genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032250.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_08
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  39602670

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  62  of  125  ( 14887 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19016478--19016542	15	4.3	15	77	11	62	24	26	23	26	2.00
19023318--19023350	17	1.9	17	88	11	50	27	0	6	66	1.15
19023540--19023695	50	3.1	52	75	13	146	36	15	12	35	1.85
19031783--19031815	17	1.9	17	88	11	50	27	0	6	66	1.15
19031816--19031878	31	2.0	31	84	9	83	26	9	12	50	1.71
19032034--19032165	50	2.6	52	80	9	148	37	15	12	34	1.85
19045473--19045497	5	5.0	5	100	0	50	0	20	0	80	0.72
19046673--19046880	60	3.5	60	94	0	353	27	17	12	41	1.87
19051316--19051365	23	2.1	23	85	3	64	22	26	22	30	1.99
19064694--19064734	13	2.9	14	89	7	57	4	17	0	78	0.93
19065080--19065221	67	2.1	67	92	1	232	29	21	7	41	1.81
19065659--19065713	24	2.3	22	77	17	56	65	9	5	20	1.41
19068904--19068943	3	13.7	3	94	5	73	70	0	0	30	0.88
19072006--19072164	77	2.1	77	100	0	318	38	15	12	33	1.85
19072903--19073232	29	11.2	29	79	8	301	36	1	24	36	1.64
19072907--19073219	59	5.3	58	78	5	299	37	1	24	36	1.64
19072893--19073199	88	3.5	88	80	5	379	36	0	24	37	1.63
19075017--19075153	70	2.0	70	88	2	204	22	10	27	39	1.87
19075102--19076130	78	13.2	78	79	6	904	25	19	30	24	1.98
19075280--19075423	39	3.7	38	70	5	108	24	20	31	24	1.98
19075104--19076126	234	4.4	234	80	4	1032	25	19	30	24	1.98
19075609--19075808	39	5.1	39	64	24	107	24	18	32	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19075685--19076144	39	11.8	38	66	11	166	24	20	31	23	1.98
19076417--19076529	50	2.3	49	89	1	163	16	32	17	32	1.93
19076417--19076556	50	2.8	50	84	3	149	17	31	17	33	1.93
19077498--19077535	12	2.9	14	81	18	55	0	15	0	84	0.63
19077498--19077536	20	2.0	20	94	0	69	0	15	0	84	0.62
19077495--19077536	14	3.1	13	86	6	57	0	14	0	85	0.59
19077507--19077550	20	2.2	20	87	0	61	6	9	0	84	0.79
19078393--19078435	17	2.5	17	88	7	61	0	25	0	74	0.82
19083135--19083427	30	9.9	29	79	10	247	39	3	23	34	1.70
19084049--19084117	31	2.3	29	82	9	77	59	2	4	33	1.32
19085126--19085157	14	2.4	14	90	10	50	56	9	6	28	1.55
19094391--19094466	29	2.7	27	82	9	89	28	2	5	63	1.30
19097400--19097442	17	2.4	17	85	14	52	67	6	0	25	1.15
19098975--19099014	19	2.2	18	86	4	53	17	5	10	67	1.37
19104391--19104609	41	5.2	41	81	4	206	38	9	27	25	1.86
19111565--19111716	41	3.7	41	87	0	205	38	7	25	27	1.84
19111494--19111716	82	2.7	83	78	4	207	37	9	25	27	1.87
19115770--19115799	9	3.3	9	95	0	51	90	6	3	0	0.56
19115786--19115824	9	4.4	9	87	3	53	82	0	17	0	0.68
19115761--19115824	16	4.1	15	78	13	67	82	3	14	0	0.78
19115761--19115824	18	3.6	17	81	6	65	82	3	14	0	0.78
19115760--19115826	24	2.7	25	81	4	73	80	4	14	0	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19122010--19122069	21	2.9	21	89	0	84	20	18	31	30	1.96
19133981--19134056	37	2.1	37	100	0	152	51	23	0	25	1.49
19135278--19135317	19	2.0	20	86	13	57	40	15	2	42	1.60
19139055--19139171	61	1.9	62	96	1	218	32	8	23	35	1.85
19141450--19141603	61	2.5	61	83	5	202	31	12	24	31	1.92
19144915--19145459	272	2.0	272	97	0	1027	37	15	17	29	1.91
19153160--19153206	16	2.8	17	80	6	51	42	0	6	51	1.27
19156048--19156163	31	3.9	31	75	18	120	26	17	8	47	1.76
19156058--19156184	31	4.2	31	75	17	97	26	17	8	47	1.76
19156421--19156520	31	3.3	30	71	18	82	47	12	14	27	1.79
19156391--19156577	59	3.2	59	86	3	234	48	11	14	25	1.77
19159880--19160165	43	6.9	43	81	8	236	29	27	17	25	1.97
19159880--19160158	85	3.4	85	78	11	310	28	27	17	25	1.98
19160026--19160091	33	2.0	33	100	0	132	33	30	12	24	1.91
19159983--19160134	75	2.0	77	85	2	209	29	27	17	25	1.97
