genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032250.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39602670

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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This is table  30  of  125  ( 14887 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8590434--8590462	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
8594630--8594692	26	2.5	26	84	2	92	38	14	14	33	1.86
8594804--8594856	20	2.7	20	91	5	81	56	9	0	33	1.32
8600376--8600416	21	2.0	21	85	9	57	43	2	0	53	1.13
8600772--8600813	22	1.9	22	85	0	57	11	2	21	64	1.38
8609051--8609085	15	2.4	15	90	4	54	20	0	11	68	1.20
8614073--8614110	19	2.0	20	84	5	51	36	5	5	52	1.47
8616568--8616613	25	1.9	23	86	8	65	34	0	6	58	1.24
8620881--8620921	21	2.0	21	90	0	64	0	24	12	63	1.28
8626012--8626048	11	3.3	11	88	7	56	0	27	0	72	0.84
8625976--8626040	12	5.5	12	77	14	64	4	24	0	70	1.06
8626419--8626486	21	3.2	21	93	2	118	44	32	0	23	1.54
8626470--8626499	15	2.0	15	93	0	51	43	33	3	20	1.68
8626565--8626604	21	1.9	21	84	0	53	17	25	30	27	1.97
8626536--8626604	31	2.2	31	87	5	95	18	24	28	27	1.98
8627657--8627689	3	11.3	3	87	6	50	30	3	0	66	1.06
8632911--8632985	11	6.5	11	77	11	71	5	26	0	68	1.11
8633356--8633423	21	3.2	21	89	2	100	42	29	0	27	1.56
8633493--8633538	21	2.2	21	88	0	65	19	19	28	32	1.96
8633528--8633600	7	10.7	7	77	5	78	15	20	26	38	1.92
8633528--8633603	20	3.8	20	91	1	107	14	19	25	40	1.89
8633528--8633601	27	2.7	27	85	6	96	14	20	25	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8634649--8634699	3	17.3	3	91	4	86	31	1	0	66	1.03
8648842--8649208	185	2.0	184	89	4	562	32	26	8	32	1.87
8653864--8653891	6	4.7	6	100	0	56	32	0	0	67	0.91
8654731--8654781	23	2.2	24	85	3	68	31	41	9	17	1.82
8656532--8656556	13	1.9	13	100	0	50	40	28	8	24	1.83
8658932--8659139	108	2.0	105	86	6	294	29	25	11	33	1.90
8659916--8659961	6	7.8	6	87	4	67	80	2	0	17	0.81
8659917--8659960	23	1.9	23	95	0	79	81	2	0	15	0.78
8680975--8681003	10	2.7	11	94	5	51	24	0	0	75	0.80
8681561--8681612	9	5.8	9	79	0	50	63	1	1	32	1.16
8681537--8681612	37	2.1	37	83	11	95	61	1	1	35	1.12
8682124--8682267	58	2.6	57	81	8	163	19	21	5	53	1.65
8682288--8682340	22	2.4	22	83	0	61	9	26	9	54	1.63
8683134--8683181	24	2.0	24	88	4	71	43	25	6	25	1.77
8685445--8685500	24	2.6	22	84	15	73	48	21	8	21	1.77
8685611--8685679	30	2.3	30	79	0	84	69	4	4	21	1.24
8687998--8688041	16	2.8	17	83	16	60	50	0	0	50	1.00
8691284--8691309	11	2.4	11	100	0	52	80	0	0	19	0.71
8696594--8696620	5	5.4	5	100	0	54	0	0	18	81	0.69
8696594--8696627	15	2.3	15	89	0	50	0	5	17	76	0.98
8700140--8700177	20	1.9	20	84	10	51	42	2	0	55	1.14
8704275--8704322	9	5.1	10	80	16	50	27	0	0	72	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8707155--8707271	41	2.8	41	78	7	112	17	11	39	31	1.85
8707170--8707275	41	2.5	41	83	3	122	16	10	39	33	1.83
8707927--8708015	29	3.1	29	85	6	126	28	15	16	39	1.90
8707903--8708015	58	1.9	58	82	7	140	26	17	16	38	1.91
8710401--8710426	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
8711023--8711078	21	2.7	21	74	23	55	44	23	1	30	1.63
8711925--8712245	158	2.0	158	99	0	633	37	22	14	25	1.92
8713537--8713590	21	2.6	21	87	0	72	37	24	9	29	1.86
8713930--8713975	24	1.9	24	100	0	92	30	21	8	39	1.84
8716025--8716069	18	2.5	17	86	10	63	2	15	0	82	0.77
8717858--8717975	53	2.2	53	86	3	166	12	20	28	38	1.89
8717895--8718012	16	6.8	16	68	24	69	12	20	29	37	1.90
8717918--8718191	37	7.4	37	84	1	316	14	20	28	35	1.93
8717964--8718033	21	3.6	21	71	25	80	8	20	31	40	1.82
