genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032250.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39602670

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   

This is table  7  of  125  ( 14887 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2256635--2256671	15	2.4	16	86	13	51	32	0	13	54	1.40
2259698--2259723	9	2.9	9	100	0	52	46	34	7	11	1.69
2263332--2263423	20	4.4	20	76	8	85	6	4	20	68	1.30
2263345--2263432	21	4.2	21	73	11	72	5	5	20	68	1.32
2263369--2263471	53	1.9	54	90	2	163	7	3	20	67	1.31
2263397--2263483	33	2.7	33	85	7	99	8	4	18	68	1.32
2263397--2263483	32	2.7	32	82	7	86	8	4	18	68	1.32
2266220--2266306	31	3.1	27	74	20	79	47	0	6	45	1.29
2266297--2266331	17	2.1	16	89	5	52	60	0	2	37	1.12
2271358--2271408	21	2.5	20	81	12	59	5	3	13	76	1.11
2275535--2275579	22	2.0	23	86	4	65	53	2	0	44	1.13
2277493--2277556	3	21.3	3	80	0	74	35	0	60	3	1.12
2287374--2287400	12	2.2	12	100	0	54	40	0	0	59	0.98
2290201--2290233	6	5.5	6	100	0	66	33	51	0	15	1.43
2295275--2295322	13	3.8	13	83	13	64	68	0	0	31	0.90
2295275--2295314	11	3.4	12	86	13	57	70	0	0	30	0.88
2295274--2295320	24	1.9	25	91	4	78	68	0	0	31	0.90
2297857--2298012	85	1.8	85	79	8	183	50	7	3	39	1.46
2302228--2302463	116	2.0	115	94	0	409	24	26	26	22	2.00
2311515--2311596	39	2.2	36	82	8	92	67	13	1	18	1.30
2311797--2311886	47	1.9	47	93	0	153	31	30	8	30	1.88
2319298--2319348	3	17.3	3	95	4	95	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2320177--2320214	14	2.7	14	91	0	58	21	13	21	44	1.85
2320181--2320234	21	2.6	21	75	0	54	24	18	18	38	1.93
2320383--2320430	21	2.3	22	78	10	55	39	8	12	39	1.73
2327170--2327199	15	2.0	15	93	0	51	50	0	13	36	1.42
2331777--2331819	23	1.9	22	95	4	77	25	18	39	16	1.91
2338818--2338878	28	2.2	29	79	8	72	37	0	4	57	1.20
2340016--2340055	20	2.0	20	85	9	55	12	25	52	10	1.70
2340652--2340744	30	3.2	28	69	23	75	35	32	3	29	1.73
2340633--2340757	59	2.1	59	92	1	207	32	33	2	31	1.71
2340666--2340757	29	3.1	29	70	25	93	31	34	3	30	1.74
2340649--2340780	59	2.3	59	85	6	162	34	31	4	30	1.78
2346788--2346833	25	1.9	23	86	8	65	34	4	4	56	1.39
2347889--2347920	10	3.0	11	90	9	57	28	0	0	71	0.86
2350761--2350785	11	2.3	11	100	0	50	76	0	8	16	1.02
2350806--2350851	11	4.2	11	83	8	58	15	2	4	78	1.01
2351794--2351843	26	1.9	26	88	8	75	74	0	16	10	1.08
2352861--2352906	25	1.9	25	86	8	69	32	4	6	56	1.45
2360392--2360437	24	1.9	23	86	8	65	56	6	4	32	1.45
2361457--2361503	25	1.9	25	95	4	87	10	12	0	76	1.02
2361472--2361520	14	3.3	15	80	8	55	8	12	2	77	1.07
2365325--2365356	16	2.0	16	93	0	55	75	0	9	15	1.05
2365319--2365361	16	2.9	15	83	10	52	72	2	9	16	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2365319--2365361	14	2.9	14	80	16	50	72	2	9	16	1.21
2366469--2366514	24	1.9	24	86	8	67	56	6	4	32	1.45
2372205--2372250	25	1.9	25	86	8	69	32	4	6	56	1.45
2373354--2373387	14	2.3	15	90	5	52	23	0	0	76	0.79
2376174--2376200	10	2.7	10	100	0	54	77	0	7	14	0.97
2376211--2376254	24	1.9	22	86	9	61	18	4	4	72	1.19
2377190--2377232	12	3.5	12	87	3	59	74	2	9	13	1.16
2379927--2379980	29	1.9	28	88	7	74	48	9	14	27	1.75
2380308--2380371	30	2.1	32	85	11	89	48	1	4	45	1.32
2383370--2383423	20	2.7	20	82	5	65	53	7	1	37	1.40
2384638--2384671	17	1.9	18	94	5	61	47	0	0	52	1.00
2384874--2384938	3	21.7	3	100	0	130	33	0	0	66	0.92
2385421--2385454	17	2.1	17	88	5	52	52	17	17	11	1.73
2386062--2386087	13	2.0	13	100	0	52	38	7	15	38	1.76
2392751--2393073	157	2.1	157	98	0	628	26	13	20	39	1.90
2418899--2418929	15	2.1	15	100	0	62	54	6	12	25	1.62
