genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032250.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39602670

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  81  of  125  ( 14887 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25360676--25360713	18	2.1	18	90	0	58	39	18	13	28	1.88
25362242--25362280	21	2.0	19	85	14	53	35	5	5	53	1.45
25364684--25364768	26	3.2	26	85	11	109	29	1	5	63	1.25
25365005--25365191	60	3.2	59	87	4	254	46	13	17	21	1.83
25367633--25368414	389	2.0	391	93	1	1343	37	8	17	36	1.80
25369815--25369873	31	1.9	31	86	6	84	38	5	3	52	1.40
25371396--25371456	17	3.7	17	72	16	65	50	4	3	40	1.40
25371624--25371674	20	2.5	20	81	12	61	17	7	62	11	1.51
25378556--25379045	58	8.4	58	88	2	662	34	2	29	33	1.69
25378557--25379042	117	4.2	115	87	3	670	35	2	29	33	1.69
25378590--25379046	29	15.7	28	64	19	104	35	1	29	33	1.69
25379834--25379871	15	2.4	16	82	8	51	7	13	5	73	1.22
25380175--25380213	12	3.3	12	96	3	71	38	0	0	61	0.96
25380181--25380223	11	3.9	11	90	6	52	37	0	2	60	1.10
25380986--25381051	17	3.9	17	82	5	80	51	0	1	46	1.10
25381642--25381779	41	3.3	41	83	3	150	37	11	23	27	1.89
25396591--25396641	26	2.0	26	88	7	77	78	0	13	7	0.96
25396591--25396637	14	3.3	14	76	11	51	80	0	14	4	0.85
25398809--25398873	32	2.0	32	96	0	121	40	16	16	26	1.90
25408133--25408223	38	2.3	39	83	7	105	19	16	13	50	1.77
25436799--25436852	18	3.1	18	81	5	65	20	9	11	59	1.59
25437425--25437465	15	2.7	15	84	3	55	78	0	21	0	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25449767--25449813	23	1.9	26	87	12	73	31	12	2	53	1.51
25454152--25454185	10	3.3	10	87	4	50	0	20	0	79	0.73
25454936--25454976	21	2.0	21	85	0	55	4	26	4	63	1.35
25455878--25455916	7	5.6	7	88	11	62	0	43	0	56	0.99
25455875--25455920	21	2.2	21	100	0	92	0	41	0	58	0.98
25460487--25460557	36	2.0	36	97	0	133	23	25	15	35	1.94
25472393--25472445	21	2.6	19	77	16	52	33	13	20	32	1.91
25479661--25479711	21	2.5	20	87	12	68	27	13	25	33	1.94
25486807--25486942	68	2.0	68	100	0	272	23	32	8	35	1.86
25489772--25489805	12	2.8	12	90	0	50	35	0	64	0	0.94
25497683--25497721	21	2.0	20	90	10	62	58	5	0	35	1.20
25499126--25499203	12	6.8	11	77	14	54	64	16	8	10	1.49
25499110--25499186	33	2.3	33	82	13	95	63	15	9	11	1.51
25499149--25499203	24	2.3	24	83	0	65	65	18	9	7	1.44
25499200--25499266	20	3.1	21	87	8	91	74	19	1	4	1.07
25499200--25499266	23	3.0	22	85	8	75	74	19	1	4	1.07
25499188--25499289	52	1.9	54	84	7	138	69	20	3	5	1.26
25499460--25499635	85	2.1	85	97	0	334	30	16	19	32	1.94
25499785--25499822	19	2.1	18	90	5	58	26	0	7	65	1.19
25506290--25506319	16	1.9	15	93	6	51	63	0	0	36	0.95
25512728--25512759	3	11.0	3	93	6	57	65	0	34	0	0.93
25512729--25512757	14	2.1	14	100	0	58	65	0	34	0	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25521331--25521368	2	19.0	2	94	0	67	2	0	47	50	1.15
25526137--25526190	3	18.0	3	81	7	65	59	0	1	38	1.08
25526137--25526189	21	2.5	21	87	6	72	58	0	1	39	1.09
25526894--25526923	5	6.0	5	92	0	51	20	56	20	3	1.56
25527306--25527363	30	1.9	30	89	0	89	34	17	3	44	1.65
25527301--25527370	30	2.3	29	80	7	86	34	21	2	41	1.68
25527462--25527859	59	6.8	58	81	6	417	33	26	5	34	1.80
25527355--25527800	30	15.2	30	68	15	157	32	26	4	35	1.78
25527305--25527859	118	4.7	116	73	11	362	33	25	5	36	1.78
25527845--25527905	29	2.1	28	81	3	68	32	26	9	31	1.89
25527461--25527879	177	2.4	179	83	5	478	33	26	5	34	1.80
25537305--25537600	148	2.0	148	94	2	515	32	14	11	41	1.83
25542037--25542120	43	2.0	41	88	4	123	29	32	19	19	1.96
25552830--25552874	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
25555346--25555370	7	3.6	7	100	0	50	44	0	0	56	0.99
