genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032250.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39602670

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  31  of  125  ( 14887 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8912506--8912572	18	3.4	18	67	21	53	37	5	23	32	1.79
8913694--8913773	40	2.1	38	83	4	97	27	18	16	37	1.92
8914290--8914576	55	5.2	55	81	2	301	27	37	17	17	1.92
8914237--8914576	110	3.1	110	79	5	341	27	36	17	18	1.93
8914375--8914607	55	4.2	56	80	2	229	26	37	16	19	1.92
8916760--8916851	29	3.2	29	82	0	112	40	18	17	23	1.91
8916780--8916867	29	3.0	29	81	0	104	38	18	15	27	1.91
8916789--8916921	70	1.9	70	88	0	203	40	16	15	27	1.89
8916818--8916908	41	2.2	41	90	0	137	40	16	15	27	1.88
8916869--8916925	17	3.6	17	68	22	61	42	19	14	24	1.88
8916859--8916961	29	3.6	29	81	2	118	41	16	15	26	1.88
8917723--8917840	55	2.1	55	82	3	139	27	36	14	22	1.92
8917814--8917953	56	2.5	55	80	4	156	26	32	18	22	1.97
8919439--8919498	18	3.6	17	74	17	54	25	3	3	68	1.20
8920999--8921040	15	2.8	15	82	10	50	73	4	2	19	1.12
8921434--8921475	17	2.5	17	100	0	84	28	19	16	35	1.93
8921891--8922058	66	2.5	66	100	0	336	22	24	14	39	1.91
8922021--8922847	49	16.9	49	73	6	415	18	22	18	40	1.91
8922045--8922454	146	2.8	146	80	4	362	17	23	17	41	1.90
8923898--8923954	18	3.4	16	81	15	62	0	19	0	80	0.71
8923908--8923953	6	7.8	6	78	11	51	0	19	0	80	0.71
8923890--8923954	22	3.0	22	85	12	82	0	18	1	80	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8923949--8924038	46	2.0	46	90	0	144	18	22	13	45	1.84
8932128--8932156	15	1.9	15	100	0	58	62	10	13	13	1.55
8932963--8933045	29	2.9	29	77	8	82	59	4	4	31	1.40
8933181--8933229	24	2.0	24	84	7	64	71	0	2	26	0.97
8933299--8933384	30	2.9	31	80	11	92	79	5	0	15	0.92
8933328--8933380	13	3.9	13	72	18	54	81	3	0	15	0.83
8933318--8933384	7	9.6	7	75	19	52	79	4	0	16	0.90
8933432--8933482	24	2.1	23	82	13	59	66	5	1	25	1.24
8937925--8937979	21	2.6	21	85	2	65	36	32	12	18	1.88
8940087--8940132	16	3.0	16	84	9	60	63	0	36	0	0.95
8940108--8940135	7	4.0	7	100	0	56	71	0	28	0	0.86
8941197--8941262	31	2.2	30	78	10	73	51	6	1	40	1.36
8941212--8941266	16	3.4	16	80	19	69	56	1	1	40	1.21
8943569--8943644	35	2.2	35	82	0	98	27	10	13	48	1.75
8944114--8944151	16	2.4	16	95	0	67	31	13	13	42	1.82
8944715--8944739	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
8945849--8945912	31	2.1	31	90	0	101	37	23	15	23	1.93
8950623--8950658	18	2.1	17	89	5	54	25	0	8	66	1.19
8953803--8953840	19	2.0	19	85	10	51	31	0	2	65	1.06
8955309--8955335	14	1.9	14	100	0	54	14	14	0	70	1.17
8955422--8955480	32	1.9	30	86	6	82	45	5	6	42	1.52
8958001--8958092	45	2.0	45	91	0	148	30	22	17	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8967384--8967423	19	2.2	17	86	8	53	35	0	12	52	1.39
8967389--8967432	19	2.4	19	84	3	54	36	0	20	43	1.52
8971878--8971921	19	2.2	20	88	4	63	34	34	9	22	1.86
8977631--8977670	17	2.2	19	86	8	57	52	12	0	35	1.39
8977662--8977721	30	2.0	30	100	0	120	33	10	10	46	1.71
8978266--8978322	27	2.2	26	84	9	71	52	17	8	21	1.71
8979052--8979166	59	2.0	59	92	1	196	34	5	24	35	1.78
8979504--8979701	58	3.3	60	79	6	197	36	23	4	34	1.76
8979513--8979674	29	5.5	30	83	7	181	36	22	4	35	1.76
8979504--8979699	29	6.6	29	80	6	162	37	23	4	34	1.76
8979524--8979737	119	1.8	118	79	7	254	36	25	4	34	1.75
8992021--8992574	78	7.1	78	81	3	497	23	29	20	26	1.99
8992025--8992576	39	14.2	38	71	6	246	23	29	20	26	1.99
8992220--8992576	117	3.1	116	72	11	275	22	29	21	26	1.99
