genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032250.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39602670

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--23616	7	3360.9	7	96	2	42557	43	43	0	13	1.45
23241--24045	7	118.6	7	87	7	531	33	55	11	0	1.35
36989--37026	7	5.3	7	90	6	58	13	60	23	2	1.45
36989--37026	15	2.6	15	91	4	60	13	60	23	2	1.45
37405--37436	13	2.4	13	94	5	55	21	0	21	56	1.43
41688--41851	35	4.8	36	80	7	182	32	14	29	23	1.94
48151--48274	62	2.0	62	98	0	239	29	21	14	34	1.93
51122--51149	14	2.0	14	100	0	56	35	14	14	35	1.86
60807--60858	4	13.0	4	79	0	50	44	25	9	21	1.82
66252--66280	9	3.0	10	90	10	51	10	0	0	89	0.48
66253--66278	9	2.9	9	100	0	52	7	0	0	92	0.39
75017--75083	20	3.2	21	85	8	93	11	2	11	73	1.21
75200--75246	17	2.7	18	87	6	62	19	0	10	70	1.16
78900--78968	20	3.5	19	88	7	95	55	7	0	37	1.28
84802--84976	90	1.9	90	100	0	350	49	8	17	25	1.73
87521--87572	21	2.5	21	79	17	63	34	1	1	61	1.18
98234--98276	20	2.2	20	83	8	52	27	2	11	58	1.46
99919--99955	6	6.2	6	93	0	56	10	54	16	18	1.71
116022--116103	25	3.2	25	66	10	74	19	9	14	56	1.66
116032--116116	28	3.1	28	66	10	86	17	9	16	56	1.66
116015--116116	53	1.9	53	100	0	204	19	9	15	54	1.68
126462--126496	2	18.0	2	88	5	54	45	2	51	0	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129437--129480	15	2.8	16	82	6	54	50	0	13	36	1.42
129893--129943	24	2.1	24	82	7	59	39	0	0	60	0.97
131399--131429	8	3.8	8	91	8	53	67	0	0	32	0.91
131400--131460	9	6.8	9	75	5	61	62	0	0	37	0.96
137486--137510	8	3.1	8	100	0	50	40	0	0	60	0.97
138695--138729	12	2.9	12	91	0	52	5	37	20	37	1.76
138695--138729	18	1.9	18	88	0	52	5	37	20	37	1.76
142987--143034	18	2.7	18	83	0	60	31	6	31	31	1.82
159385--159474	10	9.4	10	74	17	59	67	2	2	27	1.14
159411--159485	20	3.8	20	76	13	75	66	2	1	29	1.13
159385--159485	20	5.3	19	72	18	61	68	2	1	26	1.15
159644--159688	20	2.2	21	84	11	58	28	8	0	62	1.25
159652--159693	20	2.1	19	86	8	57	19	7	0	73	1.05
159737--159805	18	3.8	18	70	12	52	33	5	2	57	1.37
159775--159847	9	7.8	9	72	14	58	32	1	1	64	1.11
159775--159846	19	3.8	19	70	12	58	33	1	1	63	1.11
159755--159848	30	3.3	28	76	16	95	35	3	1	60	1.20
163837--163875	16	2.4	16	86	4	51	10	2	7	79	1.02
163887--163940	22	2.4	22	84	6	63	7	33	18	40	1.78
166090--166248	83	1.9	83	88	2	239	28	18	15	37	1.91
166808--166854	23	2.0	23	100	0	94	44	21	4	29	1.71
166902--166968	30	2.2	30	97	0	125	52	17	10	19	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176086--176110	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
187675--187732	29	2.0	29	86	0	80	44	13	10	31	1.78
196822--196863	18	2.3	18	84	12	50	30	11	0	57	1.35
209383--209498	57	2.1	55	82	6	135	37	17	14	30	1.90
209448--209750	121	2.5	121	81	6	312	29	16	15	39	1.89
209448--209761	60	5.2	59	71	15	191	28	16	15	39	1.89
209600--209753	62	2.5	61	73	11	161	29	13	13	42	1.83
209936--210111	57	3.1	56	76	8	169	36	15	15	32	1.89
210130--210163	16	2.2	16	89	5	52	61	5	0	32	1.20
219845--219997	23	6.6	23	77	9	132	44	20	22	12	1.85
219893--220018	46	2.7	47	80	6	139	44	21	22	11	1.84
219845--219994	69	2.1	67	83	11	187	44	20	22	12	1.85
219892--220018	23	5.4	23	82	5	112	44	21	22	11	1.84
222328--222369	20	2.1	20	82	8	50	64	0	2	33	1.07
226780--227138	184	2.0	182	80	2	414	33	8	12	44	1.74
239362--239428	32	2.1	32	85	0	89	28	1	22	47	1.60
