genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032250.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39602670

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  29  of  125  ( 14887 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8297283--8297521	112	2.1	111	83	6	288	28	19	11	40	1.86
8297519--8297551	16	2.1	16	100	0	66	24	0	18	57	1.40
8297429--8297655	127	1.8	125	83	9	309	26	18	13	41	1.87
8297563--8297661	36	2.7	35	84	7	117	27	18	14	40	1.89
8298443--8298487	23	2.0	23	90	0	72	40	0	0	60	0.97
8304122--8304172	26	2.0	26	88	0	75	56	0	1	41	1.10
8311868--8311906	17	2.3	17	86	0	51	46	23	12	17	1.83
8316260--8316298	18	2.2	17	90	4	60	38	7	5	48	1.54
8319136--8319220	27	3.2	26	88	6	125	16	44	9	29	1.79
8320477--8320515	6	6.5	6	87	0	51	23	30	0	46	1.53
8325685--8325723	6	6.5	6	87	0	51	23	30	0	46	1.53
8327818--8327864	21	2.2	21	92	0	76	31	17	4	46	1.67
8327818--8327881	21	3.3	20	81	16	73	29	17	3	50	1.61
8327831--8327883	18	2.8	20	81	18	69	30	18	0	50	1.47
8329007--8329445	217	2.0	217	99	0	869	31	16	12	38	1.86
8330077--8330183	34	3.1	34	73	9	101	32	13	13	41	1.82
8332669--8332706	16	2.4	16	82	8	51	15	23	0	60	1.35
8338483--8338574	6	15.5	6	74	15	84	42	1	3	53	1.24
8338483--8338574	17	5.5	17	84	8	109	42	1	3	53	1.24
8338483--8338574	11	7.8	12	74	14	84	42	1	3	53	1.24
8340479--8340725	29	8.4	30	77	9	226	36	26	6	30	1.82
8340479--8340707	59	3.9	57	80	9	221	35	25	6	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8340479--8340736	88	2.9	87	80	7	238	35	26	6	31	1.81
8340813--8340881	28	2.5	28	95	0	120	30	27	10	31	1.90
8342111--8342519	29	14.0	30	75	12	264	35	25	4	34	1.78
8342160--8342523	87	4.2	87	80	7	346	35	25	4	33	1.77
8342635--8342706	28	2.6	28	95	0	126	30	29	11	29	1.91
8346758--8346802	17	2.6	17	100	0	90	17	22	17	42	1.89
8349723--8349894	50	3.4	49	71	10	141	39	22	23	13	1.90
8349713--8349940	100	2.3	100	84	5	293	40	22	23	13	1.89
8350123--8350383	92	2.8	92	96	0	479	30	16	18	33	1.94
8350993--8351084	6	15.5	6	74	15	84	43	1	2	53	1.20
8350993--8351084	17	5.5	17	84	8	109	43	1	2	53	1.20
8350993--8351084	11	7.8	12	74	14	84	43	1	2	53	1.20
8353070--8353505	29	15.0	29	75	11	313	36	25	4	33	1.76
8353125--8353441	114	2.8	114	84	7	426	35	26	4	34	1.76
8353255--8353473	85	2.5	86	81	9	248	35	25	4	34	1.77
8353410--8353798	145	2.7	144	82	5	390	30	27	7	34	1.85
8353488--8353808	145	2.2	145	87	2	448	29	27	9	34	1.87
8354029--8354210	97	1.9	97	83	4	242	29	17	14	39	1.89
8356933--8357004	26	2.9	25	82	11	87	56	8	0	34	1.29
8360348--8360396	23	2.1	23	81	7	55	42	2	0	55	1.11
8360440--8360472	8	4.1	8	88	11	50	24	0	3	72	0.98
8360512--8360561	3	16.7	3	100	0	100	68	0	0	32	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8361051--8361091	15	2.6	16	81	14	50	34	0	0	65	0.93
8363067--8363124	23	2.5	22	78	10	62	25	0	5	68	1.10
8374529--8374576	21	2.3	21	96	0	87	41	18	10	29	1.84
8374546--8374745	102	2.0	102	90	0	319	41	26	9	23	1.84
8376283--8376341	25	2.4	25	82	5	75	62	1	1	33	1.15
8385274--8385345	20	3.7	20	74	5	67	8	30	23	37	1.84
8386779--8386831	16	3.3	15	74	10	52	26	24	24	24	2.00
8386870--8386925	16	3.4	17	72	16	55	32	23	21	23	1.98
8387380--8387425	25	1.9	23	86	8	65	36	4	4	54	1.40
8388494--8388572	36	2.2	36	80	8	90	55	13	3	26	1.55
8391820--8391854	6	5.8	6	93	0	61	31	0	68	0	0.90
8391898--8391939	20	2.0	22	90	9	70	52	0	0	47	1.00
8391890--8391945	20	2.9	19	76	21	55	46	1	0	51	1.11
8393935--8394033	41	2.5	40	86	5	128	35	9	2	53	1.44
8393934--8394040	40	2.6	41	86	4	146	35	8	2	53	1.46