8994481--8994616	30	4.6	29	81	8	123	36	23	2	37	1.70
8998193--8998275	22	3.8	21	75	10	69	39	2	2	55	1.26
8998208--8998259	5	9.6	5	76	15	50	40	1	1	55	1.22
8998198--8998259	11	5.5	11	77	9	54	37	3	3	56	1.32
8998198--8998252	17	3.3	16	77	7	56	36	3	3	56	1.34
8998208--8998272	28	2.4	28	82	7	71	41	1	1	55	1.18
8998300--8998372	37	1.9	39	84	15	100	39	31	15	13	1.86
8999114--8999166	21	2.4	22	81	12	56	50	3	0	45	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8999936--9000257	162	2.0	162	92	0	536	26	19	13	41	1.87
9000428--9000835	59	6.9	59	90	2	606	32	31	3	33	1.75
9004357--9004429	36	2.0	36	97	0	137	31	20	16	31	1.95
9004683--9004737	24	2.3	25	81	6	69	47	0	0	52	1.00
9004685--9004743	24	2.5	24	78	8	68	47	0	0	52	1.00
9004708--9004785	29	2.6	29	81	8	75	41	0	3	55	1.18
9007393--9007681	30	9.8	30	80	8	306	34	25	4	35	1.77
9007393--9007749	90	4.0	87	80	7	287	33	26	4	35	1.77
9007708--9008030	146	2.2	146	80	6	377	30	22	7	38	1.83
9013739--9013837	51	1.9	52	93	4	175	50	3	7	39	1.45
9013989--9014181	94	2.1	94	98	0	377	38	24	11	24	1.89
9034352--9034391	13	2.8	15	81	14	57	77	0	5	17	0.94
9035615--9035657	21	2.0	22	86	4	61	0	32	2	65	1.06
9043474--9043506	14	2.3	15	90	10	52	75	0	12	12	1.04
9044162--9044195	14	2.3	15	85	15	52	52	5	5	35	1.50
9044166--9044195	14	2.1	15	93	6	53	50	6	6	36	1.55
9044444--9044639	59	3.3	59	90	2	288	38	3	25	32	1.73
9044498--9044764	30	9.1	29	75	12	165	37	2	23	36	1.69
9044603--9044769	60	2.8	59	86	7	225	35	2	22	38	1.68
9045838--9045883	23	2.0	22	87	4	65	39	2	2	56	1.24
9046541--9046634	17	5.6	17	82	9	106	53	2	0	44	1.12
9046557--9046634	6	14.0	6	76	15	87	53	2	0	43	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9046557--9046634	11	7.0	12	77	15	87	53	2	0	43	1.14
9046542--9046636	11	8.1	11	69	21	59	53	2	0	44	1.12
9046668--9046734	31	2.2	31	97	0	125	14	28	20	35	1.93
9046921--9047422	92	5.5	92	97	0	914	33	17	15	33	1.91
9059313--9059444	29	4.5	29	71	20	96	40	3	23	32	1.70
9059165--9059444	59	4.7	58	82	7	314	39	3	25	32	1.73
9059184--9059444	117	2.2	117	85	6	341	38	3	25	31	1.74
9059410--9059623	30	7.2	30	78	11	219	37	1	21	38	1.63
9059410--9059624	60	3.6	60	92	3	339	37	1	21	39	1.63
9060621--9060661	3	13.7	3	89	0	64	31	2	2	63	1.20
9061321--9061414	17	5.6	17	82	9	106	53	2	0	44	1.12
9061337--9061414	6	14.0	6	76	15	87	53	2	0	43	1.14
9061337--9061414	11	7.0	12	77	15	87	53	2	0	43	1.14
9061322--9061416	11	8.1	11	69	21	59	53	2	0	44	1.12
9070420--9070451	16	2.0	16	93	0	55	53	0	0	46	1.00
9070587--9070633	24	2.0	24	83	8	60	44	8	6	40	1.60
9078481--9078526	17	2.5	19	76	20	53	63	2	34	0	1.07
9079558--9079603	14	3.2	14	77	22	51	82	0	15	2	0.76
9079562--9079598	19	1.9	19	89	10	58	78	0	18	2	0.87
9085433--9085552	28	4.3	28	76	6	86	35	20	15	28	1.93
9085418--9085535	28	4.3	26	74	9	74	32	23	16	27	1.96
9085418--9085535	55	2.2	56	80	7	127	32	23	16	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9088135--9088175	12	3.5	12	81	15	50	12	7	2	78	1.06
9094251--9094296	12	3.8	12	83	13	51	13	10	6	69	1.35
9097593--9097633	16	2.6	16	92	0	64	56	24	2	17	1.53
9101219--9101342	19	6.5	19	65	18	60	58	7	0	33	1.31
9101213--9101350	9	14.7	9	66	13	55	60	7	0	31	1.29
9101288--9101383	37	2.6	36	78	16	92	61	8	1	29	1.32
9101370--9101444	27	2.8	25	76	11	62	62	4	1	32	1.22
9101649--9101712	31	2.0	33	81	6	78	29	3	15	51	1.59
9102482--9102542	30	2.1	30	87	9	90	29	1	8	60	1.35
9102487--9102547	10	6.1	10	77	7	61	29	1	6	62	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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