239440--239526	44	2.0	43	90	2	138	24	2	31	42	1.67
240252--240426	87	2.0	87	94	0	305	16	13	26	44	1.84
240668--240712	22	2.0	22	100	0	90	13	8	22	55	1.65
243802--243856	18	3.1	18	75	0	56	18	67	0	14	1.24
243771--243909	72	1.9	72	80	2	163	23	57	0	17	1.45
243839--244119	90	3.2	87	70	18	269	27	50	1	20	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243977--244063	36	2.4	35	85	11	106	27	49	2	20	1.61
244628--244756	64	2.0	64	98	0	249	53	20	12	13	1.71
245850--245952	44	2.4	45	79	15	126	43	33	1	21	1.64
249049--249104	24	2.3	25	87	9	89	32	26	19	21	1.97
252464--252503	20	2.0	20	95	4	73	60	0	2	37	1.11
252456--252511	20	2.5	24	70	29	59	51	0	5	42	1.24
256780--257138	184	2.0	182	80	2	414	33	8	12	44	1.74
265779--265913	31	4.5	30	66	9	96	21	18	21	38	1.93
267211--267235	13	1.9	13	100	0	50	80	12	8	0	0.92
268619--268644	13	2.0	13	100	0	52	30	15	7	46	1.74
268953--269004	25	2.1	24	86	10	70	13	40	3	42	1.62
270219--270264	18	2.6	18	85	0	65	36	0	2	60	1.09
270222--270270	19	2.7	18	81	6	55	32	2	2	63	1.17
271353--271396	3	14.7	3	95	0	79	63	0	34	2	1.07
274411--274463	27	1.9	27	81	11	63	58	1	1	37	1.20
274978--275018	19	2.2	19	86	8	57	21	24	0	53	1.46
279620--279667	23	2.2	21	88	7	69	45	12	6	35	1.67
285388--285533	58	2.5	58	84	6	188	45	2	1	50	1.21
285702--285773	16	4.5	16	83	0	99	26	26	5	41	1.77
309092--309132	20	2.0	20	86	9	57	56	0	7	36	1.27
318531--318557	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
339273--339557	141	2.0	140	91	4	466	25	22	21	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
365179--365232	23	2.3	23	84	6	65	42	18	31	7	1.78
365189--365238	23	2.1	23	85	3	64	48	18	26	8	1.75
378808--378865	26	2.2	26	93	0	98	41	22	12	24	1.87
379280--379351	28	2.4	31	79	9	96	48	0	1	50	1.09
379288--379330	12	3.2	13	79	20	52	39	0	0	60	0.97
379282--379358	30	2.7	29	83	4	84	46	0	1	51	1.09
379280--379358	29	2.7	28	76	7	86	46	0	1	51	1.08
379604--379633	15	2.0	15	93	0	51	63	13	16	6	1.50
380009--380093	11	7.6	11	71	17	68	50	0	0	49	1.00
380009--380093	20	4.3	20	73	16	72	50	0	0	49	1.00
380012--380084	22	3.0	25	75	18	91	50	0	0	49	1.00
380040--380088	20	2.4	20	90	10	73	55	0	0	44	0.99
380010--380085	26	3.1	26	73	24	92	51	0	0	48	1.00
380238--380286	26	1.9	26	83	4	64	65	8	10	16	1.46
384339--384420	30	2.8	30	88	1	121	48	4	13	32	1.63
384340--384431	30	3.1	30	84	3	89	50	6	13	30	1.66
384747--384884	69	2.0	69	89	0	213	36	11	8	42	1.72
385953--385992	21	1.9	21	85	10	55	50	7	2	40	1.44
393839--393876	18	2.0	20	85	10	53	42	36	15	5	1.70
396970--397041	29	2.5	28	70	16	67	61	0	0	38	0.96
397184--397227	23	2.0	22	90	4	70	50	0	0	50	1.00
397516--397575	19	3.3	19	79	11	72	40	5	1	53	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
397525--397570	2	23.5	2	84	4	58	45	2	0	52	1.13
406882--406921	9	4.6	9	87	6	64	45	22	10	22	1.82
406886--406920	17	2.1	17	94	0	61	45	22	8	22	1.79
420393--420483	38	2.3	38	75	15	96	62	6	0	30	1.20
420604--420711	12	9.3	12	75	9	91	69	16	4	9	1.32
420590--420675	44	2.0	44	88	4	129	67	16	4	11	1.38
420590--420687	44	2.2	44	85	3	126	68	16	4	11	1.34
420726--420785	23	2.7	22	80	16	70	71	15	3	10	1.25
421175--421226	26	2.0	26	84	0	68	26	1	5	65	1.26
422331--422386	25	2.2	25	84	9	78	17	0	12	69	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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