genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032250.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39602670

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   

This is table  80  of  125  ( 14887 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24975062--24975631	92	6.2	91	78	6	374	22	13	25	38	1.90
24990756--24990794	17	2.3	17	90	0	60	46	25	12	15	1.81
24997672--24997720	21	2.2	23	85	7	66	12	2	12	73	1.18
24997704--24997744	18	2.3	18	95	0	73	4	7	24	63	1.40
25019144--25019168	12	2.1	12	100	0	50	16	16	0	68	1.22
25020411--25020879	98	4.8	98	82	5	495	21	27	14	35	1.93
25020475--25020879	49	8.3	50	72	8	219	20	28	15	35	1.93
25020427--25020879	196	2.3	193	84	4	554	21	28	14	35	1.93
25031920--25031966	24	2.0	24	84	12	62	51	10	12	25	1.72
25034079--25034142	17	3.8	17	80	12	69	56	15	14	14	1.68
25042173--25042219	24	2.0	24	84	12	62	51	10	12	25	1.72
25044433--25044466	17	2.0	17	88	11	52	64	0	20	14	1.28
25055705--25056029	93	3.4	91	72	14	289	33	15	23	27	1.95
25064132--25064203	19	3.8	19	98	0	135	34	31	9	23	1.87
25065281--25065316	17	2.1	17	89	0	54	50	13	13	22	1.77
25074034--25074070	19	1.9	19	94	0	65	27	18	16	37	1.92
25076925--25077079	31	4.8	32	77	10	104	49	13	17	19	1.79
25076963--25077097	64	2.1	64	82	5	157	48	12	16	22	1.79
25076994--25077097	33	3.2	32	78	9	122	49	11	16	23	1.78
25084101--25084196	21	4.4	22	71	16	83	26	0	22	51	1.49
25084106--25084188	43	1.9	44	87	4	125	27	0	20	51	1.47
25088029--25088250	59	3.7	59	90	1	336	51	9	7	31	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25090204--25090250	22	2.1	22	84	4	58	65	0	0	34	0.93
25090583--25090658	31	2.5	31	93	0	134	35	19	31	13	1.90
25092697--25092768	31	2.2	33	85	4	94	18	6	15	59	1.57
25098774--25098809	18	2.0	18	100	0	72	44	16	5	33	1.71
25104705--25105003	153	1.9	156	95	2	541	28	17	13	41	1.86
25110195--25110271	30	2.7	29	78	9	86	62	5	0	32	1.17
25112159--25112215	28	2.0	28	83	12	73	35	1	0	63	1.05
25112158--25112196	12	3.6	11	83	16	55	35	0	0	64	0.94
25112162--25112225	30	2.3	27	81	15	76	35	1	0	62	1.05
25112168--25112211	18	2.5	17	82	10	52	34	2	0	63	1.07
25114314--25114390	32	2.4	33	77	4	84	62	6	5	25	1.41
25119941--25119993	24	2.2	24	80	6	63	20	50	3	24	1.64
25120896--25120930	18	2.0	17	88	5	52	17	22	14	45	1.84
25122051--25122096	23	2.0	23	82	0	56	30	4	0	65	1.12
25130267--25130312	24	1.9	24	90	0	74	56	6	4	32	1.45
25130267--25130319	24	2.2	24	86	0	70	56	7	3	32	1.45
25134151--25134331	84	2.2	84	79	0	209	38	18	17	25	1.92
25134112--25134338	42	5.4	42	73	4	127	39	18	16	25	1.91
25148055--25148094	13	2.9	14	82	17	57	0	20	0	80	0.72
25148051--25148111	23	2.5	24	82	17	74	3	22	0	73	0.97
25148053--25148109	30	1.9	29	83	16	73	1	21	0	77	0.86
25154470--25154502	12	2.6	13	95	4	59	54	27	0	18	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25155294--25155333	22	1.9	20	85	10	53	30	12	15	42	1.83
25168084--25168684	38	15.6	38	71	11	382	33	21	17	27	1.96
25168064--25168677	78	7.9	78	84	4	717	33	22	17	27	1.96
25172522--25172552	16	1.9	16	93	0	53	22	6	6	64	1.40
25174434--25174467	6	5.8	6	93	6	61	14	85	0	0	0.60
25174489--25174524	3	12.0	3	100	0	72	0	33	0	66	0.92
25177906--25177958	27	2.0	27	84	0	70	24	22	13	39	1.90
25178516--25178578	32	2.0	32	96	0	117	7	6	17	68	1.36
25178750--25178964	9	22.9	9	68	26	78	23	3	18	54	1.59
25178782--25178865	24	3.6	24	90	6	129	22	7	16	53	1.67
25178872--25178950	25	3.3	25	67	25	80	22	0	20	56	1.42
25178875--25178963	21	4.1	20	74	18	79	23	0	19	57	1.41
25178854--25178955	46	2.2	46	91	0	159	23	1	18	55	1.52
25178900--25179033	55	2.4	55	83	0	169	23	4	17	55	1.60
