genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032250.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39602670

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   

This is table  67  of  125  ( 14887 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20758514--20758538	11	2.3	11	100	0	50	8	8	0	84	0.79
20759003--20759210	99	2.1	98	84	9	262	38	4	11	44	1.62
20759093--20759482	51	7.7	51	68	15	166	41	4	10	44	1.58
20759089--20759488	152	2.6	154	90	3	632	41	4	10	43	1.58
20759377--20759482	49	2.2	48	80	8	115	38	2	9	49	1.50
20760052--20760095	23	1.9	23	85	0	61	22	2	9	65	1.32
20760472--20760947	243	2.0	238	91	2	774	37	6	13	42	1.70
20763039--20763081	22	2.0	22	81	9	52	16	2	6	74	1.14
20764559--20764601	17	2.5	17	92	3	68	20	2	4	72	1.14
20766873--20766912	20	2.0	20	95	0	71	40	5	22	32	1.76
20768270--20768313	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
20768911--20768952	17	2.5	17	88	0	57	59	11	11	16	1.61
20768911--20768959	17	2.9	17	79	11	55	59	12	12	16	1.62
20783797--20783835	17	2.4	17	91	4	62	56	15	12	15	1.68
20797849--20797902	20	2.6	21	83	13	67	75	3	9	11	1.15
20802240--20802279	18	2.2	18	86	0	53	17	20	25	37	1.94
20811059--20811100	21	2.0	21	81	9	50	47	7	0	45	1.30
20816167--20816236	26	2.5	27	78	13	70	51	0	2	45	1.16
20829136--20829177	15	2.9	15	89	3	68	59	0	30	9	1.29
20829545--20829610	34	1.9	34	82	11	82	34	4	0	60	1.17
20832008--20832046	20	1.9	21	84	5	53	61	7	10	20	1.52
20835192--20835250	26	2.2	28	81	9	77	44	20	11	23	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20839206--20839304	28	3.5	27	77	8	90	19	13	28	39	1.89
20839482--20839537	25	2.2	25	93	0	94	26	17	26	28	1.98
20841459--20841574	35	3.3	35	90	4	187	59	2	6	31	1.37
20841457--20841576	37	3.3	37	88	4	190	59	2	6	31	1.37
20845852--20845899	3	16.0	3	95	0	87	33	2	0	64	1.05
20846738--20846794	18	3.2	17	82	7	69	52	0	0	47	1.00
20846748--20846793	20	2.2	20	84	3	56	54	0	0	45	0.99
20853931--20853987	18	3.2	17	78	7	51	52	3	0	43	1.18
20867175--20867207	16	2.1	16	88	11	50	72	0	27	0	0.85
20876993--20877052	3	19.7	3	80	10	59	0	25	0	75	0.81
20876995--20877041	9	5.1	9	89	5	76	0	21	0	78	0.75
20876993--20877051	9	6.0	10	86	9	70	0	23	0	76	0.79
20880506--20880583	39	2.0	39	100	0	156	41	10	12	35	1.77
20896285--20896731	222	2.0	222	96	0	831	28	15	22	32	1.95
20897176--20897224	14	3.5	14	88	0	71	16	6	4	73	1.19
20904815--20904841	6	4.5	6	100	0	54	85	0	14	0	0.61
20912718--20912757	20	2.0	20	85	9	55	35	10	12	42	1.76
20915829--20915862	9	3.8	9	85	14	52	0	20	0	79	0.73
20930381--20930433	17	3.1	17	77	0	52	49	15	18	16	1.80
20936231--20936278	17	2.8	16	81	12	60	58	6	14	20	1.58
20941878--20941919	12	3.7	11	84	15	59	2	19	0	78	0.86
20941878--20941919	22	1.9	22	85	9	59	2	19	0	78	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20951742--20951809	16	4.0	16	70	25	50	35	33	17	13	1.89
20951746--20952073	37	8.9	37	91	0	451	39	31	19	10	1.84
20951968--20952068	16	5.7	16	68	24	60	38	30	20	9	1.85
20951947--20952015	21	3.5	21	67	18	67	40	33	18	7	1.78
20959164--20959285	37	3.3	36	83	4	145	40	32	17	9	1.82
20959255--20959302	21	2.2	22	85	11	71	52	31	10	6	1.60
20959262--20959307	21	2.2	21	100	0	92	45	34	13	6	1.69
20959274--20959364	37	2.5	37	90	0	146	43	28	17	9	1.81
20959295--20959359	16	3.8	16	70	18	58	40	29	18	12	1.87
20959218--20959344	58	2.2	58	84	2	157	45	30	14	9	1.76
20976179--20976297	46	2.5	46	82	2	139	20	13	22	43	1.86
20976179--20976307	47	2.8	46	84	2	159	19	12	24	44	1.85
20976176--20976324	47	3.2	46	78	5	138	21	14	22	42	1.88
20977747--20977787	15	2.7	15	84	0	55	26	4	34	34	1.78