8717911--8718197	111	2.6	111	83	2	360	14	21	28	35	1.93
8736083--8736167	43	2.0	43	100	0	170	56	7	7	29	1.52
8738276--8738706	94	4.6	94	83	0	520	31	22	17	28	1.96
8741804--8741863	30	2.0	29	87	3	84	36	18	18	26	1.94
8743991--8744436	201	2.3	199	82	7	525	26	28	18	27	1.98
8746072--8746111	22	1.9	19	85	14	53	47	7	2	42	1.45
8750306--8750376	31	2.4	29	78	15	74	60	0	0	39	0.97
8750575--8750607	14	2.4	14	90	5	50	60	0	3	36	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8755166--8755205	5	8.8	5	94	5	52	67	0	32	0	0.91
8755170--8755207	8	4.3	9	93	6	53	68	0	31	0	0.90
8755278--8755306	3	9.7	3	100	0	58	34	0	31	34	1.58
8756020--8756059	19	2.1	19	90	0	62	37	2	15	45	1.59
8757920--8757964	21	2.1	21	83	0	54	24	4	20	51	1.66
8757933--8757979	21	2.2	21	85	7	60	23	0	23	53	1.47
8765633--8765683	21	2.4	21	96	3	93	43	0	3	52	1.19
8768043--8768122	29	2.8	29	77	11	94	60	5	0	35	1.19
8768043--8768119	28	2.7	28	73	13	77	61	5	0	33	1.19
8768718--8768775	27	2.1	29	81	12	68	46	5	6	41	1.53
8769613--8769650	18	2.1	18	85	9	51	57	2	7	31	1.41
8771203--8771239	4	9.2	4	93	0	65	2	0	45	51	1.15
8784079--8784114	16	2.2	16	90	0	54	58	2	0	38	1.13
8791436--8791541	51	2.1	51	100	0	212	32	20	3	43	1.70
8791906--8791944	19	1.9	19	85	10	51	20	17	20	41	1.91
8792547--8792580	17	2.0	17	88	11	52	47	11	0	41	1.40
8797553--8797655	31	3.5	31	67	10	79	29	13	9	47	1.75
8798208--8798276	24	2.8	25	75	12	63	26	8	1	63	1.31
8798204--8798328	57	2.2	57	79	14	143	26	7	2	64	1.32
8822393--8822452	30	2.0	30	100	0	120	20	23	10	46	1.80
8823080--8823121	4	10.0	4	82	17	50	26	0	0	73	0.83
8828876--8828900	12	2.1	12	100	0	50	36	8	16	40	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8832258--8832509	116	2.2	116	86	1	344	35	26	11	26	1.90
8832998--8833097	36	2.8	36	89	1	146	20	28	16	36	1.93
8834510--8834665	49	3.2	48	72	7	145	28	13	33	24	1.93
8848410--8848457	21	2.3	21	85	0	60	41	20	8	29	1.81
8849217--8849452	90	2.6	90	89	2	350	27	27	19	25	1.99
8851811--8851872	29	2.1	29	93	0	106	29	0	9	61	1.28
8852228--8852285	29	2.0	29	96	0	107	15	22	6	55	1.64
8855057--8855104	17	2.7	18	80	6	62	29	4	2	64	1.23
8855164--8855236	31	2.4	32	78	17	84	30	6	1	61	1.30
8857448--8857540	31	3.0	30	84	10	118	33	21	5	39	1.76
8858445--8858503	21	2.8	21	78	0	64	18	27	25	28	1.98
8858429--8858503	21	3.6	21	73	5	55	17	30	25	26	1.97
8859420--8859494	34	2.2	34	85	0	96	34	34	14	16	1.89
8861110--8861139	5	6.0	5	92	0	51	40	3	0	56	1.16
8864107--8864139	17	1.9	17	88	11	50	72	3	6	18	1.18
8865308--8865358	24	2.1	24	88	0	75	19	25	23	31	1.98
8865313--8865364	24	2.2	24	82	0	59	21	28	19	30	1.97
8879325--8879360	16	2.3	15	86	9	54	0	16	0	83	0.65
8888348--8888530	42	4.3	42	88	2	242	35	8	27	27	1.87
8888259--8888530	84	3.2	83	78	7	280	36	9	26	27	1.87
8896008--8896225	57	3.8	57	85	0	267	31	26	18	23	1.97
8896949--8897146	100	2.0	98	96	2	360	32	8	16	42	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8897998--8898081	43	2.0	43	100	0	168	23	28	13	34	1.92
8898522--8898561	19	2.0	19	85	9	53	32	2	2	62	1.22
8899335--8899465	37	3.6	37	81	3	149	31	18	9	40	1.83
8902775--8902815	21	1.9	22	90	5	66	24	12	26	36	1.91
8904485--8904775	52	5.6	52	86	1	388	35	21	15	27	1.94
8911087--8911272	58	3.2	58	91	2	284	39	17	16	26	1.90
8911087--8911308	29	7.7	29	80	4	225	41	17	15	25	1.89
8911087--8911308	58	3.8	58	87	1	259	41	17	15	25	1.89
8912427--8912574	42	3.5	41	83	4	170	36	9	25	29	1.87
8912497--8912560	21	3.0	21	64	31	55	35	7	26	29	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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