genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032250.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39602670

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  89  of  125  ( 14887 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27276400--27276511	42	2.6	43	80	5	120	41	16	23	18	1.89
27277670--27277920	30	8.5	28	77	12	168	34	1	25	38	1.64
27277670--27277890	89	2.5	88	80	10	245	34	1	25	38	1.65
27277589--27277920	60	5.6	58	74	11	223	36	1	24	37	1.66
27278476--27278518	2	22.0	2	95	4	79	0	48	0	51	1.00
27279699--27279815	6	19.8	6	66	12	55	55	3	2	38	1.30
27279707--27279810	17	6.1	17	80	2	118	56	3	2	36	1.32
27279725--27279817	35	2.5	36	81	12	107	56	3	2	37	1.27
27280826--27280850	13	1.9	13	100	0	50	28	0	16	56	1.41
27281158--27281202	22	2.1	22	83	4	56	0	6	24	68	1.13
27283042--27283140	26	3.9	25	70	11	76	48	12	0	39	1.40
27283051--27283151	50	2.0	49	90	1	157	47	8	0	43	1.34
27283103--27283203	34	3.0	33	88	5	150	49	10	0	39	1.38
27283374--27283436	6	10.5	6	100	0	126	52	15	0	31	1.44
27289143--27289274	65	2.0	64	83	2	165	40	17	25	16	1.90
27289545--27289676	43	3.1	43	82	4	167	31	17	25	26	1.97
27290392--27290456	23	2.8	23	86	6	78	40	3	3	53	1.32
27290428--27290473	17	2.8	16	83	9	56	39	4	4	52	1.41
27291153--27291197	21	2.1	21	83	0	54	37	6	0	55	1.26
27292287--27292632	30	11.7	30	70	10	142	34	23	5	36	1.79
27292378--27292573	59	3.3	58	70	14	168	35	20	5	39	1.75
27292354--27292632	117	2.4	118	85	1	355	34	23	5	36	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27292665--27292730	30	2.2	31	91	5	109	34	18	4	42	1.70
27292665--27292767	30	3.5	30	82	10	95	34	23	4	36	1.76
27297284--27297328	21	2.1	21	83	0	54	37	6	0	55	1.26
27298376--27298435	31	2.0	30	86	3	84	38	16	1	43	1.58
27298398--27298880	29	16.5	30	70	14	131	34	24	6	34	1.80
27298464--27298912	29	15.3	30	70	12	157	34	24	6	34	1.81
27298408--27298777	118	3.1	118	78	7	360	33	24	7	34	1.83
27298408--27298833	59	7.3	59	74	9	300	34	25	6	33	1.82
27298674--27298860	58	3.2	58	77	9	202	36	25	4	32	1.77
27298839--27298932	30	3.2	28	80	7	98	37	19	4	39	1.71
27300660--27300717	29	1.9	31	86	6	84	31	3	15	50	1.61
27301457--27301517	31	1.9	31	86	3	86	65	1	1	31	1.12
27302803--27302845	19	2.2	19	87	8	59	44	0	4	51	1.22
27302803--27302867	20	3.2	19	82	10	67	41	0	6	52	1.26
27303556--27303599	11	4.1	11	82	5	54	27	4	2	65	1.23
27305381--27305651	30	9.4	28	72	11	165	36	24	3	35	1.73
27314846--27315273	39	11.0	39	68	11	189	23	31	19	25	1.98
27314832--27315550	78	9.2	78	77	9	569	25	31	17	25	1.97
27315362--27315472	39	2.9	37	83	5	114	26	34	17	22	1.96
27317483--27317695	30	7.2	29	74	11	94	37	18	2	41	1.63
27317511--27317752	60	4.1	58	76	8	202	35	22	2	38	1.69
27317511--27317752	30	8.2	29	73	11	163	35	22	2	38	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27319578--27319647	32	2.2	31	82	7	79	50	2	2	44	1.31
27320649--27320679	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
27322546--27322826	123	2.3	122	82	4	341	23	20	17	38	1.93
27322860--27323265	220	1.8	221	87	2	602	23	25	16	35	1.94
27322772--27323320	113	4.9	113	83	5	630	22	25	16	35	1.95
27323533--27323783	99	2.5	99	83	1	297	19	25	17	37	1.93
27323648--27323793	49	2.9	49	69	9	125	19	26	17	36	1.93
27323533--27323815	99	2.8	99	78	0	296	19	26	15	37	1.92
27323547--27323954	196	2.1	199	79	4	425	20	26	16	37	1.93
27326767--27326870	51	2.0	51	86	0	145	34	12	20	32	1.90
27328232--27328293	32	1.9	33	90	3	99	22	24	29	24	1.99
27328276--27328341	22	3.0	22	77	4	71	27	28	22	21	1.99
27336285--27336567	51	5.5	51	91	0	460	29	12	24	33	1.92
27336285--27336620	153	2.2	155	90	3	518	29	12	24	33	1.92
27338649--27338685	20	1.9	20	88	5	58	10	5	27	56	1.55
