genome.fa.s146.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167971.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_23, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  19268551

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  25  of  120  ( 14389 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2782691--2782715	13	1.9	13	100	0	50	24	16	36	24	1.94
2782761--2782913	45	3.4	45	75	13	136	18	32	30	17	1.95
2783355--2783405	26	2.0	26	96	0	93	29	21	21	27	1.99
2783711--2783763	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
2783834--2783936	45	2.3	45	81	3	109	20	30	30	19	1.97
2784379--2784431	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
2784253--2784810	162	3.5	161	74	9	533	23	26	29	19	1.98
2784238--2784822	321	1.8	321	87	2	879	24	26	29	19	1.98
2784700--2784752	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
2785934--2785984	26	2.0	26	88	0	75	25	15	27	31	1.96
2786858--2786882	13	1.9	13	100	0	50	24	16	36	24	1.94
2786912--2787084	89	1.9	90	81	5	208	19	30	27	22	1.98
2786963--2787110	45	3.3	45	77	5	156	15	30	33	20	1.94
2786955--2787117	90	1.8	89	84	4	220	15	31	31	21	1.95
2787569--2787621	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
2788577--2788767	45	4.2	44	72	6	150	19	31	28	19	1.97
2788577--2788761	90	2.1	90	83	2	228	18	31	28	20	1.97
2789209--2789261	26	2.0	26	85	0	70	28	13	28	30	1.94
2794207--2794427	45	4.9	45	75	0	172	19	33	27	20	1.96
2794213--2794427	90	2.4	90	81	3	243	19	32	27	20	1.97
2796104--2796879	333	2.3	330	82	6	947	24	27	27	20	1.99
2796621--2796917	159	1.9	159	79	8	345	23	27	27	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2796952--2797003	26	2.0	26	88	0	77	26	17	26	28	1.97
2796780--2797154	196	1.9	197	82	3	479	22	29	25	21	1.99
2798547--2798599	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
2798721--2798773	26	2.0	26	92	0	88	28	15	28	28	1.96
2798398--2798859	174	2.7	173	80	5	529	25	25	27	21	1.99
2799077--2799155	26	3.0	26	86	0	104	26	18	25	29	1.98
2799087--2799158	26	2.8	26	89	0	108	26	18	26	29	1.98
2799515--2799717	45	4.5	45	69	4	140	19	32	28	20	1.97
2799868--2800298	159	2.7	159	82	3	512	22	29	29	18	1.97
2800330--2800382	26	2.0	26	96	0	97	28	16	24	30	1.97
2801650--2801857	45	4.6	44	76	4	191	16	33	31	19	1.94
2801650--2801852	90	2.3	90	82	0	244	16	33	31	19	1.94
2802329--2802696	197	1.9	197	79	6	424	22	27	27	22	1.99
2803443--2803468	10	2.6	10	100	0	52	30	38	11	19	1.87
2803495--2803662	45	3.7	44	76	4	165	20	33	28	17	1.95
2804088--2804140	26	2.0	26	92	0	88	28	22	24	24	2.00
2804442--2804494	26	2.0	26	88	0	79	26	18	28	26	1.98
2805276--2805428	45	3.4	45	83	1	164	20	33	26	18	1.96
2805709--2806004	162	1.8	161	80	0	349	28	23	27	20	1.99
2806221--2806841	196	3.2	194	82	2	717	24	27	25	23	2.00
2806620--2806672	26	2.0	26	88	0	79	26	18	28	26	1.98
2807613--2807808	45	4.4	43	72	8	144	16	32	30	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2808588--2808640	26	2.0	26	85	0	70	30	18	20	30	1.97
2809556--2809678	45	2.7	45	78	2	113	17	34	32	16	1.92
2809556--2809763	90	2.3	90	80	1	229	19	31	30	17	1.95
2809685--2809773	45	2.0	46	84	2	117	21	31	29	17	1.96
2810212--2810262	26	2.0	26	88	7	77	25	19	27	27	1.99
2811207--2811409	90	2.3	90	80	3	230	17	32	30	20	1.95
2811207--2811410	45	4.5	45	74	0	183	17	32	29	20	1.95
2812208--2812261	26	2.1	26	86	6	74	31	22	20	25	1.98
2813190--2813304	45	2.6	45	80	5	133	17	32	32	18	1.94
2813745--2813797	26	2.0	26	88	0	79	28	16	26	28	1.97
2814100--2814152	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
2815106--2815251	45	3.2	45	79	3	168	21	31	30	16	1.95
2815694--2815746	26	2.0	26	88	0	79	28	16	24	30	1.97
2816006--2816039	12	2.8	12	95	0	59	5	32	23	38	1.79
2818279--2818486	45	4.6	45	83	0	254	17	32	31	18	1.95