2424577--2424605	3	10.0	3	92	7	51	31	0	34	34	1.58
2429267--2429342	31	2.6	29	77	12	82	43	13	10	32	1.78
2447093--2447128	2	18.0	2	94	0	63	52	0	0	47	1.00
2452714--2452740	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
2453157--2453221	16	4.2	15	75	11	51	56	3	1	38	1.24
2455994--2456063	25	3.0	25	84	12	78	25	11	1	61	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2456026--2456069	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
2462361--2462400	18	2.2	20	82	13	50	65	0	2	32	1.06
2463139--2463170	17	1.9	16	93	6	55	50	9	12	28	1.71
2468949--2468997	24	2.1	23	88	3	71	69	16	6	8	1.33
2469865--2469931	30	2.4	29	80	9	68	49	2	2	44	1.32
2471327--2471362	17	2.1	18	89	5	56	47	5	5	41	1.50
2477829--2478029	59	3.4	58	71	14	171	36	3	29	30	1.76
2478001--2478238	30	8.0	29	80	5	226	36	5	20	36	1.76
2478014--2478237	60	3.7	60	80	4	249	37	5	19	37	1.76
2478009--2478237	90	2.5	90	79	6	250	37	5	20	37	1.76
2479363--2479395	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
2480105--2480191	6	14.8	6	73	17	67	55	0	3	41	1.17
2480106--2480183	17	4.7	17	78	10	90	55	0	3	41	1.18
2480098--2480185	17	5.0	17	71	13	70	55	0	3	40	1.16
2480123--2480205	23	3.7	22	77	13	73	54	1	3	40	1.26
2482900--2482978	28	2.8	29	76	7	81	41	0	0	58	0.98
2482927--2482989	28	2.2	28	83	10	76	36	0	1	61	1.05
2493720--2493939	89	2.4	92	75	8	211	40	11	5	42	1.65
2493926--2493956	15	2.0	16	93	6	55	32	6	3	58	1.40
2494084--2494124	20	2.0	20	85	0	55	78	4	0	17	0.93
2494109--2494161	18	2.9	17	81	10	61	64	0	0	35	0.94
2494466--2494546	29	2.9	28	78	14	94	35	2	0	61	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2494426--2494546	57	2.1	57	79	10	131	31	3	2	62	1.24
2494473--2494554	9	8.7	9	70	15	58	31	3	0	64	1.11
2494468--2494555	28	3.0	28	80	8	88	34	3	0	62	1.12
2495653--2495700	20	2.4	19	80	13	51	58	14	14	12	1.64
2513435--2513471	18	2.1	18	100	0	74	40	43	0	16	1.48
2518445--2518498	23	2.4	23	87	9	76	31	0	9	59	1.29
2519160--2519186	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2520009--2520104	48	2.0	48	89	0	147	27	11	27	34	1.91
2524510--2524560	19	2.7	20	76	11	54	35	1	0	62	1.06
2525669--2525708	2	20.0	2	100	0	80	0	50	0	50	1.00
2533802--2533835	17	2.0	17	100	0	68	47	11	5	35	1.65
2534086--2534194	55	2.0	55	94	3	193	54	6	11	28	1.60
2535233--2535302	16	4.2	16	75	10	61	51	2	2	42	1.31
2541640--2541692	24	2.2	25	93	3	90	43	9	15	32	1.78
2550594--2550663	31	2.4	28	79	15	79	52	2	1	42	1.24
2550646--2550679	17	2.1	15	89	10	50	73	0	0	26	0.83
2551390--2551439	22	2.3	22	82	6	57	36	6	2	56	1.36
2576280--2576324	15	3.0	15	80	0	54	6	8	0	84	0.78
2576290--2576334	23	1.9	24	86	4	65	15	6	0	77	0.96
2577257--2577288	17	1.9	17	93	6	57	46	0	0	53	1.00
2581597--2581645	24	2.0	24	96	4	89	12	8	4	75	1.16
2581821--2581864	20	2.2	20	84	8	54	38	4	2	54	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2582296--2582333	17	2.2	18	85	4	51	39	10	5	44	1.61
2583415--2583472	2	29.0	2	100	0	116	50	0	0	50	1.00
2587293--2587506	107	2.0	107	96	0	392	33	21	12	33	1.90
2594690--2594719	12	2.5	12	94	0	51	90	3	6	0	0.56
2604366--2604413	2	24.5	2	95	4	89	52	0	0	47	1.00
2606228--2606288	26	2.3	26	88	2	86	32	6	24	36	1.81
2608275--2608320	5	9.0	5	85	4	65	43	17	36	2	1.61
2622452--2622523	30	2.5	27	80	14	83	34	8	2	54	1.45
2622680--2622723	23	1.9	23	85	0	61	61	4	4	29	1.36
2622908--2622954	2	23.5	2	95	0	85	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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