19165914--19166059	41	3.6	41	81	0	177	17	30	19	32	1.95
19172789--19172829	12	3.6	12	80	9	50	2	19	0	78	0.87
19194305--19194346	6	6.8	6	89	10	59	80	0	19	0	0.70
19194305--19194346	20	2.2	18	91	8	66	80	0	19	0	0.70
19199632--19199699	12	5.6	13	81	8	56	58	0	39	1	1.07
19199638--19199706	24	2.9	24	76	8	77	59	0	39	1	1.06
19210087--19210137	26	2.0	26	92	0	84	25	21	23	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19210729--19210758	15	1.9	16	93	6	53	6	13	0	80	0.91
19211320--19211368	17	2.9	17	81	0	53	48	12	20	18	1.79
19214459--19214511	26	2.0	26	96	0	97	26	18	22	32	1.97
19221069--19221135	27	2.4	28	85	7	82	40	7	4	47	1.52
19223075--19223164	36	2.6	35	83	10	114	43	3	4	48	1.39
19226928--19227092	60	2.8	58	78	6	170	25	10	9	54	1.64
19227260--19227547	90	3.3	89	69	11	274	50	11	13	25	1.73
19227236--19227574	169	2.0	171	92	1	574	51	10	13	23	1.72
19227468--19227556	31	2.8	31	76	8	99	56	7	8	26	1.58
19231754--19231806	22	2.6	19	75	24	54	73	11	0	15	1.09
19231833--19231899	17	3.8	18	79	16	70	73	2	0	23	0.97
19231835--19231902	16	4.2	16	78	12	68	75	2	0	22	0.94
19231834--19231898	33	2.0	32	82	8	78	72	3	0	24	0.99
19231833--19231904	8	9.1	7	74	18	54	75	2	0	22	0.94
19231834--19231927	41	2.3	42	75	10	95	70	3	3	23	1.17
19233112--19233151	19	2.1	19	90	9	64	22	2	30	45	1.66
19233696--19234020	51	6.4	49	70	13	180	27	20	17	35	1.95
19233667--19234047	50	7.6	50	72	10	247	27	19	18	34	1.95
19233636--19234068	101	4.3	100	78	6	399	26	21	17	35	1.95
19239012--19239171	82	2.0	82	93	0	275	22	26	13	37	1.91
19239694--19239730	15	2.5	15	100	0	74	40	35	8	16	1.78
19241004--19241071	33	2.1	33	94	0	118	20	22	16	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19241048--19241182	26	5.3	26	66	10	91	18	25	17	37	1.93
19241040--19241182	50	2.9	50	90	0	223	18	26	17	37	1.93
19241038--19241166	24	5.2	24	64	10	71	18	27	17	36	1.94
19241487--19241749	131	2.0	131	99	0	517	38	26	4	29	1.76
19245087--19245709	49	12.7	49	72	9	362	20	26	15	37	1.92
19245096--19245567	98	4.8	97	82	4	497	20	26	14	38	1.91
19245101--19245510	196	2.1	195	85	4	556	19	26	15	38	1.92
19245108--19245625	147	3.5	147	76	9	430	20	26	14	38	1.91
19245659--19245815	50	3.1	49	71	17	135	17	32	17	32	1.93
19245781--19246011	97	2.4	97	81	4	252	17	27	18	36	1.93
19254497--19254537	21	1.9	22	85	5	57	60	4	2	31	1.30
19264547--19264586	17	2.4	17	86	0	53	60	12	12	15	1.60
19266826--19266865	19	2.1	19	85	4	53	77	2	10	10	1.08
19269608--19269651	9	4.9	9	86	8	54	4	15	0	79	0.89
19269605--19269662	18	3.3	17	83	7	71	3	17	0	79	0.87
19269752--19270456	356	2.0	356	92	0	1169	29	19	15	35	1.93
19270923--19270968	15	3.4	14	80	19	53	2	17	0	80	0.81
19279460--19279502	15	2.8	15	86	13	61	74	0	20	4	1.00
19279462--19279502	16	2.6	16	88	3	57	75	0	21	2	0.92
19285892--19286044	50	3.0	50	65	9	139	24	16	20	37	1.93
19285723--19286218	101	5.0	101	82	6	627	26	18	19	35	1.95
19287112--19287155	9	4.9	9	86	8	54	4	15	0	79	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19287109--19287166	18	3.3	17	83	7	71	3	17	0	79	0.87
19287255--19287960	356	2.0	357	91	0	1153	28	19	15	35	1.93
19288425--19288465	15	2.8	16	82	10	52	0	19	0	80	0.71
19296298--19296342	17	2.6	17	80	19	58	13	20	11	55	1.68
19301763--19302407	149	4.4	147	85	6	818	43	10	3	42	1.56
19301912--19302145	50	4.7	50	68	12	149	45	11	2	41	1.53
19303499--19303648	75	2.0	73	92	2	246	34	12	14	38	1.83
19304191--19304226	5	7.2	5	100	0	72	80	0	19	0	0.71
19306501--19306538	10	3.8	10	86	10	51	28	2	26	42	1.69
19309774--19309919	75	2.0	73	93	2	247	32	13	15	39	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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