25181288--25181497	45	4.7	45	88	0	303	32	17	26	23	1.96
25184209--25185046	279	3.0	279	98	0	1615	28	12	21	37	1.90
25188526--25188575	21	2.4	21	86	0	64	30	24	18	28	1.97
25189323--25189606	52	5.5	52	86	0	390	35	23	13	27	1.93
25191774--25191983	45	4.7	45	87	0	312	30	19	24	25	1.98
25195222--25195283	11	5.7	10	81	11	61	24	3	3	69	1.18
25199147--25199185	16	2.8	13	79	20	51	28	20	10	41	1.85
25204101--25204377	99	2.8	99	82	6	301	36	22	17	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25204362--25204505	47	3.1	47	87	0	216	31	27	15	25	1.95
25204789--25204938	37	4.0	37	87	0	192	27	31	18	22	1.97
25208206--25208243	17	2.2	17	95	0	67	18	18	10	52	1.73
25209395--25209536	37	3.8	37	76	3	133	27	29	20	22	1.98
25210598--25211051	45	10.0	45	83	4	432	32	26	14	26	1.95
25212492--25212552	11	5.6	10	77	11	50	24	4	3	67	1.26
25218590--25218635	15	2.9	16	83	6	67	39	6	39	15	1.73
25223381--25223415	17	1.9	18	88	11	54	31	5	2	60	1.35
25224408--25224473	15	4.2	15	75	16	53	56	0	0	43	0.99
25224605--25224648	21	2.0	22	83	12	56	43	0	2	54	1.12
25224631--25224687	28	2.0	29	86	3	80	47	0	1	50	1.11
25231492--25231525	17	2.0	17	100	0	68	29	35	0	35	1.58
25239590--25239619	9	3.3	9	95	0	51	40	10	16	33	1.82
25239687--25239761	19	3.9	19	81	8	82	64	2	0	33	1.08
25239723--25239764	9	4.3	10	82	17	61	69	0	0	30	0.89
25241084--25241133	21	2.5	20	80	3	55	72	2	4	22	1.12
25246083--25246140	23	2.5	23	91	2	89	29	12	17	41	1.85
25246101--25246158	23	2.5	23	86	5	73	32	12	18	36	1.88
25246101--25246169	23	3.0	23	81	8	61	36	11	17	34	1.86
25256914--25256955	21	2.0	22	85	4	59	11	19	4	64	1.44
25262098--25262142	23	1.9	24	86	4	65	75	4	6	13	1.15
25262480--25262512	12	2.8	12	90	0	57	75	0	12	12	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25274066--25274127	16	3.9	16	86	0	97	29	27	3	40	1.72
25276975--25277016	22	1.9	22	85	0	57	61	26	2	9	1.39
25279129--25279189	29	2.1	29	93	3	106	54	11	0	34	1.37
25287902--25288072	60	2.9	58	80	6	184	23	17	11	47	1.80
25291769--25291811	18	2.6	16	86	13	61	72	4	2	20	1.14
25293529--25293631	53	1.9	53	96	0	188	58	9	2	29	1.45
25299346--25299376	16	2.0	15	93	6	53	90	0	9	0	0.46
25299346--25299375	10	2.9	10	95	5	51	90	0	10	0	0.47
25301544--25301582	21	2.0	20	90	10	62	43	0	2	53	1.14
25302806--25302841	11	3.1	11	88	11	54	69	2	0	27	1.02
25302795--25302855	8	7.6	8	72	20	56	63	1	0	34	1.04
25302828--25303105	133	2.1	133	100	0	556	47	5	9	37	1.60
25302963--25302988	8	3.2	8	100	0	52	65	0	0	34	0.93
25305194--25305274	25	3.1	25	79	10	81	24	7	9	58	1.56
25305474--25305546	31	2.4	31	90	4	112	45	8	15	31	1.75
25305424--25305587	89	1.8	89	83	5	215	48	10	14	26	1.76
25307473--25307542	22	3.3	22	69	15	74	51	14	0	34	1.42
25307463--25307547	42	2.0	42	97	0	161	50	15	0	34	1.44
25307473--25307567	42	2.3	42	83	3	102	55	13	3	27	1.53
25313210--25313335	29	4.3	29	83	8	148	36	3	22	37	1.73
25313195--25313335	59	2.4	59	86	2	203	36	4	24	34	1.75
25314409--25314458	21	2.4	20	84	15	66	44	0	2	54	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25314842--25314905	32	2.0	32	93	0	110	28	18	15	37	1.92
25322159--25322235	36	2.1	36	85	0	100	29	33	3	32	1.76
25324846--25325091	52	4.8	51	79	6	246	33	24	13	28	1.93
25340200--25340232	14	2.3	15	89	5	50	75	0	12	12	1.04
25342788--25342876	31	2.8	32	83	11	94	69	20	5	4	1.26
25342783--25342876	12	8.2	12	66	11	54	70	19	5	5	1.27
25342782--25342884	23	4.6	23	70	16	72	68	19	4	6	1.30
25342884--25342932	20	2.4	20	86	3	71	63	18	8	10	1.50
25354027--25354668	321	2.0	321	96	0	1194	24	13	26	34	1.93
25359068--25359101	17	2.1	16	88	5	50	23	0	2	73	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125