25568549--25568675	63	2.0	63	95	0	227	43	20	8	27	1.81
25570202--25570261	24	2.5	24	78	7	68	26	20	30	23	1.98
25570251--25570306	24	2.3	24	100	0	112	33	26	23	16	1.95
25570340--25570446	24	4.5	24	87	4	153	25	20	40	14	1.90
25579232--25579328	47	2.1	47	82	0	113	38	21	13	26	1.91
25579386--25579422	19	1.9	19	94	0	65	37	18	0	43	1.51
25581094--25581125	12	2.7	12	95	0	55	9	18	31	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25582371--25582406	18	1.9	19	88	5	56	66	0	16	16	1.25
25589061--25589098	18	2.1	19	85	5	51	47	7	0	44	1.32
25589460--25589522	30	2.1	30	90	0	99	38	22	1	38	1.64
25595300--25595347	21	2.4	21	83	13	57	12	16	6	64	1.46
25602915--25602978	19	3.4	18	82	18	69	37	1	6	54	1.35
25602918--25602979	20	3.2	19	82	17	67	35	1	4	58	1.29
25602927--25602987	27	2.2	28	82	8	72	34	0	6	59	1.24
25602928--25602986	20	3.0	20	80	9	68	33	0	6	59	1.24
25611793--25611857	21	3.1	21	82	4	60	30	16	21	30	1.96
25617418--25617580	10	15.5	10	71	19	77	36	4	21	38	1.73
25617428--25617490	24	2.5	25	82	14	69	36	3	20	39	1.69
25617413--25617580	69	2.4	68	89	3	264	36	4	21	37	1.75
25622161--25622222	31	2.0	31	100	0	124	19	6	16	58	1.59
25623336--25623554	59	3.6	59	83	11	298	37	4	20	37	1.72
25623395--25623612	68	3.2	68	89	0	312	35	4	20	39	1.72
25623333--25623566	20	10.9	21	68	22	96	37	3	20	38	1.71
25627424--25627461	17	2.2	17	90	0	58	15	13	26	44	1.83
25629089--25629125	9	4.1	9	89	0	56	27	10	13	48	1.75
25629089--25629125	18	2.1	18	94	0	65	27	10	13	48	1.75
25629176--25629210	18	1.9	18	94	0	61	37	20	11	31	1.88
25630838--25630897	30	2.0	30	100	0	120	36	20	16	26	1.93
25652434--25652468	11	3.2	11	92	8	54	82	8	0	8	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25658656--25658712	30	1.9	30	85	0	78	35	21	7	36	1.80
25658687--25658846	30	5.3	29	70	11	97	33	23	6	36	1.81
25669770--25669936	44	3.9	44	77	10	175	48	16	23	11	1.79
25670703--25671482	115	6.6	115	84	5	913	37	17	21	22	1.94
25670758--25671482	353	2.1	353	88	1	1060	37	17	22	22	1.93
25671558--25671646	46	1.9	46	90	0	142	35	21	16	25	1.94
25671559--25671656	46	2.1	46	84	3	135	33	26	15	24	1.95
25674364--25674405	21	2.0	21	85	0	57	28	11	11	47	1.76
25680513--25680546	17	2.0	17	94	0	59	44	0	2	52	1.16
25684039--25684166	53	2.4	54	80	15	149	46	25	0	28	1.53
25684142--25684177	7	4.9	7	87	12	54	44	25	0	30	1.54
25684144--25684176	16	2.1	15	94	5	57	48	24	0	27	1.51
25684097--25684190	44	2.0	48	84	8	124	44	25	0	29	1.54
25686997--25687051	26	2.1	26	93	0	92	20	21	3	54	1.59
25694832--25694868	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
25696156--25696185	11	2.6	12	89	10	53	26	0	6	66	1.16
25698337--25698361	5	5.0	5	100	0	50	0	60	0	40	0.97
25702672--25702902	52	4.5	52	86	6	310	36	23	13	25	1.92
25702672--25702905	102	2.3	103	88	4	339	36	23	14	25	1.93
25708345--25708383	20	2.1	18	85	9	51	38	5	0	56	1.22
25709582--25709621	17	2.4	16	88	12	55	15	7	10	67	1.41
25710278--25710338	30	2.1	30	87	3	88	54	9	3	32	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25711587--25711628	20	2.1	20	82	8	50	52	30	0	16	1.44
25718685--25718723	12	3.4	11	82	10	51	79	0	5	15	0.90
25718683--25718722	17	2.4	17	87	8	55	77	0	5	17	0.94
25719169--25719228	30	2.0	30	96	0	111	55	10	18	16	1.69
25720542--25720583	21	2.0	22	85	4	59	11	19	4	64	1.44
25722122--25722246	17	7.6	17	74	17	95	36	0	7	55	1.33
25722122--25722264	35	4.3	34	74	16	122	37	1	6	54	1.34
25722138--25722232	17	5.4	18	87	7	124	36	0	5	57	1.21
25723989--25724353	29	12.4	30	78	9	299	36	27	3	33	1.74
25723996--25724353	60	6.1	59	78	7	257	36	27	3	32	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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