genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032250.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39602670

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   

This is table  48  of  125  ( 14887 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14761552--14761613	11	5.8	11	77	7	56	40	4	1	53	1.32
14761562--14761634	6	12.0	6	76	17	71	45	4	0	50	1.20
14761562--14761629	31	2.3	29	92	5	109	42	4	0	52	1.21
14762818--14762866	14	3.5	14	75	8	55	75	2	8	14	1.12
14763716--14764086	59	6.3	58	87	4	478	33	28	2	34	1.73
14763741--14764081	29	11.6	29	69	19	199	33	29	2	34	1.72
14765564--14765635	32	2.3	32	83	9	87	33	2	2	61	1.25
14765466--14765658	100	1.9	98	83	4	244	35	7	4	52	1.51
14766555--14766727	29	5.9	29	82	3	195	35	20	2	41	1.65
14766555--14766752	29	6.8	28	81	7	191	35	19	2	42	1.63
14766550--14766770	58	3.8	59	81	4	232	33	21	2	41	1.68
14766790--14766871	29	2.8	29	81	9	94	39	20	1	39	1.61
14769514--14769879	100	3.7	99	78	9	354	25	15	21	37	1.92
14778086--14778180	17	5.5	17	73	9	68	36	4	6	52	1.46
14780052--14780199	30	5.0	28	70	10	98	35	26	4	34	1.75
14780053--14780281	29	7.8	28	73	10	138	35	25	4	34	1.76
14780149--14780368	58	3.8	58	73	11	164	34	24	4	37	1.75
14782902--14783024	65	1.9	64	80	8	142	64	8	10	16	1.49
14787828--14787865	19	2.0	20	84	5	51	63	0	2	34	1.09
14787885--14787976	29	3.2	29	75	14	100	59	2	8	29	1.39
14788201--14788271	9	7.4	9	76	10	70	28	2	2	66	1.20
14788201--14788272	19	3.7	19	78	12	76	27	2	2	66	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14788201--14788272	10	7.4	10	78	12	71	27	2	2	66	1.19
14788246--14788338	26	3.6	25	79	11	91	30	3	0	66	1.07
14788273--14788331	25	2.3	26	88	5	77	33	1	0	64	1.04
14788257--14788340	26	3.3	26	81	8	100	29	2	0	67	1.03
14788479--14788675	86	2.2	90	79	9	208	42	7	13	36	1.72
14797003--14797667	332	2.0	332	95	0	1186	35	24	10	28	1.89
14798111--14798227	48	2.4	48	84	7	121	28	25	23	23	1.99
14798125--14798235	24	4.6	24	89	4	161	26	24	24	25	2.00
14815739--14815785	20	2.3	21	88	3	69	55	4	10	29	1.53
14815750--14815798	20	2.5	20	86	0	62	53	2	14	30	1.52
14818177--14818247	29	2.4	29	80	0	79	19	4	23	52	1.64
14823348--14823414	31	2.2	31	89	7	102	41	5	4	47	1.48
14825074--14825139	14	4.3	15	73	19	55	45	0	1	53	1.09
14825158--14825194	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
14825518--14825568	22	2.3	22	93	0	84	27	21	13	37	1.91
14829677--14829725	25	2.0	25	83	0	62	51	10	2	36	1.48
14834498--14834548	21	2.4	21	87	6	68	33	23	13	29	1.93
14846633--14846665	7	4.9	7	88	7	50	15	3	15	66	1.37
14846633--14846665	13	2.5	13	95	5	57	15	3	15	66	1.37
14849920--14850160	52	4.8	50	69	18	162	43	1	7	47	1.41
14849717--14850364	149	4.4	149	84	8	765	42	3	9	44	1.54
14849828--14850364	150	3.6	146	88	7	731	42	2	10	44	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14850107--14850160	20	2.6	20	73	5	54	37	0	5	57	1.22
14851303--14851342	21	1.9	21	85	10	55	57	0	10	32	1.32
14851410--14851892	239	2.0	240	94	1	853	37	6	14	41	1.72
14860062--14860090	14	2.1	14	100	0	58	13	0	27	58	1.36
14863378--14863419	12	3.6	12	75	18	52	80	0	9	9	0.89
14863825--14864325	42	11.9	42	87	2	630	20	20	23	34	1.97
14863825--14864325	126	4.0	126	88	0	696	20	20	23	34	1.97
14864772--14864823	3	17.0	3	96	4	95	34	0	0	65	0.93
14865229--14865433	96	2.1	97	85	7	276	42	3	10	42	1.58
14865249--14865496	96	2.6	96	79	7	227	42	3	8	45	1.50
14865320--14865696	148	2.5	148	85	4	528	40	2	10	46	1.50
14865548--14865589	22	1.9	22	85	9	59	57	0	7	35	1.26
14865320--14865713	150	2.7	148	86	4	530	41	2	10	46	1.51
14866733--14867197	243	1.9	244	91	1	770	36	7	13	41	1.73
14871995--14872027	16	2.1	16	100	0	66	45	24	6	24	1.75