27340002--27340041	21	1.9	21	85	10	55	20	5	25	50	1.68
27343889--27343916	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
27347098--27347122	6	4.2	6	100	0	50	32	0	52	16	1.44
27357128--27357197	20	3.4	21	72	9	63	48	7	7	37	1.58
27357743--27357776	13	2.6	13	86	13	52	20	20	0	58	1.39
27359338--27359364	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
27365387--27365452	29	2.3	28	79	7	69	40	4	21	33	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27365468--27365769	30	10.3	30	74	12	184	38	2	24	34	1.68
27365478--27365671	88	2.2	87	81	8	223	38	2	25	32	1.70
27366706--27366736	10	3.2	10	95	4	55	29	0	0	70	0.87
27367319--27367410	6	16.0	6	71	17	52	55	3	2	39	1.28
27367319--27367410	17	5.4	17	85	2	130	55	3	2	39	1.28
27368770--27368821	15	3.2	15	73	19	50	46	1	0	51	1.12
27368854--27368893	13	2.8	16	82	17	52	47	0	0	52	1.00
27369917--27369958	21	1.9	22	85	9	59	54	9	4	30	1.53
27374537--27374573	19	1.9	19	89	10	58	67	0	5	27	1.12
27374975--27375148	90	1.9	89	83	5	226	36	16	8	38	1.79
27375345--27375430	9	9.4	9	74	10	68	72	0	1	26	0.92
27375563--27375831	87	3.0	88	89	1	396	35	9	18	36	1.83
27375558--27375850	90	3.3	89	86	2	410	35	9	19	35	1.84
27377267--27377617	29	12.3	28	67	16	97	33	5	27	34	1.80
27377431--27377593	83	1.9	87	85	7	228	31	3	28	36	1.73
27377405--27377623	29	7.8	29	79	8	204	31	5	27	35	1.79
27379468--27379513	6	7.8	6	85	4	58	47	2	2	47	1.26
27379554--27379583	15	2.0	15	93	0	51	66	0	3	30	1.07
27383288--27383342	21	2.6	21	83	11	67	70	0	10	18	1.15
27383292--27383344	22	2.5	22	81	9	56	69	0	11	18	1.17
27383799--27383866	31	2.2	32	81	7	77	58	2	1	36	1.22
27384073--27384117	23	1.9	23	86	4	63	46	6	4	42	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27384416--27384606	105	1.8	103	84	4	258	24	23	14	37	1.92
27384450--27384644	105	1.9	105	81	4	241	24	23	13	37	1.91
27385404--27385456	15	3.3	15	82	12	70	81	1	0	16	0.79
27385404--27385456	8	6.6	8	80	8	63	81	1	0	16	0.79
27391051--27391107	22	2.7	21	86	10	80	73	1	10	14	1.17
27391910--27391952	19	2.3	19	84	8	52	58	4	0	37	1.19
27397171--27397217	20	2.3	20	82	7	60	42	6	21	29	1.77
27397507--27397560	21	2.6	21	82	5	56	29	20	20	29	1.98
27401696--27401740	6	7.5	6	97	0	63	40	35	8	15	1.79
27406052--27406097	24	1.9	24	82	8	58	67	4	4	23	1.27
27406921--27406997	33	2.3	33	93	0	127	19	24	20	35	1.96
27411167--27411206	20	2.0	20	100	0	80	50	5	30	15	1.65
27411195--27411271	18	3.8	18	70	23	64	49	6	33	10	1.63
27411186--27411315	44	2.7	48	87	10	169	44	7	33	13	1.73
27411231--27411334	53	2.0	53	96	0	190	40	8	35	15	1.78
27413561--27413641	41	2.0	41	85	4	110	23	32	16	28	1.96
27416464--27416508	6	7.5	6	89	0	63	46	0	31	22	1.52
27416611--27416710	38	2.5	41	73	11	100	22	19	28	31	1.97
27418504--27418548	19	2.4	19	81	7	56	37	0	4	57	1.19
27421990--27422047	14	4.3	13	80	6	62	17	3	0	79	0.87
27421995--27422048	8	6.4	8	83	8	63	16	3	0	79	0.87
27422378--27422425	21	2.1	25	81	14	59	22	4	18	54	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27424450--27424491	16	2.6	17	77	11	52	16	11	0	71	1.14
27425290--27425315	12	2.2	12	100	0	52	38	23	7	30	1.83
27426511--27426540	15	1.9	16	93	6	53	43	20	10	26	1.83
27442374--27442410	19	1.9	19	88	0	56	37	21	2	37	1.68
27442971--27443029	29	2.0	29	83	9	75	42	0	37	20	1.52
27449915--27449947	15	2.1	16	88	5	50	33	3	0	63	1.10
27449855--27450056	79	2.5	83	81	9	256	26	13	3	56	1.53
27450536--27450572	17	2.2	17	90	0	56	51	0	0	48	1.00
27450615--27450650	18	2.0	18	100	0	72	44	27	5	22	1.75
27451086--27451122	17	2.2	17	90	0	56	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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