8396622--8396695	27	2.8	27	81	8	98	39	20	9	31	1.84
8397879--8397953	39	1.9	39	100	0	150	44	10	25	20	1.83
8401567--8401606	21	1.9	21	85	10	55	37	2	32	27	1.70
8413462--8413512	21	2.4	21	96	0	93	27	17	25	29	1.98
8414982--8415046	29	2.2	29	88	2	103	46	1	3	49	1.27
8415884--8415957	38	1.9	38	89	5	114	50	1	1	47	1.18
8417465--8417498	17	1.9	18	88	5	52	5	47	0	47	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8417458--8417515	6	9.7	6	83	7	64	5	43	0	51	1.24
8418721--8418748	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
8425877--8425915	19	2.1	19	85	9	53	61	0	2	35	1.10
8425965--8426018	18	2.8	18	76	18	56	64	3	0	31	1.11
8426377--8426438	3	20.7	3	96	0	115	33	0	1	64	1.03
8428624--8428667	12	3.5	12	77	22	54	20	20	15	43	1.88
8430130--8430215	46	1.9	44	83	4	109	40	24	3	31	1.72
8430197--8430248	16	3.2	16	84	10	70	26	26	3	42	1.73
8435481--8435536	17	3.2	17	75	9	58	66	0	5	28	1.14
8436320--8436359	19	2.0	20	95	4	73	20	20	20	40	1.92
8437693--8437767	30	2.5	30	79	10	82	33	5	18	42	1.73
8440374--8440424	19	2.7	19	85	8	61	52	7	1	37	1.42
8445703--8445762	17	3.6	17	71	22	56	53	1	1	43	1.20
8445706--8445821	61	1.9	59	87	6	171	51	4	2	41	1.35
8457534--8457566	5	6.6	5	100	0	66	42	21	18	18	1.89
8462061--8462085	13	1.9	13	100	0	50	56	20	8	16	1.65
8464641--8464718	41	1.9	41	83	0	102	20	3	10	65	1.39
8470817--8470868	20	2.6	19	77	14	59	36	1	1	59	1.19
8470817--8470868	10	5.2	10	77	6	52	36	1	1	59	1.19
8473486--8473529	19	2.2	20	80	4	54	38	0	6	54	1.27
8477691--8477729	18	2.2	18	86	9	53	61	2	17	17	1.46
8478147--8478228	42	2.0	41	82	2	101	50	0	13	36	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8480345--8480503	79	2.0	79	100	0	318	37	17	15	29	1.90
8502538--8502692	82	1.9	82	100	0	310	23	20	16	38	1.93
8511059--8511274	82	2.6	83	84	5	260	37	10	25	25	1.88
8511059--8511287	41	5.6	41	80	8	216	36	11	25	26	1.90
8511208--8511287	40	2.0	41	82	7	101	36	11	25	27	1.90
8515450--8515555	23	4.5	24	81	2	117	44	18	13	23	1.85
8515493--8515613	58	2.1	58	87	3	172	46	19	11	23	1.82
8515550--8515656	23	4.6	23	80	6	110	42	18	14	23	1.88
8517959--8518017	29	2.0	29	86	0	82	20	8	35	35	1.83
8529581--8529624	19	2.3	19	100	0	88	43	31	0	25	1.55
8531607--8531938	29	11.4	28	75	10	240	37	3	24	35	1.72
8531573--8531985	29	14.2	28	74	12	146	38	3	23	34	1.73
8533291--8533315	10	2.5	10	100	0	50	72	8	0	20	1.10
8537742--8537892	60	2.5	59	81	4	169	27	7	11	53	1.63
8538125--8538213	32	2.8	31	79	6	106	53	6	12	26	1.63
8538209--8538243	18	1.9	18	88	0	52	65	2	8	22	1.34
8540272--8540382	25	4.3	25	69	15	75	63	2	13	20	1.42
8541347--8541380	14	2.3	15	85	10	52	2	20	8	67	1.31
8542690--8542738	23	2.1	23	81	7	55	20	2	16	61	1.44
8560375--8560455	36	2.2	36	97	0	153	18	33	11	37	1.86
8567726--8567782	28	2.0	28	96	0	105	38	14	15	31	1.87
8569261--8569322	23	2.7	23	87	5	81	40	20	16	22	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8570622--8570651	16	1.9	15	93	6	51	63	13	0	23	1.29
8570627--8570684	21	2.7	22	73	21	59	62	17	0	20	1.33
8573358--8573411	20	2.7	21	85	5	67	42	0	0	57	0.98
8573359--8573417	29	2.0	29	87	6	84	38	0	1	59	1.08
8573358--8573409	10	5.2	10	76	15	54	42	0	0	57	0.98
8573401--8573438	15	2.4	16	82	8	51	26	0	2	71	1.00
8578153--8578207	22	2.6	20	74	8	56	41	1	1	54	1.21
8585237--8585270	16	2.1	16	88	5	50	41	0	0	58	0.98
8585760--8585802	2	22.0	2	95	4	79	51	0	0	48	1.00
8589797--8589861	23	2.8	23	68	9	60	20	12	27	40	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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