20983774--20983846	33	2.2	33	90	0	110	46	5	27	20	1.72
20983773--20983854	33	2.3	35	81	12	105	48	4	28	18	1.68
20987192--20987239	15	3.2	15	85	5	53	35	8	27	29	1.86
20993351--20993611	116	2.2	116	88	2	380	36	29	8	24	1.86
20994104--20994208	36	2.9	36	89	1	156	20	27	16	36	1.93
21002190--21002232	21	2.0	21	100	0	86	37	9	23	30	1.86
21005341--21005445	47	2.2	47	77	3	113	24	12	19	43	1.85
21008091--21008155	28	2.3	29	86	7	89	23	10	10	55	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21026281--21026953	50	13.6	50	74	9	400	34	17	32	15	1.91
21026270--21026947	149	4.6	149	76	6	574	34	17	32	16	1.92
21026275--21026953	198	3.4	198	80	3	688	34	16	32	16	1.91
21026275--21026953	99	6.8	99	79	2	603	34	16	32	16	1.91
21029151--21029375	29	7.8	30	76	12	145	36	26	5	31	1.80
21029239--21029369	29	4.6	28	85	6	149	36	30	4	28	1.77
21029263--21029388	56	2.2	58	90	2	193	38	30	3	26	1.75
21029263--21029388	29	4.4	29	85	4	175	38	30	3	26	1.75
21031710--21031831	23	5.3	22	77	11	95	44	19	22	13	1.85
21031753--21031831	23	3.4	23	91	0	113	46	21	20	11	1.81
21038866--21038991	23	5.5	23	77	10	105	43	20	23	12	1.86
21045618--21045646	13	2.3	13	94	5	51	37	0	0	62	0.96
21047222--21047246	12	2.1	12	100	0	50	32	0	16	52	1.44
21067909--21067947	21	1.9	21	89	5	62	12	12	7	66	1.43
21070831--21070888	31	1.9	30	83	16	75	77	0	18	3	0.91
21070837--21070885	24	2.0	26	84	15	68	77	0	18	4	0.92
21075632--21075680	21	2.3	21	78	0	53	26	22	16	34	1.95
21082863--21082919	21	2.7	21	71	10	53	29	19	15	35	1.93
21087494--21087523	12	2.5	12	94	0	51	50	3	10	36	1.53
21093246--21093286	11	3.8	11	83	6	57	56	0	0	43	0.99
21093246--21093286	21	1.9	22	85	5	57	56	0	0	43	0.99
21093271--21093310	16	2.4	18	88	12	59	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21094315--21094350	16	2.2	16	90	0	54	27	0	2	69	1.02
21094315--21094372	26	2.3	26	88	5	84	31	0	3	65	1.09
21094362--21094395	16	2.1	17	88	5	52	47	2	5	44	1.42
21097448--21097478	12	2.6	12	94	0	53	9	41	3	45	1.53
21103654--21103701	18	2.7	18	76	0	51	16	10	35	37	1.83
21104721--21104769	24	2.0	24	92	0	80	16	48	16	18	1.81
21109874--21109961	44	2.0	44	100	0	176	38	9	6	45	1.63
21113973--21114010	17	2.2	17	90	0	58	18	10	15	55	1.68
21114013--21114047	17	2.1	17	89	5	54	20	14	14	51	1.76
21120748--21120816	27	2.6	27	84	13	90	65	8	4	21	1.38
21120748--21120815	26	2.6	28	86	11	92	64	8	4	22	1.40
21120755--21120818	28	2.3	28	81	5	85	65	9	4	20	1.39
21122840--21122908	26	2.7	26	72	4	68	26	18	23	31	1.97
21124020--21124072	22	2.4	22	93	0	97	13	7	11	67	1.40
21124997--21125149	76	2.0	76	98	0	297	39	20	14	25	1.91
21132007--21132083	17	4.5	17	77	4	57	24	23	7	44	1.80
21138299--21138331	13	2.5	13	100	0	66	42	0	0	57	0.98
21140927--21141008	42	2.0	41	83	9	103	45	1	2	51	1.22
21142884--21142941	27	2.1	27	87	0	80	56	5	0	37	1.21
21144480--21144686	50	4.1	50	80	0	252	19	27	15	37	1.92
21144542--21144626	24	3.5	24	68	6	62	18	30	14	36	1.91
21147645--21147791	49	3.0	49	86	3	188	27	12	8	51	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21149219--21149290	21	3.4	21	75	11	58	34	25	11	29	1.90
21152244--21152277	13	2.5	14	85	4	52	32	20	5	41	1.76
21159655--21159705	25	2.0	26	88	3	77	62	0	37	0	0.95
21160117--21160164	17	2.8	17	77	0	51	22	16	8	52	1.71
21168349--21168564	41	5.2	41	85	3	274	26	25	10	37	1.88
21177826--21177868	17	2.5	17	88	0	59	16	11	16	55	1.68
21181077--21181436	192	1.9	192	84	3	483	26	27	17	28	1.98
21194233--21194283	16	3.1	16	81	13	52	66	1	29	1	1.13
21195296--21195478	2	93.0	2	75	3	138	47	7	3	41	1.49
21195294--21195375	23	3.6	23	81	8	96	51	6	1	41	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125