146.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167971.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_23, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19268551

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1875754--1875839	45	1.9	45	82	0	109	24	30	29	16	1.96
1876764--1876816	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
1877285--1877459	45	3.9	45	88	0	215	18	33	30	17	1.94
1877562--1877926	135	2.7	135	82	2	401	22	26	27	23	1.99
1877562--1878018	136	3.4	134	80	3	495	21	26	26	25	1.99
1878975--1879131	45	3.5	45	83	1	172	17	30	33	18	1.94
1888213--1888265	26	2.0	26	89	7	81	28	24	20	26	1.99
1888567--1888619	26	2.0	26	92	0	88	26	22	22	28	1.99
1890111--1890163	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
1890454--1890506	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
1892190--1892242	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
1892682--1892842	45	3.6	45	74	3	135	21	29	29	19	1.97
1893536--1893586	26	2.0	26	92	0	84	31	29	15	23	1.95
1895485--1895534	26	1.9	26	95	0	91	24	28	20	28	1.99
1895837--1895889	26	2.0	26	92	0	88	26	24	20	28	1.99
1897490--1897542	26	2.0	26	88	0	79	28	22	18	30	1.98
1904205--1904376	45	3.8	45	76	4	168	21	31	30	16	1.95
1904212--1904377	90	1.8	90	84	5	228	21	31	30	15	1.95
1904211--1904414	90	2.3	90	78	8	209	21	30	31	16	1.95
1905448--1905858	159	2.6	160	86	2	531	18	28	30	23	1.97
1905814--1905910	49	2.0	49	93	0	167	16	26	28	27	1.97
1909438--1909489	27	1.9	27	88	0	77	50	7	11	30	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1909869--1909921	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
1910391--1910548	45	3.5	44	77	1	136	18	30	33	17	1.94
1910389--1910561	90	1.9	90	82	2	213	19	31	32	17	1.95
1910397--1910580	90	2.0	90	79	4	192	19	30	33	16	1.94
1911378--1911430	26	2.0	26	89	7	81	26	28	18	26	1.98
1912275--1912429	45	3.4	45	76	7	134	20	26	32	20	1.97
1913385--1913437	26	2.0	26	88	0	79	28	26	20	24	1.99
1913744--1913796	26	2.0	26	89	7	81	30	24	16	28	1.97
1913918--1913970	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
1914363--1914522	45	3.6	44	79	5	151	21	30	32	16	1.95
1914365--1914562	90	2.2	90	76	0	207	21	28	32	16	1.95
1915130--1915443	170	1.8	170	80	4	373	20	27	28	22	1.99
1915697--1915749	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
1916539--1916634	45	2.1	45	80	3	104	18	33	30	17	1.95
1916859--1916908	26	1.9	26	95	0	91	30	24	16	30	1.96
1917408--1917546	45	3.1	44	83	6	181	20	32	32	14	1.93
1917344--1917546	90	2.3	89	83	6	241	20	31	31	16	1.95
1918488--1918566	26	3.0	26	94	0	140	26	26	20	26	1.99
1919140--1919255	45	2.6	45	77	8	110	21	28	34	15	1.94
1920359--1920409	21	2.4	21	76	0	57	29	15	45	9	1.79
1920805--1920857	26	2.0	26	85	7	72	26	26	20	26	1.99
1921001--1921053	26	2.0	26	92	0	88	26	22	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1921535--1921670	45	3.0	45	73	1	121	22	30	27	18	1.97
1922515--1922788	144	1.9	144	83	1	361	17	28	31	22	1.97
1922762--1922814	26	2.0	26	89	7	81	26	24	22	26	2.00
1923665--1923717	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
1923495--1923919	196	2.2	196	84	3	534	23	27	26	23	2.00
1924386--1924490	45	2.3	45	88	3	149	19	33	27	20	1.96
1925487--1925539	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
1927424--1927476	26	2.0	26	88	0	79	28	30	18	22	1.98
1927779--1927831	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
1928368--1928514	45	3.3	44	72	11	120	20	27	34	17	1.95
1928298--1928508	90	2.3	91	80	7	218	20	28	31	18	1.97
1929417--1929469	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
1930066--1930284	45	4.8	46	73	6	162	21	28	30	19	1.98
1930069--1930284	90	2.4	91	79	4	233	21	28	30	19	1.98