14873290--14873420	24	5.5	24	78	0	145	33	16	26	23	1.95
14873274--14873434	24	6.7	24	75	0	133	32	15	27	24	1.95
14873274--14873434	72	2.2	72	76	0	169	32	15	27	24	1.95
14873274--14873434	48	3.4	48	86	0	214	32	15	27	24	1.95
14874113--14874155	21	2.0	22	86	4	61	32	25	16	25	1.96
14880757--14880908	80	1.9	80	83	2	198	33	23	20	23	1.97
14882002--14882026	5	5.0	5	100	0	50	0	20	0	80	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14897531--14897600	23	3.0	23	80	2	86	44	15	10	30	1.79
14898726--14898764	15	2.6	15	83	0	51	25	33	5	35	1.78
14898954--14899011	28	2.1	28	100	0	116	34	3	22	39	1.71
14898954--14898996	14	3.1	14	74	12	52	34	2	23	39	1.67
14898964--14899010	14	3.4	14	77	11	60	40	4	17	38	1.69
14902071--14902108	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
14912994--14913043	24	2.1	23	82	10	57	34	6	2	58	1.34
14913013--14913126	57	1.9	59	84	13	155	42	1	1	53	1.21
14913294--14913324	16	1.9	16	100	0	62	25	22	6	45	1.76
14917576--14917813	51	4.6	51	85	5	293	31	13	23	31	1.93
14918492--14918544	21	2.5	21	100	0	106	28	13	30	28	1.94
14921976--14922208	89	2.6	87	81	9	281	36	18	8	36	1.82
14922287--14922484	9	20.8	9	68	14	78	62	1	3	32	1.21
14922287--14922484	20	10.4	18	65	16	78	62	1	3	32	1.21
14922286--14922392	29	3.7	29	87	1	144	61	0	1	35	1.13
14922273--14922396	29	4.4	28	83	5	142	63	1	1	33	1.13
14922346--14922465	48	2.5	46	80	15	154	63	1	4	30	1.23
14922720--14922776	10	5.9	10	71	8	55	35	0	1	63	1.05
14922703--14922782	39	2.1	37	86	4	106	33	2	1	62	1.16
14922720--14922791	9	7.9	9	74	13	58	30	0	2	66	1.06
14922957--14923143	88	2.1	87	81	3	205	34	10	17	36	1.85
14932430--14932482	7	7.7	7	82	4	54	20	24	20	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14932437--14932498	20	3.1	20	79	6	72	19	20	19	40	1.92
14932430--14932485	27	2.1	27	93	0	94	19	23	19	37	1.94
14933636--14933677	22	1.9	22	85	9	59	16	2	21	59	1.48
14933632--14933688	22	2.5	22	78	10	53	22	3	15	57	1.53
14939554--14939634	24	3.4	23	89	3	117	27	13	6	53	1.63
14945181--14945345	55	3.0	55	92	0	267	50	13	8	27	1.71
14946270--14946327	21	2.8	21	100	0	116	29	22	13	34	1.93
14976182--14976225	18	2.4	18	80	0	52	68	4	18	9	1.34
14984850--14984897	24	2.0	24	91	0	78	18	25	20	35	1.95
14989026--14989081	18	3.1	18	84	5	69	21	19	28	30	1.98
15019810--15019855	22	2.0	22	83	8	56	71	0	19	8	1.11
15021092--15021138	24	2.0	24	91	0	76	40	8	6	44	1.60
15021772--15021799	11	2.5	11	100	0	56	42	0	7	50	1.30
15022047--15022281	118	2.0	119	89	5	359	49	7	9	33	1.62
15030654--15030728	27	2.9	25	78	11	80	78	0	6	14	0.94
15030682--15030723	13	3.2	13	76	10	50	80	0	7	11	0.88
15036593--15036631	14	2.8	14	88	0	51	51	5	5	38	1.46
15039973--15040146	8	19.9	9	66	23	54	46	2	2	48	1.29
15039945--15040457	18	27.8	18	66	15	135	46	2	3	47	1.31
15039916--15040369	112	4.1	112	93	0	730	46	2	3	46	1.35
15039916--15040384	223	2.1	225	91	1	764	46	2	3	46	1.34
15040282--15040469	12	15.6	12	66	17	86	47	1	1	50	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15040408--15040479	4	18.0	4	72	11	58	44	1	0	54	1.08
15040423--15040482	30	2.1	29	87	6	86	50	1	0	48	1.11
15040308--15040461	62	2.5	62	72	7	150	47	1	0	50	1.17
15040499--15040565	33	2.1	33	97	2	127	43	5	8	41	1.60
15045915--15046071	66	2.4	66	91	0	251	42	17	25	14	1.87
15046057--15046109	21	2.5	21	90	0	79	32	18	47	1	1.60
15046310--15046338	15	1.9	15	100	0	58	13	3	34	48	1.60
15046407--15046630	43	5.3	43	90	4	314	25	23	32	19	1.98
15055880--15055924	21	2.2	21	88	4	65	75	13	4	6	1.15
15059100--15059174	2	37.5	2	100	0	150	49	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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