genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032250.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39602670

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  84  of  125  ( 14887 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26047060--26047347	30	9.7	30	74	8	196	37	22	2	37	1.68
26047176--26047312	29	4.6	29	81	8	134	35	18	3	42	1.68
26047137--26047312	89	2.0	88	84	5	230	35	18	2	42	1.65
26047149--26047340	89	2.2	89	80	5	201	35	20	2	40	1.67
26057204--26057282	38	2.1	38	81	11	92	32	12	22	31	1.92
26057321--26057391	37	1.9	37	88	0	106	22	15	30	30	1.95
26058448--26058486	17	2.3	17	86	0	51	56	10	15	17	1.66
26061635--26061732	38	2.6	38	79	7	110	29	16	23	30	1.96
26063422--26063481	31	1.9	31	83	6	77	53	0	13	33	1.40
26065839--26066582	370	2.0	371	94	0	1294	29	19	22	27	1.98
26076076--26077029	208	4.6	208	86	3	1231	37	16	22	23	1.94
26076421--26076591	85	2.0	85	82	2	209	36	16	22	23	1.95
26076076--26077016	419	2.3	417	87	1	1323	37	16	22	23	1.94
26077293--26077322	14	2.1	15	93	6	53	56	23	6	13	1.60
26078764--26078800	20	1.9	18	89	10	56	24	5	2	67	1.25
26080497--26080774	100	2.8	99	79	7	294	36	20	18	25	1.95
26082553--26082590	11	3.2	12	85	14	53	23	0	2	73	0.95
26082649--26082679	10	2.9	11	90	9	55	25	0	0	74	0.82
26083947--26084225	109	2.5	110	80	4	285	27	20	18	33	1.96
26084717--26084757	3	13.7	3	85	10	57	29	2	0	68	1.03
26084720--26084758	19	2.1	19	90	4	62	28	2	0	69	1.02
26084820--26084903	42	2.1	40	82	8	100	36	4	8	50	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26086713--26086754	16	2.4	18	80	11	52	59	0	0	40	0.97
26087790--26088013	30	7.6	30	80	10	185	35	28	3	32	1.73
26087820--26088013	30	6.6	30	82	6	218	34	28	3	33	1.75
26087825--26088013	58	3.2	58	85	3	234	34	27	3	33	1.75
26087825--26088022	29	6.8	29	78	13	138	33	27	3	34	1.74
26088364--26088557	97	2.0	97	91	0	316	27	20	16	35	1.94
26090402--26090444	18	2.4	18	88	3	61	53	6	4	34	1.49
26090469--26090508	18	2.2	18	86	8	55	47	0	12	40	1.41
26090467--26090512	19	2.5	20	82	13	62	47	0	10	41	1.38
26090508--26090559	17	3.2	16	73	10	52	38	1	1	57	1.21
26091050--26091088	3	13.0	3	88	0	51	28	30	5	35	1.79
26097718--26097752	15	2.2	16	95	5	63	14	5	5	74	1.19
26098182--26099123	209	4.5	209	85	4	1206	37	17	21	22	1.94
26102825--26103100	101	2.7	100	83	2	313	36	19	17	26	1.94
26104875--26104917	20	2.2	20	87	8	61	20	2	4	72	1.14
26104932--26104980	18	2.8	18	84	3	55	26	4	0	69	1.06
26106638--26106758	29	4.2	29	82	2	91	28	4	28	38	1.76
26106686--26106939	29	8.6	29	76	12	137	36	1	24	37	1.65
26106658--26106939	58	4.8	58	75	12	186	35	1	24	37	1.66
26106734--26106938	30	6.9	29	78	8	157	38	1	23	37	1.64
26107410--26107465	23	2.4	23	81	0	85	19	46	19	14	1.84
26107861--26107899	20	1.9	20	94	5	69	30	2	0	66	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26108489--26108588	6	17.5	6	70	13	68	57	4	2	37	1.29
26108489--26108590	17	6.0	17	84	0	141	56	3	1	37	1.29
26109399--26109655	109	2.3	110	80	2	266	27	21	17	33	1.96
26113767--26113806	16	2.5	16	91	0	62	30	0	0	70	0.88
26113974--26114015	16	2.6	16	88	3	57	57	7	4	30	1.47
26114040--26114079	18	2.2	18	91	8	64	50	0	10	40	1.36
26114038--26114080	19	2.3	19	84	15	63	51	0	9	39	1.34
26114310--26114364	2	27.5	2	100	0	110	49	0	0	50	1.00
26117595--26117619	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
26131308--26131736	49	8.7	49	69	13	218	39	18	24	17	1.91
26131308--26131746	99	4.4	98	83	4	515	39	18	23	17	1.92
26141859--26141913	24	2.4	24	87	6	78	47	1	0	50	1.11
26141955--26142006	19	2.7	19	87	0	68	26	1	0	71	0.97
26143379--26143495	58	2.0	56	84	14	150	44	0	2	52	1.20
26143441--26143492	25	2.0	26	85	10	72	42	0	1	55	1.10