1937050--1937102	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
1937706--1937826	45	2.7	45	84	7	165	20	29	33	16	1.95
1937706--1937852	45	3.3	45	77	11	149	19	30	32	17	1.95
1937706--1937881	90	2.0	90	80	4	203	21	30	31	15	1.95
1938341--1938728	169	2.3	169	82	3	442	20	26	28	23	1.99
1938431--1938883	169	2.8	157	79	7	424	19	28	28	22	1.98
1939496--1939698	45	4.5	45	77	0	172	20	28	32	18	1.97
1939544--1939719	90	1.9	91	82	1	219	21	27	31	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1940804--1940907	26	4.0	26	82	5	129	32	23	17	26	1.96
1941287--1941406	45	2.7	45	82	0	150	18	35	30	16	1.93
1942310--1942362	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
1942892--1943089	45	4.4	45	77	4	175	22	31	29	16	1.96
1942892--1943089	90	2.2	90	77	1	209	22	31	29	16	1.96
1943132--1943156	13	1.9	13	100	0	50	24	36	16	24	1.94
1944032--1944084	26	2.0	26	85	0	70	28	20	22	28	1.99
1944722--1944892	45	3.8	45	77	1	137	18	26	32	22	1.97
1944923--1944947	13	1.9	13	100	0	50	24	36	16	24	1.94
1945588--1945976	158	2.5	159	82	3	437	18	28	28	24	1.98
1945949--1946001	26	2.0	26	88	0	79	30	24	16	28	1.97
1946443--1946570	45	2.8	45	80	0	139	19	29	31	19	1.96
1947496--1947548	26	2.0	26	85	0	70	28	15	22	33	1.94
1947996--1948095	45	2.2	45	80	0	110	18	27	32	23	1.97
1948424--1948451	11	2.5	11	100	0	56	14	28	21	35	1.92
1948950--1949324	196	1.9	196	83	4	479	22	27	29	21	1.99
1949456--1949508	26	2.0	26	85	0	70	30	22	20	26	1.98
1951195--1951442	136	1.8	136	85	3	347	20	27	26	25	1.99
1951755--1951915	45	3.6	45	77	1	151	19	31	31	18	1.96
1952859--1952911	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
1954281--1954390	45	2.4	45	83	3	123	20	23	33	21	1.97
1955442--1955551	45	2.4	45	83	3	123	20	23	33	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1956176--1956228	26	2.0	26	88	0	79	28	24	16	30	1.97
1957691--1957741	26	2.0	26	88	7	77	33	23	17	25	1.96
1958548--1958711	45	3.7	44	78	3	141	21	30	29	18	1.97
1959693--1959745	26	2.0	26	88	0	79	30	26	18	24	1.98
1961819--1961869	26	2.0	26	84	0	66	29	27	15	27	1.96
1962175--1962225	26	2.0	26	92	0	84	29	19	17	33	1.95
1968805--1968857	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
1969160--1969212	26	2.0	26	88	0	79	28	22	18	30	1.98
1969682--1969800	45	2.6	45	75	0	121	21	32	28	17	1.96
1970963--1971015	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
1971458--1971605	45	3.3	45	78	0	127	20	30	30	18	1.97
1974194--1974245	26	2.0	26	88	3	79	28	25	21	25	1.99
1974682--1974839	45	3.5	44	73	3	136	21	29	30	18	1.97
1975762--1975814	26	2.0	26	89	7	81	30	22	18	28	1.98
1976118--1976170	26	2.0	26	92	7	90	30	26	16	26	1.97
1976185--1976611	156	2.7	158	80	2	448	20	28	27	23	1.99
1976748--1976904	45	3.5	45	76	1	136	20	28	31	19	1.97
1977883--1977939	26	2.2	26	83	0	78	31	24	15	28	1.96
1978243--1978295	26	2.0	26	92	0	88	30	24	18	26	1.98
1979846--1979898	26	2.0	26	85	0	70	26	22	24	26	2.00
1980201--1980252	26	2.0	26	96	0	95	28	25	15	30	1.96
1981525--1981577	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1981880--1981932	26	2.0	26	88	0	79	28	24	16	30	1.97
1982372--1982486	45	2.6	45	87	0	167	18	31	33	17	1.94
1983452--1983504	26	2.0	26	92	0	88	24	28	22	24	2.00
1984355--1984521	45	3.7	45	75	9	153	20	26	34	17	1.96
1992791--1992985	45	4.3	45	78	3	178	19	29	31	18	1.96
1992791--1993024	90	2.6	89	81	4	238	19	30	31	18	1.96
1992785--1993027	135	1.8	135	80	7	296	19	30	31	18	1.96
1993909--1993961	26	2.0	26	88	0	79	30	24	16	28	1.97
1994030--1994450	159	2.7	159	84	3	537	17	27	30	24	1.97
1994423--1994475	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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