2821247--2821417	90	1.9	90	83	4	220	19	32	26	21	1.97
2821264--2821417	45	3.4	45	76	7	143	18	34	25	20	1.96
2821291--2821465	90	1.9	90	80	4	201	18	31	28	21	1.97
2821777--2821827	25	2.0	26	96	3	95	27	19	27	25	1.99
2823048--2823211	45	3.6	45	73	1	141	17	32	30	19	1.95
2824053--2824360	168	1.8	169	81	3	388	25	25	27	22	2.00
2825581--2825707	45	2.8	45	79	2	139	18	31	32	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2826169--2826221	26	2.0	26	85	0	70	28	18	26	26	1.98
2826512--2826564	26	2.0	26	88	0	79	32	18	22	26	1.97
2826674--2826726	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
2828024--2828173	45	3.3	45	81	3	176	16	32	31	20	1.94
2828006--2828173	90	1.9	91	79	1	194	15	32	31	20	1.94
2828638--2828717	26	3.0	26	76	5	81	30	16	22	31	1.96
2828647--2828717	26	2.7	25	84	6	88	30	16	23	28	1.97
2830013--2830170	45	3.5	45	77	0	154	20	32	28	18	1.96
2830252--2830673	234	1.8	234	84	3	589	23	29	27	19	1.98
2830847--2830918	26	2.8	26	93	0	126	29	22	20	27	1.99
2831210--2831288	26	3.0	26	96	0	140	31	20	21	26	1.98
2832049--2832221	45	3.8	45	72	6	152	18	31	30	19	1.96
2832628--2832659	12	2.7	12	95	0	55	34	18	34	12	1.89
2832919--2833076	45	3.5	45	85	3	210	17	32	31	18	1.94
2833436--2833488	26	2.0	26	92	0	88	28	15	24	32	1.95
2838219--2838357	45	3.1	45	79	6	140	21	31	30	15	1.95
2838800--2838851	26	2.0	26	84	0	68	32	17	23	26	1.96
2839156--2839208	26	2.0	26	85	0	70	28	18	26	26	1.98
2840151--2840263	45	2.5	45	86	0	145	18	32	30	17	1.94
2841027--2841078	25	2.0	26	88	3	79	23	21	25	30	1.99
2842156--2842208	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
2845041--2845188	45	3.3	45	70	11	133	21	29	27	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2845494--2845970	178	2.7	175	82	6	536	23	28	27	20	1.99
2845821--2845873	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
2845494--2845970	174	2.7	172	82	7	523	23	28	27	20	1.99
2846319--2846371	26	2.0	26	85	0	70	30	16	22	30	1.96
2847638--2847800	45	3.6	44	73	5	148	19	33	28	18	1.95
2848565--2848617	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
2849557--2849714	45	3.5	45	76	3	147	20	34	27	18	1.96
2849545--2849708	90	1.8	90	81	0	202	19	33	28	18	1.96
2850011--2850355	159	2.2	159	81	7	414	23	28	26	20	1.99
2850329--2850381	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
2851421--2851516	45	2.1	45	82	3	113	19	32	35	12	1.89
2851966--2852016	26	2.0	25	88	7	77	25	15	27	31	1.96
2852993--2853076	42	2.0	42	97	0	159	19	10	45	25	1.82
2858951--2859071	45	2.7	45	80	2	118	19	31	29	19	1.96
2859352--2859402	26	2.0	26	96	0	93	31	17	21	29	1.96
2859709--2859761	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
2866546--2866675	45	2.9	45	76	0	125	18	30	30	20	1.97
2867134--2867186	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
2867436--2867542	45	2.4	45	83	0	124	17	29	29	22	1.97
2868071--2868123	26	2.0	26	85	0	70	24	15	28	32	1.95
2867913--2868278	196	1.9	196	81	2	457	22	28	26	21	1.99
2869068--2869215	45	3.3	44	72	3	125	18	31	29	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2869663--2869715	26	2.0	26	88	0	79	28	16	26	28	1.97
2870006--2870058	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
2870168--2870220	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
2871518--2871669	45	3.4	45	82	0	196	15	34	30	19	1.92
2872130--2872208	26	3.0	26	85	3	106	30	16	24	29	1.96
2872511--2872563	26	2.0	26	88	0	79	24	20	28	26	1.99
2873504--2873661	45	3.5	45	77	0	154	18	31	29	19	1.96
2874691--2874743	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
2876038--2876069	12	2.7	12	95	0	55	34	18	34	12	1.89
2876329--2876485	45	3.5	44	79	2	170	18	32	29	19	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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