26143455--26143511	26	2.3	25	82	11	64	43	0	1	54	1.10
26147900--26147965	14	4.9	14	72	7	64	43	31	0	24	1.54
26147893--26147998	47	2.5	42	88	11	146	44	28	0	27	1.55
26147906--26147998	47	2.0	47	97	0	177	45	27	0	26	1.54
26148902--26148950	22	2.2	22	82	7	55	44	0	4	51	1.20
26148960--26149009	25	1.9	27	88	8	77	60	2	2	36	1.20
26152391--26152423	3	11.0	3	100	0	66	33	0	33	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26172292--26172377	17	5.1	17	78	2	93	39	0	5	54	1.24
26172296--26172370	34	2.2	35	85	7	109	40	0	5	54	1.23
26173831--26174189	178	2.0	179	90	3	564	25	15	13	45	1.83
26174271--26174596	30	11.0	30	80	8	269	34	26	3	35	1.73
26174276--26174596	90	3.6	89	79	8	300	35	26	3	34	1.73
26174850--26175043	97	2.0	97	86	0	271	28	18	14	38	1.90
26178693--26178722	12	2.4	13	94	5	53	83	0	16	0	0.65
26179693--26179883	50	3.9	50	79	4	181	36	16	30	16	1.91
26179716--26179894	98	1.8	98	80	0	214	34	17	29	18	1.94
26180006--26180128	41	3.0	41	95	0	219	32	17	19	30	1.95
26180241--26180314	37	1.9	39	89	5	116	25	39	17	17	1.91
26180342--26181199	209	4.1	209	87	3	1230	36	16	22	23	1.94
26181134--26181233	37	2.7	37	88	0	137	33	16	25	26	1.96
26181092--26181325	122	1.9	122	79	1	263	36	15	24	23	1.94
26181616--26181666	17	3.1	17	82	5	59	33	0	3	62	1.13
26183396--26183812	29	14.4	29	72	13	247	33	23	4	38	1.76
26183483--26183744	143	1.8	142	79	8	307	33	22	5	37	1.77
26183452--26183784	57	5.8	56	73	14	187	33	22	4	39	1.75
26184096--26184286	97	2.0	97	87	2	276	30	16	15	36	1.91
26185093--26185296	51	4.1	50	91	2	322	52	10	4	31	1.57
26185112--26185318	100	2.1	101	85	6	278	56	12	4	27	1.56
26191930--26192084	58	2.7	58	80	12	178	47	2	1	48	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26192158--26192262	46	2.5	44	82	13	114	37	25	5	31	1.80
26192169--26192262	44	2.1	44	86	7	127	37	26	5	30	1.79
26192244--26192299	16	3.5	16	90	0	94	26	30	5	37	1.79
26196302--26196356	25	2.1	27	86	10	78	3	18	0	78	0.90
26202062--26202100	16	2.3	17	91	8	62	33	12	20	33	1.91
26206482--26206564	31	2.7	31	94	0	148	49	18	13	19	1.79
26208874--26208898	4	6.2	4	100	0	50	76	0	24	0	0.80
26209998--26210041	23	2.0	23	86	8	65	34	2	0	63	1.07
26222124--26222189	20	3.4	19	82	16	73	54	6	1	37	1.34
26222148--26222193	20	2.3	20	92	3	76	54	6	0	39	1.26
26222148--26222214	10	6.8	10	73	17	52	55	5	0	38	1.25
26222148--26222214	20	3.4	20	85	8	68	55	5	0	38	1.25
26222148--26222202	19	2.8	19	82	17	69	54	5	0	40	1.23
26222579--26222630	16	3.2	15	78	13	50	59	5	0	34	1.21
26223227--26223297	33	2.2	33	80	5	83	64	9	12	12	1.49
26233322--26233399	31	2.5	31	81	8	88	23	19	10	47	1.79
26244232--26244560	153	2.2	153	88	1	480	34	19	21	24	1.96
26244385--26244897	201	2.6	201	90	1	787	34	17	24	23	1.96
26244112--26244761	354	1.8	354	89	2	1011	34	18	22	24	1.96
26245234--26245266	12	2.8	12	86	4	50	33	0	3	63	1.10
26247116--26247320	59	3.5	59	79	6	166	34	24	3	37	1.74
26247111--26247555	88	5.0	87	74	13	259	33	25	3	37	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26247184--26247641	117	3.9	115	82	8	482	33	25	3	37	1.73
26247184--26247641	59	7.8	59	83	5	488	33	25	3	37	1.73
26247219--26247641	176	2.4	176	86	5	556	34	25	3	36	1.74
26247121--26247616	29	16.9	28	69	17	160	34	25	3	36	1.74
26253960--26254130	40	4.3	41	84	5	244	33	25	16	24	1.96
26253960--26254183	79	2.8	78	87	3	288	31	25	16	25	1.96
26253958--26254183	119	1.9	120	84	5	307	32	25	16	25	1.96
26255739--26255788	26	1.9	26	84	8	66	24	4	0	72	1.02
26256971--26257027	28	2.0	28	96	0	105	40	17	8	33	1.81
26270444--26270468	13	1.9	13	100	0	50	24	16	12	48	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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